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【中文期刊】 袁素素 叶秀云 等 《生物信息学》 2024年22卷3期 159-173页ISTIC
【摘要】 药物分子计算机辅助设计是一种在计算机或者理论上通过构建具有一定潜在药理活性的新化学实体的分子模拟方法.近十几年来,高通量组学技术的快速发展为生物和化学药物分子设计提供了良好的数据支撑和研究契机.另外,现代社会对生物制药合理性以及作用机理理解...
【关键词】 分子模拟；蛋白质受体；计算机辅助药物分子设计；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王晟 王泽琛 等 《合成生物学》 2023年4卷3期 422-443页
【摘要】 合成生物学是按照一定的规律综合已有的信息设计和构建全新的生物元件、装置和系统,或者重新设计已有的天然生物系统.合成生物学的核心在于设计、改造、重建或制造生物元件、生物反应系统、代谢途径与过程,乃至创造具有生命活动能力的细胞和生物个体,为解决...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 阮青云 黄莘 等 《合成生物学》 2023年4卷1期 5-29页
【摘要】 天然蛋白质具有临界稳定性的特征,这种较低的稳定性使蛋白质结构具有足够的灵活性,从而支持其发挥生物学功能.然而,临界稳定性使得蛋白质遭受胁迫压力后极易发生错误折叠并失去功能,导致天然蛋白质往往无法满足科学研究与工业应用的需求.此外,体内蛋白质...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 仲苏月 谭秋龙 等 《药学研究》 2022年41卷2期 122-126页ISTICCA
【摘要】 阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)是一种表现为记忆、认知障碍并伴随焦虑情绪的神经退行性疾病.由淀粉样β蛋白组成的老年斑和tau蛋白形成的神经纤维缠结是阿尔茨海默病主要的分子病理特征.Tau病理是阿尔茨海默病发病机制...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 许彤 郭庚妮 等 《东南大学学报（医学版）》 2022年41卷6期 876-883页ISTICCA
【摘要】 作者对计算机辅助新药设计与虚拟筛选相关的常用蛋白质、核酸、药效团数据库进行了总结,详细介绍了其构建内容(包括信息来源、数据内容、检索字段等)和使用方法等,并分析了数据库开发的问题和挑战,进而对其发展方向与对策提出见解.
【关键词】 计算机辅助新药设计；药物虚拟筛选；UniProt数据库；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 操帆 陈耀晞 等 《合成生物学》 2021年2卷1期 15-32页
【摘要】 蛋白质计算设计是指通过计算理性地确定蛋白质的氨基酸序列,实现预设的结构和功能.蛋白质计算设计已逐渐形成了一套系统的方法,得到越来越多的实验验证.这些方法既可用于从头设计蛋白,也可以用于既有蛋白的理性改造,具有广泛应用前景,是合成生物学的重要...
- 概要：
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【中文期刊】 李俊玲 李咸璞 《广州化工》 2021年49卷21期 20-23页
【摘要】 机器学习算法的雏形在20世纪90年代就已出现,但是局限于当时的硬件条件,计算机寻找关联数据间复杂函数的能力有限,机器学习算法在当时并没有得到长足的发展.随着计算机科学的飞速发展,电脑软件与硬件性能得到了巨大的提升,前人设想的基于机器学习的人...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 吴振芳 陈惠 等 《生物技术通报》 2009年3期 11-15页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 利用定向进化策略改造蛋白质功能已经在农业、工业和医药等领域得到了广泛的应用.蛋白质工程的最新进展是利用定向进化策略对自然界蛋白质引入新功能,但由于其决定因素比较复杂,是研究者面临的一个重大挑战.详细介绍了国外近年发展的蛋白质新功能定向进化研...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张秀艳 何国庆 《中国生物工程杂志》 2006年26卷10期 52-58页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 体外定向进化是蛋白质工程中一个非常有效的设计策略.最近几年,在过去常用的寡核苷酸介导的随机突变、易错PCR和DNA改组等方法的基础上又出现了一些新的定向进化方法.对这些方法及其特点加以总结,可为解决特定问题选取相应方法提供一定依据.最近研究...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 蔡幸初 李兆达 等 《生命科学》 2025年37卷7期 894-903页ISTICCSCD
【摘要】 蛋白质结构解析是理解生命机制与药物研发的核心.本文系统回顾了人工智能(artificial intelligence,AI)驱动下的蛋白质结构预测的进展、分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟在揭示动态构象与分子互作中...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 谢建明 白云飞 等 《生物物理学报》 2003年19卷2期 156-160页MEDLINEISTICCA
【摘要】 dsDNA芯片(double-stranded DNA microarray)是用于DNA结合蛋白质表达研究的新技术,应用一种新的dsDNA芯片制作方法,研究了dsDNA探针设计,开发了相应的计算机模拟系统--DBP软件.可实现芯片上dsD...
- 概要：
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【中文期刊】 朱海林 王振洲 等 《特产研究》 2015年37卷4期 64-68页
【摘要】 与单一作用靶点的药物相比较 ,中药的作用机制为典型的多成分、多靶点、多途径的整体性治疗 ,各药物之间能够产生协同作用 ,最终达到增效减毒的目的.确证中药作用的靶点 ,对阐明我国传统药物的作用机制具有重要的理论价值 ,也为中药的临床应用提供重...
