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摘要为了克隆小鼠脑发育过程中特异表达的新基因,并对所克隆到的新基因的可能功能进行初步分析,我们采用了消减差异筛选的方法,筛选小鼠头部特异表达的新基因,应用生物信息学的方法对克隆到的新基因进行序列分析和蛋白结构域的预测,以推测其可能的功能.采用原位杂交、半定量RT-PCR和Northern杂交的方法研究新基因时空表达情况.同时,我们还对此基因进行原核表达.在消减差异筛选法中,我们制备了32P标记的小鼠9.5d胚胎头部的cDNA探针作为受检者(Tester),过量的生物素标记的小鼠9.5d胚胎躯干mRNA作为驱动者(Driver).两者之间的消减杂交得到仅在小鼠脑部表达的32P标记的cDNA探针.此后通过筛选小鼠胚胎7.5d的cDNA文库,克隆到一个脑特异表达基因,我们将之命名为Bsg3(Brain specific gene 3)基因.Bsg3 cDNA序列长度为2828bp.将该基因cDNA序列在NCBI上做blastn的分析,与Genbank中的已知序列进行比较,证实了Bsg3为一功能未知的新基因.我们向NCBI提交了该序列,其GenBank登录号为AY605122.用NCBI上的ORF finder数据库对Bsg3基因的编码框进行预测,得到一个1644bp长的编码区序列,含有起始密码子ATG和终止密码子TAA,编码548个氨基酸.在小鼠基因组数据库中做BLAST的分析得到Bsg3定位在小鼠的第7号染色体上,包含5个外显子,4个内含子,它们在基因组上的分布跨度约达10kb.Vector NTI Suite 8软件分析,BSG3蛋白和人类脑基因文库中的一个基因KIAA0961编码的蛋白两者氨基酸序列的同源性达80.3﹪.说明Bsg3可能是在小鼠中与人KIAA0961基因同源的相对应基因.对BSG3蛋白结构域的分析显示该氨基酸序N末端含有一个KRAB结构域,C末端含有13个相连的C2H2型锌指结构域.这些结构域提示Bsg3基因是一个可能的转录因子.PSORT预测结果显示该蛋白定位在细胞核内的可能性为95.7﹪.以地高辛标记的Bsg3的全长编码区的反义RNA为探针,对小鼠胚胎、鸡胚整体原位杂交结果显示Bsg3主要在脑特异表达.半定量RT-PCR的结果显示,Bsg3基因在成体鼠中广泛表达,但在脑中的表达水平最高.对Bsg3时空表达的研究将有助于我们进一步揭示脑发育的分子机理.虽然我们成功地把Bsg3基因克隆到表达质粒PQE30上,用IPTG诱导其在大肠杆菌中的表达,但结果没有得到期望的特异表达的蛋白条带.