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【中文期刊】 邹晶 高磊 等 《中国生物医学工程学报》 2010年29卷2期 212-219页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 挖掘特征基因是分析基因表达谱的一项基础工作,但众多的特征基因挖掘方法所挖掘的特征基因集合并不完全一致.本研究试图从生物功能和样本分类能力两个方面,分析比较不同方法所挖掘的特征基因的功能一致性,并对RankGene中的八种不同特征基因挖掘方法...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 戴伟 张浩轩 等 《集成技术》 2025年14卷3期 87-101页
【摘要】 癌症是一种与基因密切相关的疾病,具有多种亚型,各亚型在遗传、表型和治疗反应上存在显著差异.准确的癌症亚型分类对个性化治疗至关重要,有助于提高治疗效果.然而,基于患者基因表达数据的癌症亚型分类方法在样本不均衡的情况下,往往难以有效区分稀有亚型...
- 概要：
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【学位论文】 作者：李珉导师：王树林 陈治平 湖南大学 计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2012年
【摘要】 基因芯片技术可以同时快速检测成千上万个基因的表达水平，但由于受采样成本的限制，由此获得的基因表达谱数据具有高维小样本的特点。基于基因表达谱，在分子水平上对肿瘤数据的分类具有重要的研究价值，然而，由于基因表达谱数据的“高维小样本”特性使得许多...
- 概要：
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【学位论文】 作者：杨昆导师：李建中 哈尔滨工业大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（博士） 2008年
【摘要】 基因表达水平是衡量基因功能活动的重要指标。基因表达的信息是理解基因功能和基因调控的潜在机制的一个重要线索。基因芯片（微阵列）具有在单一的实验中并行地检测任何细胞或组织类型中成千上万个基因的表达水平的能力，已经成为生物学和医学研究领域中常用的...
- 概要：
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【学位论文】 作者：李伍举导师：王升启 范明 中国人民解放军军事医学科学院 解放军军事医学科学院 生物学 生物化学与分子生物学（博士） 2003年
【摘要】 基于基因芯片技术,可以同时观察在某一生命现象中成千上万个基因的动态表达水平,使得人们能够在基因组水平上以系统的、全局的观念去研究生命现象及其本质;但是,通过基因芯片实验直接获得的是一个基因表达谱,其实际应用要通过对基因表达谱的生物信息学处理...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 秦喜文 王芮 等 《中国生物医学工程学报》 2022年41卷2期 177-185页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 乳腺癌基因数据的分类研究在临床医学上具有重要意义.针对基因数据的结构复杂、高维小样本等特点,提出一种最大相关最小条件冗余和深度级联森林结合的基因数据分类方法.选取博德基因研究所乳腺癌基因表达数据集,共98个数据作为样本,每个样本包含1 21...
- 概要：
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【中文期刊】 韩磊 黄瑞龙 等 《智慧健康》 2022年8卷17期 1-4页
【摘要】 肿瘤基因表达数据具有高维小样本、类别分布不平衡等特点,导致传统方法对其准确分类面临新的挑战.为此,本文提出一种基于Weka平台和代价敏感特征选择的基因表达数据分类方法.首先,对实验中所采用的6组肿瘤基因表达数据进行标准化预处理;然后,通过W...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 潘以红 范雪萌 等 《生物学杂志》 2019年36卷2期 22-27,40页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为了识别肺癌发展过程中的关键基因,揭示其发展的潜在机制,得到肺癌的预测模型,从GEO(Gene Ex-pression Omnibus)数据库下载了基因芯片GSE19188和GSE40791进行研究.首先对基因表达数据分析得到805个同趋势...
【关键词】 肺癌；差异表达基因(DEGs)；蛋白质交互(PPI)网络；
- 概要：
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【中文期刊】 王世祥 张飞 等 《中国生物医学工程学报》 2016年35卷3期 301-309页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 吸烟是导致肺癌的一个重要诱导因素,从全基因组基因甲基化水平出发,利用生物信息学方法,通过建立对当前吸烟/不吸烟样本的模式识别分类模型,识别甲基化特征基因,为揭示不吸烟肺癌患者的患病机理奠定基础.为避免甲基化微阵列数据超高维小样本、高噪声、高...
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【中文期刊】 刘亚杰 施心陵 等 《中国卫生统计》 2014年31卷3期 505-507,509页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 从分子生物学的角度对不同类别肿瘤样本基因表达数据进行准确和稳定分类,为肿瘤治疗路径的选择提供分型依据.方法 给出一种基于双层粒子群优化(TLPSO)算法的肿瘤基因表达样本分类模型,选取103个肿瘤基因表达样本,包括乳腺、前列腺、肺和结...
