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【中文期刊】 樊宁丹 王敏  等 《临床精神医学杂志》 2024年34卷6期 425-429页 ISTICCA

【摘要】 目的:基于转录组水平探索抑郁症的病因学机制.方法:检测157例抑郁症患者及135名健康对照者的外周血转录组学数据.使用加权基因共表达网络分析,寻找与抑郁症相关的基因共表达模块,利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基...

【关键词】 抑郁症； 转录组学； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 曹家兴 张旺  等 《医学研究杂志》 2024年53卷1期 113-120页 ISTIC

【摘要】 目的 整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer,BLBC)的预后相关的核心基因.方法 首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块....

【关键词】 基底型乳腺癌； 加权基因共表达网络分析； 免疫浸润；

【中文期刊】 王曼曼 宁文华  等 《实用心脑肺血管病杂志》 2024年32卷5期 72-77,82页 ISTIC

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法探究葡萄糖代谢参与缺血性脑卒中(IS)的机制及其关键基因.方法 本实验时间为2022年11月—2023年6月.从GEO数据库GPL6883平台下载IS芯片数据集GSE16561,其...

【关键词】 缺血性卒中； 葡萄糖代谢； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 徐思洁 秦浩  等 《实用肝脏病杂志》 2024年27卷4期 599-602页 ISTICCA

【摘要】 目的 探讨肝细胞癌(HCC)发生进展过程中功能富集通路和关键基因表达.方法 从基因表达数据库(GEO)下载HBV感染不同阶段和正常对照肝脏转录组数据,构建基因网络并使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)将基因分类为不同的模块,对相关模块中...

【关键词】 肝细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 基因集富集分析；

【中文期刊】 付贺青 刘晶  等 《中西医结合心脑血管病杂志》 2024年22卷23期 4285-4292页 ISTIC

【摘要】 目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)对小鼠心脏转录组测序数据进行分析,筛选与心肌肥厚发生有关的基因和细胞信号通路.方法:通过主动脉弓缩窄法(TAC)构建心肌肥厚小鼠模型,在体外水平、解剖水平和病理水平对模型进行评价.对小鼠心肌组织...

【关键词】 病理性心肌肥厚； 环磷酸腺苷； Fam117b；

【中文期刊】 赵升 李文川  等 《新医学》 2024年55卷5期 321-327页 ISTICCA

【摘要】 目的 通过生物信息学分析,识别在糖尿病肾病(DN)进展中发挥重要作用的铁死亡相关基因,为DN的治疗提供新见解.方法 对RNA测序数据集GSE142025 进行DN差异表达基因(DEGs)的分析和筛选,并进行了基因本体论(GO)功能注释和基因...

【关键词】 糖尿病肾病； 加权基因共表达网络分析； 铁死亡；

【中文期刊】 舒佳玉 王欢  等 《现代肿瘤医学》 2024年32卷19期 3636-3642页 ISTICCA

【摘要】 目的:筛选口腔鳞状细胞癌(OSCC)中铁死亡相关新型生物标志物,并分析免疫细胞浸润情况.方法:从GEO数据库中下载OSCC数据集.利用R软件筛选差异表达基因(DEGs)并进行功能和通路富集分析,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探究基...

【关键词】 口腔鳞状细胞癌； 铁死亡； 差异表达基因；

【中文期刊】 申杨 段子博  等 《天津医科大学学报》 2024年30卷5期 391-398页 ISTIC

【摘要】 目的:利用生物信息学方法筛选外阴鳞状细胞癌(VSCC)的关键基因及分析免疫浸润特征.方法:从GEO数据库中下载VSCC相关基因表达数据,应用差异表达基因(DEGs)分析和加权基因共表达网络分析筛选出共同的DEGs,对DEGs进行富集分析.采...

【关键词】 外阴鳞状细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 差异表达基因；

【中文期刊】 谢琳玎 张远  等 《华东师范大学学报（自然科学版）》 2024年4期 100-110页

【摘要】 利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular ...

【关键词】 生物信息学； 加权基因共表达网络分析； 肝癌；

【中文期刊】 葛泳 吴泽童  等 《赣南医学院学报》 2024年44卷9期 873-879页

【摘要】 目的:通过分析非小细胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)的差异基因蛋白质互作网络和加权基因共表达网络,挖掘NSCLC潜在的生物标志物.方法:从公共数据库收集3套NSCLC的表达谱数据集为研究对象,首先利...

