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【中文期刊】 陈超 陈天翔  等 《中国全科医学》 2024年27卷32期 4050-4059页 ISTICPKUCA

【摘要】 背景 肝细胞癌(HCC)是全球常见的癌症相关死亡的第三大原因,约占所有原发性肝癌病例的90%,其复发率和死亡率较高,目前发生的分子机制仍不清楚.目的 探索HCC潜在的分子机制,发掘新的生物标志物.方法 从TCGA数据库下载RNA-seq表达...

【关键词】 癌,肝细胞； 加权基因共表达网络分析； Hub基因；

【中文期刊】 姚瑞倩 喻东  等 《海军军医大学学报》 2024年45卷12期 1529-1539页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点.方法 从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本的RNA-seq数...

【关键词】 子痫前期； 生物标志物； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 刘景文 马秋玲  等 《世界中医药》 2024年19卷17期 2562-2571页 ISTICPKUCA

【摘要】 目的:探究中医药治疗急性淋巴细胞白血病(ALL)的作用机制,并用实验验证.方法:收集中医药治疗ALL文献的药物组成;利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、通用蛋白质(UniProt)数据库收集高频中药的成分及靶点,基因表达综合系...

【关键词】 急性淋巴细胞白血病； 中医药； 有效成分；

【中文期刊】 曹明亮 尹蜜  等 《实用妇产科杂志》 2024年40卷5期 409-413页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:探讨基于深度学习(DL)算法联合可视化技术梯度加权类激活热图(Grad-CAM)开发的宫腔镜子宫内膜病变诊断模型的有效性.方法:选择2021年6月1日至2022年12月31日在武汉大学人民医院妇科行宫腔镜检查的291例患者的303段宫...

【关键词】 宫腔镜； 子宫内膜癌； 卷积神经网络；

【中文期刊】 安沛兴 马晓红  等 《疑难病杂志》 2024年23卷10期 1239-1245页 ISTICCA

【摘要】 目的 通过构建临床预测模型探究在绝经后子宫内膜癌(EC)患者中发挥关键作用的基因并进行验证,评价其在预测EC患者生存预后中的应用价值.方法 选取2022年1月—2023年10月在西北妇女儿童医院妇产科就诊的EC患者45例,通过手术获得EC患...

【关键词】 子宫内膜癌,绝经后； 蛋白激酶D1； 生物信息学；

【中文期刊】 施露 张莲卿  等 《海军医学杂志》 2024年45卷12期 1270-1276页 ISTIC

【摘要】 目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法联合网络药理学方法及分子对接技术探讨艾迪注射液治疗肝细胞癌的分子机制.方法 应用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肝细胞癌组织样本和正常肝组织样本的蛋白表达数据,将蛋白质组数据整理成表达矩...

【关键词】 艾迪注射液； 加权基因共表达网络分析； 肝癌；

【中文期刊】 刘启伟 陈丽君  等 《安徽中医药大学学报》 2024年43卷6期 73-79页 ISTICCA

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探究脑络欣通治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)的作用及分子机制.方法 首先从GEO...

【关键词】 加权基因共表达网络分析； 脑络欣通； 缺血性脑卒中；

【中文期刊】 张昊军 李泓毅  等 《胃肠病学和肝病学杂志》 2024年33卷1期 40-47页 ISTICCA

【摘要】 目的 筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关生物标志物,从分子水平探讨 HCC 可能的发病机制,并预测对 HCC具有潜在治疗作用的候选药物.方法 下载 TCGA数据库和 GEO 数据库中 HCC 的...

【关键词】 肝细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 分子机制；

【中文期刊】 王昱琪 王姗姗  等 《现代中西医结合杂志》 2024年33卷10期 1356-1363页 ISTICCA

【摘要】 目的 基于蛋白质组学和复杂网络分析挖掘难治性高血压的潜在生物标志物,探索其关键生物通路.方法 招募2022 年1-12 月于山东中医药大学附属医院、济南市第五人民医院住院治疗的10 例难治性高血压患者作为高血压组,另外招募同时期10 例健康...

【关键词】 难治性高血压； 蛋白质组学； 磷脂酰肌醇3-激酶；

【中文期刊】 曹家兴 张旺  等 《医学研究杂志》 2024年53卷1期 113-120页 ISTIC

【摘要】 目的 整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer,BLBC)的预后相关的核心基因.方法 首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块....

【关键词】 基底型乳腺癌； 加权基因共表达网络分析； 免疫浸润；

【中文期刊】 张平茜 何亚玲  等 《右江医学》 2024年52卷6期 481-490页

【摘要】 目的 通过基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法探索结直肠肝转移(CRCLM)潜在生物标志物,为CRCLM的分子机制研究提供基础.方法 从GEO数据库中收集两个CRCLM的微阵列数据集(GSE6988和GSE14297),鉴...

