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【中文期刊】 万晓耕 《生物信息学》 2021年19卷1期 35-46页ISTIC
【摘要】 蛋白质的序列、结构和功能多种多样.大量研究表明蛋白质的结构与其氨基酸序列的排序有关,并且局部的氨基酸序列环境对蛋白质的结构具有一定的影响.本文提出一种新的基于5-mer氨基酸扭转角统计偏好的蛋白质结构类型预测方法,在该方法通过PDB数据库中...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 郑斌 厉力华 《中国生物医学工程学报》 2013年32卷5期 580-587页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 蛋白质序列特征表示和机器学习算法是影响蛋白质结构类预测效果好坏的两个重要方面.本研究基于k-字统计频率和k-片段位置分布两种特征提取方法,将分别提取到的氨基酸序列信息和物理化学性质信息同蛋白质二级结构信息进行融合,建立17维和57维的特征信...
【关键词】 蛋白质结构类预测；特征信息集；Ma-Ada多分类器融合；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张同亮 丁永生 《生物医学工程学杂志》 2008年25卷4期 921-924页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 提出了一种基于二叉树支持向量机(BT-SVM)的蛋白质结构类多类预测新方法.采用26维的向量来表示蛋白质序列的特征.BT-SVM多类分类方法能消除SVM在多分类问题中存在的不可分数据问题.采用两个经典数据集作为测试数据,通过自身一致性和n折...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 方慧生 王旻 等 《中国药科大学学报》 2006年37卷1期 77-82页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 在蛋白质天然构象预测中,折叠识别法中一致性预测Pcons2和从头预测法中的Rosetta在CASP5中获得了很大的成功.在Rosetta法中,先用Monte Carlo搜索法产生大量低能量的预测模型,然后依据模型之间相似性分数,用聚类分析法...
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- 方法：
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【中文期刊】 李楠 李春 《生物信息学》 2012年10卷4期 238-240页ISTIC
【摘要】 基于氨基酸的16种分类模型,给出蛋白质序列的派生序列,进而结合加权拟熵和LZ复杂度构造出34维特征向量来表示蛋白质序列.借助于贝叶斯分类器对同源性不超过25％的640数据集进行蛋白质结构类预测,准确度达到71.28％.
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 姜小莹 朱俊东 等 《生物物理学报》 2008年24卷1期 43-48页MEDLINEISTICCA
【摘要】 蛋白质结构类预测是生物信息和蛋白质科学中重要的研究领域.基于Chou提出的伪氨基酸离散模型框架,从蛋白质序列出发,设计一种新的伪氨基酸组成方法表示蛋白质序列样本.抽取氨基酸组合(10-D)在序列中出现的频率和疏水氨基酸模式(6-D)表示蛋白...
- 概要：
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【中文期刊】 闫化军 章毅 《生物信息学》 2004年2卷4期 19-24,41页ISTIC
【摘要】 运用加入竞争层的BP网络,研究了基于蛋白质二级结构内容的域结构类预测问题.在BP网络中嵌入一竞争,层显著提高了网络预测性能.仅使用了一个小的训练集和简单的网络结构,获得了很高的预测精度:自支持精度97.62%,jack-knife测试精度9...
- 概要：
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【中文期刊】 陶海波 马圣 等 《黑龙江科技信息》 2015年17期 43页
【摘要】 蛋白质结构类型是蛋白质高级结构中基本原件的空间分布,是蛋白质高级结构与功能研究的基础,该研究对蛋白质组学具有重要意义.通过传统实验方法研究蛋白质结构类需要耗费大量的人力、财力、物力,也无法满足数据库中蛋白质序列爆炸性增长的现实需要.目前,基...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 杨惠云 石鸥燕 等 《国际生物医学工程杂志》 2012年35卷6期 350-352,372页ISTICCA
【摘要】 目的 准确预测蛋白质结构类,为研究其空间结构及生物功能打下基础.方法 应用隐马尔可夫模型(HMM)预测蛋白质结构类,分别构建3-状态HMM和8-状态HMM.数据来源于Chou和Zhou构建的蛋白质数据集,分别包含有204条蛋白质序列和498...
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【学位论文】 作者：王宇 导师：李春 渤海大学 数学 应用数学（硕士） 2013年
【摘要】 由于测序技术的不断发展，蛋白质序列数据库中数据积累的速度非常快，而已知蛋白质的结构相对较少。尽管在测定蛋白质结构技术有了较为显著的突破，但是用实验的方法来获取蛋白质结构的信息过程还是非常复杂过程且付出的代价较高。所以，为了缩小已知序列的蛋白...
