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肺腺癌新表达亚型TRU--I的基因组分析及预测模型构建

摘要肺腺癌(Lung adenocarcinoma,LUAD)约占全部肺癌的40%,其发病率正在逐年上升。先前的研究发现,不同地区肺腺癌患者的流行病和临床表型存在很大差异,基因组的研究也初步阐述了肺腺癌的种族异质性。本研究面向近期发现的东亚肺腺癌中存在一类特有的新表达亚型TRU-I,这种亚型患者倾向于更早期发生,预后较好,患者生存期较长。进一步解析TRU-I亚型的内在特征并探讨其演化轨迹,有望为制定东亚肺腺癌的精准诊治策略提供新的科学依据。<br>  从新亚型这一观察开始,本研究围绕三个科学问题展开:1.能否在更大的肺腺癌队列中验证TRU-I亚型的存在?2.能否通过分析TRU-I的特征,探索其起源和演化的发展机制?3.能否开发一种可以在肺腺癌新样本中鉴定TRU-I亚型的方法,并促进新亚型发挥其临床应用价值?研究结果显示,1.通过收集公共数据库里的30个LUAD的数据集(N=2871样本),利用聚类分析和亚型同源性比较发现,在53%LUAD队列里可以鉴别到TRU-I的存在(16/30,53.3%)。2.TRU-I特征分析结果表明,Chr1q的低水平扩增,很有可能是TRU-I亚型的最早期驱动因素,而在之后的发展过程中,免疫微环境变化成为TRU-I发展的驱动因素;肺腺癌不同亚型模式间具有一定的连续性,TRU-I亚型最接近正常组织,TRU-I继续发展可能有两种免疫逃逸的发展演化方向,一种可能是通过加强肿瘤细胞自身的迁移能力,从而躲避免疫系统攻击,趋向于TRU型发展;另一种可能是通过快速复制,形成较高密度肿瘤组织,将免疫细胞排斥在外,趋向PI型过渡。3.通过共表达网络的构建,我们筛选了和TRU-I高度相关的基因集合,应用Lasso建立了回归模型,通过交叉验证,模型的准确率达到94.8%。综上所述,我们验证了TRU-I存在的广泛性、进一步刻画了其分子特征和起源发展过程,同时构建了TRU-I亚型预测模型,为刻画肺腺癌的种族特异性提供了一个新的范例。

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导师 翟巍巍
学位信息:
中国科学院大学 基础医学 基因组学(硕士) 2022年
分类号 R734.2
发布时间 2023-01-04(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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