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利用生物信息学和RNAi技术探究新基因功能

摘要2001年和2002年,日本RIKEN基因组研究小组公布了小鼠全长cDNA文库的测序结果并作了初步分类分析.其中有一类"motif-containing protein"代表着编码具有一定结构域蛋白的小鼠新基因.从这些含有结构域的小鼠新基因全长cDNA入手,通过基因组查找,EST拼接,同源序列对比,保守结构功能域预测等生物信息学方法,筛选出了多个同源人类基因,其中BBRI61_origin.经生物信息学分析,BBRI61_origin基因的全长cDNA序列很可能就包含在人类ESTBG724137所在质粒中.通过鉴定和测序,最终从人类睾丸组织cDNA文库NIH MGC_97 cDNA的IMAGE:4829794号质粒克隆出含有DHHC结构域的人类新基因BBRI61.半定量RT-PCR和原位杂交结果显示:BBRI61的表达与所有组织以及胚胎发育的各个时期.结合生物信息学对其结构域和跨膜结构的分析,BBRI61很可能是一个与细胞生长、分化及凋亡,胚胎发育密切相关的基因.实验证明,BBRI61在人类Hela细胞系中有表达;而生物信息学预测,其在鸡中具有同源基因.构建基于Hela细胞和鸡胚电转化系统的RNAi系统对于进一步研究BBRI61的功能具有重要的意义.

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