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【中文期刊】 张宏 蔡文生 等 《高等学校化学学报》 2018年39卷6期 1205-1211页
【摘要】 采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置力(eABF)方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明,在不同力场下,水环境中的D...
【外文期刊】 Marsan, Eric S. ; Dreab, Ana ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2023年41卷11/12期 4819-4829页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Iodothyronine deiodinases; molecular dynamics; sequence alignment;
【外文期刊】 Liang, Lijun ; Zhang, Zhisen ; 等 2021年188卷 369-374页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Ion channel; Ion permeation; Molecular dynamics simulation;
【外文期刊】 Chen, Ke ; Pan, Juanli ; 等 2021年188卷 137-146页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Papain-like protease; Tanshinone IIA sulfonate sodium; Chloroxine;
【外文期刊】 Galindo-Murillo, Rodrigo ; Cheatham, Thomas E., III ; 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷7期 3735-3747页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 NUCLEIC ACID INTERACTIONS; MONOPHOSPHATE CRYSTALLINE COMPLEX; AMBER FORCE-FIELD;
【外文期刊】 Sinelnikova, Anna ; van der Spoel, David ; 《Journal of Biomolecular NMR》 2021年75卷4/5期 143-149页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Python; NMR-STAR; Force Field;
【外文期刊】 Sixto-López ; Y. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2019年37卷3/4期 584-610页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 3Dthree-dimensional; docking; GAFFGeneralized Amber Force Field;
【外文期刊】 Gieldon A ; Lopez JJ ; 等 《Chembiochem: A European journal of chemical biology》 2008年9卷15期 2487-2497页
【关键词】 amber force field; bradykinin; GPCR;
【外文期刊】 Shang, Jinzhao ; Yue, Shuohao ; 等 2022年44卷1期 101-112页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Diaphorase; Expression and purification; Enzymatic properties;
【外文期刊】 Bisetty K ; Govender P ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2006年81卷5期 339-349页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 unnatural amino acids; trishomocubane; cage dipeptide;
【外文期刊】 Zivkovic, Martina Lenarcic ; Gajarsky, Martin ; 等 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷4期 2317-2332页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; G-QUADRUPLEX STRUCTURE; AMBER FORCE-FIELD;
【外文期刊】 Fakharzadeh, Ashkan ; Zhang, Jiahui ; 等 《Nucleic Acids Research》 2022年50卷9期 4860-4876页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MISMATCH-REPAIR SYSTEM; RNA DOUBLE HELICES; FRAGILE-X-SYNDROME;
【外文期刊】 Gotsev MG ; Ivanov PM ; 等 《Chirality: The pharmacological, biological, and chemical consequences of molecular asymmetry》 2007年19卷3期 203-213页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 cyclodextrins; molecular dynamics; conformational analysis;
【外文期刊】 Peterkova, Katerina ; Durnik, Ivo ; 等 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷15期 8947-8960页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 GASTROINTESTINAL STROMAL TUMORS; LOCKED NUCLEIC-ACID; AMBER FORCE-FIELD;
【外文期刊】 Taghavi, Amirhossein ; Baisden, Jared T. ; 等 《Nucleic Acids Research》 2023年51卷11期 5325-5340页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 AMBER FORCE-FIELD; HEXANUCLEOTIDE REPEAT; STRUCTURAL MOTIFS;
【外文期刊】 Lee MC ; Yang R ; 等 《Journal of molecular modeling》 2005年12卷1期 101-110页 SCISCIE
【关键词】 Poisson-Boltzmann continuum solvent model; protein structure prediction; AMBER force field;
【外文期刊】 Bergonzo, Christina ; Grishaev, Alexander ; 等 2022年28卷7期 937-946页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 integrative structural biology; molecular dynamics; NMR;
【外文期刊】 Andac CA ; Andac M ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2007年41卷4期 430-438页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 cibacron blue F3GA; quinone reductase; HSA;
【外文期刊】 Yang, Y ; Chakravorty, DK ; 等 《Biochemistry》 2010年49卷44期 9658-9666页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 AMBER FORCE-FIELD; CRYSTAL-STRUCTURE; ANGSTROM RESOLUTION;
【外文期刊】 Kirschner, Karl N. ; Reith, Dirk ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2015年62卷 174-180页
【关键词】 Force field; Visualization; Hydrocarbon;
【外文期刊】 Schroeder, Griffin M. ; Akinyemi, Olayinka ; 等 《Nucleic Acids Research》 2023年51卷5期 2464-2484页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MESSENGER-RNA; PREQ(1)-II RIBOSWITCH; MOLECULAR-MECHANISM;
【外文期刊】 Endres RG ; Endres RG ; 等 《Molecular simulation》 2005年31卷11期 773-777页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 protein folding; molecular dynamics; force field;
【外文期刊】 Corcho FJ ; Salvatella X ; 等 《Journal of peptide science: An official publication of the European Peptide Society》 2007年13卷11期 728-741页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 AMBER; substance P; molecular dynamics;
【外文期刊】 Kauffmann, Andrew D. ; Kennedy, Scott D. ; 等 2022年28卷4期 508-522页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 influenza; splicing; hairpin target;
【外文期刊】 Kerstin Koch ; Frank Zollner ; 等 《In silico biology: An international on computational biology》 2002年2卷3期 351-368页 MEDLINE
【关键词】 rotamer library; flexible protein-protein docking; energy calculations;
【外文期刊】 Pible O ; Guilbaud P ; 等 《Biochimie》 2006年88卷11期 1631-1638页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 actinide; hard Lewis acid; structural analysis;
【外文期刊】 Xiaoyun,Wu ; Yuanyuan,Wang ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2018年36卷12期 3106-3113页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Food and Drug Administration (FDA); GAFF (general AMBER force field); ROS1 inhibitor;
【外文期刊】 Vivek S,Bharadwaj ; Nathaniel M,Eagan ; 等 《Chemphyschem : a European journal of chemical physics and physical chemistry》 2015年16卷13期 2810-2817页 SCIMEDLINECA
【关键词】 biodiesel; fatty-acid methyl esters; generalized amber force field;
【外文期刊】 Antistio,Alviz-Amador ; Rodrigo,Galindo-Murillo ; 等 《Data in brief》 2020年29卷 105294页
【关键词】 AMBER; Force field parameterization; Gaff;
【外文期刊】 Anna,Sinelnikova ; David van der,Spoel ; 《Journal of biomolecular NMR》 2021年75卷4-5期 143-149页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Amber; Charmm; Force Field;
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