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蛋白质与底物小分子的相互作用、结构预测与结合自由能计算

摘要分子识别是分子间专一性的结合过程,抗体与抗原、受体与配体、酶与底物是人们所熟悉的生物体内的分子识别的三个模型.这些识别过程具有高度的专一性,体现出某种“智能化”的特点.研究生物体内的分子识别过程,已成为国际学术界异常活跃的研究热点,具有重要的理论意义和应用价值.分子识别机制的研究方法有实验方法和计算机模拟方法两大类.其中计算机模拟方法是研究分子识别机制及其动态过程的重要途径,包括底物及受体分子模型的构建、底物及受体相互作用位点的确定、相互作用力的计算、底物及受体分子的对接及其动态过程的研究、体系热力学及动力学性质的计算等方面内容.常用的理论计算方法包括量子化学、分子力学、分子动力学、蒙特卡洛方法及自由能计算方法等.该文主要围绕自由能计算方法和分子对接方法来研究蛋白质与底物或抑制剂的相互作用和识别.

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