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            1. Determinants of Reactivity and Selectivity in Soluble Epoxide Hydrolase from Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Modeling

            【外文期刊】 Lonsdale, Richard ; Hoyle, Simon ; 等 《Biochemistry》 2012年51卷8期 1774-1786页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Reactivity; Selectivity; Mechanics;

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            2. Taming the Reactivity of Monoterpene Synthases To Guide Regioselective Product Hydroxylation

            【外文期刊】 Leferink, Nicole G. H. ; Ranaghan, Kara E. ; 等 《Chembiochem: A European journal of chemical biology》 2020年21卷7期 985-990页

            【关键词】 enzyme catalysis; molecular dynamics; protein engineering;

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            3. A potential interaction between the SARS-CoV-2 spike protein and nicotinic acetylcholine receptors

            【外文期刊】 Oliveira, A. Sofia F. ; Ibarra, Amaurys Avila ; 等 2021年120卷6期 983-993页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS; HUMAN ALPHA-4-BETA-2; AGONIST SELECTIVITY;

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            4. Identification of the Initial Steps in Signal Transduction in the alpha 4 beta 2 Nicotinic Receptor: Insights from Equilibrium and Nonequilibrium Simulations

            【外文期刊】 Oliveira, A. Sofia F. ; Shoemark, Deborah K. ; 等 《Structure》 2019年27卷7期 1171-+页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Designing better enzymes: Insights from directed evolution

            【外文期刊】 Bunzel, H. Adrian ; Anderson, J. L. Ross ; 等 《Current Opinion in Structural Biology》 2021年67卷 212-218页 SCISCIEMEDLINE

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            6. Science after Brexit: bright spots on the Horizon?

            【外文期刊】 Mulholland, Adrian J. ; Kamerlin, Shina Caroline Lynn ; 《EMBO reports》 2023年24卷6期

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            7. Molecular Basis of Class A beta-Lactamase Inhibition by Relebactam

            【外文期刊】 Tooke, Catherine L. ; Hinchliffe, Philip ; 等 《Antimicrobial agents and chemotherapy.》 2019年63卷10期 art. no. e00564-19-art. no. e00564-19页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 antibiotic resistance; avibactam; diazabicyclooctane;

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            8. In silico design of novel quinazoline-based compounds as potential Mycobacterium tuberculosis PknB inhibitors through 2D and 3D-QSAR, molecular dynamics simulations combined with pharmacokinetic predictions

            【外文期刊】 Hanwarinroj, Chayanin ; Thongdee, Paptawan ; 等 2022年115卷

            【关键词】 Tuberculosis; PknB inhibitors; HQSAR;

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            9. Multiscale Workflow for Modeling Ligand Complexes of Zinc Metalloproteins.

            【外文期刊】 Zongfan,Yang ; Rebecca M,Twidale ; 等 《Journal of chemical information and modeling》 2021年61卷11期 5658-5672页 SCIMEDLINECA

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            10. QM/MM modeling of compound I active species in cytochrome P450, cytochrome C peroxidase, and ascorbate peroxidase.

            【外文期刊】 Jeremy N,Harvey ; Christine M,Bathelt ; 等 《Journal of computational chemistry》 2006年27卷12期 1352-62页 SCIMEDLINECA

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            11. High-level QM/MM calculations support the concerted mechanism for Michael addition and covalent complex formation in thymidylate synthase.

            【外文期刊】 Nopporn,Kaiyawet ; Richard,Lonsdale ; 等 《Journal of chemical theory and computation》 2015年11卷2期 713-22页 SCIMEDLINECA

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            12. A Community Letter Regarding Sharing Biomolecular Simulation Data for COVID-19.

            【外文期刊】 Rommie E,Amaro ; Adrian J,Mulholland ; 《Journal of chemical information and modeling》 2020年60卷6期 2653-2656页 SCIMEDLINECA

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            13. Electronic structure benchmark calculations of CO2 fixing elementary chemical steps in RuBisCO using the projector-based embedding approach.

            【外文期刊】 Oscar A,Douglas-Gallardo ; Ian,Shepherd ; 等 《Journal of computational chemistry》 2020年41卷24期 2151-2157页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 American Chemical Society; LATE X;

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            14. Understanding the determinants of selectivity in drug metabolism through modeling of dextromethorphan oxidation by cytochrome P450. oa

            【外文期刊】 Julianna,Oláh ; Adrian J,Mulholland ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2011年108卷15期 6050-5页 SCIMEDLINECABP

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            15. QM/MM simulations as an assay for carbapenemase activity in class A β-lactamases.

