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【中文期刊】 欧阳玉梅 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷3期 280-287页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 结构域是进化上的保守序列单元,是蛋白质的结构和功能的标准组件.典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域间的结合,而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析生物学通路等十分重要.目前,依...
【关键词】 蛋白质相互作用(PPI)；蛋白质结构域；结构域相互作用(DDI)；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 蒋莉萍 徐宏峰 等 《世界科学技术-中医药现代化》 2024年26卷9期 2374-2384页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 使用生物信息学方法鉴定和分析菊花脑WRKY基因家族成员,为后期研究WRKY转录因子调控菊花脑萜烯类物质生物合成提供理论基础.方法 利用HMMER、BLAST、Pfam、NCBI等在线工具对菊花脑基因组中的WRKY基因家族成员进行筛选和...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张梦棣 梁鸿艺 等 《西部中医药》 2024年37卷6期 61-68页ISTIC
【摘要】 目的:基于网络药理学和分子对接预测黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicines systems pharmacology platform,TCMS...
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- 结论：
【中文期刊】 汤俊 陈翔 等 《中国药事》 2024年38卷4期 423-438页ISTICCA
【摘要】 目的:采用网络药理学方法获取鹿蹄橐吾治疗咳嗽的潜在活性成分及蛋白靶点,并探讨可能的作用机制.方法:从PubMed等数据平台获得鹿蹄橐吾化学成分并使用SwissADME和SwissTargetprediction对其进行筛选,获取潜在成分;利...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 熊政翰 尹力 等 《药学研究》 2024年43卷3期 267-273页ISTICCA
【摘要】 溴结构域(bromodomain,BD)是一种高度保守的蛋白质结构域,具有特异性识别结合乙酰化赖氨酸残基的生物学功能.溴结构域蛋白4(bromodomain-containing protein 4,BRD4)是溴结构域和超末端结构(bro...
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- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 那合雅 赵福全 《中国民族医药杂志》 2024年30卷11期 34-39页
【摘要】 目的:基于网络药理学研究蒙药豆蔻治疗失眠症的作用机制.方法:通过TCMSP数据库检索蒙药豆蔻的有效成分及相关靶点;通过Gene Cards、OMIM、TTD三个数据库搜索失眠症相关基因靶点;利用Venny 2.1.0获得疾病与药物交集靶点,...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张奕星 林燕 等 《中国药理学通报》 2023年39卷12期 2361-2369页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 目的 基于网络药理学方法探讨运脾药对"苍术-薏苡仁"治疗儿童腺样体肥大(adenoidal hypertrophy,AH)的药理机制.方法 筛选"苍术-薏苡仁"的活性成分及相关靶点,构建"药物-成分-靶点"可视化网络图;检索儿童AH疾病相关...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 胡盼 程瑶 等 《南方医科大学学报》 2023年43卷1期 29-38页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 对登革病毒-2(DENV-2)感染人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的差异磷酸化蛋白质进行分析以及初步探究DENV-2感染的可能致病机制.方法 实验设置DENV-2感染HUVEC组和HUVEC空白对照组,每组3个重复.收集细胞沉淀后,利用...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈丹媛 罗敏 等 《现代消化及介入诊疗》 2023年28卷9期 1117-1124页ISTIC
【摘要】 目的 本研究目的是通过网络药理学及分子对接方法探寻龙葵-肿节风药对治疗胃癌的作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集龙葵-肿节风药对活性成分;在TTD、DrugBank、Pharmgkb等疾病靶点数据库搜索汇总出胃癌基因靶点.利用Cytos...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 关宇航 王凤荣 《中医临床研究》 2023年15卷5期 106-111页
【摘要】 目的:探讨丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛的作用机制.方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参-桃仁的有效成分和相关靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点"网络,从STRING平台生成蛋白质-蛋白质相互...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 唐婕 严建 《中医药临床杂志》 2023年35卷5期 953-960页
【摘要】 目的:基于网络药理学方法探讨白芷治疗溃疡性结肠炎(UC)作用机制.方法:通过TCMSP筛选白芷的活性成分;采用uniprot数据库筛选矫正白芷的活性成分对应靶点,采用Cytoscape3.8.2 软件构建"白芷-白芷活性成分-活性成分作用靶...
