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【中文期刊】 张彦位 杨玲 等 《食品工业科技》 2022年43卷15期 444-450页
【摘要】 乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌.近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用.基于乳酸菌的全基因组信息可以系统且全面地了解菌株的代...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 高聪 袁炜佳 等 《食品与生物技术学报》 2025年44卷7期 21-30页
【摘要】 [目的]构建并解析L-苹果酸高产菌株米曲霉(Aspergillus oryzae,A.oryzae)FMME-S-38的基因组规模代谢网络模型(GSMM).[方法]通过粗模型构建和模型精细优化2个步骤,构建L-苹果酸高产菌株米曲霉FMME-...
【关键词】 米曲霉FMME-S-38；基因组规模代谢网络模型；L-苹果酸；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 虞思倩 夏建业 等 《中国生物工程杂志》 2022年42卷1期 128-138页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 高通量组学技术为人们研究生命系统组件提供了细节数据,通过对基因组、转录组、蛋白质组及代谢组等不同生命层级间相互作用的研究,推动了生化反应网络的重建——基因组规模代谢网络模型(genome scale of metabolic network...
【关键词】 基因组规模代谢网络模型；热力学；约束分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李雪菲 郭超豪 等 《微生物学报》 2025年65卷10期 4374-4391页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]利用基因组尺度代谢网络模型指导大肠杆菌的遗传修饰,构建可积累丙酮酸的突变株.[方法]以基因组规模的代谢网络模型为指导,模拟大肠杆菌丙酮酸的积累过程,筛选代谢途径中的关键基因,并确定基因编辑策略.具体敲除乙酸激酶基因ackA、磷酸乙酰...
【关键词】 大肠杆菌；丙酮酸；基因组规模的代谢网络模型；
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 刘立明 刘婷 等 《生物加工过程》 2012年10卷6期 70-77页ISTICCABP
【摘要】 工业微生物是微生物制造的核心,而微生物制造过程中微生物的生产性能是提高微生物制造过程效率的关键.结合基于约束条件的优化算法的基因组规模代谢网络模型是全局规模上认识、调控和优化工业微生物生理功能的重要平台.本文在简述基因组规模代谢网络模型构建...
【关键词】 基因组规模代谢网络模型；基于约束的算法；工业微生物；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张晨阳 武耀康 等 《生物工程学报》 2021年37卷3期 860-873页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基因组规模代谢网络(Genome-scale metabolic network model,GSMM)是工业微生物菌株定向改造过程中一种极为重要的指导性工具,有助于研究者快速获取特定性状的工业微生物,因此越来越受到人们的关注.文中回顾了 ...
【关键词】 典型工业微生物；基因组规模代谢网络模型；模型构建；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 周静茹 刘鹏 等 《生物工程学报》 2021年37卷5期 1526-1540页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基因组规模代谢网络模型(Genome-scale metabolic network model,GSMM)正成为细胞代谢特性研究的重要工具,经过多年发展相关理论方法取得了诸多进展.近年来,在基础GSMM模型基础上,通过整合基因组、转录组、...
【关键词】 基因组规模代谢网络模型；多组学；热力学；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 孙伟康 张娟 等 《生物工程学报》 2020年36卷8期 1629-1639页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 随着后基因组时代的到来,工业微生物的代谢工程改造在工业生产上发挥着越来越重要的作用.而基因组规模代谢网络模型(Genome-scale metabolic model,GSMM)将生物体体内所有已知代谢信息进行整合,为全局理解生物体的代谢状...
【关键词】 乳酸乳球菌NZ9000；基因组规模代谢网络模型；模型验证；
- 概要：
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【中文期刊】 叶超 徐楠 等 《生物工程学报》 2019年35卷10期 1901-1913页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为了快速、高效地理解工业微生物胞内代谢特征,寻找潜在的代谢工程改造靶点,基因组规模代谢网络模型(GSMM)作为一种系统生物学工具越来越受到人们的关注.文中在回顾GSMM 20年发展历程的基础上,分析了当前GSMM的研究现状,总结了GSMM的...
【关键词】 微生物胞内代谢；生产性能；基因组规模代谢网络模型；
- 概要：
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【中文期刊】 隋雨菲 欧阳立明 等 《生物工程学报》 2016年32卷8期 1010-1025页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 黑曲霉作为重要的工业发酵菌株,被广泛用于多种有机酸和工业用酶的生产.随着组学技术的日益发展和成熟,黑曲霉的基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等组学数据不断增长,宣告着黑曲霉生物过程研究大数据时代的到来.从单一组学的数据分析、多组学的比较到以基...
- 概要：
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【中文期刊】 王雅丽 刘立明 等 《应用与环境生物学报》 2015年21卷6期 1065-1070页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 阿卡波糖是广泛应用的Ⅱ型糖尿病治疗药物.根据已经建立的基因组规模代谢网络模型iYLW1028,对Actinoplanes sp.SE50/110生产阿卡波糖的发酵进行模拟,弗根据模拟结果进行发酵优化.结果显示:根据模型iYLW1028模拟,...
