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          【中文期刊】 张宇航  薛振勇  等 《物理学报》 2023年72卷15期 293-300页

          【摘要】 不同结构类型的蛋白质的力学稳定性和去折叠动力学有显著的差异,其中全部由a螺旋构成的蛋白质通常在较小的拉力作用下就会发生快速去折叠,需要能够精准控制皮牛量级拉力的实验手段来进行定量研究.酰基辅酶A结合蛋白(ACBP)是一种研究全a螺旋结构蛋白...

          【关键词】 磁镊蛋白质折叠过渡态

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          【中文期刊】 史小红  《生物信息学》 2016年2期 112-116页ISTIC

          【摘要】 基于蛋白质二维HP模型提出改进的遗传算法对真实蛋白质进行计算机折叠模拟.结果显示疏水能量函数最小值的蛋白质构象对应含疏水核心的稳定结构,疏水作用在蛋白质折叠中起主要作用.研究表明二维HP模型在蛋白质折叠研究中是可行的和有效的并为进一步揭示蛋...

          【关键词】 蛋白质折叠模拟HP模型遗传算法

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          【中文期刊】 张天驰  张菁  《生物信息学》 2011年09卷2期 142-145页ISTIC

          【摘要】 蛋白质折叠过程模拟是当前蛋白质研究领域的一个难点问题.针对这一问题,提出了一个描述蛋白质折叠过程的算法一拟蛇算法,并且从分子振荡和分子动力学理论两个方面来证明该算法的核心函数是可行和正确的.经过实验总结出所有蛋白质空间结构都可以通过两种类型...

          【关键词】 蛋白质折叠模拟蛋白质结构分类分子振动

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          【中文期刊】 欧阳芳平  徐慧  等 《生物信息学》 2007年5卷4期 179-181页ISTIC

          【摘要】 简要综述了近年来蛋白质折叠机理的理论研究.首先回顾了蛋白质折叠理论的发展历程,然后对折叠中间体的研究现状作了较详细的介绍.同时,对折叠机理理论研究中的几种理论模型和模拟算法作了细致评述,分析了其现状和存在的问题.最后,总结和讨论了折叠机理理...

          【关键词】 蛋白质折叠能量漏斗折叠中间体

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          【中文期刊】 张麟  卢滇楠  等 《生物加工过程》 2006年4卷3期 38-43页ISTICCABP

          【摘要】 采用分子动力学方法和全原子模型研究尿素和水分子对模型蛋白S-肽链结构转化的影响.模拟结果显示S-肽链的变性速率常数k值随着尿素浓度的增加而先降低后升高,在尿素浓度为2.9 mol/L时达到最低值.模拟了不同尿素浓度下尿素-肽链、水-肽链以及...

          【关键词】 S-肽链分子动力学模拟尿素

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          【中文期刊】 苏计国  王韦卜  等 《北京工业大学学报》 2017年43卷12期 1818-1827页

          【摘要】 蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Go模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应...

          【关键词】 蛋白质折叠分子动力学模拟Go模型

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          【中文期刊】 赵立岭  窦相华  等 《德州学院学报(自然科学版)》 2005年21卷2期 36-39页

          【摘要】 蛋白质的去折叠有多条路径,而不是沿着一条特定的路径进行.利用分子动力学模拟技术,模拟蛋白质在高温下的去折叠过程,分析讨论了蛋白质折叠的多路径性.

          【关键词】 蛋白质折叠蛋白质去折叠分子动力学

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          【中文期刊】 李剑  王志珍  《生物化学与生物物理进展》 2001年28卷6期 788-792页SCIISTICPKUCSCDCABP

          【摘要】 所有的细胞中都存在着大量的蛋白质、核酸、多糖等各种生物大分子,它们大约占用细胞容积的20%~30%,总浓度高达80~200 g/L,因此任何一种大分子都处于一个充满其他大分子的拥挤环境中对源于排斥容积效应的拥挤理论分析表明它对所有大分子之间...

          【关键词】 细胞内大分子拥挤环境排斥容积效应蛋白质折叠

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          【学位论文】 作者:董淑衡 导师:段莉莉   山东师范大学   其他 物理学;原子与分子物理(硕士) 2021年

          【摘要】 超大型B细胞淋巴瘤蛋白(B-celllymphoma-extralarge,简称Bcl-xL)和B细胞淋巴瘤/白血病-2蛋白(B-celllymphoma/leukemia-2,简称Bcl-2)是Bcl-2蛋白家族中发挥抗凋亡作用的成员,它...

          【关键词】 分子动力学模拟相互作用熵方法

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          【学位论文】 作者:武静 导师:陈涛   西北大学   化学 高分子化学与物理(硕士) 2019年

          【摘要】 蛋白质分子正确折叠是行使其功能的先决条件,错误折叠会导致聚集,从而诱发严重的疾病,如阿尔茨海默病。研究蛋白质分子折叠驱动力、结构和动力学对阐明其折叠机制具有重要作用。另外,在一些生物大分子折叠过程中,关环现象普遍存在。本论文中,我们研究了非...

