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【中文期刊】 周婷婷 容健锋 等 《生物化学与生物物理进展》 2010年37卷1期 63-68页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利...
- 概要：
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【中文期刊】 赵言龙 郑浩然 《中国医学物理学杂志》 2023年40卷11期 1433-1440页ISTICCSCD
【摘要】 提出一种基于代谢分析的抑制SARS-CoV-2复制的药物靶点预测方法.使用5组基因表达综合数据库(GEO)的人类肺部组织细胞的转录组学数据,提取出SARS-CoV-2入侵宿主细胞后显著高表达的基因,进而重构出病毒入侵肺部组织细胞后的代谢网络...
【关键词】 SARS-CoV-2；药物靶点；代谢网络模型；
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【学位论文】 作者：张日钊 导师：刘浩 马红武 天津科技大学 生物学 生物工程（硕士） 2020年
【摘要】 基于约束的基因组尺度代谢网络模型是指导理性代谢途径设计、细胞表型预测等的重要工具。随着基因组数据以及生化反应数据的不断增长，基因组尺度代谢网络模型的规模以及复杂度不断增加，导致模型的分析变得原来越困难。因此，对代谢网络进行简化，得到一个方便...
- 概要：
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【学位论文】 作者：Labena Abraham Alemayehu 导师：Feng Biao Guo 电子科技大学 生物医学工程 Biomedical Engineering（博士） 2018年
【摘要】 生物网络包含细胞系统网络（例如代谢网络、信号转导网络、神经网络和调控网络）以及自然界中的捕食网络等，它们是生命系统的重要组件。多域物种全基因组数据量的暴增，高通量实验数据和计算机工具的发展使得构建一个精简生物网络成为可能，精简代谢网络的构建...
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【中文期刊】 鄢凯舟 梁智群 《中国抗生素杂志》 2014年39卷2期 81-84,97页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 目的 本文的目的即对头孢菌素C的发酵过程模型进行综述.方法 从Web of Knowledge,Elsevier等数据库中获得关于头孢菌素C发酵过程的动力学模型,代谢网络模型和神经网络模型的文章并仔细阅读.结果 通过对不同的模型进行比较,获...
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【中文期刊】 郑景辉 莫云秋 等 《世界科学技术-中医药现代化》 2014年7期 1614-1618页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的：探讨心血瘀阻证大鼠血浆代谢网络模型。方法：代谢通路分析采用KEGG数据库，代谢产物分子注释、相关的酶或转运蛋白及其相关性质分析采用HMDB数据库，代谢网络模型可视化采用metPA网络软件。结果：9个代谢产物参与了15条代谢通路，其中泛...
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【中文期刊】 韩增叶 田平芳 《生物技术通报》 2011年1期 76-82页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)提供了一个操作平台,即以基因组信息(GENES)和化学物质信息(LIGAND)为构建模块,通过代谢网络(PATHWAY)将基因组和生物系统联系起来,然...
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【学位论文】 作者：武敏 导师：马红武 天津大学 化学工程与技术 生物化工（硕士） 2013年
【摘要】 作为原核常用模式菌,大肠杆菌常被作为基因工程的对象加以利用。生物工作者经常对大肠杆菌进行基因改造和发酵培养,用来提高某一目标产物的产量,如各种氨基酸。随着后基因组时代和系统生物学的到来,基因工程也开始与系统生物学结合,促进了大肠杆菌基因改造...
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【学位论文】 作者：齐存森 导师：滕虎 大连理工大学 生物学 生物化学与分子生物学（硕士） 2011年
【摘要】 代谢工程20年来的发展表明,从基因组水平对其代谢网络进行建模与分析十分必要.如今随着系统生物学等相关学科的发展,虽然已经建立了87个基因组尺度代谢网络模型,但是每个模型的建立都很耗时耗力,而且对这些模型的更新同样是十分不便.分析原因主要是由...
