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            1. MICAN-SQ: a sequential protein structure alignment program that is applicable to monomers and all types of oligomers

            【外文期刊】 Minami, Shintaro ; Sawada, Kengo ; 等 《Bioinformatics》 2018年34卷19期 3324-3331页 SCISCIEMEDLINE

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            2. In silico chaperonin-like cycle helps folding of proteins for structure prediction. oa

            【外文期刊】 Tadaomi,Furuta ; Yoshimi,Fujitsuka ; 等 《Biophysical journal》 2008年94卷7期 2558-65页 SCIMEDLINECABP

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            3. Importance of consensus region of multiple-ligand templates in a virtual screening method.

            【外文期刊】 Tatsuya,Okuno ; Koya,Kato ; 等 《Biophysics and physicobiology》 2016年13卷 149-156页

            【关键词】 computational speed; drug discovery; flexibility;

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            4. Folding energy landscape and network dynamics of small globular proteins. oa

            【外文期刊】 Naoto,Hori ; George,Chikenji ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2009年106卷1期 73-8页 SCIMEDLINECABP

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            5. Statistical Analysis of Walker-A Motif-Containing β-α-β Supersecondary Structures in the Protein Data Bank.

            【外文期刊】 Koya,Sakuma ; George,Chikenji ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2025年2870卷 79-93页

            【关键词】 Frustrations; Functional constraints; P-loop;

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            6. The register shift rules for βαβ-motifs for de novo protein design. oa

            【外文期刊】 Hiroto,Murata ; Hayao,Imakawa ; 等 《PloS one》 2021年16卷8期 e0256895页 SCIMEDLINECABP

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            7. VS-APPLE: A Virtual Screening Algorithm Using Promiscuous Protein-Ligand Complexes.

            【外文期刊】 Tatsuya,Okuno ; Koya,Kato ; 等 《Journal of chemical information and modeling》 2015年55卷6期 1108-19页 SCIMEDLINECA

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            8. Protein superfolds are characterised as frustration-free topologies: A case study of pure parallel β-sheet topologies. oa

            【外文期刊】 Hiroto,Murata ; Kazuma,Toko ; 等 《PLoS computational biology》 2024年20卷8期 e1012282页 SCIMEDLINECABP

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            9. An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes.

            【外文期刊】 Shuntaro,Chiba ; Takashi,Ishida ; 等 《Scientific reports》 2017年7卷1期 12038页

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            10. Rules for connectivity of secondary structure elements in protein: Two-layer αβ sandwiches. oa

            【外文期刊】 Shintaro,Minami ; George,Chikenji ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2017年26卷11期 2257-2267页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ECOD domains; cooperativity; ferredoxin;

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            11. How a spatial arrangement of secondary structure elements is dispersed in the universe of protein folds. oa

            【外文期刊】 Shintaro,Minami ; Kengo,Sawada ; 等 《PloS one》 2014年9卷9期 e107959页 SCIMEDLINECABP

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            12. Exploration of novel αβ-protein folds through de novo design. oa

            【外文期刊】 Shintaro,Minami ; Naohiro,Kobayashi ; 等 《Nature structural & molecular biology》 2023年30卷8期 1132-1140页 SCIMEDLINECABP

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            13. MICAN: a protein structure alignment algorithm that can handle Multiple-chains, Inverse alignments, C(α) only models, Alternative alignments, and Non-sequential alignments. oa

            【外文期刊】 Shintaro,Minami ; Kengo,Sawada ; 等 《BMC bioinformatics》 2013年14卷 24页 SCIMEDLINEBP

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            14. Cooperativity and modularity in protein folding.

            【外文期刊】 Masaki,Sasai ; George,Chikenji ; 等 《Biophysics and physicobiology》 2016年13卷 281-293页

            【关键词】 WSME model; energy landscape; statistical mechanics;

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            15. SimFold energy function for de novo protein structure prediction: consensus with Rosetta.

            【外文期刊】 Yoshimi,Fujitsuka ; George,Chikenji ; 等 《Proteins》 2006年62卷2期 381-98页 SCIMEDLINECABP

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            16. Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target.

            【外文期刊】 Shuntaro,Chiba ; Kazuyoshi,Ikeda ; 等 《Scientific reports》 2015年5卷 17209页

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            17. MICAN-SQ: a sequential protein structure alignment program that is applicable to monomers and all types of oligomers.

            【外文期刊】 Shintaro,Minami ; Kengo,Sawada ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2018年34卷19期 3324-3331页 SCIMEDLINECABP

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            18. Shaping up the protein folding funnel by local interaction: lesson from a structure prediction study. oa

            【外文期刊】 George,Chikenji ; Yoshimi,Fujitsuka ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2006年103卷9期 3141-6页 SCIMEDLINECABP

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            19. The Structural Rule Distinguishing a Superfold: A Case Study of Ferredoxin Fold and the Reverse Ferredoxin Fold. oa

            【外文期刊】 Takumi,Nishina ; Megumi,Nakajima ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2022年27卷11期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 minimum frustration; protein design; reverse fold;

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            20. Lattice protein design using Bayesian learning.

            【外文期刊】 Tomoei,Takahashi ; George,Chikenji ; 等 《Physical review. E》 2021年104卷1-1期 014404页

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            21. Roles of DNA looping in enhancer-blocking activity. oa

            【外文期刊】 Naoko,Tokuda ; Masaki,Sasai ; 等 《Biophysical journal》 2011年100卷1期 126-34页 SCIMEDLINECABP

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            22. Non-sequential protein structure alignment program MICAN and its applications

            【外文期刊】 Minami, Shintaro ; Chikenji, George ; 等 《Protein science :》 2015年24卷Suppl.1期 296-296页 SCISCIEMEDLINE

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