【关键词】 结直肠癌肝转移； 加权基因共表达网络分析； 机器学习算法；

【中文期刊】 张慧杰 曲洪美  等 《巴楚医学》 2024年7卷1期 44-49页

【摘要】 目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物.方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据.使用差异表...

【关键词】 子痫前期； 加权基因共表达网络分析； 生物标志物；

【中文期刊】 董兰 赵升  等 《新医学》 2023年54卷6期 403-409页 ISTICCA

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别糖尿病肾病(DN)外周血中的关键基因,探讨DN的发病机制,为其发生、发展提供新的见解.方法 通过基因表达总库(GEO)下载数据集GSE142153 进行差异表达基因(DEGs)筛选,应用京都...

【关键词】 糖尿病肾病； 加权基因共表达网络分析； C-C趋化因子配体20；

【中文期刊】 匡思杰 成宏  等 《重庆医学》 2023年52卷9期 1399-1407页 MEDLINEISTICCA

【摘要】 目的 鉴定影响乳腺癌患者生存预后的肿瘤特征,探究酸敏感离子通道3(ACCN3)和过氧化物酶样蛋白(PXDNL)对乳腺癌细胞增殖、侵袭、迁移和患者生存预后的影响.方法 利用单样本基因富集分析(ssGSEA)和Cox回归分析评估不同肿瘤特征与乳...

【关键词】 乳腺癌； 加权基因共表达网络分析； 单样本基因富集分析；

【中文期刊】 何心勤 张霞  等 《现代妇产科进展》 2023年32卷12期 894-903页 ISTIC

【摘要】 目的:利用生物信息学方法研究探讨肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)相关基因在子宫内膜癌(EC)的发生发展,发现新的EC肿瘤生物标志物,构建新的EC风险模型.方法:从公共数据库中获得EC患者的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集.在EC肿瘤...

【关键词】 子宫内膜癌(EC)； 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)； 预后模型；

【中文期刊】 丁然 刘启伟  等 《安徽中医药大学学报》 2023年42卷5期 80-87页 ISTICCA

【摘要】 目的 通过生物信息学分析和整合药物代谢动力学数据进行多重药物靶点预测,探究小柴胡汤治疗三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)的作用机制.方法 基于药理学数据库获取小柴胡汤的活性成分与对应靶点;采...

【关键词】 三阴性乳腺癌； 加权基因共表达网络分析； 小柴胡汤；

【中文期刊】 郭依琳 王璐  等 《医学研究杂志》 2023年52卷8期 110-117页 ISTIC

【摘要】 目的 运用生物信息学方法筛选宫颈癌预后相关的分子标志物,为宫颈癌的预后预测提供依据.方法 从GEO、TCGA和GTEx数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应的临床数据.在GSE9750和GSE52903数据集中,通过WGCNA和LAS-SO两...

【关键词】 宫颈癌； 预后； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 刘迁 祁国萍  等 《吉林大学学报（医学版）》 2022年48卷3期 755-765页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:挖掘基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子.方法:采用TCGA数据库检索结肠癌中基因表达水平和临床特征数据,采用GEO数据库检索结肠癌和癌旁组织中...

【关键词】 结肠肿瘤； 核心基因； 预后因子；

【中文期刊】 钱晓芬 曾平  等 《中国组织工程研究》 2022年26卷33期 5342-5349页 ISTICPKUCA

【摘要】 背景:骨关节炎是一种常见的慢性退行性疾病,与年龄具有高度相关性,然而其具体的发病机制尚不明确,在早期诊断和治疗方面存在许多不足.目的:通过生物信息学方法筛选骨关节炎滑膜中的关键表达基因,为寻找诊断骨关节炎的生物标志物及阐明其潜在的发病机制奠...

【关键词】 骨关节炎； 滑膜组织； 差异表达基因；

【中文期刊】 覃韦丽 王嘉伟  等 《蛇志》 2023年35卷2期 177-184页

【摘要】 目的 应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨反复种植失败(RIF)胚胎种植窗口期关键生物学标志物以及子宫内膜局部免疫细胞浸润情况.方法 从 GEO 数据库中下载基因芯片数据,以 logFC≥1,P<0.05 为筛选条件;以GSE103...

【关键词】 反复种植失败； 加权基因共表达网络分析； 差异表达基因；

【中文期刊】 张会 王越越  等 《中国农业科技导报》 2023年25卷10期 22-34页

【摘要】 研究植物响应低温胁迫的分子基础及选育与种植耐冷作物品种对于保障粮食安全具有重要的现实意义,但目前谷子(Setaria italica)耐冷相关研究比较匮乏.为深入研究谷子苗期响应低温胁迫的分子机制,利用谷子33份不同发育阶段和不同冷处理时间...

