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            1. Algorithms for Regular Tree Grammar Network Search and Their Application to Mining Human-viral Infection Patterns

            【外文期刊】 Smoly, Ilan ; Carmel, Amir ; 等 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2016年23卷3期 165-179页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 computational molecular biology; sequence analysis; RNA secondary structure;

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            2. The differential activity of biological processes in tissues and cell subsets can illuminate disease-related processes and cell-type identities

            【外文期刊】 Sharon, Moran ; Vinogradov, Ekaterina ; 等 2022年38卷6期 1584-1592页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GENE-EXPRESSION; PATHOPHYSIOLOGY; EPIDEMIOLOGY;

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            3. A Differentiation Transcription Factor Establishes Muscle-Specific Proteostasis in Caenorhabditis elegans. oa

            【外文期刊】 Yael,Bar-Lavan ; Netta,Shemesh ; 等 《PLoS genetics》 2016年12卷12期 e1006531页 SCIMEDLINECABP

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            4. Dosage-sensitive molecular mechanisms are associated with the tissue-specificity of traits and diseases. oa

            【外文期刊】 Juman,Jubran ; Idan,Hekselman ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2020年18卷 4024-4032页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Complex traits; Data integration; Hereditary diseases;

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            5. Predicting molecular mechanisms of hereditary diseases by using their tissue-selective manifestation. oa

            【外文期刊】 Eyal,Simonovsky ; Moran,Sharon ; 等 《Molecular systems biology》 2023年19卷8期 e11407页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 data integration; genomic medicine; machine learning;

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            6. The DifferentialNet database of differential protein-protein interactions in human tissues. oa

            【外文期刊】 Omer,Basha ; Rotem,Shpringer ; 等 《Nucleic acids research》 2018年46卷D1期 D522-D526页 SCIMEDLINECABP

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            7. The TissueNet v.3 Database: Protein-protein Interactions in Adult and Embryonic Human Tissue contexts.

            【外文期刊】 Maya,Ziv ; Gil,Gruber ; 等 《Journal of molecular biology》 2022年434卷11期 167532页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 data integration; gene expression; interaction networks;

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            8. sNucConv: A bulk RNA-seq deconvolution method trained on single-nucleus RNA-seq data to estimate cell-type composition of human adipose tissues.

            【外文期刊】 Gil,Sorek ; Yulia,Haim ; 等 《iScience》 2024年27卷7期 110368页

            【关键词】 Biocomputational method; Classification of bioinformatical subject; Integrative aspects of cell biology;

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            9. RSRC1 mutation affects intellect and behaviour through aberrant splicing and transcription, downregulating IGFBP3.

            【外文期刊】 Yonatan,Perez ; Shay,Menascu ; 等 《Brain : a journal of neurology》 2018年141卷4期 961-970页 SCIMEDLINEBP

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            10. Mechanisms of tissue and cell-type specificity in heritable traits and diseases.

            【外文期刊】 Idan,Hekselman ; Esti,Yeger-Lotem ; 《Nature reviews. Genetics》 2020年21卷3期 137-150页 SCIMEDLINECABP

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            11. Bridging high-throughput genetic and transcriptional data reveals cellular responses to alpha-synuclein toxicity. oa

            【外文期刊】 Esti,Yeger-Lotem ; Laura,Riva ; 等 《Nature genetics》 2009年41卷3期 316-23页 SCIMEDLINECABP

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            12. Human subcutaneous and visceral adipocyte atlases uncover classical and nonclassical adipocytes and depot-specific patterns.

            【外文期刊】 Or,Lazarescu ; Maya,Ziv-Agam ; 等 《Nature genetics》 2025年57卷2期 413-426页 SCIMEDLINECABP

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            13. ResponseNet v.3: revealing signaling and regulatory pathways connecting your proteins and genes across human tissues. oa

            【外文期刊】 Omer,Basha ; Omry,Mauer ; 等 《Nucleic acids research》 2019年47卷W1期 W242-W247页 SCIMEDLINECABP

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            14. Differential network analysis of multiple human tissue interactomes highlights tissue-selective processes and genetic disorder genes.

