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【中文期刊】 李伟 朱明玉 等 《世界科学技术-中医药现代化》 2025年27卷1期 36-55页 ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 使用混合组装技术对采集的5种黄精属植物叶绿体基因组进行组装,利用比较基因组方法分析其种内及种间差异,探究其密码子使用模式及影响因素,并解析黄精属的系统发育关系.方法 本研究使用Unicycler软件混合组装5种黄精属植物的叶绿体基因组...
【中文期刊】 修志莹 赵艳玲 等 《广西植物》 2024年44卷9期 1755-1771页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 牡荆属(Vitex L.)广布于热带和亚热带地区,多为乔木或灌木,包含众多具有药用价值、观赏价值和生态价值的植物.为了解牡荆属的叶绿体基因组特征、系统位置及种间关系,该研究从头组装、注释获得穗花牡荆(V.agnus-castus)的叶绿体基...
【中文期刊】 柯清林 上官宏斌 等 《微生物学杂志》 2024年44卷6期 78-84页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 淡紫灰链霉菌(Streptomyces lavendulae)BP39是一株具有广谱杀菌性能的生防菌.为探讨菌株BP39基因组密码子的偏好性,本研究基于菌株BP39的6356条编码序列,利用CodonW软件,计算其GC含量、有效密码子数(E...
【中文期刊】 黄琼林 谭靖怡 等 《福建农林大学学报（自然科学版）》 2024年53卷3期 323-331页
【摘要】 [目的]阐明药食两用植物五指毛桃的叶绿体基因组结构及其系统进化关系,为其资源利用和产品开发等研究提供基因组信息.[方法]采用高通量测序技术对五指毛桃叶绿体基因组测序,并借助生物信息工具和软件进行序列拼接、注释、比对和系统进化分析.[结果]五...
【中文期刊】 戴开宇 杨治风 等 《中国畜牧兽医》 2024年51卷1期 11-22页
【摘要】 [目的]探究Toll样受体5(TLR5)基因的密码子使用模式,并分析TLR5基因密码子使用偏好性的影响因素.[方法]综合运用CodonW、BioEdit和R等软件对筛选的15个不同物种TLR5基因完整编码区(CDS)序列核苷酸组成和密码子使...
【中文期刊】 韩霜 余静雅 等 《西北植物学报》 2023年43卷10期 1629-1639页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 喉毛花属植物是藏茵陈入药基原植物之一,其属下物种关系一直存在争议.为建立稳定的喉毛花属下系统发育关系,本研究为重建喉毛花属下系统发育关系,通过对皱边喉毛花及其4个近缘种进行Illumina二代测序,共获得12个叶绿体基因组,并分析其结构特征...
【中文期刊】 李子菲 苏应娟 等 《热带亚热带植物学报》 2023年31卷4期 541-548页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 ycf94基因是近年来在叶绿体基因组中新发现的一个基因,在蕨类植物中表现高度保守.该研究共选取94种蕨类植物,在系统发育背景下,对ycf94基因的结构特征、密码子偏好性、进化速率和适应性进化进行分析.结果表明,ycf94基因的密码子偏好性较...
【中文期刊】 毛积鹏 黄林旺 等 《生物学杂志》 2022年39卷2期 23-28页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为了解DXS基因的系统发育、密码子偏好性和分子进化等特性,选取44个代表性物种的DXS基因序列进行分析.结果表明:DXS基因家族具有较高的保守性,序列间的平均遗传距离为0.243;DXS基因的分化时间先于对应的物种分化,DXS基因树和对应物...
【中文期刊】 夏铭泽 张发起 等 《植物研究》 2022年42卷4期 626-636页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 叶绿体基因组序列变异和基因组成等特征可有效反映植物类群间的系统发育和进化关系.本研究利用Illumina高通量测序平台对梅花草属(Parnassia)及其近缘属5种植物的叶绿体基因组进行测序和组装,同时基于已发表的近缘种叶绿体基因组信息,对...
【中文期刊】 张扬 孙曙光 等 《河南农业科学》 2022年51卷10期 114-124页
【摘要】 为了分析栽培莴苣Lactuca sativa'Salinas'和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程.结...
【中文期刊】 楚志刚 田云芳 《浙江农业学报》 2022年34卷8期 1679-1691页
【摘要】 为了初步探究蕙兰磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding proteins,PEBP)基因的特征与功能,以蕙兰花蕾期叶片为材料,利用反转录PCR(RT-PCR)结合cDNA末端快速扩增(RAC...
【中文期刊】 秦政 郑永杰 等 《广西植物》 2018年38卷10期 1346-1355页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为分析樟树(Cinnamomum camphora)叶绿体基因组密码子偏好性使用模式,该研究利用CodonW、EMBOSS、R语言等软件和程序,对53条樟树叶绿体基因组密码子使用模式及偏好性进行了系统分析.结果表明:樟树叶绿体基因的有效密码...
【中文期刊】 郝豆豆 张勇群 等 《中成药》 2018年40卷7期 1551-1557页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 分析苞叶雪莲、砂生槐、西藏大戟、拉萨小檗、桃儿七、樱草杜鹃、大花黄牡丹、总状绿绒蒿、拉萨蒲公英、藏橐吾10种藏药材的ccmFN基因片段密码子偏好性.方法 运用Codon软件对ccmFN基因部分片段密码子组成、密码子使用性各参数和同义密...
【中文期刊】 续晨 蔡小宁 等 《西北植物学报》 2012年32卷2期 409-415页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 根据完整基因组序列,运用多元统计分析和对应分析的方法,探讨了葡萄全基因组序列密码子的使用模式和影响密码子使用的各种可能因素.结果显示:葡萄密码子偏好性主要受到碱基差异(r=0.925)和自然选择(r=0.193)共同作用的影响,突变压力占了...
