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【中文期刊】 盛华芳 周宏伟 《南方医科大学学报》 2015年7期 931-934页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 微生物组学是新兴学科，与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组，主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序列处理...
【中文期刊】 徐振江 《南方医科大学学报》 2015年2期 159-162页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 随着高通量技术的发展，生物数据大爆发式地增长。如何有效地利用生物大数据成为现代生物学的机遇和挑战。大数据和传统数据相比，呈现出很多不同的特点，包括常被提到的3个v（volume, variety, velocity即数据量的巨大、数据类型的...
【中文期刊】 Tao Wen Guoqing Niu 等 《蛋白质与细胞》 2023年14卷10期 713-725页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 With the gradual maturity of sequencing technology,many microbiome studies have published,driving the emergence and adva...
【关键词】 R package； microbiome； data analysis；
【中文期刊】 Chen Chen Lilan Hao 等 《遗传学报》 2021年48卷8期 716-726页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The vaginal microbiota is less complex than the gut microbiota,and the colonization of Lactobacillus in the female vagin...
【关键词】 Oral probiotics； Cervicovaginal microbiome； Shotgun metagenomic data；
【中文期刊】 亓合媛 孙清岚 等 《微生物学报》 2017年57卷6期 932-941页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 高通量技术的迅猛发展促使微生物生态学研究获得了重大突破,掀起了元基因组学(Metagenomics)研究的热潮.元基因组学通常被定义为对未培养的环境样本中微生物群体的DNA序列分析.随着微生物组学数据的日益剧增,微生物大数据的高效管理与分析...
【中文期刊】 陈洋 仇秦威 等 《中华炎性肠病杂志（中英文）》 2019年3卷3期 182-188页
【摘要】 本文对肠道菌群研究中的实验设计、样本采集和处理、信息分析方法的基本原理与面临的问题及解决方案进行总结和探讨;强调标准化的实验流程、信息分析及质控方法,构建参考基因组及基线数据库的重要性;并展望了绝对定量、无菌动物、体外模拟等关键技术的应用前...
【中文期刊】 侯东妮 童琳 等 《微生物与感染》 2016年11卷5期 262-267页 MEDLINEISTICCA
【摘要】 过去认为健康人肺部是无菌的，对疾病状态下呼吸道菌群的研究依赖传统培养技术。近年来，DNA测序技术应用于呼吸道标本的微生物检测，发现健康肺部存在复杂的微生物群。越来越多的证据表明，呼吸道微生物群在多种慢性呼吸道疾病发生和发展过程中扮演重要角色...
【外文期刊】 Rosen, GL ; Sokhansanj, BA ; 等 《Current genomics》 2009年10卷7期 493-510页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT; NAIVE BAYESIAN CLASSIFIER; RIBOSOMAL-RNA SEQUENCES;
【外文期刊】 Jiang, Shuang ; Xiao, Guanghua ; 等 2021年22卷3期 522-540页 SCISCIEMEDLINE
【外文期刊】 Bauer, Christian R. ; Knecht, Carolin ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2017年18卷3期 479-487页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 genomics; systems medicine; data analysis;
【外文期刊】 Zhao Ni ; Zhan Xiang ; 等 《Genetic epidemiology.》 2018年42卷5期 459-469页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 microbiome; compositional data; Hotelling's test;
【外文期刊】 Lampe, J. W ; Navarro, S. L ; 等 《Proceedings of the Nutrition Society》 2013年72卷2期 207-218页 SCISCIEMEDLINE
【外文期刊】 Zheng, Huiru ; Wang, Haiying ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2020年17卷3期 858-867页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Correlation; Animals; Methane;
【外文期刊】 Han, Yongli ; Baker, Courtney ; 等 《Statistics in Biosciences》 2021年13卷2期 243-266页
【关键词】 Longitudinal analysis; Microbiome compositional data; Shared random effects;
【外文期刊】 Wang, Jian ; Reyes-Gibby, Cielito C. ; 等 《Statistics in Biosciences》 2021年13卷2期 267-290页
【关键词】 Oral microbiome; Two-stage model; Zero-inflated negative binomial mixed effects model;
【外文期刊】 Bunyavanich, Supinda ; Schadt, Eric E. ; 《The Journal of Allergy and Clinical Immunology》 2015年135卷1期 31-42页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Systems biology; network; asthma;
【外文期刊】 Kaul, Abhishek ; Davidov, Ori ; 等 《Biostatistics》 2017年18卷3期 422-433页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Classification; High dimension; Microbiome data;
【外文期刊】 Nicholas R. LaBonte ; James Jacobs ; 等 《Fungal Ecology》 2018年35卷 1-9页
【关键词】 Endophytes; Epiphytes; Microbiome;
【外文期刊】 Amamoto, R. ; Shimamoto, K. ; 等 《Beneficial Microbe》 2022年13卷6期 453-464页
【关键词】 aging; diet; dietary variety;
【外文期刊】 Wang, Jingjing ; Wang, Jianing ; 等 《Microbiology Spectrum》 2021年9卷1期
【关键词】 Myxococcales; geographical diversity; global distribution;
【外文期刊】 Bu, Kevin ; Wallach, David S. ; 等 2022年23卷1期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 correlation analysis; statistics; microbiome;
【外文期刊】 Rodman Turpin ; Natalie Slopen ; 等 2021年190卷11期 2374-2383页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 bacterial vaginosis; community state type; lactobacillus;
【外文期刊】 Zhang, Liangliang ; Shi, Yushu ; 等 《Biometrics: Journal of the Biometric Society : An International Society Devoted to the Mathematical and Statistical Aspects of Biology》 2021年77卷3期 824-838页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Bayesian variable selection; compositional covariates; Ising prior;
【外文期刊】 Mai, Volker ; Prosperi, Mattia ; 等 《Annals of epidemiology》 2016年26卷5期 306-310页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Microbiome; Causality; Big data;
【外文期刊】 Rello, J. ; van Engelen, T. S. R. ; 等 《Clinical microbiology and infection: European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases》 2018年24卷12期 1264-1272页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Big data; Biomarkers; Host defence;
【外文期刊】 Sankaran, Kris ; Holmes, Susan P. ; 《Biostatistics》 2019年20卷4期 599-614页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Microbiome; Microbial ecology; Latent Dirichlet allocation;
【外文期刊】 Paul N.Baird ; PirroHysi ; 《Twin research and human genetics :》 2019年22卷4期 201-209页
【关键词】 Registries; data; omics;
【外文期刊】 Sun, Y. ; Cai, Y. ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2012年13卷1期 107-121页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 16S rRNA; Clustering; Human microbiome;
【外文期刊】 Ye, Peng ; Qiao, Xinhui ; 等 《Statistical methods in medical research》 2022年31卷11期 2237-2254页
【关键词】 Latent class; microbiome data; negative binomial model;
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