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【中文期刊】 简星星 高琪 等 《微生物学通报》 2015年42卷9期 1752-1761页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 [目的]近十年来,基因组代谢网络模型迅速发展.通过构建基因组代谢网络模型进行计算机仿真模拟已成为研究生物体复杂的生理代谢不可或缺的工具.实现对仿真结果的可视化分析,可以直观地追踪模型中的代谢流向,从而更好地对仿真结果进行分析.[方法]在简要...
【关键词】 基因组规模代谢网络模型；解脂耶氏酵母；可视化；
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【中文期刊】 毕浩然 张洋 等 《化工学报》 2023年74卷1期 1-13页
【摘要】 微生物制造利用生物质和二氧化碳等可再生原料进行化学品的绿色生产,显示出了巨大的二氧化碳减排潜力,是促进实现"碳中和"目标的重要途径,其核心内容之一是高效微生物细胞工厂的设计与构建.综述了基于基因组规模代谢网络模型的代谢流分析和代谢途径预测研...
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【学位论文】 作者：张昕 导师：陈涛 马红武 天津大学 化学工程与技术 生物化工（硕士） 2020年
【摘要】 基因组规模代谢网络模型(GSMMs)是系统生物学研究中不可或缺的工具，它能够从系统角度全面考察与分析微生物细胞的代谢，搭建起从识别细胞基本组分到理解复杂生长表型的桥梁。Halomonassp.TD01是革兰氏阴性中度嗜盐菌，具对环境适应能力...
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【学位论文】 作者：郑媛嘉 导师：郭文峰 广州中医药大学 中西医结合 中西医结合基础（硕士） 2017年
【摘要】
目的：
将基因组规模代谢网络模型与代谢工程（重组大肠杆菌生产羟基-L-脯氨酸和葫芦巴碱）结合，对大肠杆菌模型进行相关途径修改后，对比不同分析方法的模拟效果，以及预测可行的基因敲除策略，并优化M9培养基培养大肠杆菌的条件和尝试重组葫...
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【学位论文】 作者：张宇 导师：温廷益 中国科学院大学 基础医学 遗传学（博士） 2017年
【摘要】 谷氨酸棒杆菌（Corynebacterium glutamicum），是重要的工业微生物之一，被广泛应用于氨基酸、有机酸、维生素和生物能源等的工业化生产。作为工业生产菌种，谷氨酸棒杆菌具有耐受高强度发酵的鲁棒性，环境适应性强等特点。该菌的基...
【关键词】 谷氨酸棒杆菌 ； 基因组规模代谢网络模型 ；
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【会议论文】鲁洪中 2016年工业生物过程优化与控制研讨会 2016年
【摘要】 高质量的基因组网络模型的构建是菌株设计和纵向组学整合的重要基础，大量组学数据的涌现为基因组网络模型的构建和升级提供了必要的基础条件.在2008年发表的黑曲霉基因组网络模型iMA871基础上，我们根据最新的黑曲霉基因组组学注释结果和生理学实验...
【关键词】 黑曲霉 ； 基因组规模代谢网络模型 ； 组学数据整合 ；
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【学位论文】 作者：梅婕 导师：吴剑荣 江南大学 化学工程与技术 发酵工程（硕士） 2015年
【摘要】 谷氨酸棒状杆菌是工业上常用的谷氨酸生产菌株,具有碳源利用范围广、高糖浓度耐受性等优势.然而谷氨酸棒状杆菌在谷氨酸生产中存在许多问题,如生物素浓度不易控制、对溶氧和p H水平要求严格等.因此,系统的了解谷氨酸棒状杆菌的生理特点和代谢能力对于进...
【关键词】 谷氨酸棒状杆菌S9114 ； 基因组规模代谢网络模型 ；
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【学位论文】 作者：刘婷 导师：史仲平 江南大学 化学工程与技术 发酵工程（硕士） 2013年
【摘要】 在能源和环境危机日益加剧的今天,国内外研究热点之一是获取高效的纤维素乙醇的生产菌株.作为天然的纤维素乙醇发酵菌株,树干毕赤酵母代谢具有碳源代谢范围广、乙醇得率高、代谢副产物少等优势.然而,树干毕赤酵母在实际乙醇生产过程中存在诸多问题,如底物...
【关键词】 树干毕赤酵母 ； 基因组规模代谢网络模型 ；
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【会议论文】刘婷 2012工业生物过程优化与控制研讨会 2012年
【摘要】 作为一种非传统型酵母，树干毕赤酵母(因其宽广的碳源代谢能力而成为纤维素乙醇的潜在生产菌.为了更好的从系统层次理解从www.uniprot.com数据库中下载已公布的S.stipitis全基因组序列，采用自行编写的基于Matlab的程序，通过...
【关键词】 树干毕赤酵母 ； 基因组规模代谢网络模型 ； 建模分析 ；
- 概要：
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