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            1. An integrated approach to uncover driver genes in breast cancer methylation genomes. oa

            【外文期刊】 Xiaopei,Shen ; Shan,Li ; 等 《PloS one》 2013年8卷4期 e61214页 SCIMEDLINECABP

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            2. Guidelines for bioinformatics of single-cell sequencing data analysis in Alzheimer's disease: review, recommendation, implementation and application. oa

            【外文期刊】 Minghui,Wang ; Won-Min,Song ; 等 《Molecular neurodegeneration》 2022年17卷1期 17页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Alzheimer’s disease; And brain cell types; Clustering analysis;

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            3. Shared and divergent transcriptomic regulation in nucleus accumbens D1 and D2 medium spiny neurons by cocaine and morphine.

            【外文期刊】 Caleb J,Browne ; Philipp,Mews ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            4. GO-function: deriving biologically relevant functions from statistically significant functions.

            【外文期刊】 Jing,Wang ; Xianxiao,Zhou ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2012年13卷2期 216-27页 SCIMEDLINEBP

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            5. Multi-omics-based analysis of high grade serous ovarian cancer subtypes reveals distinct molecular processes linked to patient prognosis. oa

            【外文期刊】 Yuanshuo Alice,Wang ; Ryan,Neff ; 等 《FEBS open bio》 2023年13卷4期 617-637页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 co-expression network; drug repositioning; key regulator;

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            6. Molecular Signatures and Networks of Cardiomyocyte Differentiation in Humans and Mice. oa

            【外文期刊】 Yumei,Wang ; Na,Yi ; 等 《Molecular therapy. Nucleic acids》 2020年21卷 696-711页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 cardiomyocyte differentiation; differentially expressed gene; embryonic stem cell;

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            7. Lifelong chronic psychosocial stress induces a proteomic signature of Alzheimer's disease in wildtype mice.

            【外文期刊】 Carey E,Lyons ; Xianxiao,Zhou ; 等 《The European journal of neuroscience》 2022年55卷9-10期 2971-2985页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Alzheimer’s disease; aging; chronic social stress;

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            8. Multiscale protein networks systematically identify aberrant protein interactions and oncogenic regulators in seven cancer types. oa

            【外文期刊】 Won-Min,Song ; Abdulkadir,Elmas ; 等 《Journal of hematology & oncology》 2023年16卷1期 120页 SCIMEDLINE

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            9. Multiscale network modeling of oligodendrocytes reveals molecular components of myelin dysregulation in Alzheimer's disease. oa

            【外文期刊】 Andrew T,McKenzie ; Sarah,Moyon ; 等 《Molecular neurodegeneration》 2017年12卷1期 82页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Alzheimer’s disease; BIN1; CNP;

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            10. iDOMO: identification of drug combinations via multi-set operations for treating diseases.

            【外文期刊】 Xianxiao,Zhou ; Ling,Wu ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年26卷1期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 disease gene signature; drug combination; drug gene signature;

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            11. Revealing and avoiding bias in semantic similarity scores for protein pairs. oa

            【外文期刊】 Jing,Wang ; Xianxiao,Zhou ; 等 《BMC bioinformatics》 2010年11卷 290页 SCIMEDLINEBP

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            12. Single-cell analysis identifies a key role for Hhip in murine coronal suture development. oa

            【外文期刊】 Greg,Holmes ; Ana S,Gonzalez-Reiche ; 等 《Nature communications》 2021年12卷1期 7132页 SCIMEDLINECA

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            13. Stress resilience is promoted by a Zfp189-driven transcriptional network in prefrontal cortex. oa

            【外文期刊】 Zachary S,Lorsch ; Peter J,Hamilton ; 等 《Nature neuroscience》 2019年22卷9期 1413-1423页 SCIMEDLINECABP

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            14. Molecular differences in brain regional vulnerability to aging between males and females.

            【外文期刊】 Xianxiao,Zhou ; Jiqing,Cao ; 等 《Frontiers in aging neuroscience》 2023年15卷 1153251页

            【关键词】 Alzheimer’s disease; brain aging; gender differences;

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            15. The Mount Sinai cohort of large-scale genomic, transcriptomic and proteomic data in Alzheimer's disease.