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【学位论文】 作者：郑斌 导师：厉力华 杭州电子科技大学 控制科学与工程 控制工程（硕士） 2013年
【摘要】 随着人类基因组计划的完成以及生物测序技术的发展,大量的蛋白质序列信息数据不断涌现出来。然而人们对蛋白质高级结构和功能的认识还不够,远远落后于对蛋白质序列的认识。同时通过传统的生物实验方法已经无法满足海量数据的处理需求,因此非常有必要探讨借助...
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【学位论文】 作者：向其林 导师：廖波 湖南大学 计算机科学与技术 计算机科学与技术（硕士） 2012年
【摘要】 蛋白质在生命活动中拥有着不可替代的功能，对蛋白质的研究也越来越重要。其中蛋白质结构类的预测在蛋白质的很多相关属性的预测中起到了重要的作用，如：蛋白质亚细胞定位、膜蛋白类型、G蛋白耦联体类型、酶家族类，蛋白质四级结构类型、与酶的活性等等。因此...
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【学位论文】 作者：张同亮 导师：丁永生 东华大学 控制科学与工程 控制理论与控制工程（博士） 2008年
【摘要】 蛋白质是生命体赖以生存的营养要素，是细胞组织的重要组成部分。几乎所有的生物过程都与蛋白质发生某种联系。根据蛋白质序列的排列顺序和序列信息确定蛋白质的功能成为生物学研究重点。目前蛋白质序列数量的激增，急需要开发快速、准确地计算工具预测蛋白质的...
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【学位论文】 作者：李锦 导师：卜东波 中国科学院大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2013年
【摘要】 蛋白质结构决定蛋白质功能，而基于计算方法的蛋白质结构预测具有重要的现实意义。传统的蛋白质结构预测方法包括同源建模法、归范法和本初法。归范法的核心问题是识别蛋白质序列的折叠型，而关键问题是蛋白质序列与蛋白质结构联配。本文讨论的主要内容是如何提...
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【学位论文】 作者：李楠 导师：李春 渤海大学 数学 应用数学（硕士） 2012年
【摘要】 近些年来,由于物质结构解析技术和基因组测序技术的快速发展,生物序列和结构的数据也随即迅猛增长.而目前处理这些巨量生物数据已不再能够由传统的生物实验方法所满足.在此种情形下,生物信息学应运而生,其目的是通过对生物数据进行获取、加工、存储、检索...
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【学位论文】 作者：马军伟 导师：顾宏 大连理工大学 控制科学与工程 控制理论与控制工程（博士） 2011年
【摘要】 随着生物信息的爆炸性增长,采用实验的方法收集和分析相关的生物信息已远远不能满足实际研究的需要.人们已经迫切认识到,采用智能数据处理技术解决上述问题可以大大节省时间和成本.蛋白质序列信息是这个领域的研究重点之一,本论文运用机器学习方法对蛋白质...
【关键词】 蛋白质亚细胞定位预测 ； 蛋白质结构类预测 ；
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【学位论文】 作者：吕龙君 导师：李春 渤海大学 数学 应用数学（硕士） 2010年
【摘要】 随着人类基因组计划和一些模式生物基因组测序任务的相继完成或全面实施，生物序列和结构数据急剧增加。对这些数据进行科学的分析、处理和保存推动了分子生物学和数学以及计算机科学的结合，生物信息学(也称计算分子生物学)便应运而生。本文将在蛋白质结构类...
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【学位论文】 作者：蒋宏民 导师：陈家骏 南京大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2004年
【摘要】 蛋白质的研究是生命科学研究的基础和重大核心问题之一。对于蛋白质结构的研究，一直是热门的课题。研究蛋白质的功能要深入了解它们的结构，特别是空间结构，因为结构决定功能。生命的功能和它的结构，二者是统一的。有什么样的结构必定有什么样的功能，反之亦...
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【学位论文】 作者：李菁 导师：相秉仁 中国药科大学 药学 药物分析（硕士） 2003年
【摘要】 在该论文中,采用了同源建模的方式对蛋白质分子的结构进行预测.论文工作共分为四个部分.第一部分是采用动态规划的策略进行蛋白质分子之间的序列对比,从而分析蛋白质之间的相似性,把相似性大于30﹪的蛋白质称为同源蛋白质.第二部分是分别采用改进的Ch...