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【中文期刊】 王年 许鸿洋 等 《生物学杂志》 2014年31卷1期 82-86页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 针对局部线性嵌入算法(Local Linear Embedding,LLE)利用试凑法寻找近邻数耗时的缺陷性,提出一种增强的核局部线性嵌入算法 (Enhanced Kernel Local Linear Embedding,EKLLE)自动...
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【中文期刊】 李建更 李辉 《生物学杂志》 2011年28卷6期 58-61页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 肝癌是中国最常见的恶性肿瘤之一.基于肿瘤基因表达谱数据的分析与研究是当今研究的热点,对于癌症的早期诊断、治疗具有十分重要的意义.针对高维小样本基因表达谱数据所显现的变量间严重共线性、类别变量与预测变量的非线性关系,采用了基于样条变换的偏最小...
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【中文期刊】 李建更 李萍 等 《中国生物医学工程学报》 2009年28卷4期 554-560页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基于机器学习方法寻找和发现新的胃癌亚型分类的相关基因,可以为探讨胃癌发生的分子机制及其基因水平的诊断和治疗提供标志和依据.试验选用33例中国人的胃癌Oligo基因芯片数据,数据包括13例弥漫型胃癌样本、20例肠型胃癌样本,基因向量为21 3...
- 概要：
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【中文期刊】 单连峰 张惠丹 等 《中国医科大学学报》 2009年38卷7期 501-503页ISTICPKUCABP
【摘要】 目的 研究广义似然比检验(GLRT)与支持向量机(SVM)相结合的混合法在基因芯片表达数据分类研究中的应用效果.方法 结合 Golub研究的白血病基因表达数据,利用GLRT寻找白血病表达水平存在显著性差异的基因,再使用SVM对白血病进行分类...
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【中文期刊】 马猛 汝颖 等 《中国生物医学工程学报》 2009年28卷5期 707-712页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基于肿瘤基因表达数据,利用信息科学的方法和技术建立肿瘤预测分类模型,对肿瘤基因表达模式研究和肿瘤的诊断识别具有重要意义.本研究提出一种从肿瘤基因表达数据中直接挖掘分类规则建立肿瘤预测分类器的方法.该方法首先抽取实验样本集,分别找出标记肿瘤和...
- 概要：
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【中文期刊】 刘全金 李颖新 等 《中国生物医学工程学报》 2008年27卷5期 710-715页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基于肿瘤基因表达谱,提出了单隐层BP网络灵敏度分析法以有效选取肿瘤亚型分类特征基因.首先以Bhattacharyya距离为尺度滤除分类无关基因;然后从"功能基因组合"的角度出发,依据输入特征对BP网络输出的灵敏度生成候选特征基因子集;最后以...
- 概要：
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【中文期刊】 邱浪波 王广云 等 《中国生物医学工程学报》 2008年27卷1期 82-86页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基因芯片技术能够检测大量基因的表达水平,在肿瘤研究中得到日益广泛的应用.基于基因芯片表达谱的肿瘤分类诊断是肿瘤表达谱研究的一个热点.肿瘤表达谱分类是一个典型的高维度小样本分类问题,描述一个两步策略的分类方法.在测试的基因表达谱中存在大量的非...
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【中文期刊】 华琳 郑卫英 等 《生物工程学报》 2008年24卷9期 1643-1648页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 利用随机森林-通路分析法,通过袋外样本OOB的分类错误率筛选特征代谢通路,在特征通路上作基因表达相关性研究并对通路上的基因采用MAP(Mining attribute profile)算法挖掘不同实验条件下基因的共调控表达模式,对共调控表达...
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【中文期刊】 武振宇 李康 《中国卫生统计》 2007年24卷1期 8-11页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 探讨支持向量机在基因表达数据分类研究中的应用条件和效果.方法 使用支持向量机软件包,通过实际基因表达数据考核其应用效果,并通过模拟试验进一步验证和研究在含有大量无差异表达基因情况下对分类产生的影响.结果 对四种疾病的真实基因表达数据的...
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【中文期刊】 蔡斌 David Hogg 等 《中国肿瘤临床》 2007年34卷18期 1033-1035页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨不同分化级别人子宫內膜癌组织基因表达谱差异,寻找高危子宫内膜癌的基因表达谱.方法:利用基因芯片分析32例不同分化子宫內膜癌间差异表达基因,并对基因表达谱进行层次聚类分析.结果:按分化对所有样本分组,筛选出差异表达基因33个(P＜0...
