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食管癌顺铂耐药TE--1细胞circRNA芯片表达谱分析及耐药机制研究

摘要目的:<br>  分析人食管鳞癌顺铂耐药TE-1细胞株circRNA的基因表达谱变化,探索相关基因HDAC9的耐药作用机制,以便于研发可以抗顺铂耐药人食管鳞癌的新型靶向药物。<br>  方法:<br>  1.基因芯片技术筛选TE-1和TE-1/CDDP细胞中circRNA的差异表达基因,结合查阅相关文献,筛选出可信度较高的调控位点。生物信息学方法分析TE-1/CDDP细胞中产生差异表达的circRNA基因,并通过检索相关文献,筛选参与调控食管鳞癌顺铂耐药的候选基因,分析相应信号通路。<br>  2.应用小干扰RNA技术构建3组si-HDAC9及1组si-NC,分别瞬转至顺铂耐药TE-1细胞,qRT-PCR检测HDAC9mRNA的表达水平,筛选干扰效果最好的进行后续实验。<br>  3.克隆实验检测干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞的克隆形成能力。<br>  4.CCK8(Cell-counting kit 8)实验检测干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞的增殖能力。<br>  5.划痕实验检测干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞的迁移能力。<br>  6.Transwell实验检测干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞的侵袭能力。<br>  7.免疫印迹(Western blotting,WB)实验检测干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞相关蛋白的表达。<br>  结果:<br>  1.根据基因芯片上差异倍数(Fold change)值挑选可信度较高的差异基因。生物信息学方法分析TE-1/CDDP细胞中circRNA的差异表达基因(共410个),KEGG富集分析提示以下通路有显著统计学意义(p<0.01),分别为:碳代谢、p53信号通路、三羧酸循环(TCA循环)、丙酸代谢、碱基切除修复。根据基因芯片上p-value挑选可信度较高的分子靶点,再结合国内外相关新近文献报道结果,结合查阅文献,筛选出可能参与食管鳞癌顺铂耐药的相关基因HDAC9。<br>  2.将 3组针对HDAC9的siRNA(si-HDAC9_001,002,003)和1组阴性对照组(si-NC)分别转染至TE-1/CDDP细胞,qRT-PCR结果显示与si-NC相比,si-HDAC9_003组细胞HDAC9mRNA表达水平明显降低(p<0.01),提示其干扰效果最好,用于后续实验。<br>  3.克隆实验结果表明,si-HDAC9组细胞的克隆形成能力较si-NC组细胞明显下降(p<0.01)。<br>  4.CCK8实验结果表明,干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞的增殖能力受到抑制(p<0.01)。<br>  5.划痕实验结果发现,干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞的迁移能力下降(p<0.01)<br>  6.Transwell实验发现,干扰HDAC9后顺铂耐药TE-1细胞的侵袭能力受到抑制(p<0.05)。<br>  7.Western blotting实验证明,在顺铂耐药TE-1细胞中干扰HDAC9后降低了PAI-1、AKT、ERK等蛋白的表达,表明顺铂耐药TE-1细胞增殖、迁移和侵袭能力增强的机制与HDAC9促使PAI-1上调、激活AKT和ERK信号通路有关。<br>  结论:<br>  1.与TE-1细胞对比,TE-1/CDDP细胞中circRNA共有410个差异表达基因,主要调控细胞的碳代谢、p53信号通路、三羧酸循环(TCA循环)、丙酸代谢和碱基切除修复。其中受circRNA调控的HDAC9在TE-1/CDDP细胞中的表达明显上调。<br>  2.HDAC9促进了TE-1/CDDP细胞的增殖、迁移和侵袭。<br>  3.TE-1/CDDP细胞增殖、迁移和侵袭能力增强的机制与HDAC9促使PAI-1上调、激活AKT和ERK信号通路有关。

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导师 吴灵飞
分类号 R735.1
发布时间 2023-09-01
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