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                【中文期刊】 Yiran Shan  Qian Zhang  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报(英文版)》 2022年20卷5期 974-988页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Sequencing-based spatial transcriptomics(ST)is an emerging technology to study in situ gene expression patterns at the w...

                【关键词】 Spatial transcriptomicsMultimodal information integrationNetwork-based analysis

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                【中文期刊】 Wen-Jia Wang  Liu-Xi Chu  等 《军事医学研究(英文版)》 2024年11卷3期 430-448页

                【摘要】 The respiratory system's complex cellular heterogeneity presents unique challenges to researchers in this field.Although...

                【关键词】 Spatial transcriptomicsLungTumor

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                【中文期刊】 Yuying Huo  Yilang Guo  等 《遗传学报》 2023年50卷9期 720-733页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Recent advances in spatially resolved transcriptomic technologies have enabled unprecedented oppor-tunities to elucidate...

                【关键词】 Spatial transcriptomicsSpatial domain detectionMulti-modal integration

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                【中文期刊】 Yali Chen  Yiyong Wei  等 《中国神经再生研究(英文版)》 2025年20卷11期 3302-3316页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Glial cells play crucial roles in regulating physiological and pathological functions,including sensation,the response t...

                【关键词】 astrocyteglial cellhuman

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                【中文期刊】 Muhammad Junaid  Eun Jeong Lee  等 《中国神经再生研究(英文版)》 2025年20卷6期 1525-1540页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Elucidating the complex dynamic cellular organization in the hypothalamus is critical for understanding its role in coor...

                【关键词】 cellular diversityhypothalamusmulti-omics

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                【中文期刊】 姚琪  苏延池  等 《生理科学进展》 2025年56卷3期 219-225页ISTICPKUCA

                【摘要】 空间转录组学(spatial transcriptomics)在识别特定基因表达模式、发现新的细胞类型标志物,以及揭示细胞自组织和共协作方面发挥重要作用.本文系统分类并回顾了近年来基于人工智能理论和技术开发的空间转录组学数据分析方法,这些方...

                【关键词】 空间转录组聚类图神经网络

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                【中文期刊】 曹红艳  刘改琴  等 《中国卫生统计》 2025年42卷4期 486-490,495页ISTICPKUCSCD

                【摘要】 目的 提出局部加权集成空间域识别(locally weighted ensemble based spatial domain identification,LWESDI)方法,探讨LWESDI方法在乳腺癌空间转录组学数据空间域识别中的应用...

                【关键词】 局部加权集成空间转录组空间域识别

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                【中文期刊】 陈子睿  杨博然  等 《生物信息学》 2025年23卷1期 40-49页ISTIC

                【摘要】 空间转录组(Spatial transcriptomics,ST)测序技术可以捕获多个细胞的空间位置信息,但无法达到单细胞分辨率,阻碍了对细胞类型异质性空间模式和基因表达特异性的解析.针对ST数据,本文提出了基于DenseNet网络结构和C...

                【关键词】 空间转录组数据解卷积DenseNet

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                【中文期刊】 Panpan Chen  Zihan Zhu  等 《药物分析学报(英文版)》 2024年14卷4期 552-561页SCIMEDLINEISTICCSCDCA

                【摘要】 Eclipta prostrata L.has been used in traditional medicine and known for its liver-protective properties for centuries.We...

                【关键词】 Spatial metabolomicsTranscriptomicsNon-alcoholic fatty liver disease

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                【中文期刊】 万令飞  潘文婷  等 《生物技术进展》 2025年15卷4期 645-654页

                【摘要】 肝脏疾病的发生和发展受到多种细胞类型及其空间组织方式的精细调控.空间转录组学(spatial transcriptomics,ST)可在组织切片水平实现基因表达的空间定位,目前已成为解析肝脏疾病微环境动态变化的重要技术.综述总结了ST技术在...

                【关键词】 空间转录组肝病研究肝细胞癌

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                【中文期刊】 Jianlin Du  Xin Yuan  等 《药物分析学报(英文版)》 2023年13卷8期 894-907页SCIMEDLINEISTICCSCDCA

                【摘要】 Tbx18,Wt1,and Tcf21 have been identified as epicardial markers during the early embryonic stage.However,the gene markers...

