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【学位论文】 作者：杨丽萍 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2024年
【摘要】 蛋白质和DNA/RNA复合物作为一种结构复杂的生物大分子，广泛地分布在自然界中，解析结构是研究其功能的基础，对研究许多重要的生物过程意义重大。目前，研究生物大分子结构的方法主要是核磁共振技术、X射线晶体技术以及冷冻电子显微技术（cryo-E...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：李正奕 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2024年
【摘要】 生物信息学领域的迅猛发展，在过去几十年里推动了DNA测序技术的革命性变革。从Sanger测序的初创时期到Illumina等第二代测序技术的高通量时代，我们目睹了基因组学领域取得的巨大进步。然而，随着现代科学探究对于长读长、实时测序以及更为全...
【关键词】 纳米孔测序 ； barcodes标记 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：李頔 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2024年
【摘要】 高通量测序技术的诞生为生物研究和医学领域带来了革新，其产生的大规模复杂的数据，为研究人员提供了更全面、更深入地理解生命过程和各种疾病的途径。随后，细胞分离技术的发展推动了单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的出现，使得生物研究得到进一...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：孟亚茹 导师：李国君 山东大学 统计学 统计学（硕士） 2023年
【摘要】 细胞是生物体结构和功能的基本单位，其可以执行并完成生物体的各种特定功能。单细胞RNA测序使研究人员能够研究单个细胞之间的异质性，并从转录组的角度发现和定义新的细胞亚型。随着测序技术不断发展，单细胞测序技术具有高深度与高通量的优势，同时还可以...
【关键词】 单细胞RNA测序数据集 ； 聚类分析 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：吴昊楠 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2023年
【摘要】 蛋白质通常通过与另外的一个或者多个蛋白质进行物理接触形成蛋白质-蛋白质复合物来发挥生物学功能。蛋白质-蛋白质相互作用在细胞系统中发挥了关键的作用,诸如转录、翻译和代谢调控。因此，蛋白质相互作用位点的鉴定对于理解各种生物学过程以及疾病发病的分...
【关键词】 图神经网络 ； 蛋白质-蛋白质相互作用 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：姚鸿彬 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2023年
【摘要】 随着生物技术的快速发展，生物信息数据呈现指数级的增长，对生物大数据的研究已无法依靠原始的观察手段，同时计算机科学和信息技术的迅猛发展，使得我们对于大数据的储存、分析和挖掘更加便捷。因此，一门新兴的综合利用数学、生物学、计算机科学和信息技术的...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者：祁俊海 导师：李国君 韩仁敏 山东大学 数学 金融数学与金融工程（硕士） 2022年
【摘要】 近年来，牛津纳米孔测序技术的应用极大的促进了生命科学的发展，测序的过程很容易被理解，一开始，DNA双链解开成单链，DNA单链通过“纳米孔”，DNA单分子停留在孔道，一些离子带来电流变化，不同的碱基(A，T，C，G)可以带来不同的电流变化。然...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者：刘翔宇 导师：李国君 Michael Zhang 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2021年
【摘要】 随着高通量测序技术的发展，大规模基因表达数据的积累速度越来越快。如何借助数学方法从海量的表达数据中挖掘有效信息成为了一个极大的挑战。表达数据中一个至关重要的信息就是基因表达的相关关系。它可以帮助我们实现对未知基因的功能注释，理解基因间的调控...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：梅清琳 导师：李国君 苏正昌 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2021年
【摘要】 随着细胞分离技术和高通量测序技术的发展及应用，使对单个细胞中的序列信息进行测序成为可能，大量以单细胞为分辨率的组学数据随之出现，包括转录组、基因组和蛋白质组等。这些不同形式的单细胞组学数据迅速积累，基于传统批量组学数据的分析方法已难以满足对...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者：于婷 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2020年
【摘要】 随着生物技术的迅猛发展，生物信息数据资源呈现出爆炸式增长的趋势，同时计算机技术与互联网技术日益提高，使得对于大数据的储存、处理及传输更为便捷，对于生物大数据的整合与数据挖掘成为生命科学研究中的重要组成部分。基于计算机科学、数学与生物学的一门...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：李阳 导师：李国君 苏正昌 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2019年
【摘要】 生物技术尤其是高通量测序技术的发展使得人们能够更加方便地获取海量的生物数据。然而生物数据的爆炸式增长给人们带来无限发展机遇的同时，也使人们深切地体会到大数据信息挖掘带来的巨大挑战。在这种形势下，生物信息学等交叉学科应运而生，并在生命科学领域...
