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            1. Energy landscapes and dynamics of ion translocation through membrane transporters: a meeting ground for physics, chemistry, and biology. oa

            【外文期刊】 Sunil,Nath ; 《Journal of biological physics》 2021年47卷4期 401-433页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Bistability and dynamics; Charge self-energy and charge compensation; Charge/ion pairs in proteins;

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            2. Locking the active conformation of c-Src kinase through the phosphorylation of the activation loop. oa

            【外文期刊】 Yilin,Meng ; Benoît,Roux ; 《Journal of molecular biology》 2014年426卷2期 423-35页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 MD; MFEP; PMF;

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            3. Investigating the structural impact of Omicron RBD mutation on antibody escape and receptor management.

            【外文期刊】 Samvedna,Saini ; Savita,Pareekh ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2024年42卷9期 4668-4678页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 SARS-CoV-2; free-energy landscapes; immune escape;

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            4. Photoprotective conformational dynamics of photosynthetic light-harvesting proteins.

            【外文期刊】 Premashis,Manna ; Gabriela S,Schlau-Cohen ; 《Biochimica et biophysica acta. Bioenergetics》 2022年1863卷4期 148543页

            【关键词】 Free-energy landscapes; Photoprotection; Photosynthetic light harvesting;

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            5. Analysing single-molecule trajectories to reconstruct free-energy landscapes of cyclic motor proteins.

            【外文期刊】 N J,López-Alamilla ; M W,Jack ; 等 《Journal of theoretical biology》 2019年462卷 321-328页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Brownian motion; Free-energy landscapes; Motor proteins;

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            6. Folding kinetics of WW domains with the united residue force field for bridging microscopic motions and experimental measurements. oa

            【外文期刊】 Rui,Zhou ; Gia G,Maisuradze ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2014年111卷51期 18243-8页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 FBP28 WW domain; folding rates; free-energy landscapes;

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            7. Free-energy landscapes of transmembrane homodimers by bias-exchange adaptively biased molecular dynamics.

            【外文期刊】 Shingo,Ito ; Yuji,Sugita ; 《Biophysical chemistry》 2024年307卷 107190页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Collective variables; Enhanced sampling methods; Free-energy landscapes;

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            8. Deciphering Conformational Changes of the GDP-Bound NRAS Induced by Mutations G13D, Q61R, and C118S through Gaussian Accelerated Molecular Dynamic Simulations. oa

            【外文期刊】 Zhiping,Yu ; Hongyi,Su ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2022年27卷17期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 GDP; MR-GaMD simulations; NRAS;

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            9. Structural insights into conformational stability and binding of thiazolo-[2,3-b] quinazolinone derivatives with EGFR-TKD and in-vitro study. oa

            【外文期刊】 Showkat,Ahmad Mir ; Prajna,Paramita Mohanta ; 等 《Saudi journal of biological sciences》 2022年29卷12期 103478页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Apoptosis; EGFR-TKD; Free energy Landscapes;

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            10. Evidence of evolutionary selection for cotranslational folding. oa

            【外文期刊】 William M,Jacobs ; Eugene I,Shakhnovich ; 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2017年114卷43期 11434-11439页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 cotranslational folding; free-energy landscapes; protein-folding intermediates;

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            11. Exploration of nucleoprotein α-MoRE and XD interactions of Nipah and Hendra viruses.

            【外文期刊】 Xu,Shang ; Wenting,Chu ; 等 《Journal of molecular modeling》 2018年24卷5期 113页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Coupled binding-folding; Free energy landscapes; Hybrid structure-based model;

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            12. Assessing AF2's ability to predict structural ensembles of proteins.

            【外文期刊】 Jakob R,Riccabona ; Fabian C,Spoendlin ; 等 《Structure (London, England : 1993)》 2024年32卷11期 2147-2159.e2页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 NMR; X-ray; antibodies;

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            13. Probing mutation-induced conformational transformation of the GTP/M-RAS complex through Gaussian accelerated molecular dynamics simulations. oa

            【外文期刊】 Huayin,Bao ; Wei,Wang ; 等 《Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry》 2023年38卷1期 2195995页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 M-RAS GTP Gaussian accelerated molecular dynamics free energy landscapes principal component analysis;

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            14. Mutation-mediated influences on binding of anaplastic lymphoma kinase to crizotinib decoded by multiple replica Gaussian accelerated molecular dynamics.

