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            1. Comparative and population mitogenomic analyses of Madagascar's extinct, giant 'subfossil' lemurs

            【外文期刊】 Kistler, Logan ; Ratan, Aakrosh ; 等 《Journal of Human Evolution》 2015年79卷 45-54页

            【关键词】 Paleogenomics; Malagasy biodiversity; Extinction genomics;

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            2. SONiCS: PCR stutter noise correction in genome-scale microsatellites

            【外文期刊】 Kedzierska, Katarzyna Z. ; Gerber, Livia ; 等 《Bioinformatics》 2018年34卷23期 4115-4117页 SCISCIEMEDLINE

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            3. The Germline Variants rs61757955 and rs34988193 Are Predictive of Survival in Lower Grade Glioma Patients

            【外文期刊】 Chatrath, Ajay ; Kiran, Manjari ; 等 《Molecular cancer research: MCR》 2019年17卷5期 1075-1086页 SCISCIEMEDLINE

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            4. Identification of African-Specific Admixture between Modern and Archaic Humans

            【外文期刊】 Wall, Jeffrey D. ; Ratan, Aakrosh ; 等 2019年105卷6期 1254-1261页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DETECTING ANCIENT ADMIXTURE; PLEISTOCENE HOMO-SAPIENS; NEANDERTHAL ANCESTRY;

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            5. Identification of African-Specific Admixture between Modern and Archaic Humans

            【外文期刊】 Wall, Jeffrey D. ; Ratan, Aakrosh ; 等 《The American Journal of Human Genetics》 2019年105卷6期 1254-1261页 SCISCIEMEDLINE

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            6. The quest to resolve recent radiations: Plastid phylogenomics of extinct and endangered Hawaiian endemic mints (Lamiaceae)

            【外文期刊】 Welch, Andreanna J. ; Collins, Katherine ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2016年99卷 16-33页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Hawaii; Lamiaceae; Phylogenomics;

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            7. Upregulation of human endogenous retrovirus-K (HML-2) mRNAs in hepatoblastoma: Identification of potential new immunotherapeutic targets and biomarkers

            【外文期刊】 Grabski, David F. ; Ratan, Aakrosh ; 等 《Journal of Pediatric Surgery: Official Journal of the Surgical Section of the American Academy of Pediatric, the British Association of Paediatric Surgeons, the American Pediatric Surgical Association, and the Canadian Association of Paediatric Surgeons》 2021年56卷2期 286-292页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Human endogenous retrovirus-K; Hepatoblastoma; Fetal tumor;

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            8. Genomic landscape of TCRαβ and TCRγδ T-large granular lymphocyte leukemia. oa

            【外文期刊】 HeeJin,Cheon ; Jeffrey C,Xing ; 等 《Blood》 2022年139卷20期 3058-3072页 SCIMEDLINECABP

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            9. The mitochondrial genome sequence of the Tasmanian tiger (Thylacinus cynocephalus). oa

            【外文期刊】 Webb,Miller ; Daniela I,Drautz ; 等 《Genome research》 2009年19卷2期 213-20页 SCIMEDLINECABP

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            10. Genetic Variation in Reproductive Investment Across an Ephemerality Gradient in Daphnia pulex. oa

            【外文期刊】 Karen B,Barnard-Kubow ; Dörthe,Becker ; 等 《Molecular biology and evolution》 2022年39卷6期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Daphnia ; facultative sex; male production;

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            11. CCL22 mutations drive natural killer cell lymphoproliferative disease by deregulating microenvironmental crosstalk. oa

            【外文期刊】 Constance,Baer ; Shunsuke,Kimura ; 等 《Nature genetics》 2022年54卷5期 637-648页 SCIMEDLINECABP

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            12. Data characterizing the chloroplast genomes of extinct and endangered Hawaiian endemic mints (Lamiaceae) and their close relatives.

