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骨肉瘤的潜在生物标志物ARHGEF3的鉴定及初步验证

摘要目的:<br>  骨肉瘤是一种恶性骨肿瘤,主要由间质细胞组成。本研究旨在通过生物信息学方法筛选新型潜在的生物标志物,并构建促进骨肉瘤进展的miRNA-mRNA网络,为后续临床研究奠定基础。<br>  方法:<br>  本研究从GEO数据库中选择筛选所要研究的芯片,下载GSE70367和GSE70414的芯片数据和平台文件,通过分析获得差异表达的microRNAs(DifferentiallyExpressedmicroRNAs,DEMs)和mRNAs(DifferentiallyExpressedmRNAs,DEGs)。运用FunRich软件进行靶标mRNA的基因本体论和功能富集分析。使用Cytoscape软件构建mRNA-miRNA网络。利用Kaplan-Meier数据库对已鉴定的DEMs和DEGs进行生存分析。此外,通过进行实时定量PCR(qRT-PCR)检测靶基因mRNA水平,蛋白质印迹(WesternBlot,WB)检测目标基因蛋白质的表达水平,最后通过划痕实验和Transwell分析验证目标基因在骨肉瘤中的作用。<br>  结果:<br>  1.我们在芯片数据中鉴定出6个差异表达的microRNA(DEMs),并筛选得到了8个靶基因。<br>  2.将上一步获得的DEMs进行相关富集分析,结果显示差异表达的microRNAs参与组成的细胞学组分主要有溶酶体、核、质膜等;分子功能主要富集在转录因子活性、GTP酶活性、棕榈酰转移酶活性等;参与的生物进程主要有转运,对核碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢的调节及信号转导等;这些己鉴定的基因主要富集在六种途径,包括糖类固醇生物合成、补体和凝血级联反应、AGE-RAGE信号通路、膀胱癌、局灶性黏附和细胞外基质-受体相互作用。<br>  3.通过构建miRNA-mRNA调控网络,使用km-plot绘制生存分析,结果显示microRNA-124和Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子3(HumanRhoGuanineNucleotide-exchangeFactor3,ARHGEF3)与骨肉瘤患者的整体生存情况有关。<br>  4.通过实验验证,得出ARHGEF3在骨肉瘤细胞系中被下调,并且过表达ARHGEF3确实降低了骨肉瘤细胞的侵袭和愈合能力。<br>  结论:<br>  通过生物信息学分析筛选获得了DEMs和DEGs,并构建了完整的miRNA-mRNA网络,筛选鉴定了ARHGEF3的低表达与OS的预后不良相关,通过WB和qRT-PCR实验表明ARHGEF3在OS细胞株中低表达;Transwell和划痕实验验证ARHGEF3过表达降低了OS细胞的侵袭和愈合能力。ARHGEF3在OS中可能是一个潜在的生物标志物,但是这些结果需要更多的实验及研究来证明。

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导师 庄志祥
分类号 R738
发布时间 2022-03-01
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