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摘要研究目的：<br>　　本研究基于十三五重大专项广东省急性发热感染性疾病病原谱项目，并结合课题组前期研究基础，分析2020-2021年新型冠状病毒(SARS Coronavirus-2，SARS-CoV-2)疫情防控常态化管理下成人呼吸道感染(Respiratory tract infection，RTI)患者的病原谱特点;利用宏基因组测序技术对低致病性人冠状病毒(Human Coronavirus，HCoV) HKU1、229E、OC43及NL63阳性样本或者分离株进行测序，获得HCoV-HKU1、229E、OC43及NL63全基因组序列，通过构建HCoV-HKU1、229E、OC43及NL63系统进化树，阐明HCoV-HKU1、229E、OC43及NL63的进化变异情况。<br>　　研究方法：<br>　　1.以广东省第二人民医院作为哨点医院，采集2020.04-2021.11该医院成人RTI患者的肺泡灌洗液(Bronchoalveolar Lavage Fluid, BALF)和鼻咽拭子(Nasopharyngeal Swab，NPS)，用多重RT-PCR检测样本中的病原体，分析患者的病原谱感染特征。<br>　　2.利用LLC-MK2、RD、293T细胞尝试分离HCoV-OC43、NL63、229E，获得毒株。<br>　　3.基于Nanopore和宏基因组测序技术对HCoV-HKU1、OC43、NL63、229E进行测序，并分析其分子进化特征。<br>　　研究结果：<br>　　1.BALF和NPS对病毒和耶氏肺孢子虫(Pneumocystisj irovecii，PJ)检出方面无差异，细菌和MP检出率均为BALF高于NPS。K.P在两种样本的检出一致性较好，其他病原检出一致性一般。<br>　　2.2020-2021年纳入RTI患者共计409例，RTI患者以老年人(48.66％)居多，病原检出率男性(49.39％)高于女性(24.69％)。病原总体阳性率73.90％，病原体主要以病毒和细菌为主，病毒检出率为57.21％，细菌阳性率为38.39％。病毒检出率前三为EB病毒30.56％（Epstein-Barr virus，EBV）、巨细胞病毒16.38％ (Cytomegalo virus，CMV)、腺病毒11.49％ (Adenovirus，AdV);细菌检出率前三为肺炎克雷伯菌17.36％（Klebsiella pneumoniae，K.P）、金黄色葡萄球菌13.45％（Staphylococcus aureus，S.A）、流感嗜血杆菌8.80％(Haemophilus influenzae，Hi);感染类型以单一感染为主，混合感染以EBV混合其他病原感染最多。<br>　　3.基于Nanopore测序获得的HCoV-OC43全基因组序列，系统进化分析结果显示其基因型为K型，核苷酸和氨基酸突变主要发生位置为S蛋白的N端结构域（N-terminal Domain，NTD）和受体结合域（Recepter Binding Domian，RBD）。<br>　　研究结论：<br>　　1.推荐细菌性肺炎及支原体肺炎患者采集BALF检测病原，而病毒性肺炎患者可采集NPS进行病原检测。<br>　　2.广州地区成人RTI患者以老年人居多，男性高于女性，病原检出率较高且病原体感染复杂多样。呼吸道病原谱在SARS-CoV-2大流行后发生变化，检出率较高的病原体有EBV、AdV、CMV、K.P、S.A、Hi等，而甲型流感病毒(InfluenzaA virus，IFVA)、乙型流感病毒(Influenza B virus，IFVB)检出率比新冠疫情出现前低。<br>　　3.广州地区一条HCoV-OC43全基因组序列流行基因型为K型，其S蛋白的NTD和RBD区为突变高发区。