            【外文期刊】 Ewa I,Chudyk ; Michael A L,Limb ; 等 《Chemical communications (Cambridge, England)》 2014年50卷94期 14736-9页 SCIMEDLINECA

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            16. The reaction mechanism of Zika virus NS2B/NS3 serine protease inhibition by dipeptidyl aldehyde: a QM/MM study.

            【外文期刊】 Bodee,Nutho ; Adrian J,Mulholland ; 等 《Physical chemistry chemical physics : PCCP》 2019年21卷27期 14945-14956页 SCIMEDLINECA

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            17. Taming the Reactivity of Monoterpene Synthases To Guide Regioselective Product Hydroxylation. oa

            【外文期刊】 Nicole G H,Leferink ; Kara E,Ranaghan ; 等 《Chembiochem : a European journal of chemical biology》 2020年21卷7期 985-990页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 enzyme catalysis; molecular dynamics; protein engineering;

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            18. Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Simulations Show Saccharide Distortion is Required for Reaction in Hen Egg-White Lysozyme.

            【外文期刊】 Michael A L,Limb ; Reynier,Suardíaz ; 等 《Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)》 2019年25卷3期 764-768页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 QM/MM; computational chemistry; enzyme catalysis;

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            19. Rapid decomposition and visualisation of protein-ligand binding free energies by residue and by water.

            【外文期刊】 Christopher J,Woods ; Maturos,Malaisree ; 等 《Faraday discussions》 2014年169卷 477-99页 SCIMEDLINECA

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            20. Sire: An interoperability engine for prototyping algorithms and exchanging information between molecular simulation programs.

            【外文期刊】 Christopher J,Woods ; Lester O,Hedges ; 等 《The Journal of chemical physics》 2024年160卷20期 SCIMEDLINECA

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            21. Dynamical responses predict a distal site that modulates activity in an antibiotic resistance enzyme. oa

            【外文期刊】 Michael,Beer ; Ana Sofia F,Oliveira ; 等 《Chemical science》 SCIMEDLINECA

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            22. Analysis of chorismate mutase catalysis by QM/MM modelling of enzyme-catalysed and uncatalysed reactions.

            【外文期刊】 Frederik,Claeyssens ; Kara E,Ranaghan ; 等 《Organic & biomolecular chemistry》 2011年9卷5期 1578-90页 SCIMEDLINECA

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            23. Science after Brexit: bright spots on the Horizon? oa

            【外文期刊】 Adrian J,Mulholland ; Shina Caroline Lynn,Kamerlin ; 《EMBO reports》 2023年24卷6期 e57409页 SCIMEDLINECABP

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            24. Bioisosteric Design Identifies Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis DNA Gyrase ATPase Activity.

            【外文期刊】 Bundit,Kamsri ; Bongkochawan,Pakamwong ; 等 《Journal of chemical information and modeling》 2023年63卷9期 2707-2718页 SCIMEDLINECA

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            25. Differential transition-state stabilization in enzyme catalysis: quantum chemical analysis of interactions in the chorismate mutase reaction and prediction of the optimal catalytic field.

            【外文期刊】 Borys,Szefczyk ; Adrian J,Mulholland ; 等 《Journal of the American Chemical Society》 2004年126卷49期 16148-59页 SCIMEDLINECABP

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            26. Hydrogen tunnelling in enzyme-catalysed H-transfer reactions: flavoprotein and quinoprotein systems. oa

            【外文期刊】 Michael J,Sutcliffe ; Laura,Masgrau ; 等 《Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences》 2006年361卷1472期 1375-86页 SCIMEDLINEBP

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            27. Identification of Potent DNA Gyrase Inhibitors Active against Mycobacterium tuberculosis.

            【外文期刊】 Bongkochawan,Pakamwong ; Paptawan,Thongdee ; 等 《Journal of chemical information and modeling》 2022年62卷7期 1680-1690页 SCIMEDLINECA

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            28. Simulations support the interaction of the SARS-CoV-2 spike protein with nicotinic acetylcholine receptors.

            【外文期刊】 A Sofia F,Oliveira ; Amaurys Avila,Ibarra ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            29. Exploring human-guided strategies for reaction network exploration: Interactive molecular dynamics in virtual reality as a tool for citizen scientists.

            【外文期刊】 Robin J,Shannon ; Helen M,Deeks ; 等 《The Journal of chemical physics》 2021年155卷15期 154106页 SCIMEDLINECA

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            30. Trends in predicted chemoselectivity of cytochrome P450 oxidation: B3LYP barrier heights for epoxidation and hydroxylation reactions.

            【外文期刊】 Patrik,Rydberg ; Richard,Lonsdale ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2014年52卷 30-5页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Aliphatic hydroxylation; B3LYP; Density functional theory;

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