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摘要创新作为经济增长的核心引擎，科学引领的创新模式在国际竞争中扮演着决定性角色。唯有持续推动创新，促进技术革新与产业转型，方能在全球竞争中保持优势地位。基于科学的创新是指与科学研究存在紧密直接的关联性，是依靠科学研究推动的创新模式。在全球化经济背景下，日趋白热化的国际竞争态势与建设科技强国的战略目标，都凸显出中国亟需强化科研投入、推进以科学为基础的创新体系建设的重要性。现阶段，科学驱动创新在新一轮产业升级中发挥着关键作用，发展核心技术产业和战略性新兴产业亟需发挥科学知识的引领作用，而如何进一步提升企业基于科学的创新效率是现阶段企业发展的重中之重。我国是世界人口大国，现阶段人口老龄化现象的日益加剧导致对医药市场的需求不断扩大。十八大以来，党中央多次强调要把中医药发展摆在更加突出的位置，中药上市公司作为行业的领军者，加强科学创新能够推动其可持续发展，加快中医药现代化进程。基于科学的创新是指与科学研究存在紧密直接的关联性，是依靠科学研究推动的创新模式。基于此，本文聚焦于中药上市公司，深入分析其基于科学的创新效率及影响因素，并为其提升基于科学的创新效率路径提供思路与参考。<br>　　本文采用基于科学的创新模式，将中药上市公司的创新活动分解为知识创新与成果转化两个环节。通过系统梳理国内外相关研究成果，建立了适用于中药上市公司的两阶段创新效率评价体系，该体系将DEA与Malmquist指数模型相结合。在实证分析阶段，运用DEAP2.1统计分析软件，从静态效率与动态演进两个维度对样本企业的创新效率进行了全面测度。并从时间序列演变、科研人员参与度以及企业经营主体三个层面展开深入分析。基于上述研究结论，本文从政府相关政策、企业自身以及外部环境三个维度归纳影响创新效率的相关因素，并构建Tobit面板数据模型，借助Stata14.1统计软件进行回归分析，据此提出具有针对性的政策建议。<br>　　结论与建议:（1）中药上市公司的科学创新效率虽较之前呈现一定上升趋势，但整体水平仍有待提升;（2）中药上市公司在基础研究领域的投入与产出效率亟需强化;（3）科研人员深度参与创建的中药上市公司能够较为显著地提升其研发效率;（4）国有企业在创新效率方面的综合表现优于民营企业;（5）不同创新阶段的影响因素存在差异。基于实证分析结果，本文从以下四个方面提出对策建议:包括构建多层次政策支持体系，完善创新导向型财税激励机制;加大研发力度，促进产学研协同合作;优化股权结构，培育科技金融良性生态;构建基础研究长效支持体系，加快科研人才队伍建设。