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【中文期刊】 梁政 柯美玉 等 《作物学报》 2023年49卷1期 24-35页
【摘要】 生长素作为重要的植物激素之一.生长素的转运参与了植物各组织器官发育调控.在拟南芥中,生长素转运调控主要由PIN家族蛋白所介导,其中拟南芥AtPIN2主要通过介导生长素向基运输调控根的向重力性.大豆中PIN2家族蛋白及其功能研究尚未有报道.本...
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【中文期刊】 李丹 章秀梅 等 《中南药学》 2022年20卷5期 1010-1016页ISTICCA
【摘要】 目的 通过网络药理学分析苍耳子治疗变应性鼻炎(AR)的机制,并通过动物学实验进行药效部位筛选及治疗活性研究.方法 ①应用Cytoscape软件,通过TCMSP、GeneCards、Uniprot数据库构建"活性成分-靶点-疾病"网络;通过S...
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【中文期刊】 化振鑫 蒋海洋 等 《中医临床研究》 2022年14卷32期 61-66页
【摘要】 目的:探讨人参-黄芪治疗缺血型心肌病的作用机制.方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索人参、黄芪的有效成分和相关靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点"网络,从STRING平台生成蛋白质-蛋白质相互...
- 概要：
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【中文期刊】 邓浩健 曾春晖 等 《食品工业科技》 2022年43卷10期 23-31页
【摘要】 目的:对比双氢杨梅树皮素(Ampelopsin,APS)与四种 β-内酰胺类抗生素对不同金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)抗菌活性的差异,并通过网络药理学方法推测APS的抗菌作用机制.方法:采用连续稀释法测定...
- 概要：
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【中文期刊】 丁明健 赵艺蔓 等 《黑龙江医学》 2022年46卷5期 544-550,554页
【摘要】 目的:该研究利用网络药理学的方法,探讨白术黄芪汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制.方法:基于中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选出白术黄芪汤所含中药成分以及其所作用的靶点,并在STRING 11.0平台上搜索相关基因.通过GA...
- 概要：
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【中文期刊】 李昱颖 张梦婷 等 《实用中医内科杂志》 2022年36卷3期 35-39,后插9-后插11页
【摘要】 目的 基于网络药理学整合分子对接法探究扶正抗癌汤治疗卵巢癌(ovarian carcinoma,OC)的潜在作用机制.方法 从TCMSP数据库筛选扶正抗癌汤的药物活性成分,并预测药物活性成分的潜在靶点;在GenCards数据库检索卵巢癌疾病...
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【中文期刊】 程艳 万婷婷 等 《中国医药生物技术》 2021年16卷3期 215-221页ISTIC
【摘要】 目的 优化PTD4-Cu,Zn-SOD原核重组表达载体以增加SOD融合蛋白表达.方法 通过基因工程设计引物并优化PTD4-Cu,Zn-SOD原核重组表达载体,扩增并鉴定目的基因,将优化后的原核重组表达载体以热激法转化至E.coli BL21...
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【中文期刊】 靳燕 王谢琴 等 《四川农业大学学报》 2021年39卷1期 19-26,34页
【摘要】 [目的]对黄瓜基因组中CDPK基因的鉴定和进化特征的分析,为深入探索黄瓜CDPK蛋白生物学功能提供理论依据.[方法]用生物信息学方法,在黄瓜的全基因组范围内鉴定C DPK基因,并分析该基因的结构、染色体分布、进化关系及功能域.[结果]在黄瓜...
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【中文期刊】 鄂洋 林凤 等 《遗传》 2009年31卷6期 638-644页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为获得玉米大斑病抗性基因Ht1候选序列,文章采用生物信息学方法对与玉米大斑病抗性基因Ht1紧密连锁的分子标记umc22和umc122定位区域内候选序列进行了分析,其中得到的63条ORF序列中有14条序列可编码蛋白质结构域.将14条核苷酸酸序...
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【中文期刊】 陈治中 王晓蓓 等 《临床血液学杂志（输血与检验版）》 2011年24卷5期 569-573页ISTICCA
【摘要】 目的:构建T细胞免疫球蛋白黏蛋白-3基因及其融合蛋白真核表达载体,并对TIM-3基因进行生物信息学分析.方法:采用Trizol法从人外周血单个核细胞提取总mRNA,利用两步法RT-PCR技术扩增TIM-3及其胞外(结构)域基因片段和人IgG...
