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【中文期刊】 王朴 胡敏 等 《中国免疫学杂志》 2025年41卷4期 783-791,中插1页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:基于生物信息学方法分析皮肌炎基因芯片并利用CIBERSORT反卷积算法探究皮肌炎关键基因的免疫浸润机制,预测其中药治疗靶点.方法:在GEO数据库检索皮肌炎基因芯片,筛选出差异共表达基因并进行分析;运用R软件包对差异共表达基因进行GO分...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Xiaolu Li Ye Yang 等 《中国神经再生研究（英文版）》 2024年19卷12期 2723-2734页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Immune changes and inflammatory responses have been identified as central events in the pathological process of spinal c...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐大鹏 姚鸿飞 等 《肿瘤》 2024年44卷5期 500-509页ISTICCA
【摘要】 目的:利用CIBERSORT反卷积算法分析胰腺导管腺癌中神经侵袭对免疫细胞浸润的影响.方法:对数据集GSE102238中的50例胰腺导管腺癌患者的标本重新进行神经侵袭严重程度的评估并进行分组.利用CIBERSORT算法,对神经侵袭高低2组的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 修占杰 刘佳玙 等 《天津医科大学学报》 2024年30卷6期 535-542页ISTIC
【摘要】 目的:基于强直性脊柱炎(AS)基因芯片数据,应用生物信息学分析方法识别免疫细胞亚型相关的关键基因及药物靶点预测.方法:GEO数据库下载AS基因表达数据,筛选差异表达基因(DEGs);运用R软件包进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全...
【关键词】 强直性脊柱炎；差异表达基因；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈顺德 沈浮 等 《中医药导报》 2023年29卷9期 151-157页ISTIC
【摘要】 目的:利用基因芯片数据库对腰椎间盘突出症(LDH)基因探针芯片数据进行富集分析和免疫浸润分析,为深入了解LDH的免疫相关机制提供理论依据.方法:运用R语言及相关安装包程序对LDH差异基因进行KEGG富集分析;通过CIBERSORT反卷法对2...
【关键词】 腰椎间盘突出症；免疫浸润；CIBERSORT算法；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 白云峰 施晓辉 等 《中国肿瘤外科杂志》 2023年15卷6期 546-555页ISTICCA
【摘要】 目的 探讨含伴侣蛋白的TCP1 亚基 3(CCT3)在甲状腺乳头状癌组织中的表达、增殖能力、分子信号通路以及与免疫微环境的关系.方法 通过TCGA数据库下载甲状腺癌相关的表达数据和临床数据,分析CCT3 在甲状腺癌与癌旁组织中的表达差异.收...
【关键词】 甲状腺癌；TCGA数据库；含伴侣蛋白的TCP1亚基3；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨雷 伍搏宇 等 《中国免疫学杂志》 2022年38卷3期 288-295页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探究骨关节炎(OA)的免疫机制,挖掘其潜在干预中药.方法:通过GEO数据库获取OA滑膜组织相关基因探针,以正常人群滑膜组织为对照组,采用R软件识别差异表达基因并进行功能相关分析,采用STRING数据库对差异基因进行蛋白网络互作(PPI...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 沈浮 邝高艳 等 《中国组织工程研究》 2021年25卷14期 2183-2191页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:类风湿关节炎的发病机制目前尚不完全明确,免疫失衡是类风湿关节炎发病的重要环节,而免疫浸润在类风湿关节炎中的相关调控机制的研究较少.目的:利用GEO基因芯片数据库,对类风湿关节炎基因探针芯片数据进行通路富集和免疫浸润分析,并对类风湿关节...