                【关键词】 Epicardial cellsGene markersSingle-cell sequencing

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                【中文期刊】 陈永亮  王佐林  《口腔颌面外科杂志》 2024年34卷2期 143-145页ISTIC

                【摘要】 骨组织中细胞的结构和功能异质性与其空间位置密切相关.空间转录组(spatial transcriptomics)技术能够同时获得组织内空间单元的位置信息和转录组变化.近年来,空间转录组技术的迅速发展使组织器官的高分辨率和高通量转录组分析得以...

                【关键词】 空间转录组下一代测序骨髓微环境

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                【中文期刊】 Zhenghui Wang  Ruoyan Dai  等 《遗传学报》 2025年52卷5期 689-705页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 KanCell is a deep learning model based on Kolmogorov-Arnold networks(KAN)designed to enhance cellular heterogeneity anal...

                【关键词】 Spatial transcriptomicsCell type deconvolutionSingle-cell RNA sequencing

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                【中文期刊】 Song Mei  Xiaolei Wang  等 《遗传学报》 2025年52卷9期 1121-1132页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Although the spatial characteristics within the tumor microenvironment of lung adenocarcinoma(LUAD)have been identified,...

                【关键词】 Lung adenocarcinomaSpatial transcriptomicsscRNA-seq

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                【中文期刊】 Xue Sun  Wei Zhang  等 《遗传学报》 2025年52卷1期 93-104页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Recent advances in spatially resolved transcriptomics(SRT)have provided new opportunities for charac-terizing spatial st...

                【关键词】 Spatial domain identificationSpatially resolved transcriptomicsMulti-head graph attention networks

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                【中文期刊】 姜宇佳  荆泽华  等 《中国生物工程杂志》 2024年44卷1期 19-31页ISTICPKUCSCDCA

                【摘要】 时空组学技术(spatiotemporal omics technology)是对组织或细胞在连续的时间和空间维度内观测或检测生命多组学表达和调控特征的技术统称,可以在亚细胞、细胞、组织、器官、个体、群体和进化水平解析由遗传分子决定的生命现...

                【关键词】 时空组学空间转录组发育生物学

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                【中文期刊】 Mengnan Cheng  Yujia Jiang  等 《遗传学报》 2023年50卷9期 625-640页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 The ability to explore life kingdoms is largely driven by innovations and breakthroughs in technology,from the invention...

                【关键词】 Spatially resolved transcriptomicsBioinformatic toolsSpatial single-cell

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                【中文期刊】 Xinbin Tang  Jiayu Chen  等 《遗传学报》 2023年50卷9期 652-660页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Spatial transcriptomics enables the study of localization-indexed gene expression activity in tissues,providing the tran...

                【关键词】 Spatial transcriptomicsIn situ sequencingSingle cell

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                【中文期刊】 Hu-Yao Zhou  Xia Wang  等 《中国神经再生研究(英文版)》 2025年20卷12期 3606-3619页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

                【摘要】 Secondary injury following spinal cord injury is primarily characterized by a complex inflammatory response,with residen...

                【关键词】 acute inflammationbioinformatics analysisfibroblast

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                【中文期刊】 熊明福  孔思远  等 《中国生物化学与分子生物学报》 2025年41卷11期 1566-1578页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

                【摘要】 骨骼肌作为机体重要组织(约占体重40%),由肌纤维、肌肉干细胞和内皮细胞等多种细胞类型构成,通过时序与空间特异性调控参与运动、能量代谢及内环境稳态等生理过程.其发育分为胚胎期和出生后两个关键阶段,异常发育可导致肌营养不良等疾病,并直接影响畜...

                【关键词】 骨骼肌发育单细胞转录物组学空间组学

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                【中文期刊】 田雅昕  崔丁童  等 《中国卫生统计》 2025年42卷6期 826-834,842页ISTICPKUCSCD

                【摘要】 目的 探讨图注意力自动编码器框架(spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention au-to-encoder,STAGATE)在乳腺癌空间转录组学数据中...

