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摘要我们利用生物信息学的方法克隆得到了一个新的人类全长基因,并对克隆到的新基进行序列分析和蛋白结构域的预测,以推测其可能的功能,并采用了小鼠胚胎、鸡胚整体原位杂交、小鼠脑部切片的原位杂交以及RT-PCR、Northern Blot的实验方法来验证基因的可信性同时研究新基因的表达情况.在电子克隆的过程中,我们首先下载了日本的RIKEN公布的21,076条小鼠全长cDNAs的序列中名为"motif-containing protein"这一类代表着编码具有一定结构域蛋白的573条小鼠新基因.我们用同源分析的方法搜寻与这些小鼠基因同源的人类基因,然后将人类候选基因与人类EST比较,确定这个基因是真基因还是假基因,对于真的人类基因,我们通过把它与非冗余序列库进行比较,淘汰已知功能的人类基因,则得到了13个人类新基因,其中包括新基因ceg1.根据该基因的序列设计引物,用RT-PCR的方法验证,同时将RT-PCR产物通过亚克隆插入到载体pCMV-SPORT6的多克隆位点中进行后续的实验研究.我们得到的ceg1的cDNA测序,其长度为2050bp.然后将该基因cDNA序列在NCBI上做blastn的分析,与Genbank中的已知序列进行比较,证实了ceg1为一新基因.我们向NCBI提交了该序列,其GenBank登录号为AY606132.用NCBI上的ORFfinder数据库对ceg1基因的编码框进行预测,得到一个1469bp长的编码区序列,位于ceg1 cDNA的28~1497bp核苷酸位置.含有起始密码子ATG和终止密码子TGA,是一个完整的编码框.在Human Genome数据库中做BLAST的分析得到ceg1定位在人的14号染色体上的14q13区段.在NCBI上已知功能的蛋白数据库中的比对分析还发现ceg1所编码的蛋白与人的凝血系统及其辅助系统相关的ClqRp基因所表达的蛋白具有41﹪的同源性,并且二者的结构域及其分布都极其相像,提示他们可能具有相似的功能.对ceg1编码蛋白的结构域的分析显示该蛋白有1个疏水跨膜结构,在胞外区有一个EGF-like结构域和一个CLECT结构域.并且疏水性和跨膜结构域分析也显示在399~421氨基酸残基的位置有一个跨膜结构域,同时PSORT预测了该蛋白定位在细胞膜上的可能性为73.9﹪.这些结构域提示ceg1基因是一个可能的膜上生长因子受体或其配基.以DIG标记的ceg1的全长编码区的RNA为探针,对小鼠胚胎、鸡胚的胚胎整体原位杂交结果显示ceg1在胚胎的早期主要在头部增殖迅速的部位特异表达,随着胚胎增大该基因丧失了脑特异性.对小鼠脑组织切片的切片原位杂交结果显示ceg1基因在头部大脑皮层表达.成年小鼠组织的RT-PCR结果显示该基因在各种组织中都有表达,其中在脾脏、肾脏和心脏中表达量比较高.这提示CEGl与早期脑的发育有密切关系,而在成体中的普遍表达说明该基因可能与维持机体的正常功能有关.Northern结果还表明ceg1基因在破骨细胞肿瘤细胞系中有表达,提示该基因对肿瘤的发生可能有重要的作用.对ceg1的研究将有助于我们进一步揭示脑发育及相关疾病的分子机理.