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            1. Analysis of the light regulatory mechanism in carotenoid production in Rhodosporidium toruloides NBRC 10032

            【外文期刊】 Pham, Khanh Dung ; Hakozaki, Yuuki ; 等 2021年85卷8期 1899-1909页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Rhodosporidium toruloides; carotenogenesis; light response;

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            2. Isolation and characterization of Lipomyces starkeyi mutants with greatly increased lipid productivity following UV irradiation

            【外文期刊】 Takaku, Hiroaki ; Ebina, Sayaka ; 等 《Journal of Bioscience and Bioengineering》 2021年131卷6期 613-621页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Lipomyces starkeyi; Oleaginous yeast; Acyl-CoA;

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            3. Synthetic PAMPS gel activates BMP/Smad signaling pathway in ATDC5 cells, which plays a significant role in the gel-induced chondrogenic differentiation

            【外文期刊】 Goto, Keiko ; Kimura, Taichi ; 等 《Journal of biomedical materials research, Part A》 2016年104卷3期 734-746页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 PAMPS hydrogel; chondrogenic differentiation; signaling pathway;

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            4. Selection of the optimal tyrosine hydroxylation enzyme for (S)-reticuline production in Escherichia coli

            【外文期刊】 Nakagawa, Akira ; Nakamura, Shinya ; 等 《Applied Microbiology and Biotechnology》 2021年105卷13期 5433-5447页

            【关键词】 Tyrosine hydroxylation; (S)-reticuline; Benzylisoquinoline alkaloids;

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            5. Prediction of developmental chemical toxicity based on gene networks of human embryonic stem cells (vol 44, pg 5515, 2016)

            【外文期刊】 Yamane, Junko ; Aburatani, Sachiyo ; 等 《Nucleic Acids Research》 2019年47卷3期 1600-1600页 SCISCIEMEDLINE

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            6. Effect of light on carotenoid and lipid production in the oleaginous yeast Rhodosporidium toruloides

            【外文期刊】 Pham, Khanh Dung ; Shida, Yosuke ; 等 《Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry》 2020年84卷7期 1501-1512页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Light response; oleaginous yeast; carotenoid;

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            7. Disruption of SMC-related genes promotes recombinant cholesterol esterase production in Burkholderia stabilis

            【外文期刊】 Konishi, Kenji ; Yasutake, Yoshiaki ; 等 《Applied Microbiology and Biotechnology》 2022年106卷24期 8093-8110页

            【关键词】 Burkholderia; Cholesterol esterase; Condensin;

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            8. Prediction of developmental chemical toxicity based on gene networks of human embryonic stem cells

            【外文期刊】 Yamane, Junko ; Aburatani, Sachiyo ; 等 《Nucleic Acids Research》 2016年44卷12期 5515-5528页 SCISCIEMEDLINE

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            9. Social isolation shortens lifespan through oxidative stress in ants. oa

            【外文期刊】 Akiko,Koto ; Makoto,Tamura ; 等 《Nature communications》 2023年14卷1期 5493页 SCIMEDLINECA

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            10. Discovery of novel transcription control relationships with gene regulatory networks generated from multiple-disruption full genome expression libraries.

            【外文期刊】 Sachiyo,Aburatani ; Kosuke,Tashiro ; 等 《DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes》 2003年10卷1期 1-8页 SCIMEDLINECABP

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            11. Use of gene networks for identifying and validating drug targets.

            【外文期刊】 Seiya,Imoto ; Christopher J,Savoie ; 等 《Journal of bioinformatics and computational biology》 2003年1卷3期 459-74页 SCIMEDLINEBP

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            12. Genome Sequence of Rhodococcus erythropolis Type Strain JCM 3201.

            【外文期刊】 Keitaro,Yoshida ; Wataru,Kitagawa ; 等 《Microbiology resource announcements》 2019年8卷14期

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            13. Application of structure equation modeling for inferring a serial transcriptional regulation in yeast.

            【外文期刊】 Sachiyo,Aburatani ; 《Gene regulation and systems biology》 2011年5卷 75-88页

            【关键词】 Structural equation modeling; expression profile; gene regulatory network;

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            14. Bayesian network and nonparametric heteroscedastic regression for nonlinear modeling of genetic network.