【关键词】 癌,非小细胞肺； 蛋白质互作网络； 加权共表达网络；

【中文期刊】 徐海鹏 姜雅亨  等 《中国现代医生》 2024年62卷18期 1-7,12页

【摘要】 目的 对青少年特发性脊柱侧凸(adolescent idiopathic scoliosis,AIS)患者间质干细胞的基因芯片数据进行生物信息学分析,探究AIS致病机制和治疗靶点.方法 从基因表达综合数据库(gene expression ...

【关键词】 青少年特发性脊柱侧凸； 加权基因共表达网络分析； 生物信息学；

【中文期刊】 林文杰 吴慧萍  《创伤与急诊电子杂志》 2024年12卷1期 40-52页

【摘要】 目的 本研究通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和多种机器学习方法识别脓毒症免疫抑制特征基因,并预测其靶向中药活性成分.方法 从美国国家生物技术信...

【关键词】 脓毒症； 免疫抑制； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 陈义凤 谭丽萍  等 《西南大学学报（自然科学版）》 2024年46卷8期 45-53页

【摘要】 目的 分析胎盘病因不明绒毛炎(Villitis of Unknown Etiology,VUE)可能的发病机制,筛选出在疾病中起关键作用的靶基因.方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载VUE...

【关键词】 胎盘病因不明绒毛炎； 加权基因共表达网络分析； 靶基因；

【中文期刊】 董海丽 王国胜  等 《上海医药》 2024年45卷19期 63-71页 CA

【摘要】 目的:运用生物信息学方法挖掘儿童呼吸道合胞病毒(RSV)的诊断标志物,为RSV的靶向治疗提供依据.方法:从GEO中获得RSV的基因表达数据集.运用差异表达分析、免疫浸润分析、WGCNA和LASSO确定RSV的关键生物标志物.同时,绘制ROC...

【关键词】 呼吸道合胞病毒； 诊断基因； 中性粒细胞；

【中文期刊】 李筱琳 隋欣  等 《中国现代医生》 2024年62卷28期 14-20页

【摘要】 目的 采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法筛选并鉴定阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)相关的衰老基因.方法 从GEO...

【关键词】 阿尔茨海默病； 加权基因共表达网络分析； 衰老基因；

【中文期刊】 佘细虹 曾智  等 《内科》 2024年19卷3期 302-307页

【摘要】 目的 应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合差异表达基因(DEG)分析法鉴定重度抑郁症(MDD)的关键基因.方法 从基因表达数据库中获取MDD患者和健康志愿者死后脑组织mRNA微阵列数据.应用WGCNA和DEG分析法筛选与MDD最显著...

【关键词】 重度抑郁症； 加权基因共表达网络分析； 生物标志物；

【中文期刊】 张平茜 何亚玲  等 《右江医学》 2024年52卷6期 481-490页

【摘要】 目的 通过基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法探索结直肠肝转移(CRCLM)潜在生物标志物,为CRCLM的分子机制研究提供基础.方法 从GEO数据库中收集两个CRCLM的微阵列数据集(GSE6988和GSE14297),鉴...

【关键词】 结直肠癌肝转移； 加权基因共表达网络分析； 机器学习算法；

【中文期刊】 杨新瑞 刘艳华  等 《包头医学院学报》 2024年40卷1期 30-35页 CA

【摘要】 目的:通过生物信息学的方法挖掘帕金森病(Parkinson's disease,PD)的关键基因,为PD提供新的诊断标志物及免疫细胞浸润特征.方法:从高通量基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库下载合并GS...

【关键词】 帕金森病； 加权共表达网络分析； 差异表达基因；

【中文期刊】 昝雨欣 丁妍  《数理医药学杂志》 2024年37卷3期 171-179页 CA

【摘要】 目的 采用肿瘤干性指数mRNAsi筛选喉癌相关基因,为喉癌相关研究提供新思路.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载喉癌mRNA表达谱,采用加权基因共表达网络分析(weighted ge...

【关键词】 喉癌； 肿瘤干细胞； 干性指数；

【中文期刊】 张志飞 唐雪颖  等 《畜牧兽医学报》 2024年55卷2期 528-539页

【摘要】 旨在运用加权基因共表达网络分析技术(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选出荷斯坦奶牛(Bos taurus)肝脏组织中与泌乳时期及繁殖力相关的基因.本研究采用GEO数据库...