【关键词】 T细胞免疫球蛋白黏蛋白-3基因；生物信息学分析；克隆；
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【中文期刊】 唐兰花 赵树山 等 《生命科学研究》 2010年14卷3期 268-277页ISTICCA
【摘要】 神经富亮氨酸重复(neural leucine-rich repeat,NLRR)蛋白家族是一类进化上保守、功能多样的Ⅰ型跨膜蛋白.NLRR主要表达于神经组织,肺部、心脏、肝、肾也有微量表达.自1996年Taguchi在发育的小鼠神经系统中...
【关键词】 神经富亮氨酸重复蛋白家族；神经发育和再生；LRR；
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【学位论文】 作者：钟浩林导师：王燕 华中科技大学 生物学 生物信息技术（硕士） 2021年
【摘要】 蛋白质结构域是研究蛋白质进化、结构、功能的基本单元，可以作为蛋白质设计的元件，进而辅助药物设计。结构域的正确划分对于复杂蛋白质的结构预测及解析十分关键。结构域的划分通常从蛋白质三维结构出发，以人工划分为主，计算手段为辅。目前蛋白质数据库中仍...
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【学位论文】 作者：马雨导师：薛志东 华中科技大学 软件工程 软件工程（硕士） 2021年
【摘要】 蛋白质是生物体中的重要组成部分，与生命过程紧密关联，而结构域是蛋白质维持其结构特征的基本单元。一个蛋白质中通常有多个结构域，并且相同的结构域在不同的蛋白质中处在不同的位置。蛋白质之间发生相互作用涉及相应的结构域的结合，准确识别结构域对于蛋白...
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【学位论文】 作者：许柯培导师：薛志东 华中科技大学 软件工程 软件工程（硕士） 2021年
【摘要】 蛋白质结构域作为蛋白质的基本单位，过去二十年中，相关的功能预测以及数据库的不断建立和完善，已为生物医药工作者提供了诸多有价值的信息，在药物设计，抗体治疗，疾病预测等领域有着重大意义与价值。然而，由于生物数据的复杂性、多样性，以及结构域之间概...
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【学位论文】 作者：罗森导师：郭锋彪 电子科技大学 生物学 生物物理学（硕士） 2016年
【摘要】 必需基因是生物体中非常重要的一类基因，如果缺少这种基因，生物将无法存活。对于必需基因的确认，现在主要有两种方法，一种就是使用实验方法进行确认，但是这种方法耗时长，并且消耗巨大，由于实验方法的缺陷与局限性，至今也只有很少的细菌必需基因被大规模...
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【学位论文】 作者：林明志导师：陈新 浙江大学 生物学 生物信息学（硕士） 2011年
【摘要】 分子相互作用网络是研究生物分子功能及调控的基础之一。目前，许多大规模实验已经运用于多种模式生物，如酵母、果蝇、线虫和人类，得到了大量的相互作用数据。同时，多个研究机构也相应地建立数据库，收集整理实验得到的相互作用数据。然而，在植物中，即使是...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：汪乾梁导师：张贵军 浙江工业大学 其他 电子信息（硕士） 2023年
【摘要】 结构域是蛋白质在进化、折叠和功能上的最小独立单元。蛋白质结构域信息对于实验解析和计算方法获取蛋白质三维结构都具有重要意义。从实验解析蛋白质结构来说，结构域的缺失可以降低蛋白质的灵活性，从而提高蛋白质的溶解度，因此如果能够确定结构域的话，更容...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王福旭导师：臧天仪 哈尔滨工业大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（博士） 2023年
【摘要】 免疫学、神经学、生物进化与生物医药等基础研究与临床应用领域都离不开肽与MHC Ⅰ类蛋白亲和力研究。肽与MHC Ⅰ类分子结合亲和力的变化可以影响抗原呈递和识别，从而影响肿瘤免疫治疗效果；利用肽与MHC Ⅰ类蛋白亲和力预测自身免疫疾病相关的肽段...
【关键词】 多肽 ； 组织相容性复合体一类分子 ；
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