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【中文期刊】 林明海 胡连信 等 《生物工程学报》 2025年41卷6期 2415-2431页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 小型城市湿地分布广泛,易受人类活动的影响,是重要的碳源和碳汇.微生物在碳循环中起重要驱动作用,但目前对小型城市湿地中原核生物多样性及其在固碳和碳代谢中的作用研究较少.为深入了解小型城市湿地中微生物驱动的碳循环过程,解析微生物群落和相关功能类...
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【中文期刊】 陈宜亭 张凤 等 《生物化学与生物物理进展》 2018年45卷1期 59-67页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 近期,从非编码RNA中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs),激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的研究兴趣,sORFs迅速成为当前重点研究领域.由于表达水平及丰度低、序列短等因素,对肽编码sORFs的有效研究方法及数据资源还很缺...
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【中文期刊】 向华 《微生物学通报》 2020年47卷11期 3491-3493页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 CRISPR-Cas系统是在原核微生物中广泛存在的抵抗病毒(或质粒)入侵的防御系统.基于CRISPR-Cas9系统发展的基因组编辑工具可以方便快捷地实现对生物体内基因组的精确编辑,如突变基因的修复、有益基因的强化和有害基因的删除等,已在生命...
【关键词】 原核微生物免疫系统；CRISPR-Cas；基因组编辑；
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【中文期刊】 刘开辉 张波 等 《微生物学报》 2018年58卷10期 1743-1753页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]揭示陕北花马盐湖沉积物原核微生物群落组成,并分析其潜在的耐盐功能基因.[方法]构建盐湖沉积物宏基因组16S rRNA文库和fosmid文库,利用Illumina HiSeq高通量测序及生物信息技术分析细菌古菌群落组成和耐盐菌株(5-...
- 概要：
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【中文期刊】 左光宏 郝柏林 《生物技术通报》 2015年11期 60-67页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 组分矢量构树（CVTree）方法是基于全基因组的、不用序列联配的物种亲缘关系研究方法。CVTree3是我们最新开发的CVTree网络服务器，它基于并行化的核心程序，以适应当前基因组数据的海量增加；它自动对比物种亲缘关系与分类系统，并在网页上...
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【中文期刊】 张成普 徐平 等 《生物工程学报》 2014年30卷7期 1026-1035页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 随着基因组测序技术的不断发展,大量微生物基因组序列可以在短时间内得以准确鉴定.为了进一步探究基因组的结构与功能,基于序列特征与同源特征的基因组注释算法广泛应用于新测序物种.然而受基因组测序质量以及算法本身准确性偏低等问题的影响,现有的基因组...
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【中文期刊】 毕胜男 于家峰 等 《生物物理学报》 2015年31卷3期 272-285页MEDLINEISTICCA
【摘要】 基于同义密码子偏好分析,对54个原核基因组大、小染色体及质粒中蛋白质编码基因的序列特征进行了对比分析.结果表明,大、小染色体中蛋白质编码基因的GC含量分布相近,质粒中蛋白质编码基因的GC含量分布与所在物种全基因组的GC含量差别较大.进一步的...
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【学位论文】 作者：刘孝珍 导师：张磊 沈锡辉 西北农林科技大学 生物学 微生物学（博士） 2023年
【摘要】 群体感应（QuorumSensing，QS）是一种普遍存在的细胞间信号传输机制，通过响应环境中的自诱导物（Autoinducers，AIs）的浓度变化调节多基因表达，从而改善微生物群体功能使其适应复杂的环境。自诱导因子-2（Autoindu...
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【学位论文】 作者：钱博文 导师：郭丽 南京邮电大学 生物学 生物信息学（硕士） 2021年
【摘要】 近年来，在基因组非编码区域发现的具有肽编码能力的小开放阅读框（Smallopenreadingframes,sORFs）引起了人们的极大关注。肽编码sORFs序列短（小于100个氨基酸）、表达水平低，过去的研究认为这些短ORFs不可能编码蛋...
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【学位论文】 作者：张亚东 导师：肖景发 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2020年
【摘要】 基因组测序技术的飞速发展，使得大量的原核生物基因组被测序和解析，这为探索物种间的演化机制和基因组动力学提供了丰富的数据基础。泛基因组分析不但在研究物种演化和物种鉴定、分类上发挥了重要的作用，在致病菌的防治和疫苗制备等方面也具有巨大的价值。目...
