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摘要组蛋白H3K4位点的甲基化修饰根据修饰程度的不同可以分为H3K4me1、H3K4me2和H3K4me3三种修饰类型。早期针对H3K4位点的甲基化分析主要集中在基因的启动子区，H3K4me1/2/3三种修饰类型均与基因的活跃转录有关，虽然它们的分布模式不尽一致。随着研究的深入，越来越多的研究已表明，H3K4me1/2/3无论在分布模式还是在功能上都存在很多差异，还有很多未知的特征和功能有待我们挖掘。为了系统地分析H3K4me1/2/3的新特征和新功能，我们利用ENCODE数据库中人类18个样本的ChIP-Seq数据，定义了基因组中H3K4me1/2/3三者各自特异修饰的区域。结合其它转录因子的ChIP-Seq数据和基因表达的RNA-Seq数据，我们对H3K4me3和H3K4me2特异修饰的区域进行了深入分析。<br>　　针对H3K4me3特异修饰区域的分析发现，H3K4me3特异修饰的区域显著富集在锌指基因的3'端外显子区，且3'外显子端含有H3K4me3特异修饰的锌指基因主要来自KRAB-C2H2锌指蛋白家族。与其它锌指基因相比，KRAB-C2H2锌指基因的双锌指结构域倾向于使用含有A/T的密码子，因而含有更高的AT含量，这也许能从序列上解释KRAB-C2H2锌指基因富集H3K4me3修饰的原因。进一步分析发现KRAB-C2H2锌指基因3'外显子端的H3K4me3和H3K9me3修饰具有显著的正相关性，均与基因的表达量成正相关。结合转录因子的分析发现，ZNF143和TCF12两个转录相关因子可能与H3K4me3一起参与了KRAB-C2H2锌指基因的表达调控。<br>　　针对H3K4me2特异修饰区域的分析发现，H3K4me2特异修饰的区域显著富集在基因的启动子和5'UTR区。含有H3K4me2特异修饰的基因启动子区通常不含有其它与转录激活相关的组蛋白修饰，并且这类基因比含有H3K4me3修饰的基因具有更低的表达量。结合转录因子的分析发现，只含有H3K4me2修饰的基因启动子或者5'UTR区通常含有EZH2。随后在全基因组的分析中发现，基因组中很多EZH2的结合位点同时含有较高水平的H3K4me2修饰。这提示H3K4me2与EZH2之间可能存在一定的相互作用关系。