换一批
换一批摘要DNA甲基化作为一种表观遗传修饰，在一系列生物学过程和疾病中起着重要作用。现下对DNA甲基化的研究主要针对CpG二核苷酸，但是对于DNA甲基化单分子(即CpG与其反向互补序列构成的分子，称为CpGdyad)的研究仍然有限。科学家们一度认为半甲基化的CpGdyads是DNA去甲基化过程的中问状态，直到有研究表明其在染色质环形成过程中发挥作用。因此进一步探索半甲基化的CpGdyads的分布与功能十分必要。但现有DNA甲基化检测方法主要依赖于重亚硫酸盐转换，该方法伴随着大量DNA降解及测序文库复杂度降低。这些方法也不能直接获取CpGdyads甲基化状态。为此本论文使用了限制性内切酶MspJI依赖的方法，即Mhemi-seq，该方法避免使用重亚硫酸盐转换并且可通过特异性识别切割基序直接判断CpGdyads甲基化状态。由于该方法步骤简单，对样品损伤较少，本论文将其应用到微量细胞建库。为了对该方法识别的CpGdyads甲基化状态进行验证，我们进行了Hairpin-seq建库，并测试了BS-seq、EM-seq及TAPS3种转换方法，最终选取了产生更多Hairpin构象但会导致DNA部分降解的BS-seq进行建库。此外，我们在Mhemi-seq方法基础上，借助T4-βGT保护5hmC，通过与未保护测序文库相减，同时识别5mC与5hmC。最后本论文结合实验数据与公众数据通过对半甲基化CpGdyads的分析，发现在某些转录因子结合区域附近存在DNA半甲基化模式，同时基因启动子区域的DNA半甲基化对基因表达可以产生影响。
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