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【学位论文】 作者：刘青斌 导师：于家峰 山东师范大学 生物学 微生物学（硕士） 2016年
【摘要】 对原核生物基因组蛋白编码基因的预测工作已经持续了近30年。由于缺少内含子，人们一直以为原核生物基因预测相对简单，然而，越来越多的研究表明不同的基因预测算法得到的基因预测结果差别较大，造成预测结果假阳性和假阴性的不断积累，导致生物信息数据库中...
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【学位论文】 作者：计得伟 导师：张会雄 电子科技大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2016年
【摘要】 随着基因测序技术的飞速发展，我们获得的生物全基因组序列的数据是呈现爆发式增长的。对DNA序列进行分析，首先要进行基因识别的工作，传统的实验验证方法由于识别速度缓慢已经不能满足这一需求。因此，一系列相关的基因组预测工具应运而生，Prodiga...
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【学位论文】 作者：陈清利 导师：于家峰 曾强成 山东师范大学 生物学 微生物学（硕士） 2015年
【摘要】 随着高通量测序技术的发展，发现基因组中普遍存在重复基因现象。基因重复在导致基因数量增大的同时，也为基因突变和正向选择提供原材料，进而为生物体进化提供可能。所以，了解重复基因的生物学意义和进化机制显得尤为重要。目前，对真核基因组中的重复基因研...
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【学位论文】 作者：毕胜男 导师：于家峰 曹赞霞 山东师范大学 生物学 微生物学（硕士） 2015年
【摘要】 原核生物是一类由没有真正细胞核的细胞组成的单细胞或多细胞的低等生物，基因组大多较小，一般由一个单一的DN A分子组成，编码区在基因中所占比例很高，因此原核生物蛋白质编码基因成为原核生物基因组相关研究的重要载体。随着测序技术快速发展，基因组数...
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【会议论文】职晓阳 第四届全国微生物资源学术暨国家微生物资源平台运行服务研讨会 2012年
【摘要】 尽管莽草酸通路在生物合成和代谢研究方面一直受到广泛关注,但目前关于该通路的起源和分子进化的研究鲜有报道。为了揭示莽草酸通路相关蛋白的早期进化关系,本研究以隐马尔科夫(Hidden Markov Model)模型为基础结合新的生物信息学方法,...
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【会议论文】职晓阳 纪念中国微生物学会成立六十周年大会暨2012年中国微生物学会学术年会 2012年
【摘要】 为了揭示莽草酸通路相关蛋白的早期进化关系，以隐马尔科夫模型为基础结合新的生物信息学方法，对莽草酸通路在1294个原核生物基因组中的分布和系统发育关系进行了分析，结果发现该通路在原核生物的共同祖先还未产生细菌和古菌的分歧之前已经广泛存在，且起...
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【学位论文】 作者：禹海英 导师：胡松年 中国科学院研究生院 中国科学院大学 基础医学 基因组学（硕士） 2012年
【摘要】 随着新一代高通量测序技术的发展，原核生物基因组数据不断增长，而处理这些海量数据的难度也在增加。为了从如此庞大的生物学数据中快速而准确地挖掘出巨大的有价值的科学信息，大规模的、整体综合的自动分析流程就显得尤为重要。过去的几年里，已经有一些研究...
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【学位论文】 作者：雒应琴 导师：林魁 北京师范大学 生态学 生态学（博士） 2008年
【摘要】 原核生物通常缺乏可用于系统发育分析的表型特征如形态和行为等特征标记。随着越来越多的原核细菌基因组的完全测序，系统发育领域中基于基因组数据来推测原核生物间进化关系的需求也日益增长起来。相比单基因的方法，基于全基因组序列的新方法通常能够抓住更多...
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【中文期刊】 李娜 朱力 等 《生物技术通讯》 2009年20卷5期 699-702页ISTICCA
【摘要】 在原核生物基因组中,除了tRNA、rRNA和mRNA这3种我们很熟悉的RNA以外,目前已经知道还含有许多编码非常规调控的RNA.这些RNA的长度为50-400核苷酸,通常由原核生物的基因间区编码,但并不翻译成蛋白质,因此被称为非编码小RNA...
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【中文期刊】 首都医科大学附属北京友谊医院 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 等 《中国人兽共患病学报》 2025年41卷1期 1-7页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 支原体是一类不具有细胞壁的特殊原核微生物,在自然界中广泛分布,除肺炎支原体外,包含多种危害人类健康或对动植物致病的重要病原体.支原体的分类及命名历史非常复杂,一个菌种往往有数个名称,同时因为缺乏统一的中文译名原则,一个名称又有不同的译名,显...
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