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【中文期刊】 杨书彬 练晓梅 等 《生殖医学杂志》 2024年33卷2期 216-228页ISTICCA
【摘要】 目的 通过数据挖掘结合生物信息学技术,比较子宫腺肌病患者与正常人群的基因芯片数据库,查询差异基因,并分析差异基因参与的生物过程和潜在靶点,预测治疗子宫腺肌病的潜在药物.方法 利用基因表达数据库(GEO)筛选出GSE78851和GSE7307...
- 概要:
- 方法:
- 结论:
【中文期刊】 王一斌 程咏梅 等 《东南大学学报(自然科学版)》 2016年46卷2期 265-270页
【摘要】 为解决乳腺癌疾病模块挖掘方法中基因表达谱样本数量少、数据不完整、存在噪声和偏差的问题,提出了一种基于关键节点子团和局部适应度的候选疾病模块挖掘算法———KNGLF算法.该算法首先将候选基因与致病基因间的重叠相似性得分和功能相似性得分进行融合...
- 概要:
- 方法:
- 结论:
【中文期刊】 李豪丽 左晓宇 等 《中国医院统计》 2013年20卷2期 81-83,87页
【摘要】 目的 发展基于先验知识策略挖掘冠心病风险功能模块的网络分析方法.方法 通过蛋白-蛋白互作知识引导扩展冠心病风险基因,构建冠心病特异性基因网络.应用Newman谱算法分解网络获取其中的高度模块化的网络模块(子网),并对各模块进行网络拓扑性质评...
- 概要:
- 方法:
- 结论:
【中文期刊】 张绍武 王一斌 等 《生物化学与生物物理进展》 2015年42卷4期 375-389页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 前列腺癌病因及发病机理研究有助于前列腺癌预防和治疗.目前,前列腺癌生化试验研究方法成本高、耗时,而基于网络计算方法容易受基因表达谱数据不完整、噪声高及实验样本数量少等约束.为此,本文提出一种基于节点-模块置信度及局部模块度的双重约束算法(命...
- 概要:
- 方法:
- 结论:
- 概要:
- 方法:
- 结论:
【学位论文】 作者:梁碧婷 导师:张宏鸣 吴昊 西北农林科技大学 计算机科学与技术 计算机技术(硕士) 2023年
【摘要】 随着高通量测序技术的发展,海量多组学数据为致癌基因模块检测研究提供了丰富的数据资源。“疾病模块化理论”的提出进一步促使基于多组学数据融合和网络模型的致癌基因模块挖掘方法受到广泛关注。本研究以“基因表达失调”和“基因突变”这两个导致癌症发生和...
- 概要:
- 方法:
- 结论:
【学位论文】 作者:陈洨清 导师:朱云平 安徽医科大学 生物学 生物化学与分子生物学(硕士) 2023年
【摘要】
目的:
随着现代高通量组学测量平台的发展,基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多个生物学层面的组学数据不断积累,各种组学来源的数据极大地促进了复杂疾病的研究。模块鉴定方法是目前研究这些组学表达谱的最常用的方法之一,这类方法将基因划分...
- 概要:
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【学位论文】 作者:马毅 导师:郭杏莉 西安电子科技大学 计算机科学与技术 计算机科学与技术(硕士) 2021年
【摘要】 大量研究表明,在很多生物过程中,长非编码RNA(lncRNA)有着重要的功能,它们调控生物的生理过程,影响着细胞内稳态的各个方面,而这些lncRNA的变异或功能失调有可能导致一些复杂疾病的发生。lncRNA由于其在多种生物学过程中的关键作用...
- 概要:
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【学位论文】 作者:张轩 导师:刘长宁 中国科学院大学 生物学 植物学(博士) 2021年
【摘要】 小桐子(JatrophacurcasL.)又名麻风树、膏桐,多年生木本,属于大戟科重要的能源植物。其种子含油量高达40%,经压榨即可作为生产生物柴油的原料,是一种国际上公认的潜在化石燃料替代品。本文针对小桐子公共组学数据以及自产数据,提出了...
- 概要:
- 方法:
- 结论:
【学位论文】 作者:彭启迪 导师:刘博 哈尔滨工业大学 其他 网络空间安全(硕士) 2020年
【摘要】 eQTL分析旨在鉴定细胞或组织中影响一个或多个基因表达的遗传变异,是揭示遗传变异与基因表型之间关系的重要工具。目前对eQTL的研究大都是基于eQTL二部网络结构进行模块挖掘,以研究SNP与基因之间的多对多调控关系,并发现与生物过程显著相关的...