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【中文期刊】 朱明珠 郭政 等 《中国生物医学工程学报》 2006年25卷2期 158-162,177页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段.但是许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果.针对此问题,本研究对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较,包括投票整合分类器和移动分类面等.在此基础上提...
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【中文期刊】 王海芸 李霞 等 《生物医学工程学杂志》 2005年22卷3期 505-509页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 利用基因表达谱数据借助于模式分类的方法识别癌症等疾病的类型及不同亚型是DNA芯片技术的一个应用方面.在这篇文章中,我们研究比较了在不同的特征基因选择方法的情况下,Fisher线性判别,Logit非线性判别,最小距离和K-最近邻四种模式分类方...
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【中文期刊】 李鹏 阮晓钢 《中国生物医学工程学报》 2005年24卷4期 397-402页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本研究基于自组织映射网络(SOM),分析多骨髓瘤基因表达数据,建立预测多骨髓瘤的自组织预测模型(SOPM).该模型使用相关分析法,分析原始数据集中的7129个基因对致病的影响程度,运用自组织映射网络通过自学习的过程,挖掘出25个重要基因,并...
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【中文期刊】 李霞 张田文 等 《中国生物医学工程学报》 2004年23卷1期 66-72页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基因芯片新兴生物技术为从分子水平上研究疾病的发病机理和临床疾病诊断提供了强有力的手段.其中特征基因选择是疾病模式识别诊断最重要的一个环节,但不同的特征基因选择方法往往影响疾病模式分类方法的效能.本研究针对这一问题,结合结肠癌基因表达谱数据分...
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【中文期刊】 李志文 蔡先发 等 《北京生物医学工程》 2014年33卷1期 47-51页ISTIC
【摘要】 目的 基因芯片技术对医学临床诊断、治疗、药物开发和筛选等技术的发展具有革命性的影响.针对高维医学数据降维困难及基因表达谱样本数据少、维度高、噪声大的特点,维数约减十分必要.基于主成分分析(principal component analys...
- 概要：
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【中文期刊】 孙远帅 陈垚 等 《生物信息学》 2013年11卷3期 161-166页ISTIC
【摘要】 基因芯片技术的发展为生物信息学带来了机遇,使在基因表达水平上进行癌症诊断成为可能.但基因芯片数据高维小样本的特征也使传统机器学习方法面临挑战.本文利用真实的基因表达数据,测试了目前主要的分类方法和降维方法在癌症诊断方面的效果,通过实验对比发...
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【中文期刊】 李凌波 张静 等 《生物信息学》 2013年11卷1期 72-78页ISTIC
【摘要】 基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取是发现肿瘤特异表达基因、探索肿瘤基因表达模式的重要手段.借助由基因表达谱获得的分类信息进行肿瘤诊断是当今生物信息学领域中的一个重要研究方向,有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤分子诊断方法.鉴于肿瘤基因...
- 概要：
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【中文期刊】 秦瑞斌 郑浩然 等 《北京生物医学工程》 2012年31卷6期 574-578页ISTIC
【摘要】 目的 针对小样本数据的错标记问题,本文在CL-stability算法的基础上提出一种加权的错标记样本识别算法(UCL-stability).方法 在UCL-stability算法中,根据样本标记翻转后数据所能选出的差异特征数目,定义了一个投...
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【中文期刊】 王蕊平 王年 等 《生物信息学》 2011年09卷2期 164-166,170页ISTIC
【摘要】 海量数据的存在是现代信息社会的一大特点,如何在成千上万的基因中有效地选出样本的分类特征对癌症的诊治具有重要意义.采用局部非负矩阵分解方法对癌症基因表达谱数据进行特征提取.首先对基因表达谱数据进行筛选,然后构造局部非负矩阵并对其进行分解得到维...
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【中文期刊】 蔡显圣 杜芳 《中国医疗设备》 2011年26卷4期 28-32页ISTIC
【摘要】 依据基因表达数据,利用计算机技术对其样本进行分类并找到在肿瘤组织中特异表达的基因,使之能够对疾病的治疗和生物医学研究起到有益的参考和借鉴作用.本文采用非负矩阵分解算法,对基因表达数据进行分析,然后对分解后得到的基矩阵中各集合基因进行比较,找...
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