            【外文期刊】 Jianzhong,Chen ; Wei,Wang ; 等 《Journal of computer-aided molecular design》 2020年34卷12期 1289-1305页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Drug resistance; Free energy landscapes; MM-GBSA;

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            15. Exploring the activation pathway and Gi-coupling specificity of the μ-opioid receptor. oa

            【外文期刊】 Dibyendu,Mondal ; Vesselin,Kolev ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2020年117卷42期 26218-26225页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 G-protein selectivity; activation mechanism; free energy landscapes;

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            16. Computational investigation of a ternary model of SnoN-SMAD3-SMAD4 complex.

            【外文期刊】 Mingfei,Ji ; Yelei,Ding ; 等 《Computational biology and chemistry》 2019年83卷 107159页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Conformational ensemble; Free energy landscapes; Molecular dynamics simulations;

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            17. Exploring the deactivation mechanism of human β2 adrenergic receptor by accelerated molecular dynamic simulations.

            【外文期刊】 Jianzhong,Chen ; Jian,Wang ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2022年9卷 972463页

            【关键词】 G protein-coupled receptors; GaMD simulations; deactivation mechanism;

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            18. Rational design of self-assembly pathways for complex multicomponent structures. oa

            【外文期刊】 William M,Jacobs ; Aleks,Reinhardt ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2015年112卷20期 6313-8页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 DNA nanotechnology; free-energy landscapes; nucleation;

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            19. Evaluation of the efficacy of marine natural products against PARP-1/2 proteins in high-grade serous ovarian cancer: insights into MD and SMD simulations.

            【外文期刊】 Sridhar,Priyankha ; Muthuramalingam,Prakash ; 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 1-15页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 (+)-zampanolide; HGSOC; PARP-1;

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            20. Exploring Large Domain Motions in Proteins Using Atomistic Molecular Dynamics with Enhanced Conformational Sampling. oa

            【外文期刊】 Hisham M,Dokainish ; Yuji,Sugita ; 《International journal of molecular sciences》 2020年22卷1期 SCIMEDLINE

            【关键词】 enhanced conformational sampling algorithm; free energy landscapes; gREST_SSCR;

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            21. Energy landscapes and catalysis in nitric-oxide synthase. oa

            【外文期刊】 Anna,Sobolewska-Stawiarz ; Nicole G H,Leferink ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2014年289卷17期 11725-11738页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Calmodulin; Enzyme Kinetics; Flavoproteins;

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            22. On the distance between A and B in molecular configuration space

            【外文期刊】 Tsai, Sun-Ting ; Tiwary, Pratyush ; 2021年47卷4/6期 449-456页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Kinetics; reaction coordinate; molecular dynamics;

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            23. Free-Energy Landscapes for Macromolecules that Form a Unique 3D Structure

            【外文期刊】 K. V. Shaitan ; 《Biophysics》 2018年63卷5期 675-682页 MEDLINE

            【关键词】 3D structure of proteins; energy funnel; free-energy surface;

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            24. Nonlinear machine learning in simulations of soft and biological materials

            【外文期刊】 Wang, J. ; Ferguson, A. L. ; 《Molecular simulation》 2018年44卷13/15期 1090-1107页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Enhanced sampling; free energy landscapes; non-linear manifold learning;

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            25. Energy landscapes and dynamics of ion translocation through membrane transporters: a meeting ground for physics, chemistry, and biology

            【外文期刊】 Nath Sunil ; 《Journal of Biological Physics》 2021年47卷4期 401-433页 SCISCIE

            【关键词】 Free energy landscapes; Electrostatic Gibbs energy barriers; Frustrated systems;

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            26. Avoiding non-equilibrium effects in adaptive biasing force calculations

            【外文期刊】 Miao, Mengyao ; Fu, Haohao ; 等 2021年47卷4/6期 390-394页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Free-energy calculations; time-dependent bias; non;

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            27. Computational methods for exploring protein conformations

            【外文期刊】 Allison, Jane R. ; 2020年48卷4期 1707-1724页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 EXCHANGE MOLECULAR-DYNAMICS; FREE-ENERGY LANDSCAPES; MARKOV STATE MODELS;

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            28. Analysing single-molecule trajectories to reconstruct free-energy landscapes of cyclic motor proteins

            【外文期刊】 Lopez-Alamilla, N. J. ; Jack, M. W. ; 等 《Journal of Theoretical Biology》 2019年462卷 321-328页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Motor proteins; Single molecule experiments; Brownian motion;

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            29. Locking the active conformation of c-Src kinase through the phosphorylation of the activation loop

            【外文期刊】 Meng,Y. ; Roux,B. ; 《Journal of Molecular Biology》 2014年426卷2期 423-435页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 activation loop; c-Src kinase; free-energy landscapes;

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