- 概要:
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- 结论:
【学位论文】 作者:车冬雪 导师:廖明帜 西北农林科技大学 生物学 生物信息学(硕士) 2018年
【摘要】
全世界范围内约有七分之一的夫妇经受不育症困扰,其中一半以上由男性生殖异常引起的。临床数据显示男性生殖障碍病因主要由精子发生过程中基因表达调控异常引起的。因此,揭示精子发生相关基因、阐明其分子机制,对男性不育症的诊断、治疗提供指导意义。
- 概要:
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【学位论文】 作者:崔晓青 导师:唐继军 天津大学 软件工程 软件工程(硕士) 2016年
【摘要】 人类大脑内部神经元之间的同步作用形成了结构和功能上非常复杂的脑神经网络,但是目前人脑功能和结构异常引起的疾病问题日益突出,常见的阿尔茨海默氏病(老年性痴呆),帕金森氏病(神经系统变性疾病),亨廷顿疾病(HD),孤独症(孤独性障碍)等几种脑精...
- 概要:
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- 结论:
【学位论文】 作者:郭政 导师:张田文 哈尔滨工业大学 计算机科学与技术 计算机应用技术(博士) 2005年
【摘要】 应用高通量基因芯片技术,使得我们可以从以往对单个基因的局部、片面性研究,上升到对整个基因组的全局、系统性的研究层面。基因表达谱数据挖掘面临检测数据高噪音、维数灾难、结果的生物学可解释性差等挑战。针对基因表达谱信息分析领域内实验条件相关的基因...
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【中文期刊】 陈应坚 廖苑君 等 《遗传》 2019年41卷2期 146-157页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 鼻咽癌和口腔鳞癌是两种在临床上高度相关的疾病,从分子层面系统性研究这两种疾病的相互关系却鲜见报道.本研究通过大规模的转录组数据分析识别鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块及其核心基因(一因多效模块和基因),以期阐明这两种疾病共享的分子机制.从GE...
- 概要:
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【中文期刊】 张驰 吕浩源 等 《中国组织工程研究》 2019年23卷27期 4280-4285页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:目前已有研究发现lncRNA GAS5激活了退变椎间盘髓核细胞(nucleus pulposus cels,NPC)内的线粒体凋亡通路,进而促进髓核细胞的凋亡.目的:探索有关椎间盘退变的ceRNA网络调控机制,寻找治疗椎间盘退变的潜在...
- 概要:
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【中文期刊】 肖仕全 王利 等 《重庆医科大学学报》 2019年44卷7期 878-884页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:前列腺癌是泌尿系统中发病率最高的肿瘤,番茄和其他含番茄红素的食物对预防前列腺癌和减缓其发展进程有效,但是番茄红素作用于前列腺癌的机制尚不明确.本研究利用生物信息学方法深入挖掘番茄红素作用于前列腺癌的潜在靶点,有利于进一步阐明其在前列腺...
【关键词】 前列腺癌;番茄红素;加权基因共表达网络分析;
- 概要:
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【中文期刊】 许逸聪 胡婉雪 等 《生命科学研究》 2020年24卷3期 214-221页ISTICCA
【摘要】 自闭症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)是一种具有高遗传性、临床异质性和生物复杂性的神经行为障碍类疾病.为挖掘ASD发生发展过程中的功能模块与核心基因,本文从自闭症谱系障碍疾病数据库获取ASD相关基因;利用...
【关键词】 自闭症谱系障碍(ASD);蛋白质互作网络;功能模块;
- 概要:
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【中文期刊】 张凡 林爱华 等 《遗传》 2013年35卷3期 333-342页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 基因多效性是癌症遗传机制中的普遍现象,但罕见系统性的分析.文章提出采用双聚类挖掘基因功能模块的新思路探索癌症的共享分子机制和不同癌症间的关系.获取20种癌症的基因表达数据,应用改良t检验和倍数法筛选出至少在两种癌症中差异表达的基因,得到10...
- 概要:
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【中文期刊】 华琳 周萍 等 《中国组织工程研究与临床康复》 2011年15卷35期 6615-6618页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:类风湿病是一种复杂的多基因遗传病,很多传统的遗传学方法难以分析高通量的类风湿病数据,从而挖掘出与疾病相关的遗传标记.目的:挖掘与类风湿病相关的基因功能模块及研究基因功能模块的拓扑性质.方法:对类风湿性病数据(WTCCC数据)先提取风险...
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【中文期刊】 朱恩谊 吴晓英 等 《岭南急诊医学杂志》 2019年24卷2期 136-140页
【摘要】 目的:从基因层面分析挖掘钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)的差异表达基因,为其提供新的治疗靶点.方法:基于GEO数据库,获取钙化主动脉瓣膜及非钙化主动脉瓣膜的表达谱数据,利用R软件筛选两者相关差异表达基因(DEGs).利用DAVID和KEGG数...