            【外文期刊】 Omer,Basha ; Chanan M,Argov ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2020年36卷9期 2821-2828页 SCIMEDLINECABP

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            15. Integrating Rio1 activities discloses its nutrient-activated network in Saccharomyces cerevisiae. oa

            【外文期刊】 Maria G,Iacovella ; Michael,Bremang ; 等 《Nucleic acids research》 2018年46卷15期 7586-7611页 SCIMEDLINECABP

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            16. The Organ-Disease Annotations (ODiseA) Database of Hereditary Diseases and Inflicted Tissues.

            【外文期刊】 Idan,Hekselman ; Lior,Kerber ; 等 《Journal of molecular biology》 2022年434卷11期 167619页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 clinical manifestation; data integration; hereditary diseases;

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            17. The landscape of molecular chaperones across human tissues reveals a layered architecture of core and variable chaperones. oa

            【外文期刊】 Netta,Shemesh ; Juman,Jubran ; 等 《Nature communications》 2021年12卷1期 2180页 SCIMEDLINECA

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            18. Unraveling the hidden role of a uORF-encoded peptide as a kinase inhibitor of PKCs. oa

            【外文期刊】 Divya Ram,Jayaram ; Sigal,Frost ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2021年118卷40期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 PKC; kinase inhibitor; pseudosubstrate;

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            19. A context-sensitive framework for the analysis of human signalling pathways in molecular interaction networks. oa

            【外文期刊】 Alexander,Lan ; Michal,Ziv-Ukelson ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2013年29卷13期 i210-6页 SCIMEDLINECABP

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            20. Tissue-aware interpretation of genetic variants advances the etiology of rare diseases.

            【外文期刊】 Chanan M,Argov ; Ariel,Shneyour ; 等 《Molecular systems biology》 2024年20卷11期 1187-1206页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Genomic Medicine; Machine Learning; Tissue-selectivity;

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            21. A reference map of the human binary protein interactome. oa

            【外文期刊】 Katja,Luck ; Dae-Kyum,Kim ; 等 《Nature》 2020年580卷7803期 402-408页 SCIMEDLINECABP

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            22. ResponseNet2.0: Revealing signaling and regulatory pathways connecting your proteins and genes--now with human data. oa

            【外文期刊】 Omer,Basha ; Shoval,Tirman ; 等 《Nucleic acids research》 2013年41卷Web Server issue期 W198-203页 SCIMEDLINECABP

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            23. Detection of regulatory circuits by integrating the cellular networks of protein-protein interactions and transcription regulation. oa

            【外文期刊】 Esti,Yeger-Lotem ; Hanah,Margalit ; 《Nucleic acids research》 2003年31卷20期 6053-61页 SCIMEDLINECABP

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            24. Human protein interaction networks across tissues and diseases.

            【外文期刊】 Esti,Yeger-Lotem ; Roded,Sharan ; 《Frontiers in genetics》 2015年6卷 257页

            【关键词】 disease-specific network; gene expression; network perturbation;

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            25. Network motifs in integrated cellular networks of transcription-regulation and protein-protein interaction. oa

            【外文期刊】 Esti,Yeger-Lotem ; Shmuel,Sattath ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2004年101卷16期 5934-9页 SCIMEDLINECABP

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            26. An Asymmetrically Balanced Organization of Kinases versus Phosphatases across Eukaryotes Determines Their Distinct Impacts. oa

            【外文期刊】 Ilan,Smoly ; Netta,Shemesh ; 等 《PLoS computational biology》 2017年13卷1期 e1005221页 SCIMEDLINECABP

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            27. Cancer evolution is associated with pervasive positive selection on globally expressed genes. oa