            【外文期刊】 Seiya,Imoto ; Kim,Sunyong ; 等 《Proceedings. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference》 2002年1卷 219-27页

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            15. LsSpt23p is a regulator of triacylglycerol synthesis in the oleaginous yeast Lipomyces starkeyi.

            【外文期刊】 Hiroaki,Takaku ; Haruka,Kazama ; 等 《Applied microbiology and biotechnology》 2023年107卷4期 1269-1284页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Acyl-CoA; Lipomyces starkeyi; Oleaginous yeast;

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            16. Network inference of pal-1 lineage-specific regulation in the C. elegans embryo by structural equation modeling. oa

            【外文期刊】 Sachiyo,Aburatani ; 《Bioinformation》 2012年8卷14期 652-7页 MEDLINE

            【关键词】 Developmental Control; Embryo; Gene Network;

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            17. Defined lifestyle and germline factors predispose Asian populations to gastric cancer.

            【外文期刊】 Akihiro,Suzuki ; Hiroto,Katoh ; 等 《Science advances》 2020年6卷19期 eaav9778页

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            18. Oil accumulation by the oleaginous diatom Fistulifera solaris as revealed by the genome and transcriptome. oa

            【外文期刊】 Tsuyoshi,Tanaka ; Yoshiaki,Maeda ; 等 《The Plant cell》 2015年27卷1期 162-76页 SCIMEDLINECABP

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            19. Gene systems network inferred from expression profiles in hepatocellular carcinogenesis by graphical Gaussian model. oa

            【外文期刊】 Sachiyo,Aburatani ; Fuyan,Sun ; 等 《EURASIP journal on bioinformatics & systems biology》 47214页 MEDLINE

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            20. Multivariate statistical monitoring system for microbial population dynamics.

            【外文期刊】 Koji,Ishiya ; Sachiyo,Aburatani ; 《Physical biology》 2021年19卷1期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 composition analysis; feature selection; microbial population;

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            21. Effect of light on carotenoid and lipid production in the oleaginous yeast Rhodosporidium toruloides.

            【外文期刊】 Khanh Dung,Pham ; Yosuke,Shida ; 等 《Bioscience, biotechnology, and biochemistry》 2020年84卷7期 1501-1512页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Rhodosporidium toruloides ; Light response; carotenoid;

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            22. ASIAN: a web server for inferring a regulatory network framework from gene expression profiles. oa

            【外文期刊】 Sachiyo,Aburatani ; Kousuke,Goto ; 等 《Nucleic acids research》 2005年33卷Web Server issue期 W659-64页 SCIMEDLINECABP

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            23. Relationship between segmental duplications and repeat sequences in human chromosome 7.

            【外文期刊】 Hiroo,Murakami ; Sachiyo,Aburatani ; 等 《Genome informatics. International Conference on Genome Informatics》 2005年16卷1期 13-21页 MEDLINE

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            24. Production of recombinant extracellular cholesterol esterase using consistently active promoters in Burkholderia stabilis.

            【外文期刊】 Keitaro,Yoshida ; Kenji,Konishi ; 等 《Bioscience, biotechnology, and biochemistry》 2019年83卷10期 1974-1984页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Cholesterol esterase; lipase; promoter;

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            25. Tracking difference in gene expression in a time-course experiment using gene set enrichment analysis. oa

            【外文期刊】 Pui Shan,Wong ; Michihiro,Tanaka ; 等 《PloS one》 2014年9卷9期 e107629页 SCIMEDLINECABP

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            26. Use of gene networks from full genome microarray libraries to identify functionally relevant drug-affected genes and gene regulation cascades.

            【外文期刊】 Christopher J,Savoie ; Sachiyo,Aburatani ; 等 《DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes》 2003年10卷1期 19-25页 SCIMEDLINECABP

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            27. Elucidation of the relationships between LexA-regulated genes in the SOS response.

            【外文期刊】 Sachiyo,Aburatani ; Katsuhisa,Horimoto ; 《Genome informatics. International Conference on Genome Informatics》 2005年16卷1期 95-105页 MEDLINE

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            28. Causes for the large genome size in a cyanobacterium Anabaena sp. PCC7120.