            【外文期刊】 Andreanna J,Welch ; Katherine,Collins ; 等 《Data in brief》 2016年7卷 900-22页

            【关键词】 Genome structure; Hawaii; Lamiaceae;

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            13. Polar and brown bear genomes reveal ancient admixture and demographic footprints of past climate change. oa

            【外文期刊】 Webb,Miller ; Stephan C,Schuster ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2012年109卷36期 E2382-90页 SCIMEDLINECABP

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            14. Differential Infiltration of Key Immune T-Cell Populations Across Malignancies Varying by Immunogenic Potential and the Likelihood of Response to Immunotherapy.

            【外文期刊】 Islam,Eljilany ; Sam,Coleman ; 等 《Cells》 2024年13卷23期

            【关键词】 RNA expression; T-cell; bladder cancer;

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            15. The microbiomes of blowflies and houseflies as bacterial transmission reservoirs.

            【外文期刊】 Ana Carolina M,Junqueira ; Aakrosh,Ratan ; 等 《Scientific reports》 2017年7卷1期 16324页

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            16. Intraspecific phylogenetic analysis of Siberian woolly mammoths using complete mitochondrial genomes. oa

            【外文期刊】 M Thomas P,Gilbert ; Daniela I,Drautz ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2008年105卷24期 8327-32页 SCIMEDLINECABP

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            17. Comparison of sequencing platforms for single nucleotide variant calls in a human sample. oa

            【外文期刊】 Aakrosh,Ratan ; Webb,Miller ; 等 《PloS one》 2013年8卷2期 e55089页 SCIMEDLINECABP

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            18. Functional Architecture of Deleterious Genetic Variants in the Genome of a Wrangel Island Mammoth. oa

            【外文期刊】 Erin,Fry ; Sun K,Kim ; 等 《Genome biology and evolution》 2020年12卷3期 48-58页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 functional evolution; genome evolution; mammoth;

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            19. The Indian cobra reference genome and transcriptome enables comprehensive identification of venom toxins. oa

            【外文期刊】 Kushal,Suryamohan ; Sajesh P,Krishnankutty ; 等 《Nature genetics》 2020年52卷1期 106-117页 SCIMEDLINECABP

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            20. Germline Variants That Affect Tumor Progression. oa

            【外文期刊】 Ajay,Chatrath ; Aakrosh,Ratan ; 等 《Trends in genetics : TIG》 2021年37卷5期 433-443页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 cancer therapy; germline variants; personalized medicine;

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            21. Mitogenomes reveal diversity of the European Lyme borreliosis vector Ixodes ricinus in Italy.

            【外文期刊】 Giovanna,Carpi ; Andrew,Kitchen ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2016年101卷 194-202页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Coalescent; Genetic diversity; Ixodes;

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            22. SONiCS: PCR stutter noise correction in genome-scale microsatellites. oa

            【外文期刊】 Katarzyna Z,Kedzierska ; Livia,Gerber ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2018年34卷23期 4115-4117页 SCIMEDLINECABP

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            23. Some phenotype association tools in Galaxy: looking for disease SNPs in a full genome.

            【外文期刊】 Belinda M,Giardine ; Cathy,Riemer ; 等 《Current protocols in bioinformatics》 2012年Chapter 15卷 15.2.1-15.2.27页

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            24. Genomic analysis of DNA repair genes and androgen signaling in prostate cancer. oa

            【外文期刊】 Kasey,Jividen ; Katarzyna Z,Kedzierska ; 等 《BMC cancer》 2018年18卷1期 960页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Androgen receptor; DNA repair and DNA damage response; Prostate cancer;

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            25. Identification of African-Specific Admixture between Modern and Archaic Humans. oa

            【外文期刊】 Jeffrey D,Wall ; Aakrosh,Ratan ; 等 《American journal of human genetics》 2019年105卷6期 1254-1261页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Denisovan; GenomeAsia project; Neanderthal;

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            26. Germline variants predictive of tumor mutational burden and immune checkpoint inhibitor efficacy.