【中文期刊】 荣正普 王杰敏 等 《中草药》 2025年56卷1期 269-281页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 为探究黄芩属药用植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及其影响因素,为黄芩属药用植物遗传育种、资源保护等研究提供理论依据.方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中下载了16种黄芩属药用植物的叶绿体基因组,使用Codon W 1...
【中文期刊】 金雏凤 查向东 等 《生物学杂志》 2007年24卷5期 20-24页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 以类凝血酶的RT-PCR产物为模板,PCR扩增出其cDNA片断克隆尖吻蝮的毒液类凝血酶cDNA,分析其密码子运用的特点.用软件进行多序列比对并分析.克隆出多个尖吻蝮毒液类凝血酶的cDNA,得到其基因密码子运用的有关数据.结果表明尖吻蝮毒液类...
【中文期刊】 王侃 刘次全 等 《微生物学报》 2006年46卷6期 895-899页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 从GenBank获得大肠杆菌K-12 MG1655株的全基因组序列,计算了与基因密码子偏好性相关的多个参数(Nc、CAI、GC、GC3s),对其mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性之间的关系进行了统计学分析,发现虽然翻译效率(...
【中文期刊】 张静 陈翠英 等 《中国动物检疫》 2019年36卷8期 100-103页
【摘要】 B2L蛋白是羊口疮病毒(ORFV)的主要囊膜蛋白,为重要保护性抗原之一,可刺激机体产生强烈的抗体反应.本研究对B2L基因运用Visual Gene Developer生物信息学软件,分析其在大肠杆菌、毕赤酵母、昆虫杆状病毒表达系统中的密码子...
【中文期刊】 徐利娟 钟金城 等 《生物信息学》 2010年08卷2期 175-179,186页 ISTIC
【摘要】 流行性感冒病毒是一种造成人类及动物患流行性感冒的RNA病毒,它造成急性上呼吸道感染,并由空气迅速传播,在世界各地常有周期性的大流行.根据该病毒的基因组CDS序列,探讨了基因组序列密码子的使用模式和特性,并进行了病毒间的聚类分析.结果表明:流...
【中文期刊】 姜艳 张全星 等 《陕西师范大学学报（自然科学版）》 2016年44卷4期 77-82页
【摘要】 利用Mobyle在线工具的 CUSP 程序以及CodonW、Cluster3．0软件对NCBI数据库中16种小鲵科动物的细胞色素b（Cytochrome b，Cytb）基因密码子偏好性进行了分析，并探讨密码子偏好性对系统发育分析的影响。结果...
【中文期刊】 徐利娟 钟金城 等 《西北农业学报》 2010年19卷6期 13-17页
【摘要】 对牦牛线粒体DNA(mtDNA)编码蛋白质的基因序列进行分析,探讨基因序列密码子的使用模式和特性,并根据基因序列和密码子的偏好性对牦牛与其他物种间的进化关系进行聚类分析.结果表明,牦牛mtDNA编码蛋白质的基因偏爱使用碱基A以及以A结尾的密...
【中文期刊】 赵静静 齐斌 等 《食品与生物技术学报》 2010年29卷5期 755-764页
【摘要】 分别计算了F/10和G/11木聚糖酶家族的同义密码子的相对使用度和拟相对使用度,即RSCU和QRSCU. 通过分析和比较得到, 基于拟氨基酸基因编码方法能更明显的展示出密码子家族中对同义密码子的一致偏好性. 也就是说, 基于拟氨基酸基因编码...
【中文期刊】 赵薇 陈必链 等 《热带海洋学报》 2010年29卷3期 126-134页
【摘要】 △6脂肪酸脱饱和酶是在长链脂肪酸18C位置上引入双键的关键酶.本文分析硅藻门、绿藻门和蓝藻门等藻类的△6脂肪酸脱饱和酶基因密码子偏好及碱基位置偏好, 同时比较藻类△6脂肪酸脱饱和酶基因与大肠杆菌、酵母及拟南芥基因组的密码子偏爱性.结果发现,...
【中文期刊】 尹为治 宋珂 等 《河南师范大学学报（自然科学版）》 2009年37卷2期 125-128页
【摘要】 为了解雌雄异株植物间MADS-box基因家族的密码子使用偏好性特点,以拟南芥为参照,利用GenBank Feature Extractor,Codonw和CUSP等软件对已发表的雌雄异株植物MADS-box基因序列的密码子偏好性进行分析,发...
【关键词】 雌雄异株植物； MADS-box基因； 密码子偏好性；
【中文期刊】 沈庆航 江明锋 等 《西南民族大学学报（自然科学版）》 2009年35卷3期 513-518页
【摘要】 为分析MUC1基因在物种间的遗传多态性和密码子偏好性, 本文运用生物信息学方法对来自普通牛、印度牛、冈比亚按蚊、褐家鼠、野猪、人这6个物种的32条MUC1完全编码区域序列进行分析. 结果表明, MUC1基因具有丰富的遗传多态性, 且它的遗传...
【中文期刊】 黄琦 谢芝勋 等 《中国兽医科学》 2008年38卷2期 101-105页
【摘要】 用PCR方法从胸膜肺炎放线杆菌(APP)血清1型参考株APP259的基因组DNA中,扩增了约954 bp的apx I A基因片段,分别构建了大肠杆菌表达栽体pGEX-4T-1/apx I A和毕赤酵母表达载体pPICZαA/apx I A....
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