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【中文期刊】 张利香 王智一 《甘肃联合大学学报（自然科学版）》 2010年24卷6期 50-55页
【摘要】 为了提高在海量的信息中进行多重复模式查找算法的效率,提出了算法Epattern_searcher.该算法运用过滤算法的思想而设计,同时又采用能节省空间占用的后缀数组来实现,从而提高了算法的运行速度.针对英文小说中高频词的查找问题,对算法进行...
- 概要：
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【中文期刊】 张利香 王素一 《佳木斯大学学报（自然科学版）》 2010年28卷5期 721-724,727页
【摘要】 要在海量的信息中进行多重复模式的查找,应用一般的查找方法所需O(n2)的复杂度.为了提高模式查找算法的效率,提出了算法Epattern_searcherH.该算法是采用能节省空间占用的后缀数组数据结构来实现,同时又运用过滤算法的思想而设计,...
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【学位论文】 作者：魏东军 导师：杨晓春 东北大学 计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2015年
【摘要】 随着基因测序技术的发展，人类每天可以获得大量的生物序列数据。生物信息学中的一个重要课题是对序列片段表现出的模式特征进行识别，通过比对和分析，挖掘隐藏在海量序列数据中的生物学信息，帮助解决生物、医疗等领域的难题。位置特异性得分矩阵作为生物序列...
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【学位论文】 作者：陈熹 导师：刘正春 中南大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2014年
【摘要】 随着人类基因组计划和一些生物全基因组序列测定的完成，微阵列技术飞速发展，基因芯片以其高通量、微型化和自动化等优点成为医学基因诊断的重要工具。芯片探针的设计和筛选是制备高质量基因芯片关键步骤之一。随着生物信息学技术与方法研究的不断深入，为探针...
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【学位论文】 作者：周文鹃 导师：刘自伟 西南科技大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2009年
【摘要】
生物信息学的主要任务是利用信息处理方法揭示海量生物学数据中蕴涵的生物学意义、探索生命活动的奥秘。生物基因组中存在大量的非编码区序列，这些序列中包含许多未知的生物功能或信息，对它的结构进行分析已成为生物信息学研究最重要的课题之一。
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【学位论文】 作者：王学 导师：霍红卫 西安电子科技大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2009年
【摘要】
最大唯一匹配在基因序列比对中有着重要的作用。它可以从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列，可在各种试验条件下从探测数据中决定物理和基因图存贮，可遍历和比较数据库中的DNA序列来判断两个或多个序列的相似性。
本文首先简单介绍...
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【中文期刊】 张欣 赵静 等 《高技术通讯》 2006年16卷10期 1051-1055页
【摘要】 提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软...
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【学位论文】 作者：赵玉豪 导师：霍红卫 张小宁 西安电子科技大学 计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2015年
【摘要】 对数据建立索引并提供检索功能是人们面对海量数据时的基本要求，在互联网时代尤为如此。在数据库中检索所需要的记录，在web信息中搜索符合自己要求的网页都需要对数据建立索引结构，对于法律文件，生物信息学中的DNA数据更需要支持全文匹配功能。索引结...
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【学位论文】 作者：苏小保 导师：刘立芳 西安电子科技大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2012年
【摘要】 随着生物信息学的发展，全基因组序列不断被测序，对于转录的研究变得越来越重要。转录因子，作为一种重要的转录调控元件，它与DNA序列的结合位点——转录因子结合位点的识别已经成为当前的研究热点。准确的预测、识别算法有助于人们识别转录因子的目标基因...
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【学位论文】 作者：林敏 导师：宁正元 福建农林大学 生物学 生物学;生物信息科学与技术（硕士） 2011年
【摘要】
新一代测序技术产生的序列片段普遍在35bp~75bp且数据量巨大,原来的序列比对和组装软件不适合这么短的序列,这就给序列比对和序列组装提出了新的挑战。本文主要探讨了新一代测序技术中的短序列比对和短序列组装算法。主要工作如下:
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【学位论文】 作者：孙伟东 导师：马宗民 东北大学 计算机科学与技术 计算机系统结构（博士） 2011年
【摘要】 目前新的高通量DNA测序技术能够在很短的时间内以较低的成本生成大量的序列数据，生物序列的数据量正以爆炸式的速度快速增长。与此同时，计算机处理器的频率已接近理论极限，这意味着现存的串行算法很难像以前一样依靠频率的提高获得性能提升。并行处理技术...
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【学位论文】 作者：黄影 导师：霍红卫 西安电子科技大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2009年
【摘要】
生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。如何快速而有效地对生物数据进行处理，从而发现蕴涵于其中的丰富生物知识，是生物信息学研究的重要内容。其中，生物序列的索引技术是目前的一个研究热点。
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【学位论文】 作者：董丽霞 导师：霍红卫 西安电子科技大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2009年
【摘要】 随着基因组被完全测序的物种数量的飞速增长，基因组比对成为新的发展趋势，基于后缀树查找最大唯一匹配的方法是进行基因组比对时普遍采用的方法。虽然其采用的基于后缀树的构造以及查找最大唯一匹配的算法的时间和空间复杂度都是线性的，但是空间花费较大。此...
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【学位论文】 作者：陈昌平 导师：刘自伟 西南科技大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2009年
【摘要】
随着人类基因组计划的顺利完成，生物信息学成为开启后基因组时代的“金钥匙”，其任务就是读懂人类基因组，这一研究的关键就是了解非编码区的信息结构。因此，分析非编码区信息结构是基因组分析的重要内容，已成为生物信息学研究的前沿课题。
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【学位论文】 作者：王镝 导师：王国仁 东北大学 计算机科学与技术 计算机系统结构（博士） 2006年
【摘要】 生物信息学是20世纪80年代末，随着人类基因组计划的不断发展，基因序列和蛋白质数据的急速增加，以及信息理论和计算机技术的不断发展而逐渐形成的。在过去的十几年中人类对生物信息学，特别是DNA和人类基因序列的研究取得了长足的发展。海量DNA序列...
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