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【会议论文】于岚 第九届全国生物化工学术会议 2000年
【摘要】 代谢网络的计量矩阵是其进行定量分析的基础,而由网络人工得出并输入计量矩阵是一项烦琐而易出错的工作.因此本论文中基于Excel 2000VBA程序设计语言开发了软件,可根据用户设定的代谢反应网络由酶反应数据库和代谢物数据库自动生成计量矩阵.酶...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陶璐 岳训 《生物信息学》 2015年1期 47-53页ISTIC
【摘要】 依据拟南芥公开的代谢途径数据库，构建了基于酶与酶的拟南芥代谢网络模型。利用拟南芥花粉管与柱头互作过程中的转录组数据，挖掘出花粉管与柱头在互作过程中的特异表达基因，进一步将特异表达的酶基因匹配到已构建的拟南芥代谢网络中，根据网络拓扑模型中的节...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 操勇 郑浩然 《北京生物医学工程》 2014年33卷2期 139-143页ISTIC
【摘要】 目的 为提取出物种代谢网络具有的基本结构模块即基元模块,提出一种基于拓扑结构的发现代谢网络基元模块方法.方法 首先利用网络模块化方法将不同物种的代谢网络划分为模块集合,然后通过合并相似的模块以及分解较大的代表模块等操作,最终获得基元模块集合...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李贵生 郑浩然 《北京生物医学工程》 2013年32卷1期 47-52,57页ISTIC
【摘要】 目的 模块性和鲁棒性是微生物代谢网络的2个重要性质,但对于模块性和网络的结点度分布间的关系、网络鲁棒性和物种环境间的关系等问题仍不清楚.方法 基于KEGG的代谢数据库,构建了已有全基因组序列的1015种微生物代谢网络,利用现有方法计算了代谢...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 卫超 郑浩然 《北京生物医学工程》 2013年32卷3期 255-260页ISTIC
【摘要】 目的 基因组尺度的代谢网络重构提供了一种从系统层面深入观察生物体的方法,由此重构得到的网络是个体的“全基因组网络”.鉴于这种网络不能反映出不同环境条件下细胞内的动态变化过程,本文给出一种从基因芯片数据出发对生物体的实时“工作网络”进行重构的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈璟 丁彦蕊 等 《生命科学研究》 2011年15卷3期 189-194页ISTICCA
【摘要】 根据从KEGG数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络,通过不同的网络属性特征的比较,发现常温古细菌MAC的代谢网...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 柯涛 毛晗 等 《生物信息学》 2010年08卷2期 165-170,174页ISTIC
【摘要】 利用生物信息学方法,收集整理GenBank数据库中截至2008年5月收录的油料作物油菜、花生、芝麻、大豆、向日葵、蓖麻、亚麻、棕榈等八种油料作物的表达序列标签(EST)序列信息,共获得1,185,911条EST 序列,使用Crosmatch...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李恒 郑浩然 等 《北京生物医学工程》 2008年27卷6期 591-595页ISTIC
【摘要】 如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键.由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别.针对目前通用的酶鉴别算法识别率低、效率低的问...
【关键词】 代谢网络重构；Pathohgic算法；混合匹配算法；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 柴文平 薛卫 等 《食品与生物技术学报》 2014年33卷9期 957-965页
【摘要】 对基于KEGG在线数据库、Uniprot-MetaCyc数据库,以及同源比对3种构建基因组规模代谢网络模型的方法进行了自动化研究.同时提出了基于反应式字符频度直方图的马氏距离比对算法,并应用于模型整合和模型核心反应的识别.上述自动化方法的研...
- 概要：
- 方法：
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