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【中文期刊】 邝浩发 胡艳玲 《蛇志》 2018年30卷2期 172-175页
【摘要】 目的 采用权重基因共表达网络分析方法 (WGCNA)挖掘不同前列腺特异抗原(PSA)水平下的前列腺癌发展枢纽基因.方法数据来自NCBI的GEO数据库中下载不同PSA水平下的前列腺癌全基因组表达数据集,经过数据预处理后,用WGCNA构建基因共...
【关键词】 权重基因共表达网络分析;前列腺癌;前列腺特异抗原;
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【中文期刊】 沈艳 刘战民 等 《生物信息学》 2010年8卷1期 16-19页ISTIC
【摘要】 基于Homin的基因共表达网络的比较分析,发现人类基因共表达网络和蛋白质相互作用数据之间存在一定的相关性.采用基因本体论对这两个网络重叠区域进行基因分类后发现,这些编码的蛋白质主要集中在对刺激物的应答途径之中.通过对该途径中的蛋白质相互作用...
- 概要:
- 方法:
- 结论:
【中文期刊】 强波 王正志 等 《生物医学工程研究》 2009年28卷4期 237-241页ISTIC
【摘要】 我们提出了一种新的肿瘤特征基因调控网络构建方法,首先用P-tree方法快速筛选肿瘤特征基因集;然后结合GO体系中对基因的注释信息与芯片数据信息对特征基因进行聚类;最后通过文献挖掘方法,以聚类获得的每个功能类中的基因为核心,建立肿瘤特征基因功...
- 概要:
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【中文期刊】 孔薇 张娜 等 《安徽大学学报(自然科学版)》 2015年1期 97-103页
【摘要】 整合阿尔茨海默症患者6个脑区的基因表达数据和蛋白质相互作用数据,较好地避免了基因表达数据高噪声、高变异等不足对构建基因调控网络精度和准确性的影响。考虑到脑部神经炎症是 AD 发病的重要原因之一,以及钙平衡失调可能是 AD 几个致病因素联系的...
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【中文期刊】 杨旭智 石建涛 等 《计算机应用与软件》 2009年26卷8期 10-13页
【摘要】 随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广.然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻的挑战.针对Ch...
【关键词】 ChIP-on-chip;并行计算;系统监控;
- 概要:
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【中文期刊】 张焕萍 王惠南 等 《东南大学学报(自然科学版)》 2009年39卷1期 151-155页
【摘要】 为了挖掘基因表达数据中的差异共表达致病基因模块,提出了基于互信息和最大团相结合的方法.互信息用于度量基因表达谱之间的相互关系,计算任意2条基因表达谱在2种不同样本中的互信息值,得到2个互信息矩阵M1和M2,选定2个阈值T1和T2(T1T2)...
- 概要:
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【中文期刊】 韦晓兰 《生物化学与生物物理进展》 2011年38卷4期 347-352页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 借助网络分析可对基因调控、蛋白质瓦作和信号转导等细胞活动进行全局和局部性质分析.以细胞黏附的蛋白质相互作用为对象,通过数据挖掘和可视化软件构建了整合蛋白介导的黏附分子互作网络,该分子互作网络由156种蛋白质通过690种相互作用相连,其平均节...
- 概要:
- 方法:
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【中文期刊】 李一 熊萱 等 《第二军医大学学报》 2019年40卷9期 1001-1009页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 利用公共数据库癌症基因组图谱(TCGA),通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘乳腺癌诊断年龄和肿瘤分期相关疾病靶标.方法 利用TCGA得到53例亚洲人种和126例非洲人种乳腺癌基因芯片表达数据及相应的临床指标,然后用R软件的W...
【关键词】 加权基因共表达网络分析;乳腺肿瘤;数据挖掘;
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【中文期刊】 潘倩 彭谨 等 《四川大学学报(医学版)》 2012年43卷4期 530-535页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 利用基因本体论(gene ontology,GO)方法结合计算机模式识别技术从基因芯片的海量数据中筛选出应答神经损伤的重要基因,并选择一种可能的关键基因Cd44对生物信息学结果进行验证.方法 利用MATLAB软件对基因芯片数据(GSE...
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【中文期刊】 杨丽萍 陈四清 等 《中华中医药杂志》 2011年26卷7期 1478-1481页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨家系虚寒证与非家系虚寒证在宏观证候及微观基因表达的异同.方法:利用Array Tools和FatiGO等生物信息学软件挖掘基因表达谱数据,获得差异基因、差异功能类及差异分子通路.结果:家系虚寒证和非家系虚寒证在宏观证候和临床表现上...
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