            【外文期刊】 Sheli L,Ostrow ; Ruth,Barshir ; 等 《PLoS genetics》 2014年10卷3期 e1004239页 SCIMEDLINECABP

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            28. Small heat-shock protein HSPB3 promotes myogenesis by regulating the lamin B receptor. oa

            【外文期刊】 Tatiana,Tiago ; Barbara,Hummel ; 等 《Cell death & disease》 2021年12卷5期 452页 SCIMEDLINE

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            29. MyProteinNet: build up-to-date protein interaction networks for organisms, tissues and user-defined contexts. oa

            【外文期刊】 Omer,Basha ; Dvir,Flom ; 等 《Nucleic acids research》 2015年43卷W1期 W258-63页 SCIMEDLINECABP

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            30. Algorithms for Regular Tree Grammar Network Search and Their Application to Mining Human-viral Infection Patterns.

            【外文期刊】 Ilan,Smoly ; Amir,Carmel ; 等 《Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology》 2016年23卷3期 165-79页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 RNA secondary structure; algorithms; computational molecular biology;

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            31. MotifNet: a web-server for network motif analysis.

            【外文期刊】 Ilan Y,Smoly ; Eugene,Lerman ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2017年33卷12期 1907-1909页 SCIMEDLINECABP

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            32. Alignment of metabolic pathways.

            【外文期刊】 Ron Y,Pinter ; Oleg,Rokhlenko ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2005年21卷16期 3401-8页 SCIMEDLINECABP

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            33. Machine-learning analysis reveals an important role for negative selection in shaping cancer aneuploidy landscapes. oa

            【外文期刊】 Juman,Jubran ; Rachel,Slutsky ; 等 《Genome biology》 2024年25卷1期 95页 SCIMEDLINE

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            34. Compounds from an unbiased chemical screen reverse both ER-to-Golgi trafficking defects and mitochondrial dysfunction in Parkinson's disease models. oa

            【外文期刊】 Linhui Julie,Su ; Pavan K,Auluck ; 等 《Disease models & mechanisms》 194-208页 SCIMEDLINEBP

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            35. A combination of gene expression ranking and co-expression network analysis increases discovery rate in large-scale mutant screens for novel Arabidopsis thaliana abiotic stress genes.

            【外文期刊】 Vanessa,Ransbotyn ; Esti,Yeger-Lotem ; 等 《Plant biotechnology journal》 2015年13卷4期 501-13页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Arabidopsis thaliana; abiotic stress; co-expression network;

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            36. ProAct: quantifying the differential activity of biological processes in tissues, cells, and user-defined contexts. oa

            【外文期刊】 Moran,Sharon ; Gil,Gruber ; 等 《Nucleic acids research》 2023年51卷W1期 W478-W483页 SCIMEDLINECABP

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            37. Multicellular communities are perturbed in the aging human brain and Alzheimer's disease. oa

            【外文期刊】 Anael,Cain ; Mariko,Taga ; 等 《Nature neuroscience》 2023年26卷7期 1267-1280页 SCIMEDLINECABP

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            38. Role of duplicate genes in determining the tissue-selectivity of hereditary diseases. oa

            【外文期刊】 Ruth,Barshir ; Idan,Hekselman ; 等 《PLoS genetics》 2018年14卷5期 e1007327页 SCIMEDLINECABP

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            39. ResponseNet: revealing signaling and regulatory networks linking genetic and transcriptomic screening data. oa

            【外文期刊】 Alex,Lan ; Ilan Y,Smoly ; 等 《Nucleic acids research》 2011年39卷Web Server issue期 W424-9页 SCIMEDLINECABP

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            40. Affected cell types for hundreds of Mendelian diseases revealed by analysis of human and mouse single-cell data.

            【外文期刊】 Idan,Hekselman ; Assaf,Vital ; 等 《eLife》 2024年13卷

            【关键词】 Mendelian diseases; cell-type selectivity; computational biology;

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