【关键词】 荷斯坦奶牛； 肝脏； 泌乳；

【中文期刊】 张慧杰 曲洪美  等 《巴楚医学》 2024年7卷1期 44-49页

【摘要】 目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物.方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据.使用差异表...

【关键词】 子痫前期； 加权基因共表达网络分析； 生物标志物；

【中文期刊】 陈文佳 巩勋  等 《北京中医药大学学报》 2023年46卷5期 599-606页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 应用基因集富集分析(GSEA)和加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现类风湿关节炎(RA)肝肾亏虚证的候选生物标志物,并进行临床验证,探讨RA肝肾亏虚证的生物学基础.方法 临床收集RA肝肾亏虚证(3例)、7个非肝肾亏虚证(各3例)及...

【关键词】 类风湿关节炎； 肝肾亏虚证； 转录组学；

【中文期刊】 侯志娟 文普帅  《中国医科大学学报》 2023年52卷2期 126-131页 ISTICPKUCABP

【摘要】 目的 通过生物信息学方法探讨结直肠癌转移的分子机制,为结直肠癌转移提供潜在的治疗靶点.方法 从高通量基因表达数据库(GEO)下载GSE41568数据集,用Limma软件包筛选转移性和原发性结直肠癌的差异表达基因;通过加权基因共表达网络分析(...

【关键词】 结直肠癌； 转移； 差异表达基因；

【中文期刊】 董博清 李杨  等 《器官移植》 2023年14卷1期 83-92页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 鉴定肾移植术后排斥反应中巨噬细胞M1亚型表达的相关基因并构建风险模型预测移植肾存活.方法 在基因表达综合(GEO)数据库下载肾移植术后的GSE36059及GSE21374数据集.GSE36059包括发生排斥反应和稳定移植物的样本,使用...

【关键词】 肾移植； 排斥反应； 移植肾丢失；

【中文期刊】 孙玉敏 宋洁昕  等 《中国组织工程研究》 2023年27卷11期 1787-1795页 ISTICPKUCA

【摘要】 背景:用目前的免疫方法检测类风湿关节炎患者的传统血清标志物,仍有30％为阴性;近年发现的血清生物标志物对类风湿关节炎诊断的敏感性和特异性较低,不适于临床推广.目的:应用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析方法分析类风湿关节炎枢纽基因及其意...

【关键词】 关节炎； 类风湿； 滑膜；

【中文期刊】 吕娇 龚一富  等 《遗传》 2023年45卷3期 237-249页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是一种分析多个样本间基因表达模式的方法,可将表达模式相近的基因聚类并发掘与特定的性状或表型相关的关键基因.本研究采...

【关键词】 三角褐指藻； 岩藻黄素； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 王俊轶 鲁璐  等 《中国肺癌杂志》 2023年26卷9期 669-683页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 背景和目的 特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种原因不明的慢性、进行性、间质性肺疾病,确诊后中位生存期为3-5年.IPF与肺癌风险增加有关.因此,探索IPF和肺腺癌的关键共同致病基因和分...

【关键词】 肺肿瘤； 特发性肺纤维化； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 张峰煜 佘笠  等 《中南大学学报（医学版）》 2023年48卷8期 1136-1151页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:喉癌(laryngeal cancer,LC)是全球最常见的头颈部肿瘤之一,世界范围内的死亡率和发病率都很高.尽管付出了巨大的努力,但人们对喉癌发生恶性进展的机制仍然认识不足.本研究旨在通过深度生物信息学分析,寻找可作为喉癌生物标志物...

【关键词】 喉癌； 共表达模块； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 金祥  《实用口腔医学杂志》 2023年39卷6期 749-755页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:构建 1 个基因预后模型来预测头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者的预后.方法:利用R软件的加权基因共表达网络分析(WGCNA)和limma包分析来自GEO及ArrayExpress的HNSCC数据集,识别差异基因及共表达网络模块基因....

【关键词】 头颈部鳞状细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 预后模型；

【中文期刊】 黄子葵 李斐  等 《中国医学科学院学报》 2023年45卷4期 597-607页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证.方法 通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩图寻找共同...

【关键词】 鼻咽癌； 生物信息学分析； 基因表达综合数据库；