                【关键词】 空间转录组学空间域图注意力自编码器

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                【中文期刊】 刘改琴  杨琪  等 《中国卫生统计》 2025年42卷6期 843-848,855页ISTICPKUCSCD

                【摘要】 目的 探讨空间主成分分析(spatial principal component analysis,spatial PCA)在卵巢癌(ovarian cancer,OC)空间转录组学数据空间域识别中的应用,识别在基因表达和组织学上空间一致的...

                【关键词】 spatial PCA降维空间转录组空间域识别

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                【中文期刊】 李刘佳钰  王成  等 《中国生物化学与分子生物学报》 2025年41卷11期 1610-1621页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

                【摘要】 间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs)因其多向分化潜能和免疫调节特性,在再生医学中具有广阔应用前景,但其功能异质性和微环境依赖性仍是临床应用的重大挑战.近年来,单细胞转录物组测序(single-cell tr...

                【关键词】 单细胞转录物组测序空间转录物组测序间充质干细胞

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                【中文期刊】 孙瑞状  乔坤朋  等 《上海交通大学学报(医学版)》 2025年45卷11期 1490-1501页ISTICPKUCSCDCA

                【摘要】 目的·探讨ATP结合盒转运蛋白A7(ATP-binding cassette subfamily A member 7,ABCA7)基因在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中的预后评估价值,为CRC的精准诊断和个性化治疗...

                【关键词】 ATP结合盒转运蛋白A7结直肠癌空间转录组

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                【中文期刊】 葛秦涛  徐文浩  等 《现代泌尿外科杂志》 2025年30卷11期 938-946页ISTICCA

                【摘要】 目的 分析肾透明细胞癌(ccRCC)中癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性谱系,并探讨抗原呈递CAF(apCAF)与三级淋巴结构(TLS)空间分布和形成之间的关系.方法 整合7个ccRCC单细胞测序转录组队列(n=88),运用Harmony...

                【关键词】 透明细胞肾细胞癌三级淋巴结构癌症相关成纤维细胞

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                【中文期刊】 束长新  韦晨  等 《实用临床医药杂志》 2025年29卷7期 92-99页ISTICCA

                【摘要】 目的 运用机器学习算法分析单细胞测序数据和空间转录组数据,探讨线粒体自噬相关基因在结肠癌中的作用.方法 采用支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)和随机森林算法筛选关键的线粒体自噬相关基因,结合单细胞测序数据和空间转录组数据,对细胞间相互...

                【关键词】 结肠癌单细胞测序空间转录组

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                【中文期刊】 吴科俊  张嘉铭  等 《湖北医药学院学报》 2025年44卷6期 663-671页ISTICCA

                【摘要】 目的:探讨E2F转录因子 5(E2F5)在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达模式,对细胞增殖的影响及其与免疫微环境的关系.方法:利用10X Genomics Visium平台空间转录组数据分析E2F5 的空间分布特征;基于单细胞RNA测序数...

                【关键词】 E2F转录因子5口腔鳞状细胞癌空间转录组

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                【中文期刊】 耿逸凡  孔健达  等 《食品与药品》 2025年27卷3期 204-212页ISTICCA

                【摘要】 目的 探究人脐带间充质干细胞(hUC-MSC)对帕金森病(PD)模型中少突胶质细胞(oligodendrocyte,OL)谱系的调控作用.方法 构建1-甲基-4苯基-1,2,3,6四氢吡啶(MPTP)诱导的PD小鼠模型,经尾静脉多次注射hU...

                【关键词】 帕金森病人脐带间充质干细胞少突胶质细胞谱系

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                【中文期刊】 Maopeng Wang  Yuanlin Wang  等 《食品科学与人类健康(英文)》 2025年14卷11期 4669-4681页

                【摘要】 Icariin is a natural product that possesses numerous pharmaceutical properties.Thus,this study aimed to investigate the ...

                【关键词】 IcariinFerroptosisAged osteoporosis

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