【关键词】 谷子； 冷胁迫； 加权基因共表达网络；

【中文期刊】 孙倩 杨美子  等 《中国医药导报》 2022年19卷3期 18-23页 ISTICCA

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和分子对接研究干姜黄芩黄连人参汤干预胃腺癌的成分及靶点.方法 从中药系统药理学数据库与分析平台中筛选与药物相关的成分和靶点,构建药物-化合物-靶标相互作用网络.在TCGA数据库下载胃腺癌基因表达...

【关键词】 胃腺癌； 网络药理学； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 张泽鑫 余佳蓓  等 《山东医药》 2022年62卷5期 16-20页 ISTICCA

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络(WGCNA)分析复方红豆杉胶囊治疗肺腺癌(LUAD)的有效成分及作用机制.方法 使用TCMSP数据库、BATMAN数据库筛选复方红豆杉胶囊的活性成分及治疗靶点;使用TCGA数据库及GEO数据库对LUAD的表达谱...

【关键词】 加权基因共表达网络分析； 生物信息学； 复方红豆杉胶囊；

【中文期刊】 李佩婷 赵振丽  等 《作物学报》 2022年48卷7期 1583-1600,后插1-后插11页

【摘要】 干旱是制约甘蔗产业发展的重要因素之一.前人研究表明,斑茅具有良好的抗性基因,可以通过远缘杂交遗传给后代.本研究以斑茅与甘蔗杂交F1代无性系YCE96-40为材料,对苗期干旱处理0 h和24 h后的叶和根进行转录组测序分析,比较了根和叶在转录...

【关键词】 甘蔗； 抗旱性； 转录组；

【中文期刊】 韦仕洋 封意兰  等 《微创医学》 2022年17卷5期 577-582页

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络筛选影响子宫内膜癌发生发展的关键基因并分析其与预后的关系.方法 从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载包含子宫内膜癌组织和正常内膜组织样本数据集(GSE17025)的基因芯片表达数据.使用R 4.2....

【关键词】 子宫内膜癌； 加权基因共表达网络分析； 差异表达基因；

【中文期刊】 陈治宏 罗凤媛  等 《赣南医学院学报》 2022年42卷4期 375-381页

【摘要】 目的:基于全基因组基因表达数据,挖掘胆道闭锁(Biliary atresia,BA)潜在的分子亚型,并识别分子亚型相关的核心基因,进一步探究BA的发病机理.方法:基于样本内基因间相对表达秩次关系,分析BA基因表达谱数据集(GSE46960、...

【关键词】 胆道闭锁； 相对表达秩次关系； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 王万鹏 傅承宏  等 《中华消化杂志》 2019年39卷6期 390-396页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)对食管鳞状细胞癌(ESCC)发展相关基因进行筛选,并通过实验验证.方法 以基因芯片平台(GPL)570、GPL571、GPL96/97或GPL14613为基础,从基因表达数据库(GEO)中下载E...

【关键词】 计算生物学； 加权基因共表达网络分析； 食管鳞状细胞癌；

【中文期刊】 郭宁馨 张丽玲  等 《山西农业大学学报（自然科学版）》 2021年41卷5期 1-12页

【摘要】 [目的]二酰甘油酰基转移酶(Diacylglycerol acyltransferase,DGAT)是甘油三酯合成途径中的限速酶,对植物甘油三酯和脂肪酸的积累至关重要.[方法]本研究利用生物信息学方法对谷子DGAT基因家族进行了鉴定和分类,...

【关键词】 谷子； 二酰甘油酰基转移酶； 甘油三酯；

【中文期刊】 黄小燕 苏琪盛  等 《世界最新医学信息文摘（连续型电子期刊）》 2021年21卷26期 49-52页

【摘要】 目的 鉴定与子宫内膜癌(Uterine Corpus Endometrial Carcinoma,UCEC)中肿瘤干细胞干性相关的枢纽基因.方法 子宫内膜癌的转录组测序数据和临床信息均在公共数据库癌症基因图谱(TCGA)中获取.基于转录组测...

【关键词】 子宫内膜癌； 干细胞特征； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 李经蕾 侯炜  《癌变·畸变·突变》 2020年32卷6期 423-429页 ISTICCA

【摘要】 目的:利用生物信息学和网络药理学方法,对肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库进行分析,探究豆甾醇与肺鳞癌(LUSC)发生发展相关的调控网络及药物作用机制.方法:综合TCGA RNA-seq数据,利用R 4.0.2进行加权基因共表达网络分析(WG...

【关键词】 肺鳞癌； 加权基因共表达网络； 竞争性内源RNA；