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            1. Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation

            【外文期刊】 Trapnell, Cole ; Williams, Brian A. ; 等 《Nature biotechnology》 2010年28卷5期 511-515页

            【关键词】 cell differentiation; isoform switching; transcript discovery;

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            2. Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming

            【外文期刊】 Kim, Daniel H. ; Marinov, Georgi K. ; 等 《Cell stem cell》 2015年16卷1期 88-101页

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            3. Dynamics of microRNA expression during mouse prenatal development

            【外文期刊】 Rahmanian, Sorena ; Murad, Rabi ; 等 《Genome research》 2019年29卷11期 1900-1909页 SCISCIEMEDLINE

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            4. Pitfalls of Mapping High-Throughput Sequencing Data to Repetitive Sequences: Piwi's Genomic Targets Still Not Identified

            【外文期刊】 Marinov, Georgi K. ; Wang, Jie ; 等 《Developmental cell》 2015年32卷6期 765-771页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Cellerator: extending a computer algebra system to include biochemical arrows for signal transduction simulations.

            【外文期刊】 Bruce E,Shapiro ; Andre,Levchenko ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2003年19卷5期 677-8页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 NASA Discipline Cell Biology; NASA Program Fundamental Space Biology; Non-NASA Center;

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            6. The ENCODE Uniform Analysis Pipelines.

            【外文期刊】 Benjamin C,Hitz ; Lee,Jin-Wook ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

            【关键词】 NGS analysis; analysis pipelines; software;

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            7. Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming. oa

            【外文期刊】 Daniel H,Kim ; Georgi K,Marinov ; 等 《Cell stem cell》 2015年16卷1期 88-101页 SCIMEDLINECABP

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            8. Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation. oa

            【外文期刊】 Cole,Trapnell ; Brian A,Williams ; 等 《Nature biotechnology》 2010年28卷5期 511-5页 SCIMEDLINECABP

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            9. Reproducibility, fidelity, and discriminant validity of mRNA amplification for microarray analysis from primary hematopoietic cells. oa

            【外文期刊】 Liang,Li ; Joe,Roden ; 等 《The Journal of molecular diagnostics : JMD》 2005年7卷1期 48-56页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 NASA Discipline Cell Biology; Non-NASA Center;

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            10. Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto.

            【外文期刊】 Rebekah K,Loving ; Delaney K,Sullivan ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            11. Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Gene Expression Dynamics Leading to Lineage Commitment in Early T Cell Development.

            【外文期刊】 Wen,Zhou ; Mary A,Yui ; 等 《Cell systems》 2019年9卷4期 321-337.e9页

            【关键词】 RNA velocity; T cell development; clonal development assay;

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            12. The ENCODE4 long-read RNA-seq collection reveals distinct classes of transcript structure diversity.

            【外文期刊】 Fairlie,Reese ; Brian,Williams ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            13. Connectivity in the yeast cell cycle transcription network: inferences from neural networks. oa

            【外文期刊】 Christopher E,Hart ; Eric,Mjolsness ; 等 《PLoS computational biology》 2006年2卷12期 e169页 SCIMEDLINECABP

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            14. Genomic DNA as a general cohybridization standard for ratiometric microarrays.

            【外文期刊】 Brian A,Williams ; Richele M,Gwirtz ; 等 《Methods in enzymology》 2006年410卷 237-79页 MEDLINE

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            15. A human embryonic limb cell atlas resolved in space and time. oa

            【外文期刊】 Bao,Zhang ; Peng,He ; 等 《Nature》 2024年635卷8039期 668-678页 SCIMEDLINECABP

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            16. Systematic evaluation of factors influencing ChIP-seq fidelity. oa

            【外文期刊】 Yiwen,Chen ; Nicolas,Negre ; 等 《Nature methods》 2012年9卷6期 609-14页 SCIMEDLINECABP

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            17. Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification.

            【外文期刊】 Francisco J,Pardo-Palacios ; Dingjie,Wang ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            18. Dynamics of microRNA expression during mouse prenatal development. oa

            【外文期刊】 Sorena,Rahmanian ; Rabi,Murad ; 等 《Genome research》 2019年29卷11期 1900-1909页 SCIMEDLINECABP

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            19. Defining functional DNA elements in the human genome. oa

            【外文期刊】 Manolis,Kellis ; Barbara,Wold ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2014年111卷17期 6131-8页 SCIMEDLINECABP

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            20. Occupancy maps of 208 chromatin-associated proteins in one human cell type. oa

            【外文期刊】 E Christopher,Partridge ; Surya B,Chhetri ; 等 《Nature》 2020年583卷7818期 720-728页 SCIMEDLINECABP

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            21. Integrating and mining the chromatin landscape of cell-type specificity using self-organizing maps. oa

            【外文期刊】 Ali,Mortazavi ; Shirley,Pepke ; 等 《Genome research》 2013年23卷12期 2136-48页 SCIMEDLINECABP

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            22. Dissecting the regulatory activity and sequence content of loci with exceptional numbers of transcription factor associations. oa

            【外文期刊】 Ryne C,Ramaker ; Andrew A,Hardigan ; 等 《Genome research》 2020年30卷7期 939-950页 SCIMEDLINECABP

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            23. Microglia in the cerebral cortex in autism.

            【外文期刊】 Nicole A,Tetreault ; Atiya Y,Hakeem ; 等 《Journal of autism and developmental disorders》 2012年42卷12期 2569-84页 MEDLINEBP

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            24. Multigenome DNA sequence conservation identifies Hox cis-regulatory elements. oa

            【外文期刊】 Steven G,Kuntz ; Erich M,Schwarz ; 等 《Genome research》 2008年18卷12期 1955-68页 SCIMEDLINECABP

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            25. High resolution mapping of Twist to DNA in Drosophila embryos: Efficient functional analysis and evolutionary conservation. oa

            【外文期刊】 Anil,Ozdemir ; Katherine I,Fisher-Aylor ; 等 《Genome research》 2011年21卷4期 566-77页 SCIMEDLINECABP

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            26. Significance and statistical errors in the analysis of DNA microarray data. oa

            【外文期刊】 James P,Brody ; Brian A,Williams ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2002年99卷20期 12975-8页 SCIMEDLINECABP

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            27. Spatiometabolic stratification of Shewanella oneidensis biofilms. oa

            【外文期刊】 Tracy K,Teal ; Douglas P,Lies ; 等 《Applied and environmental microbiology》 2006年72卷11期 7324-30页 SCIMEDLINECABP

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            28. Transcription factor redundancy and tissue-specific regulation: evidence from functional and physical network connectivity. oa

            【外文期刊】 Steven G,Kuntz ; Brian A,Williams ; 等 《Genome research》 2012年22卷10期 1907-19页 SCIMEDLINECABP

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            29. Applicability of tandem affinity purification MudPIT to pathway proteomics in yeast.

            【外文期刊】 Johannes,Graumann ; Leslie A,Dunipace ; 等 《Molecular & cellular proteomics : MCP》 2004年3卷3期 226-37页 SCIMEDLINECABP

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            30. Reconstructing a metazoan genetic pathway with transcriptome-wide epistasis measurements. oa

            【外文期刊】 David,Angeles-Albores ; Carmie,Puckett Robinson ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2018年115卷13期 E2930-E2939页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 epistasis; gene expression; genetics;

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