【关键词】 类风湿关节炎；免疫浸润；GEO基因芯片数据库；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨开炎 黄兰诚 等 《生物信息学》 2022年20卷4期 284-293页ISTIC
【摘要】 探讨分泌型磷蛋白1(Secreted Phosphoprotein 1,SPP1)在头颈部鳞状细胞癌(Head and neck squamous cell carcinoma,HNSC)中与免疫浸润及临床的相关性,明确SPP1在HNSC预...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王尧 巴宏军 等 《郑州大学学报（医学版）》 2020年55卷4期 576-580页ISTICPKUCA
【摘要】 目的:研究甲状腺癌组织中肿瘤浸润免疫细胞与肿瘤预后的关系.方法:从癌症基因信息数据库下载58例正常甲状腺和448例甲状腺癌患者的基因表达谱及相应预后信息,采用CIBERSORT分析工具,利用标准化的基因表达数据,通过反褶积算法推断甲状腺癌和...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李娜 陶弘武 等 《中国免疫学杂志》 2020年36卷24期 2966-2970,2975页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:分析溃疡性结肠炎(UC)的免疫细胞浸润情况.方法:从GEO数据库下载GSE11223微阵列测序数据集,样本通过Agilent-012391全人类基因组Oligo微阵列测序,利用R软件和免疫细胞浸润估计分析工具——反卷积算法(CIBER...
- 概要：
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【中文期刊】 马强 张霞 等 《沈阳医学院学报》 2022年24卷5期 463-469页
【摘要】 目的:利用生物信息学方法探究甲状腺乳头状癌(PTC)肿瘤微环境的免疫关键基因.方法:从TCGA(The Can-cer Genome Atlas)数据库下载PTC患者的基因表达谱和临床数据.使用R软件的ESTIMATE算法、CIBERSOR...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 熊璐 苑雪萍 等 《国际检验医学杂志》 2021年42卷17期 2141-2145页ISTICCA
【摘要】 目的 探讨免疫细胞浸润程度与卵巢癌生存预后的关系.方法 通过生物信息学方法,从GEO数据库下载卵巢癌患者的组织芯片测序数据和临床分期、病理分级、生存状态、生存时间等信息.通过ssGSEA基因集的各项免疫评分,将卵巢癌患者分为高分组和低分组....
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 方政华 周志强 等 《神经损伤与功能重建》 2021年16卷12期 706-709页ISTIC
【摘要】 目的:研究重度抑郁症(MDD)患者体内免疫细胞的变化,以及炎症和吸烟对MDD患者免疫细胞占比的影响.方法:选择GEO数据库(GSE19738)中33例MDD患者和34例健康对照的数据为研究对象,利用CIBERSORT计算并比较MDD患者和健...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 俞仪萱 杨涛 等 《浙江医学》 2021年43卷12期 1311-1315,后插4页ISTICCA
【摘要】 目的 分析食管癌组织的免疫浸润特点,探究22种浸润性免疫细胞与食管癌临床特征及预后的关系.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载171例食管癌及正常食管组织的基因转录本和183例食管癌组织样本的临床特征,采用CIBERSORT算法筛选...
- 概要：
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【中文期刊】 储昭阳 朱向明 等 《湖北医药学院学报》 2021年40卷2期 107-113页ISTICCA
【摘要】 目的:通过生物信息学的方法对肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)的肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)进行分析,确定与其关键基因相关的肿瘤浸润免疫细胞(t...
- 概要：
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【中文期刊】 尹谢添 赵诗超 等 《中国医药导报》 2021年18卷35期 32-37,57,封3-封4页ISTICCA
【摘要】 目的 利用GEO数据库,对甲状腺相关性眼病基因数据进行差异分析、富集分析和免疫浸润分析,为深入了解甲状腺相关性眼病免疫相关机制提供理论依据.方法 通过GEO数据库检索"Graves disease",选定甲状腺相关性眼病前眼眶表达基因作为试...
- 概要：
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【中文期刊】 杨柯 李天禹 《遵义医科大学学报》 2021年44卷2期 201-211页
【摘要】 目的 探讨CD2在乳腺癌肿瘤微环境(TME)中的作用及其预后意义.方法 使用CIBERSORT和ESTIMATE算法计算癌症基因组图谱(TCGA)数据库中1222例乳腺癌样品中肿瘤浸润免疫细胞(TIC)的比例以及免疫和基质评分.对免疫和基质...
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【中文期刊】 李慧月 王沐榛 等 《华南师范大学学报（自然科学版）》 2021年53卷6期 61-67页
【摘要】 分析胰腺癌免疫浸润,以期寻找胰腺癌免疫治疗的潜在靶点.利用加权基因共同表达网络分析方法和CIBERSORT算法分析TCGA数据库中胰腺癌的基因表达数据,识别与B细胞免疫浸润水平相关的基因模块.通过共表达网络和PPI交互网络分析,确定了9个枢...