【关键词】 K. pneumoniae 342 ； 代谢网络数据库 ；
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【会议论文】赵学明 第十届全国生物化工学术会议 2002年
【摘要】 基因组计划的开展,使我们积累了大量有关生物基因组的数据,本文在整体细胞水平上研究代谢网络及其调控机制,建立模型模拟其复杂的调控过程.
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【会议论文】于岚 第九届全国生物化工学术会议 2000年
【摘要】 代谢网络的计量矩阵是其进行定量分析的基础,而由网络人工得出并输入计量矩阵是一项烦琐而易出错的工作.因此本论文中基于Excel 2000VBA程序设计语言开发了软件,可根据用户设定的代谢反应网络由酶反应数据库和代谢物数据库自动生成计量矩阵.酶...
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【中文期刊】 陶璐 岳训 《生物信息学》 2015年1期 47-53页ISTIC
【摘要】 依据拟南芥公开的代谢途径数据库，构建了基于酶与酶的拟南芥代谢网络模型。利用拟南芥花粉管与柱头互作过程中的转录组数据，挖掘出花粉管与柱头在互作过程中的特异表达基因，进一步将特异表达的酶基因匹配到已构建的拟南芥代谢网络中，根据网络拓扑模型中的节...
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【中文期刊】 操勇 郑浩然 《北京生物医学工程》 2014年33卷2期 139-143页ISTIC
【摘要】 目的 为提取出物种代谢网络具有的基本结构模块即基元模块,提出一种基于拓扑结构的发现代谢网络基元模块方法.方法 首先利用网络模块化方法将不同物种的代谢网络划分为模块集合,然后通过合并相似的模块以及分解较大的代表模块等操作,最终获得基元模块集合...
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【中文期刊】 李贵生 郑浩然 《北京生物医学工程》 2013年32卷1期 47-52,57页ISTIC
【摘要】 目的 模块性和鲁棒性是微生物代谢网络的2个重要性质,但对于模块性和网络的结点度分布间的关系、网络鲁棒性和物种环境间的关系等问题仍不清楚.方法 基于KEGG的代谢数据库,构建了已有全基因组序列的1015种微生物代谢网络,利用现有方法计算了代谢...
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【中文期刊】 卫超 郑浩然 《北京生物医学工程》 2013年32卷3期 255-260页ISTIC
【摘要】 目的 基因组尺度的代谢网络重构提供了一种从系统层面深入观察生物体的方法,由此重构得到的网络是个体的“全基因组网络”.鉴于这种网络不能反映出不同环境条件下细胞内的动态变化过程,本文给出一种从基因芯片数据出发对生物体的实时“工作网络”进行重构的...
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【中文期刊】 陈璟 丁彦蕊 等 《生命科学研究》 2011年15卷3期 189-194页ISTICCA
【摘要】 根据从KEGG数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络,通过不同的网络属性特征的比较,发现常温古细菌MAC的代谢网...
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【中文期刊】 柯涛 毛晗 等 《生物信息学》 2010年08卷2期 165-170,174页ISTIC
【摘要】 利用生物信息学方法,收集整理GenBank数据库中截至2008年5月收录的油料作物油菜、花生、芝麻、大豆、向日葵、蓖麻、亚麻、棕榈等八种油料作物的表达序列标签(EST)序列信息,共获得1,185,911条EST 序列,使用Crosmatch...
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【中文期刊】 李恒 郑浩然 等 《北京生物医学工程》 2008年27卷6期 591-595页ISTIC
【摘要】 如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键.由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别.针对目前通用的酶鉴别算法识别率低、效率低的问...
【关键词】 代谢网络重构；Pathohgic算法；混合匹配算法；
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【中文期刊】 柴文平 薛卫 等 《食品与生物技术学报》 2014年33卷9期 957-965页
【摘要】 对基于KEGG在线数据库、Uniprot-MetaCyc数据库,以及同源比对3种构建基因组规模代谢网络模型的方法进行了自动化研究.同时提出了基于反应式字符频度直方图的马氏距离比对算法,并应用于模型整合和模型核心反应的识别.上述自动化方法的研...
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