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2021--2022年广州市儿童感染性腹泻病原谱分析及札如病毒的分离鉴定

摘要研究目的<br>  了解2021-2022年广州市儿童感染性腹泻病原谱特点;建立札如病毒(Sapovirus,SaV)分离鉴定方法,通过分子分型探究SaV的进化变异情况,为建立SaV病毒种库,设计和完善用于SaV检测的引物和探针提供参考依据。<br>  研究方法<br>  以广东省妇幼保健院作为哨点监测医院,收集2021年12月-2022年12月该医院腹泻儿童的粪便样本,使用腹泻多病原检测方法检测样本中病原体,结合人口学基本信息分析腹泻患儿病原谱的感染特征。同时利用人十二指肠腺癌细胞系(HuTu-80)尝试对SaV阳性样本进行分离获得SaV毒株。基于Nanopore三代测序技术对SaV阳性样本或者分离株进行基因分型以及变异位点分析,并通过IQTree构建系统发育进化树。<br>  研究结果<br>  1.本研究共纳入腹泻患儿214例,172例检出腹泻病原体,总检出率为80.37%。细菌检出率与病毒检出率差异具有统计学意义(x2=56.939,P<0.001),前者(70.10%)高于后者(33.64%)。检出率前4的细菌种类分别为沙门菌(35.05%)、肠致病性大肠杆菌(23.83%)、艰难梭菌(22.43%)以及弯曲菌(14.95%)。病毒检出率由高到低的病毒依次为腺病毒(17.29%)、轮状病毒(13.08%)、诺如病毒(5.61%)、SaV(3.74%)和星状病毒(1.87%)。病例中腹泻病原感染以混合感染为主(45.79%,98/214),而单重感染率为34.58%(74/214)。<br>  2.本研究中共收集到SaV阳性样本共20份(8份哨点监测样本和12份暴发疫情样本),通过调整分离方案,结果显示:①共分离到4株毒株,HuTu-80为分离SaV的敏感细胞系,分离前注意细胞覆盖程度,以50%-60%为宜。②采用换液方式延长病毒分离时间至第14天。就使用1%甘胆酸钠(GlyCA)时的分离数据而言,从子1代第7天到子3代第14天,FC01Ct值(Cyclethreshold)由25.31降至19.77,FC02Ct值由27.74降至18.39,FC11Ct值由25.18降至19.54,F187Ct值由22.34降至17.41。③GlyCA浓度越高,样本Ct值越低,表示病毒载量越高,但变化幅度略小。目前FC01、FC02和FC11在1.75%GlyCA条件下病毒载量最高,F187则在1.25%GlyCA条件下病毒载量最高。<br>  3.本研究哨点监测中SaV检出率为3.74%(8/214)。基因测序及进化树分析显示,SaV阳性样本中检出2种SaV基因型,GI.1型1株,与中国台州株MN161597.1核苷酸与氨基酸同源性最高,氨基酸突变最多的结构域为VP2区和NS6-7区,均出现5个突变;GI.6型3株,与日本株LC380411.1的核苷酸和氨基酸同源性最高,氨基酸突变最多的结构域为VP2区(33个),其次为VP1区(6个)。<br>  研究结论<br>  1.广州市腹泻儿童病原总检出率较高且病原感染种类复杂多样,细菌方面以沙门菌、肠致病性大肠杆菌、艰难梭菌和弯曲菌检出较多,病毒则以腺病毒和轮状病毒检出率较高,应继续对儿童感染性腹泻进行多病原监测。<br>  2.成功对SaV分离方法进行初步探索,可以认为HuTu-80为分离SaV的敏感细胞系。分离SaV的关键点在于病毒接种前细胞适宜密度为50%-60%,病毒分离时间应延长至14天,同时提高GlyCA浓度至1.25%-1.75%。<br>  3.广州市SaV散发检出率为3.74%。测序结果显示1株为GI.1型,3株为GI.6型,4条序列仅发生核苷酸置换,未发生核苷酸缺失或插入现象,氨基酸突变最多的结构域为VP2区。

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