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草酸钙肾结石大鼠模型肾细胞转录组和蛋白组的联合分析

摘要目的:通过本项研究为草酸钙结石形成及其介导的肾脏损伤机制提供证据;并为筛选具有临床转化潜能的诊断和干预靶点研究提供更多依据。<br>  方法:建立草酸钙肾结石大鼠模型,建模完成后通过HE染色以及硝酸银染色方式验证肾脏草酸钙晶体的形成,确认建模成功。第一步,摘取对照组和实验组大鼠肾脏标本,每组3例左侧肾脏进行转录组分析,筛选差异显著的候选基因进行RT-PCR验证,最后通过基因本体数据库和KEEG代谢通路分析其潜在功能。第二步,分别选取实验组和对照组各3例右侧肾脏样本进行蛋白组分析,筛选差异表达蛋白进行WB以及IHC验证,通过STRING数据库构建蛋白质相互作用信息网络,检索得到高分中枢节点。第三步,结合上述所获得的转录组以及蛋白组表达谱结果,进行草酸钙肾结石大鼠肾脏样本的蛋白组—转录组联合分析,并获得关联的差异表达基因和蛋白,最后筛选和验证蛋白组以及转录组关联分析中差异表达基因和蛋白的功能和调控情况。<br>  结果:在草酸钙肾结石大鼠肾脏样本的转录组分析中,结果显示有191个差异表达的转录本,其中119个上调,72个下调。实时PCR证实了这一差异,有统计学意义(P<0.05)。GO富集表明差异基因(DEG)主要参与细胞过程和细胞成分;KEEG的功能表征表明DEG主要参与补体和凝血级联反应通路,这一差异显示出统计学意义(P<0.05)。在草酸钙肾结石大鼠肾脏样本的蛋白组分析中,结果显示共有330个蛋白差异表达,其中190个蛋白上调,140个蛋白下调。在对草酸钙肾结石大鼠肾脏样本的蛋白组—转录组联合分析中,结果显示,在蛋白组-转录组共同上调表达组合中,共有7个差异表达蛋白,跟“传染病”、“免疫作用”等有关。在蛋白组-转录组共同下调表达组合中,同样共有7个差异表达蛋白,主要跟“加剧肾小管上皮细胞损伤”、“呼吸系统”、“胆汁排泄”等相关,P<0.05。STRING库分析得到,在蛋白组—转录组共同上调集合中,发现Havcr1、Cst3、Lcn2、B2m与Alb为高分中枢位点;在蛋白组—转录组共同下调集合中,发现Miox、Impa2与Impa2等三个高分中枢位点。<br>  结论:草酸钙晶体对肾细胞mRNA及蛋白表达有显著影响,这可能在肾结石介导的肾损伤中起关键作用,Spp1、Havcr1、Gpx2与A1P1等或将是具有临床转化潜能的诊断和干预靶点。关联分析转录组及蛋白组所得到的主要差异表达基因及通路,可能在肾结石形成中发挥重要作用。

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导师 梁辉
发布时间 2023-12-27(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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