            【外文期刊】 Nobuyoshi,Sugaya ; Makihiko,Sato ; 等 《Genome informatics. International Conference on Genome Informatics》 2004年15卷1期 229-38页 MEDLINE

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            29. Deletion of LsSNF1 enhances lipid accumulation in the oleaginous yeast Lipomyces starkeyi.

            【外文期刊】 Rikako,Sato ; Yuuya,Fujii ; 等 《Journal of bioscience and bioengineering》 2024年137卷4期 260-267页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Lipomyces starkeyi; Oleaginous yeast; Regulator;

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            30. Prediction of developmental chemical toxicity based on gene networks of human embryonic stem cells. oa

            【外文期刊】 Junko,Yamane ; Sachiyo,Aburatani ; 等 《Nucleic acids research》 2016年44卷12期 5515-28页 SCIMEDLINECABP

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            31. Improvement of Free Fatty Acid Secretory Productivity in Aspergillus oryzae by Comprehensive Analysis on Time-Series Gene Expression.

            【外文期刊】 Pui Shan,Wong ; Koichi,Tamano ; 等 《Frontiers in microbiology》 2021年12卷 605095页

            【关键词】 Aspergillus oryzae; RNA-seq; Triton X-100;

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            32. Integer programming-based approach to allocation of reporter genes for cell array analysis.

            【外文期刊】 Morihiro,Hayashida ; Fuyan,Sun ; 等 《International journal of bioinformatics research and applications》 2008年4卷4期 385-99页 MEDLINE

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            33. Identification and characterization of the suppressed lipid accumulation-related gene, SLA1, in the oleaginous yeast Lipomyces starkeyi.

            【外文期刊】 Rikako,Sato ; Harutake,Yamazaki ; 等 《Bioscience, biotechnology, and biochemistry》 2024年88卷11期 1370-1380页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Lipomyces starkeyi ; lipase; oleaginous yeast;

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            34. Immunogenetic Profiling for Gastric Cancers Identifies Sulfated Glycosaminoglycans as Major and Functional B Cell Antigens in Human Malignancies.

            【外文期刊】 Hiroto,Katoh ; Daisuke,Komura ; 等 《Cell reports》 2017年20卷5期 1073-1087页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 gastric cancer; immunogenetics; repertoire sequence;

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            35. Elucidation of the sequential transcriptional activity in Escherichia coli using time-series RNA-seq data. oa

            【外文期刊】 Pui Shan,Wong ; Kosuke,Tashiro ; 等 《Bioinformation》 2017年13卷1期 25-30页 MEDLINE

            【关键词】 Escherichia coli; gene regulation; network;

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            36. Prediction of developmental chemical toxicity based on gene networks of human embryonic stem cells. oa

            【外文期刊】 Junko,Yamane ; Sachiyo,Aburatani ; 等 《Nucleic acids research》 2019年47卷3期 1600页 SCIMEDLINECABP

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            37. Rapid reprogramming of tumour cells into cancer stem cells on double-network hydrogels.

            【外文期刊】 Jun,Suzuka ; Masumi,Tsuda ; 等 《Nature biomedical engineering》 2021年5卷8期 914-925页

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            38. Network evaluation from the consistency of the graph structure with the measured data. oa

            【外文期刊】 Shigeru,Saito ; Sachiyo,Aburatani ; 等 《BMC systems biology》 2008年2卷 84页 MEDLINE

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            39. Analysis of the light regulatory mechanism in carotenoid production in Rhodosporidium toruloides NBRC 10032.

            【外文期刊】 Khanh Dung,Pham ; Yuuki,Hakozaki ; 等 《Bioscience, biotechnology, and biochemistry》 2021年85卷8期 1899-1909页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Rhodosporidium toruloides ; carotenogenesis; light response;

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            40. Multiancestry genomic and transcriptomic analysis of gastric cancer.

            【外文期刊】 Yasushi,Totoki ; Mihoko,Saito-Adachi ; 等 《Nature genetics》 2023年55卷4期 581-594页 SCIMEDLINECABP

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