          【关键词】 蛋白质折叠生物大分子

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          【学位论文】 作者:彭丰斌 导师:殷志祥   魏彦杰   安徽理工大学   数学 应用数学(硕士) 2014年

          【摘要】 蛋白质工程是现代生物技术发展的前沿领域,其根本目的是要将天然存在的蛋白质按照人们的设想进行改造,或者根据需要设计出具有某种特殊功能的非天然的新蛋白质。而这种改造和设计的重要基础之一是蛋白质折叠结构预测和研究。蛋白质折叠结构的形状在很大程度上...

          【关键词】 蛋白质折叠模拟退火算法

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          【学位论文】 作者:李正辉 导师:江顺亮   南昌大学   计算机科学与技术 计算机技术(硕士) 2013年

          【摘要】 蛋白质折叠问题被列为“21世纪的生物物理学”的重要课题,它是分子生物学中心法则尚未解决的一个重大生物学问题。为了验证方毅教授提出的通过计算自由能来研究蛋白质折叠。目前的大部分研究都集中在折叠模型的建立,同源结构的启发式搜索等方面,虽然在蛋白...

          【关键词】 蛋白质折叠OPENGL技术

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          【学位论文】 作者:周睿 导师:肖奕   华中科技大学   物理学 理论物理(博士) 2011年

          【摘要】 蛋白质折叠问题一直以来都被视为生命科学领域一项悬而未决的重大问题。具体可以将研究方向细分为三类:1.蛋白质折叠的密码;2.折叠过程和机制;3.三级结构预测。在各种研究手段和方法中,分子模拟的方法为该问题在从分子层次揭示微观机制上取得了巨大成...

          【关键词】 联合残基模型蛋白质折叠

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          【学位论文】 作者:张静 导师:许佩军   辽宁师范大学   物理学 粒子物理与原子核物理(硕士) 2011年

          【摘要】 蛋白质折叠的研究是生命科学的前沿课题之一,近些年来除了常规方法和技术手段,利用计算机进行分子动力学模拟已经成为研究蛋白质折叠的一种重要研究手段。但是许多人们感兴趣的生物现象都发生在毫秒甚至更长的时间内,而对于较大的生物体系的全原子模拟时间却...

          【关键词】 刚体动力学模型丙氨酸

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          【学位论文】 作者:卢岩 导师:韦广红   P.Derreumaux   复旦大学   物理学 凝聚态物理(博士) 2011年

          【摘要】 蛋白质是组成生物体的主要成分之一。除了水,细胞总质量的50%以上都是蛋白质。生物体的一切功能都离不开蛋白质,而蛋白质的功能基本上由其结构决定。通常情况下,蛋白质是通过转移RNA作为模板合成并折叠的,但是蛋白质折叠会受到外界环境的影响而可能错...

          【关键词】 淀粉样短肽蛋白质折叠

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          【学位论文】 作者:冯建辉 导师:肖奕   华中科技大学   物理学 理论物理(博士) 2010年

          【摘要】 蛋白质的一级序列信息决定了其三维空间结构的形成。因此,研究序列与结构之间的关系有十分重大的意义,了解这些关系将加深我们对蛋白质结构形成机制的认识,为蛋白质分子结构的设计与预测奠定坚实基础,从而为解决各种与蛋白质错误折叠引起的疾病,如痴呆症、...

          【关键词】 数字倒序算法对称性检测

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          【学位论文】 作者:和二斌 导师:毛艳丽   河南大学   光学工程 光学(硕士) 2010年

          【摘要】 蛋白质折叠和去折叠机制是蛋白质研究的重要领域。蛋白质的正确折叠是体现生物功能的基础,也是生物学中最基本和最普遍的自组装模式。肽链在体内如何折叠主要取决于其一级结构和肽链所位于的细胞环境,一般来说,蛋白质能自发的折叠成具有特定空间结构和生物功...

          【关键词】 冷休克蛋白蛋白质折叠

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          【学位论文】 作者:陈宇 导师:吕强   苏州大学   计算机科学与技术 计算机技术(硕士) 2009年

          【摘要】 蛋白质的生物功能由其三维结构所决定,而蛋白质通过特定的折叠机制行成稳定的空间结构。当前生物科学领域一直在研究蛋白质序列与其空间结构的关系。蛋白质的折叠机制是当前生命科学探索的核心问题之一。特定条件下,蛋白质的去折叠过程可以看成是其折叠过程的...

          【关键词】 蛋白质折叠三维可视化

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          【学位论文】 作者:罗秀萍 导师:王吉华   山东师范大学   物理学 原子与分子物理(硕士) 2009年

          【摘要】 蛋白质折叠问题,即蛋白质是如何由结构简单的肽链折叠成为特定的三维空间结构的问题,是生命科学中非常重要的研究方向。在蛋白质的折叠过程中,有多种复杂的因素对它产生影响,包括溶剂的作用,温度的作用,酸碱度的作用,压强的作用等。很多原因可以使蛋白质...

          【关键词】 蛋白质折叠计算机模拟

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          【学位论文】 作者:刘夫锋 导师:孙彦   天津大学   化学工程与技术 生物化工(博士) 2008年

          【摘要】 本文以分子模拟在蛋白质分离和稳定性研究中的应用为核心,研究了蛋白质配基设计和蛋白质结构转换。 在蛋白质配基理性设计方面,研究了利用分子对接和分子动力学模拟方法设计蛋白质的短肽配基的方法,利用α-淀粉酶和组织型纤溶酶原活化因子(t-...

          【关键词】 肽配基设计分子模拟

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