【关键词】 ChIP-seq数据 ； 顺式调控模体 ；
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：邢飞 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2019年
【摘要】 生物信息学是一门融合生物学、应用数学、计算机科学以及信息学等学科的新兴交叉学科。在最近十几年里，伴随着测序技术的发展以及人类基因组计划的实施，产生了大量的生物基因组序列和蛋白质序列数据，为进一步地认识和研究生物信息学提供了大量的数据支持，在...
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【学位论文】 作者：穆增超 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2018年
【摘要】
随着测序技术的发展，各种生物数据库中的蛋白质序列数量呈爆炸式增长。这些新测定的蛋白质序列迫切需要我们开发新的算法来比较它们与已知蛋白家族序列的相似性，进而预测它们的结构和功能。
鉴于传统的序列比对算法自身存在的一些缺陷，目前，通过...
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【学位论文】 作者：齐恩凤 导师：李国君 山东大学 数学 应用数学（博士） 2018年
【摘要】 随着高通量技术在蛋白质组学中的应用，越来越多的蛋白质在被蛋白酶断裂之后，通过质谱鉴定出来。在这个过程中，需要预先对蛋白质组中的所有蛋白进行模拟酶切，如何选择合适的蛋白酶来对蛋白质进行裂解是非常重要的。用来酶切的蛋白酶要具有很强的特异性，这种...
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【学位论文】 作者：高勃 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2018年
【摘要】 癌症基因组图谱计划(TCGA)、国际癌症基因组联盟(ICGC)等大规模国际项目已经对数十种癌症类型的成千上万例癌症病人进行测序并生成了大量的癌症基因组数据。分析这些数据的非常重要的挑战问题是，如何有效区分与癌症发生发展密切相关的驱动突变和与...
- 概要：
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【学位论文】 作者：柳军涛 导师：李国君 刘丙强 Tao Jiang 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2017年
【摘要】 当今的生物技术快速发展，生物学大数据每天以爆炸式的速度增长，这无疑给生物学研究和发展带来前所未有的机遇，然而传统的生物学分析方法已经无法处理如此庞大的数据。生物信息学，作为一门新兴的交叉学科应运而生，它将数学，计算机科学，统计学等结合起来研...
- 概要：
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【学位论文】 作者：杨志枫 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2016年
【摘要】
生物信息学起步于20世纪90年代，是一门新兴的交叉学科.先进的测序技术使得各种生物的基因以及蛋白质序列被大量测出，为生物信息学的研究带来了方便，但与此同时，也产生了海量的生物学数据，为我们如何分析处理这些数据带来了挑战.
基因的表...
- 概要：
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【学位论文】 作者：于祥田 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2015年
【摘要】 随着生物信息的发展和多层次高通量组学数据的出现，生命科学研究进入了大数据时代，同时也面临着新的革命。生物分子层面的研究模式从单个分子扩展到多个分子以及它们之间的相互作用。计算系统生物学为挖掘生物大数据提供了数学理论基础与方法储备。尤其，网络...
- 概要：
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【学位论文】 作者：常征 导师：李国君 徐鹰 山东大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2014年
【摘要】 生物信息学是一门新兴的交叉学科，它利用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法来研究和解决生物学的问题。当前生物信息学所研究的问题主要集中在分子生物学领域，其中一个非常重要而又极具挑战性的问题就是转录组的从头拼接，即利用转录组的测序片段来拼接...
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【学位论文】 作者：孙剑阳 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2014年
【摘要】 随着试验技术突飞猛进的发展和单药品单靶点试验数据的快速累积，对复杂疾病采用复方药物治疗逐渐成为可能。本文设计出药物筛选前期工作中对药物进行有效组合的方法:首先，处理已有试验数据，将复方药物组合问题转化为图论中的覆盖问题，建立二分图模型;然后...
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