换一批单细胞核测序揭示成年小鼠心脏构成细胞的分群及占比
Single-nucleus sequencing revealing the cell populations and proportion in adult mouse heart
摘要目的:利用单细胞核测序技术分析成年小鼠心脏构成细胞的分群,以及各群细胞所属类别、相对特异标记基因及各细胞群在心脏构成细胞的占比,旨在为阐明不同类型心脏构成细胞之间的相互作用奠定基础.方法:选择2月龄的C57BL/6J小鼠心脏用于心脏构成细胞的细胞核制备.使用10 × Genomics单细胞测序技术对经制备的心脏细胞核进行测序.使用Cellranger将测序的原始数据解析为fastq文件,生成feature-barcoded定量矩阵进行数据整合及基因表达分析等.利用Seurat对经Cellranger分析处理的数据进行质控、标准化、降维、tSNE聚类、细胞类别注释及具体细胞分群可视化处理.结果:成年小鼠心脏细胞可分为19群,共10个细胞种类,占比较大的细胞分别为内皮细胞(39.46％)、心肌细胞(26.56％)和成纤维细胞(13.46％),合计占心脏细胞总数的79.48％.标记基因鉴定发现,内皮细胞前两位的特异性标记基因为Pecam1和Cdh5基因,心肌细胞的特异性标记基因为Actn2和Tnnc1基因,而成纤维细胞则为Col1a2和Col3al基因.结论:成年小鼠心脏主要由10种细胞构成,其在心脏的占比不同,血管内皮细胞、心肌细胞及成纤维细胞是位列前3位的构成细胞.每种构成细胞均存在相对特异的标记基因.
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