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基于分子对接的NLRP3炎症小体天然产物抑制剂虚拟筛选及体外生物活性评价

摘要先天免疫是机体抵御外界刺激的第一道屏障系统,主要通过模式识别受体(Patternrecognitionreceptors,PRRs)激活下游反应。NLRP3炎症小体(Nod-likereceptorpyrindomaincontaining3inflammasome)是PRRs中研究最为广泛的一类炎症小体,与许多慢性疾病的发生及发展关系密切。目前已开发的一些靶向NLRP3炎症小体的抑制剂存在特异性不强、靶点不明确以及毒副作用等问题,因此开发新型NLRP3炎症小体抑制剂具有非常重要的临床意义。<br>  本研究通过分子对接的方法对天然产物及其衍生物库进行虚拟筛选,并结合聚类分析、ADMET性质(吸收、分布、代谢、排泄以及毒性)预测以及类药分析筛选出靶向NLRP3炎症小体的化合物,最后通过体外抗炎活性实验以及抗肿瘤细胞实验对筛选得到的5个化合物的生物活性进行了评价。研究主要结果如下:<br>  1.NLRP3炎症小体抑制剂虚拟筛选<br>  首先,利用DiscoveryStudio软件Libdock对L6020天然产物库(包含19377个小分子)以及L6030天然产物衍生物库(包含139752个小分子)进行分子对接筛选,选择LibdockScore>125的化合物共46883个,进一步用Ledock以及AutodockVina1.5.7软件进行二次对接筛选,接着选择两种对接软件交叉命中的分子,基于聚类分析、ADMET预测、类药五原则(Lipinski)规则进一步筛选得到9个化合物,并通过CDOCKER对接观察化合物与蛋白的相互作用,结果显示,Ile411、Arg578、Ala227、Tyr443、Ala228、Phe575是9个化合物与NLRP3蛋白相互作用共有的关键氨基酸残基位点。<br>  2.筛选化合物进行体外抗炎活性验证<br>  对筛选得到的5个化合物#1T7926、#2STOCK1N-87602、#3STOCK1N-59431、#4STOCK1N-57473、#5STOCK1N-97373进行体外抗炎活性验证。利用小鼠骨髓来源巨噬细胞(Bonemarrow-derivedmacrophages,BMDMs)诱导炎症模型,对5个化合物的抗炎活性进行体外验证,最后检测炎症因子白介素1β(Interleukin-1β,IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(Tumornecrosisfactor-α,TNF-α)的表达量。结果表明,化合物#2、#3、#4、#5在20μmol/L的浓度下对NLRP3炎症小体下游炎症因子IL-1β有显著的抑制作用,但不影响核因子κB(nuclearfactor-κB,NF-κB)信号通路产生的炎症因子TNF-α的表达,说明化合物#2、#3、#4、#5能够抑制NLRP3炎症小体的表达。<br>  3.筛选化合物体外抗肿瘤活性验证<br>  对筛选得到的5个化合物进行了体外抗肿瘤活性研究,结果显示5个化合物都对肿瘤细胞活性有一定的抑制作用,其中化合物#4对HepG2和MCF-7细胞显著的抑制作用,IC50分别为64.59μmol/L和142.9μmol/L,化合物#5对A549细胞显著的抑制作用,IC50为195.8μmol/L。<br>  综上,本研究基于分子对接的方法对NLRP3炎症小体进行虚拟筛选,并通过体外活性实验验证了化合物的活性,为NLRP3炎症小体抑制剂的研发提供了新的思路。

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