            【外文期刊】 Minghui,Wang ; Noam D,Beckmann ; 等 《Scientific data》 2018年5卷 180185页

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            16. Efficacy and safety assessment of a TRAF6-targeted nanoimmunotherapy in atherosclerotic mice and non-human primates.

            【外文期刊】 Marnix,Lameijer ; Tina,Binderup ; 等 《Nature biomedical engineering》 2018年2卷5期 279-292页

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            17. The landscape of multiscale transcriptomic networks and key regulators in Parkinson's disease. oa

            【外文期刊】 Qian,Wang ; Yuanxi,Zhang ; 等 《Nature communications》 2019年10卷1期 5234页 SCIMEDLINECA

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            18. Limb reduction in an Esco2 cohesinopathy mouse model is mediated by p53-dependent apoptosis and vascular disruption. oa

            【外文期刊】 Arielle S,Strasser ; Ana Silvia,Gonzalez-Reiche ; 等 《Nature communications》 2024年15卷1期 7154页 SCIMEDLINECA

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            19. Rank-based predictors for response and prognosis of neoadjuvant taxane-anthracycline-based chemotherapy in breast cancer.

            【外文期刊】 Lin,Zhang ; Chunxiang,Hao ; 等 《Breast cancer research and treatment》 2013年139卷2期 361-9页 SCIMEDLINEBP

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            20. Genes dysregulated to different extent or oppositely in estrogen receptor-positive and estrogen receptor-negative breast cancers. oa

            【外文期刊】 Xianxiao,Zhou ; Tongwei,Shi ; 等 《PloS one》 2013年8卷7期 e70017页 SCIMEDLINECABP

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            21. Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease. oa

            【外文期刊】 Lei,Guo ; Jiqing,Cao ; 等 《Molecular neurodegeneration》 2023年18卷1期 39页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 APOE genotype; Alzheimer’s disease; Gene co-expression network;

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            22. Multiscale network analysis identifies potential receptors for SARS-CoV-2 and reveals their tissue-specific and age-dependent expression. oa

            【外文期刊】 Christian V,Forst ; Lu,Zeng ; 等 《FEBS letters》 2023年597卷10期 1384-1402页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 CD300e; COVID-19; age dependency;

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            23. A relative ordering-based predictor for tamoxifen-treated estrogen receptor-positive breast cancer patients: multi-laboratory cohort validation.

            【外文期刊】 Xianxiao,Zhou ; Bailiang,Li ; 等 《Breast cancer research and treatment》 2013年142卷3期 505-14页 SCIMEDLINEBP

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            24. Integrated transcriptomic analysis of human induced pluripotent stem cell-derived osteogenic differentiation reveals a regulatory role of KLF16.

            【外文期刊】 Ying,Ru ; Meng,Ma ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

            【关键词】 RNA sequencing; bone; differential gene expression;

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            25. Circuit-Wide Gene Network Analysis Reveals Sex-Specific Roles for Phosphodiesterase 1b in Cocaine Addiction. oa

            【外文期刊】 Collin D,Teague ; Tamara,Markovic ; 等 《The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience》 2024年44卷23期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 addiction; bioinformatics; cocaine;

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            26. Chromatin accessibility mapping of the striatum identifies tyrosine kinase FYN as a therapeutic target for heroin use disorder. oa

            【外文期刊】 Gabor,Egervari ; Diana,Akpoyibo ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 4634页 SCIMEDLINECA

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            27. Smarca4 deficiency induces Pttg1 oncogene upregulation and hyperproliferation of tubular and interstitial cells during kidney development.