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【中文期刊】 吴林峰 孙永吉 等 《温州医科大学学报》 2020年50卷6期 454-460页ISTICCA
【摘要】 目的:研究结直肠癌(CRC)患者和健康人大肠组织中免疫细胞的浸润情况,为后续开展肿瘤微环境的研究提供前期的分析结果和数据.方法:通过GEO数据库对51例正常人结直肠组织和333例CRC患者肿瘤组织的基因表达谱数据进行计算分析,通过CIBER...
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【中文期刊】 安覃景 梁成通 等 《国际检验医学杂志》 2020年41卷13期 1537-1541页ISTICCA
【摘要】 目的 对胃腺癌的免疫浸润细胞进行分析,以期寻找胃腺癌的免疫治疗靶点.方法 在公共数据库TCGA中进行检索,采用Perl脚本对数据进行整理,共纳入348例患者,包含343份肿瘤样本和30份正常样本,采用CIBERSORT反卷积算法估计肿瘤组织...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 储昭阳 朱向明 等 《右江民族医学院学报》 2020年42卷6期 716-722页
【摘要】 目的 通过分析肿瘤微环境(TME),确定与肾透明细胞癌(KIRC)关键基因相关的肿瘤浸润免疫细胞(TICs)的组成,揭示关键基因的独立预后价值.方法 应用CIBERSORT和ESTIMATE计算方法 ,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中计...
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【中文期刊】 王尧 巴宏军 等 《现代医院》 2020年20卷6期 891-894页
【摘要】 目的 通过基因组学分析建立胃癌免疫分型,并进一步探讨其免疫特征.方法 从TCGA数据库下载443例胃癌患者的基因表达谱及生存数据,通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)评分对患者进行分组;采用ES-TIMATE及CIBERSORT分别评估...
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【中文期刊】 韦婧 刘海洲 等 《健康之友》 2020年9期 26页
【摘要】 目的:分泌型凝集素(Intelectin-1,ITLN1)在多种癌症类型中起到了抑癌因子的作用,但是迄今为止,就我们所知关于结肠癌中ITLN1的研究很少.因此,迫切需要进一步探讨有关ITLN1在结肠癌中潜在的分子调控机制.方法:使用癌症基因...
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【中文期刊】 詹雪冰 董芳嫒 等 《包头医学院学报》 2019年35卷10期 1-3,32页CA
【摘要】 目的:探讨甲状腺癌免疫细胞的浸润模式及免疫相关基因的表达.方法:CIBERSORT是一种利用基因表达数据估计混合细胞中细胞类型丰度的分析工具.利用该软件的反卷积法分析肿瘤微环境中22种免疫细胞的浸润情况,并利用生存R包进行Kaplan-Me...
- 概要：
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【中文期刊】 李麟 宋翊 等 《细胞与分子免疫学杂志》 2022年38卷1期 16-23页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 分析熊去氧胆酸(UDCA)治疗应答不佳的差异表达基因,为原发性胆汁性胆管炎(PBC)的治疗提供理论依据.方法 通过检索基因表达数据集(GEO)数据库获得UDCA应答相关基因芯片数据集,筛选差异表达基因(DEG),构建蛋白相互作用网络图...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 Li Hui Huang Shi-En 等 《世界耳鼻咽喉头颈外科杂志（英文）》 2023年09卷4期 340-351页
【摘要】 Objectives::Allergic rhinitis (AR) refers to a form of respiratory inflammation that mainly affects the sinonasal mucosa...
- 概要：
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【中文期刊】 高一诚 张广智 等 《中华老年骨科与康复电子杂志》 2021年07卷4期 193-200页
【摘要】 目的:筛选椎间盘退变（IDD）组织与非退变组织间的关键（hub）基因，并进一步分析IDD组织中免疫细胞浸润情况。方法:从GEO数据库下载IDD表达谱芯片数据集，利用R软件筛选退变组织与非退变组织中的差异表达基因（DEGs），然后构建蛋白质-...
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