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【会议论文】林锦霞 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 克隆测序短小芽孢杆菌木聚糖酶基因,在同源模建所得三维结构的基础上寻找底物结合可能的活性口袋,用计算机模拟其与底物木聚糖的对接,预测酶与催化反应过程的关键氨基酶残基。所得的信息对木聚糖酶的定向改造有重要意义。
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【会议论文】肖强海 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 早期应答基因是一类调控生物体细胞分化,个体发育和应对体内外刺激变化的重要功能基因。它们的表达不依赖于新蛋白的合成,同时受到严格调控,通常处于很低的水平,但却能在特定的生理或病理过程中出现显著的表达变化。这种变化不同于表达水平稳定的看家基因,...
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【会议论文】刘满强 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 本文针对已有的蛋白质二级结构模型存在的不足,提出了一种新的基于数据挖掘技术的递归神经网络的模型ENN,并利用遗传BP算法作为该模型的学习算法。通过相关的实验与结果分析,证明了该模型的有效性。
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【会议论文】刘伟 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 DNA计算是一种以分子生物学为基础的全新算法。较之电子计算具有较高并行性,可为电子计算机在多项式时间内解决不了的NP-完全问题的提供解法。这里主要介绍了DNA计算所研究的,目前取得了较大进展NP完全问题--SAT(可满足性)问题具有代表性的...
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【会议论文】王树林 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 基于基因表达谱的肿瘤分类方法有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤诊断方法。但由于基因表达谱数据存在维数过高、样本量很小以及基因冗余和噪音大等特点,使得提取与肿瘤有关的信息基因成为一件有挑战性的工作。在总结肿瘤分类研究成果的基础上,首先从总...
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【会议论文】程俊 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 合作式协同进化算法是多个子种群通过适应度的关联而进化的新型算法,常常应用于那些多目标、规模大的优化问题。本文在合作式协同进化遗传算法的基础上,提出进一步模拟自然界中的灾变现象,在原先的算法中加入灾变算子,提高算法的性能,尤其是解决了重要的不...
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【会议论文】熊赟 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 随着生物测序技术的发展,以DNA序列和蛋白质序列为主的生物序列数据呈指数增长,但测序只是探索生命本质的第一步,对这些序列数据的深入研究,解读其中所包含的信息进而理解生命是人们在后基因组时代面临的主要任务,也是生物信息学的核心问题之一。开展这...
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【会议论文】陈晓辉 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 DNA微阵列技术在一次实验中可以产生了全基因组的基因表达数据,如何从这些海量的表达数据中挖掘出我们感兴趣的基因之间相互作用的信息,即反向工程,是目前的研究热点之一。本文将介绍一种整合生物学知识先验的方法,基于现有的贝叶斯网络框架,对DNA微...
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【会议论文】徐旭东 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 聚类分析是基因表达数据分析中使用最为广泛的一类方法。本文提出一种基于数据挖掘的模糊关联规则的基因关联模糊聚类算法(GRFCA)对基因表达数据进行聚类分析,并对此算法进行深入的分析研究,最后用实验数据对GRFCA聚类算法和多种传统聚类算法在性...
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【会议论文】吴建盛 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 随着对各种生物的基因组序列测序工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利。本文中,我们对三种细菌基因组模拟插入一些水平转移基因,通过提取基因密码子使用个数的序列特征,使用支持向量机的方法,预测...
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【会议论文】杨锡南 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 本文研究目标是从大规模芯片数据中检测显著性保守的癌症预后标志基因。论文利用了最新的基因芯片表达数据元分析(meta-analysis)手段一一排序的基因列表的相似性打分算法(Similarities of Ordered Gene List...
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【会议论文】项俊平 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 本文我们提出一种全新的蛋白质结构比对方法,它是完全意义上的序列次序无关的结构比对方法,可以发现所谓的“循环排列”和逆序的比对。首先我们给出了蛋白质主链α碳坐标的四面体序列等价表示,证明了这种表示是充分的;对每个四面体提取了六维的不变量向量,...
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【会议论文】黄甲平 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 基因表达调控是后基因组时代研究的一个重点。作为基因转录调控信息的载体,转录调控元件在基因转录过程中起着重要的作用。因此,分析和识别转录调控元件以及了解它们的功能是理解和解释整个基因组行为的重要步骤。本文我们开发了基于位置权重矩阵算法的调控元...
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【会议论文】刘志华 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 戊型肝炎病毒是发展中国家急型肠道传染疾病的主要起因,主要发生在欠发达地区。零星的戊肝发生案例也在发达国家被报道,可能是传染区域输入病源或是本地病源。戊肝的研究和疫苗的研制涉及到戊肝病毒的分型。目前,戊肝病毒的分型已成为一个备受关注的研究课题...
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【会议论文】王秀荷 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 前期对酵母基因上游序列的分析结果显示高效转录基因上游的序列在长度、寡核苷酸使用、以及寡核苷酸在序列中的分布等方面都有着区别于低效转录基因上游序列的特征,而且高效转录基因上游序列中含有较多潜在的转录因子结合位点。观察实验获得的转录调控位点,发...
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【会议论文】徐旭东 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 本文提出了一种基于Web的基因表达数据管理系统的设计方案。本系统采用两套数据库SampleDataBase和GeneInformationDataBase,使用R和Biocondutor提供的方法分析基因表达数据,为用户提供统一的平台,简化...
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【会议论文】左先波 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 基于MATLAB的Bioinformatics Toolbox在互联网平台上读取扬子鳄线粒体全序列并对其碱基组成、密码子偏倚性、开放阅读框及CpG岛进行统计分析;读取包括扬子鳄在内的16种鳄类12s rRNA、16s rRNA、Cytb序列...
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【会议论文】陈春 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 当细胞受压力胁迫时,线粒体外膜通透性增加,同时线粒体膜间促凋亡分子会向胞质中释放,从而激活下游的凋亡事件。Bcl-2家族蛋白直接参与调节线粒体外膜上的凋亡分子释放孔道的形成。我们综合了线粒体外膜渗漏的两种调控机制,用布朗动力学描述Bcl-2...
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【会议论文】王金华 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 多数RNA分子的结构在进化申是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。本文提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变...
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【会议论文】马彬广 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 蛋白质折叠是当今分子生物学领域中的核心问题之一。揭示蛋白折叠机理的一个重要方面,就是找出蛋白质折叠速率的决定因素。近年来,该领域的研究取得了很大的进展,提出了许多经验参数,例如、接触序、长程序、总接触距离、二级结构含量、有效长度、组成指标等...
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【会议论文】黄健 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 拟位(mimotope)或称“模拟位”或“模拟表位”,是能模拟天然表位与相应抗体结合的多肽。通过噬菌体展示技术,常常能够得到大量拟位及其序列。研究分析这些拟位,在基础研究中往往有助于阐明蛋白质相互作用的位点与网络,在应用研究中有助于诊断试剂...
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【会议论文】张青青 2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006年
【摘要】 疾病和SNP(single nucleotide polymorphism SNP)的相关性已引起人们越来越多的关注。吴健雄实验室构建了一个疾病相关SNP位点分析系统,研究疾病和SNP位点的相关性。目前研究SNP的主要方法是生物芯片技术。然...
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