            【外文期刊】 Jinshu,Xu ; Xianxiao,Zhou ; 等 《Frontiers in cell and developmental biology》 2023年11卷 1233317页

            【关键词】 Pttg1; SWI/SNF chromatin remodeling complex; Smarca4/Brg1;

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            28. Transformative Network Modeling of Multi-omics Data Reveals Detailed Circuits, Key Regulators, and Potential Therapeutics for Alzheimer's Disease. oa

            【外文期刊】 Minghui,Wang ; Aiqun,Li ; 等 《Neuron》 2021年109卷2期 257-272.e14页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ATP6V1A; Alzheimer’s disease; Drosophila;

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            29. Pseudo-temporal dynamics of chemoresistant triple negative breast cancer cells reveal EGFR/HER2 inhibition as synthetic lethal during mid-neoadjuvant chemotherapy.

            【外文期刊】 Won-Min,Song ; Pei-Ling,Chia ; 等 《iScience》 2023年26卷2期 106064页

            【关键词】 Cellular therapy; Computational bioinformatics; Oncology;

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            30. Integrated Transcriptome and Network Analysis Reveals Spatiotemporal Dynamics of Calvarial Suturogenesis. oa

            【外文期刊】 Greg,Holmes ; Ana S,Gonzalez-Reiche ; 等 《Cell reports》 2020年32卷1期 107871页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Fgfr2; Twist1; bone;

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            31. Sex-Specific Transcriptional Changes in Response to Adolescent Social Stress in the Brain's Reward Circuitry. oa

            【外文期刊】 Deena M,Walker ; Xianxiao,Zhou ; 等 《Biological psychiatry》 2022年91卷1期 118-128页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Cocaine; Gene coexpression; Gene expression Network analysis;

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            32. Author Correction: Efficacy and safety assessment of a TRAF6-targeted nanoimmunotherapy in atherosclerotic mice and non-human primates.

            【外文期刊】 Marnix,Lameijer ; Tina,Binderup ; 等 《Nature biomedical engineering》 2018年2卷8期 623页

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            33. Network models of primary melanoma microenvironments identify key melanoma regulators underlying prognosis. oa

            【外文期刊】 Won-Min,Song ; Praveen,Agrawal ; 等 《Nature communications》 2021年12卷1期 1214页 SCIMEDLINECA

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            34. EMUDRA: Ensemble of Multiple Drug Repositioning Approaches to improve prediction accuracy. oa

            【外文期刊】 Xianxiao,Zhou ; Minghui,Wang ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2018年34卷18期 3151-3159页 SCIMEDLINECABP

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            35. Dynamic plasticity of prostate cancer intermediate cells during androgen receptor-targeted therapy.

            【外文期刊】 Harkirat S,Sandhu ; Kensey L,Portman ; 等 《Cell reports》 2022年40卷4期 111123页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 CP: Cancer; CRPC; NEPC;

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            36. The innate immunity protein IFITM3 modulates γ-secretase in Alzheimer's disease. oa

            【外文期刊】 Ji-Yeun,Hur ; Georgia R,Frost ; 等 《Nature》 2020年586卷7831期 735-740页 SCIMEDLINECABP

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            37. Systems modeling of white matter microstructural abnormalities in Alzheimer's disease.

            【外文期刊】 Emrin,Horgusluoglu-Moloch ; Gaoyu,Xiao ; 等 《NeuroImage. Clinical》 2020年26卷 102203页

            【关键词】 Alzheimer's disease; Brain regions; CELF1;

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            38. Integrative network analysis of nineteen brain regions identifies molecular signatures and networks underlying selective regional vulnerability to Alzheimer's disease. oa

            【外文期刊】 Minghui,Wang ; Panos,Roussos ; 等 《Genome medicine》 2016年8卷1期 104页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Alzheimer’s disease; Brain cell types; Dementia;

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            39. Diversified transcriptional responses of myeloid and glial cells in spinal cord injury shaped by HDAC3 activity.

            【外文期刊】 Shalaka,Wahane ; Xianxiao,Zhou ; 等 《Science advances》 2021年7卷9期

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            40. EPRS is a critical regulator of cell proliferation and estrogen signaling in ER+ breast cancer. oa

            【外文期刊】 Igor,Katsyv ; Minghui,Wang ; 等 《Oncotarget》 2016年7卷43期 69592-69605页 MEDLINE

            【关键词】 EPRS; ER+; breast cancer;

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