- 概要：
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【中文期刊】 张碧飞 吕成 等 《生物工程学报》 2022年38卷4期 1537-1553页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 来自奇异变形杆菌的脂肪酶(Proteus mirabilis lipase,PML)具有较好的有机溶剂耐受性,在生产生物柴油等领域有广泛的应用潜力.然而,其热稳定性仍有待提高以更好地适应工业生产.近年来,基于计算机辅助的多种计算设计策略的发...
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【中文期刊】 陈权 吕成 等 《生物工程学报》 2021年37卷12期 4415-4429页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 来源于粉红螺旋聚孢霉Clonostachys rosea的玉米赤霉烯酮水解酶(ZHD101)可以有效降解谷物农副产品和饲料中的霉菌毒素玉米赤霉烯酮(Zearalenone,ZEN),但是,该酶的热稳定性较低,限制了其在工业中的应用.由于水解...
- 概要：
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【中文期刊】 向玉 张萌 等 《生物工程学报》 2020年36卷8期 1556-1567页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 提高酶的热稳定性是生物催化领域的热点和难点,计算机辅助的理性设计相比于传统的定向进化更加高效,在酶工程领域中的应用越来越广泛和深入.文中以枯草芽孢杆菌脂肪酶A为模式蛋白,首先,利用Rosetta-VIP计算设计对酶的结构空腔进行分析,选择了...
【关键词】 热稳定性；枯草芽孢杆菌脂肪酶A；蛋白质计算设计；
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【中文期刊】 曲戈 朱彤 等 《生物工程学报》 2019年35卷10期 1843-1856页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 定向进化通过建立突变体文库与高通量筛选方法,快速提升蛋白的特定性质,是目前蛋白质工程最为常用的蛋白质设计改造策略.近十年随着计算机运算能力大幅提升以及先进算法不断涌现,计算机辅助蛋白质设计改造得到了极大的重视和发展,成为蛋白质工程新开辟的重...
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【中文期刊】 孙瑨原 崔颖璐 等 《生命科学》 2021年33卷12期 1436-1444页ISTICCSCD
【摘要】 合成生物学以"工程化"为核心指导思想,自下而上开发生物技术来解决人类社会面临的重大挑战.蛋白质作为生命活动的直接执行者和合成生物学中关键的底层元件,对其定量认识和工程改造的能力直接影响合成生物学的上层建筑.通过蛋白质计算设计技术可实现功能空...
- 概要：
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【中文期刊】 杨洁 刘次全 《中国药理学报(英文版)》 2000年21卷6期 547-553页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 目的：研究人白介素-16和HIV-1病毒受体CD4(T淋巴细胞分化抗原)的作用机理.方法：人白介素-16的结构保守区由SYBYL软件中的Biopolymer模块建立，其非保守区由LOOP SEARCH方法建立.结果：人白介素-16首先形成二...
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【外文期刊】 Wong CF ; McCammon JA ; 《Annual Review of Pharmacology and Toxicology》 2003年43卷0期 31-45页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Computational Biology;Computer-Aided Design;Drug Design;
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【外文期刊】 Watanabe T ; Okada A ; 等 《Advances in Experimental Medicine and Biology》 2008年631卷0期 229-236页SCIEMEDLINE
【关键词】 Anti-Bacterial Agents;Bacterial Physiological Phenomena;Bacterial Proteins;
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【外文期刊】 Hamadani KM ; Weiss S ; 《Biophysical Journal》 2008年95卷1期 352-365页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Computer Simulation;Equipment Design;Equipment Failure Analysis;
- 概要：
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【外文期刊】 Dombkowski AA ; 《Bioinformatics》 2003年19卷14期 1852-1853页SCISCIEMEDLINE
- 概要：
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【外文期刊】 Park H ; Hwang KY ; 等 《Bioorganic and medicinal chemistry》 2008年16卷1期 284-292页SCISCIEMEDLINE
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【外文期刊】 Hartmann C ; Antes I ; 等 《Proteins: Structure, Function, and Genetics》 2009年74卷3期 712-726页SCISCIEMEDLINE
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Kellet BE ; Binbing H ; 等 《Biomedical sciences instrumentation》 2004年40卷0期 225-231页
- 概要：
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【外文期刊】 Huang RB ; Du QS ; 等 《Journal of Theoretical Biology》 2009年256卷3期 428-435页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Animals;Drug Design;Models;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Napoli C ; Cacciatore F ; 《Progress in Cardiovascular Diseases》 2008年51卷6期 503-523页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Age of Onset;Angioplasty;Transluminal;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Mestres J ; 《Current opinion in drug discovery & development》 2004年7卷3期 304-313页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Chemistry;Pharmaceutical;Combinatorial Chemistry Techniques;
- 概要：
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- 结论：
【外文期刊】 《Progress in drug research: Fortschritte der Arzneimittelforschung. Progress des recherches pharmaceutiques》 2008年65卷 211; 213-249页
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Chen YZ ; Zhi DG ; 《Proteins: Structure, Function, and Genetics》 2001年43卷2期 217-226页SCISCIEMEDLINE
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