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【学位论文】 作者：靳利霞 导师：唐焕文 大连理工大学 管理科学与工程 管理科学与工程（博士） 2002年
【摘要】 蛋白质结构和功能预测是后基因组时代的重要研究内容,它不仅需要生物学者为之奋斗,同时为数学、计算机科学、信息科学、物理学、系统科学和管理科学等学科提出了挑战.围绕这一主题,该文进行了一些研究和讨论.主要研究成果如下:1.利用氨基酸序列预测蛋白...
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【中文期刊】 薛天源 何钰晴 等 《山西农业大学学报（自然科学版）》 2024年44卷1期 1-13页
【摘要】 [目的]为了解青蒿(Artemisia annua L.)查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)基因家族的分子进化特性及其在不同组织部位的表达情况.[方法]从Pfam数据库下载CHS蛋白HMM模型,并使用HUMMER 3...
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【中文期刊】 韩雨昕 南芳茹 等 《热带亚热带植物学报》 2019年27卷1期 36-44页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为探讨淡水红藻的叶绿体基因及其适应性进化特征, 选取弯枝藻属 (Compsopogon) 及相近外类群的rbc L基因共17条, 利用PAML 4.9软件, 对弯枝藻属rbc L基因编码蛋白进行生物信息学分析, 并分别采用分支模型、位点模型...
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【中文期刊】 郝爱平 《浙江大学学报（医学版）》 2014年43卷4期 453-457页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:对人类pygo1基因编码蛋白质进行结构和功能预测.方法:利用生物信息学方法和工具对PYGO1蛋白质理化性质、跨膜区域、二级结构、亲(疏)水性进行分析.结果:PYGO1蛋白氨基酸残基组成中脯氨酸含量最高,分子式C1943H2937N57...
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【中文期刊】 宋江华 张立新 《生物学杂志》 2009年26卷6期 62-64页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 跨膜蛋白是一类结构独特,在植物细胞中广泛存在,并发挥重要生理功能的蛋白质.综述了植物跨膜蛋白的理化性质、蛋白质结构预测的方法,以及其生理功能的研究进展.随着对植物跨膜蛋白的深入研究,将有助于揭示跨膜蛋白对植物生长发育调控的重要分子机制.
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【中文期刊】 康勍 胡健 等 《中国药科大学学报》 2009年40卷2期 190-192页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法.方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质量.结果:通过SC...
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【中文期刊】 陶谦 乔彬 等 《中华肿瘤防治杂志》 2008年15卷19期 1451-1453页ISTICPKUCA
【摘要】 目的:通过分析人Survivin蛋白的二级结构预测其B细胞表位.方法:采用SOPMA软件分析Survivin蛋白的二级结构;多参数方案综合分析蛋白的亲水性、柔性结构、抗原性指数和表面可及性并预测Survivin蛋白的B细胞表位.结果:Sur...
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【中文期刊】 许文龙 李骜 等 《中国生物医学工程学报》 2007年26卷1期 1-5页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 介绍了一种从蛋白质序列预测残基相对可溶性的新方法.该方法基于支持向量回归,并将序列局部信息作为输入.不同于先前的大部分预测方法仅对特定的蛋白残基相对可溶性进行状态分类,该方法预测了相对可溶性的连续值,从而比状态分类保留了蛋白质三维结构的更多...
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【中文期刊】 李钢 邓运涛 等 《植物学通报》 2006年23卷1期 29-36页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本文通过对盐生杜氏藻(Dunaliella salina)cDNA文库进行大规模EST测序并结合RACE实验克隆了盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因,并且通过Southern blotting实验确定了该基因在这个物种中拷贝数.通过生物信息学...
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【中文期刊】 胡同平 白力 等 《中国药物与临床》 2017年17卷4期 532-534页ISTICCA
【摘要】 蛋白质的氨基甲酰化造成蛋白质结构和功能发生变化,促使机体打破免疫耐受产生自身抗体, 导致类风性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的发病.与此同时,慢性炎症使氨基甲酰化蛋白(Carbamylated protein,Ca...
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【中文期刊】 余波 《生物学教学》 2003年28卷10期 1-3页PKU
【摘要】 生物信息学是生物科学中的一门新兴的交叉学科,它运用现代信息技术,在对DNA测序、功能基因组等大量的数据进行分析的基础上,进行蛋白质结构的模拟与预测,并用于药物设计,将对生命科学的发展起巨大的推进作用.
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