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            1. Pharos: Collating protein information to shed light on the druggable genome. oa

            【外文期刊】 Dac-Trung,Nguyen ; Stephen,Mathias ; 等 《Nucleic acids research》 2017年45卷D1期 D995-D1002页 SCIMEDLINECABP

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            2. Functions of bifans in context of multiple regulatory motifs in signaling networks. oa

            【外文期刊】 Azi,Lipshtat ; Sudarshan P,Purushothaman ; 等 《Biophysical journal》 2008年94卷7期 2566-79页 SCIMEDLINECABP

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            3. Pan-cancer proteogenomics characterization of tumor immunity. oa

            【外文期刊】 Francesca,Petralia ; Weiping,Ma ; 等 《Cell》 2024年187卷5期 1255-1277.e27页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 histopathology; immune subtype; immunotherapy;

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            4. Sig2BioPAX: Java tool for converting flat files to BioPAX Level 3 format. oa

            【外文期刊】 Ryan L,Webb ; Avi,Ma'ayan ; 《Source code for biology and medicine》 2011年6卷 5页 MEDLINE

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            5. eXpression2Kinases (X2K) Web: linking expression signatures to upstream cell signaling networks. oa

            【外文期刊】 Daniel J B,Clarke ; Maxim V,Kuleshov ; 等 《Nucleic acids research》 2018年46卷W1期 W171-W179页 SCIMEDLINECABP

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            6. SigCom LINCS: data and metadata search engine for a million gene expression signatures. oa

            【外文期刊】 John Erol,Evangelista ; Daniel J B,Clarke ; 等 《Nucleic acids research》 2022年50卷W1期 W697-W709页 SCIMEDLINECABP

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            7. Single-cell immune landscape of human atherosclerotic plaques. oa

            【外文期刊】 Dawn M,Fernandez ; Adeeb H,Rahman ; 等 《Nature medicine》 2019年25卷10期 1576-1588页 SCIMEDLINECABP

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            8. Formation of regulatory patterns during signal propagation in a Mammalian cellular network. oa

            【外文期刊】 Avi,Ma'ayan ; Sherry L,Jenkins ; 等 《Science (New York, N.Y.)》 2005年309卷5737期 1078-83页 SCIMEDLINECABP

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            9. Construction and validation of a regulatory network for pluripotency and self-renewal of mouse embryonic stem cells. oa

            【外文期刊】 Huilei,Xu ; Yen-Sin,Ang ; 等 《PLoS computational biology》 2014年10卷8期 e1003777页 SCIMEDLINECABP

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            10. ChEA: transcription factor regulation inferred from integrating genome-wide ChIP-X experiments. oa

            【外文期刊】 Alexander,Lachmann ; Huilei,Xu ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2010年26卷19期 2438-44页 SCIMEDLINECABP

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            11. LINCS Data Portal 2.0: next generation access point for perturbation-response signatures. oa

            【外文期刊】 Vasileios,Stathias ; John,Turner ; 等 《Nucleic acids research》 2020年48卷D1期 D431-D439页 SCIMEDLINECABP

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            12. Differential cytokine contributions of perivascular haematopoietic stem cell niches. oa

            【外文期刊】 Noboru,Asada ; Yuya,Kunisaki ; 等 《Nature cell biology》 2017年19卷3期 214-223页 SCIMEDLINECABP

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            13. Drugmonizome and Drugmonizome-ML: integration and abstraction of small molecule attributes for drug enrichment analysis and machine learning. oa

            【外文期刊】 Eryk,Kropiwnicki ; John E,Evangelista ; 等 《Database : the journal of biological databases and curation》 2021年2021卷 SCIMEDLINEBP

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            14. lncHUB2: aggregated and inferred knowledge about human and mouse lncRNAs. oa

            【外文期刊】 Giacomo B,Marino ; Megan L,Wojciechowicz ; 等 《Database : the journal of biological databases and curation》 2023年2023卷 SCIMEDLINEBP

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            15. Age alters the oncogenic trajectory toward luminal mammary tumors that activate unfolded proteins responses. oa

            【外文期刊】 Edmund Charles,Jenkins ; Mrittika,Chattopadhyay ; 等 《Aging cell》 2022年21卷10期 e13665页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ER stress; XBP-1; aged mammary gland;

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            16. Enrichr-KG: bridging enrichment analysis across multiple libraries. oa

            【外文期刊】 John Erol,Evangelista ; Zhuorui,Xie ; 等 《Nucleic acids research》 2023年51卷W1期 W168-W179页 SCIMEDLINECABP

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            17. Regulation of embryonic and induced pluripotency by aurora kinase-p53 signaling. oa

            【外文期刊】 Dung-Fang,Lee ; Jie,Su ; 等 《Cell stem cell》 2012年11卷2期 179-94页 SCIMEDLINECABP

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            18. KEA3: improved kinase enrichment analysis via data integration. oa

            【外文期刊】 Maxim V,Kuleshov ; Zhuorui,Xie ; 等 《Nucleic acids research》 2021年49卷W1期 W304-W316页 SCIMEDLINECABP

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            19. PPARdelta activation induces metabolic and contractile maturation of human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes. oa

            【外文期刊】 Nadeera M,Wickramasinghe ; David,Sachs ; 等 《Cell stem cell》 2022年29卷4期 559-576.e7页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 PPAR signaling; cardiac maturation; fatty acid oxidation;

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            20. Genes2Networks: connecting lists of gene symbols using mammalian protein interactions databases. oa

            【外文期刊】 Seth I,Berger ; Jeremy M,Posner ; 等 《BMC bioinformatics》 2007年8卷 372页 SCIMEDLINEBP