            【外文期刊】 Ajay,Chatrath ; Aakrosh,Ratan ; 等 《iScience》 2021年24卷3期 102248页

            【关键词】 Cancer; Genetics; Genomics;

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            27. Implementation of a Hamming distance-like genomic quantum classifier using inner products on ibmqx2 and ibmq_16_melbourne.

            【外文期刊】 Kunal,Kathuria ; Aakrosh,Ratan ; 等 《Quantum machine intelligence》 2020年2卷1期 1-26页

            【关键词】 Genomic classifier; Quantum algorithms; Quantum classifier;

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            28. Telomere length is not a main factor for the development of islet autoimmunity and type 1 diabetes in the TEDDY study.

            【外文期刊】 Carina,Törn ; Xiang,Liu ; 等 《Scientific reports》 2022年12卷1期 4516页

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            29. Detecting molecular subtypes from multi-omics datasets using SUMO.

            【外文期刊】 Karolina,Sienkiewicz ; Jinyu,Chen ; 等 《Cell reports methods》 2022年2卷1期

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            30. Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes. oa

            【外文期刊】 Devin P,Locke ; LaDeana W,Hillier ; 等 《Nature》 2011年469卷7331期 529-33页 SCIMEDLINECABP

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            31. Protocol for integrative subtyping of lower-grade gliomas using the SUMO pipeline.

            【外文期刊】 Karolina,Sienkiewicz ; Aakrosh,Ratan ; 《STAR protocols》 2022年3卷1期 101110页

            【关键词】 Bioinformatics; Cancer; Gene Expression;

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            32. Induction of PARP7 Creates a Vulnerability for Growth Inhibition by RBN2397 in Prostate Cancer Cells.

            【外文期刊】 Chunsong,Yang ; Krzysztof,Wierbiłowicz ; 等 《Cancer research communications》 2023年3卷4期 592-606页

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            33. SVXplorer: Three-tier approach to identification of structural variants via sequential recombination of discordant cluster signatures. oa

            【外文期刊】 Kunal,Kathuria ; Aakrosh,Ratan ; 《PLoS computational biology》 2020年16卷3期 e1007737页 SCIMEDLINECABP

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            34. Loss of DHX36/G4R1, a G4 resolvase, drives genome instability and regulates innate immune gene expression in cancer cells.

            【外文期刊】 Anna R,Bartosik ; Pei-Chi,Hou ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            35. Sequencing the nuclear genome of the extinct woolly mammoth.

            【外文期刊】 Webb,Miller ; Daniela I,Drautz ; 等 《Nature》 2008年456卷7220期 387-90页 SCIMEDLINECABP

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            36. Author Correction: Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes. oa

            【外文期刊】 Devin P,Locke ; LaDeana W,Hillier ; 等 《Nature》 2022年608卷7924期 E36页 SCIMEDLINECABP

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            37. The pan-cancer landscape of prognostic germline variants in 10,582 patients. oa

            【外文期刊】 Ajay,Chatrath ; Roza,Przanowska ; 等 《Genome medicine》 2020年12卷1期 15页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Cancer biology; Driver gene; Germline variants;

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            38. Giraffe genome sequence reveals clues to its unique morphology and physiology. oa

            【外文期刊】 Morris,Agaba ; Edson,Ishengoma ; 等 《Nature communications》 2016年7卷 11519页 SCIMEDLINECA

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            39. Integrated bioinformatic pipeline using whole-exome and RNAseq data to identify germline variants correlated with cancer.

            【外文期刊】 Divya,Sahu ; Ajay,Chatrath ; 等 《STAR protocols》 2022年3卷2期 101273页

            【关键词】 Bioinformatics; Cancer; Genetics;

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            40. The infinite sites model of genome evolution. oa

            【外文期刊】 Jian,Ma ; Aakrosh,Ratan ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2008年105卷38期 14254-61页 SCIMEDLINECABP

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