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            21. Toward a complete in silico, multi-layered embryonic stem cell regulatory network. oa

            【外文期刊】 Huilei,Xu ; Christoph,Schaniel ; 等 《Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine》 708-33页 MEDLINE

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            22. Oct4 links multiple epigenetic pathways to the pluripotency network. oa

            【外文期刊】 Junjun,Ding ; Huilei,Xu ; 等 《Cell research》 2012年22卷1期 155-67页 SCIMEDLINEBP

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            23. Integrative radiogenomic analysis for multicentric radiophenotype in glioblastoma. oa

            【外文期刊】 Doo-Sik,Kong ; Jinkuk,Kim ; 等 《Oncotarget》 2016年7卷10期 11526-38页 MEDLINE

            【关键词】 glioblastoma; multicentric; radiogenomic;

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            24. Renoprotective effect of combined inhibition of angiotensin-converting enzyme and histone deacetylase. oa

            【外文期刊】 Yifei,Zhong ; Edward Y,Chen ; 等 《Journal of the American Society of Nephrology : JASN》 2013年24卷5期 801-11页 SCIMEDLINEBP

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            25. ELK1 transcription factor linked to dysregulated striatal mu opioid receptor signaling network and OPRM1 polymorphism in human heroin abusers. oa

            【外文期刊】 Stephanie E,Daws ; John D,Whittard ; 等 《Biological psychiatry》 2013年74卷7期 511-9页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Addiction; MAPK; opioid;

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            26. FNV: light-weight flash-based network and pathway viewer. oa

            【外文期刊】 Ruth,Dannenfelser ; Alexander,Lachmann ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2011年27卷8期 1181-2页 SCIMEDLINECABP

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            27. B-myb is an essential regulator of hematopoietic stem cell and myeloid progenitor cell development. oa

            【外文期刊】 Stacey J,Baker ; Avi,Ma'ayan ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2014年111卷8期 3122-7页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 myelodisplastic syndrome; myeloipiesis;

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            28. Design logic of a cannabinoid receptor signaling network that triggers neurite outgrowth. oa

            【外文期刊】 Kenneth D,Bromberg ; Avi,Ma'ayan ; 等 《Science (New York, N.Y.)》 2008年320卷5878期 903-9页 SCIMEDLINECABP

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            29. DrugShot: querying biomedical search terms to retrieve prioritized lists of small molecules. oa

            【外文期刊】 Eryk,Kropiwnicki ; Alexander,Lachmann ; 等 《BMC bioinformatics》 2022年23卷1期 76页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Drug repurposing; Machine learning; Search engine;

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            30. Sox2 in the dermal papilla niche controls hair growth by fine-tuning BMP signaling in differentiating hair shaft progenitors. oa

            【外文期刊】 Carlos,Clavel ; Laura,Grisanti ; 等 《Developmental cell》 2012年23卷5期 981-94页 SCIMEDLINECABP

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            31. Pathways of Toxicity. oa

            【外文期刊】 Andre,Kleensang ; Alexandra,Maertens ; 等 《ALTEX》 2014年31卷1期 53-61页 SCIMEDLINE

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            32. Cooperative Transcription Factor Induction Mediates Hemogenic Reprogramming. oa

            【外文期刊】 Andreia M,Gomes ; Ilia,Kurochkin ; 等 《Cell reports》 2018年25卷10期 2821-2835.e7页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 FOS; GATA2; GFI1B;

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            33. Mesenchymal and haematopoietic stem cells form a unique bone marrow niche. oa

            【外文期刊】 Simón,Méndez-Ferrer ; Tatyana V,Michurina ; 等 《Nature》 2010年466卷7308期 829-34页 SCIMEDLINECABP

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            34. Dynamics of the discovery process of protein-protein interactions from low content studies. oa

            【外文期刊】 Zichen,Wang ; Neil R,Clark ; 等 《BMC systems biology》 2015年9卷 26页 MEDLINE

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            35. Lists2Networks: integrated analysis of gene/protein lists. oa

            【外文期刊】 Alexander,Lachmann ; Avi,Ma'ayan ; 《BMC bioinformatics》 2010年11卷 87页 SCIMEDLINEBP

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            36. Causal inference can lead us to modifiable mechanisms and informative archetypes in sepsis. oa

            【外文期刊】 J Kenneth,Baillie ; Derek,Angus ; 等 《Intensive care medicine》 2024年50卷12期 2031-2042页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Causal inference; Genetics; Machine learning;

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            37. Massive mining of publicly available RNA-seq data from human and mouse. oa

            【外文期刊】 Alexander,Lachmann ; Denis,Torre ; 等 《Nature communications》 2018年9卷1期 1366页 SCIMEDLINECA

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            38. Flotillin-mediated endocytic events dictate cell type-specific responses to semaphorin 3A. oa

            【外文期刊】 Ioana,Carcea ; Avi,Ma'ayan ; 等 《The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience》 2010年30卷45期 15317-29页 SCIMEDLINECABP

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            39. Neuro2A differentiation by Galphai/o pathway. oa

            【外文期刊】 Avi,Ma'ayan ; Sherry L,Jenkins ; 等 《Science signaling》 2009年2卷54期 cm1页 SCIMEDLINEBP

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            40. SIRT6 haploinsufficiency induces BRAFV600E melanoma cell resistance to MAPK inhibitors via IGF signalling. oa

            【外文期刊】 Thomas,Strub ; Flavia G,Ghiraldini ; 等 《Nature communications》 2018年9卷1期 3440页 SCIMEDLINECA

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