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【中文期刊】 侯琳 钱敏平 等 《遗传》 2009年31卷4期 365-373页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程.确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题.随着高通量实...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 匡斌 饶妮妮 等 《中国生物医学工程学报》 2008年27卷4期 537-542页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 当前有许多用于预测模体的算法,但没有一种算法能有效地应用在所有场合.依据位置权重矩阵的模体模型,提出一种改进的吉布斯采样算法来识别模体.该算法有效地克服了吉布斯采样算法的局部收敛性,并且可以直观地控制预测模体的保守度.同时引入了模体库的概念...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 岁品品 邢旭东 等 《生物信息学》 2016年14卷1期 1-6页ISTIC
【摘要】 为研究高通量的人类CD4＋T细胞的核小体定位模式，使用迭代算法对核小体定位模式进行分类，并利用位置权重矩阵方法分别构建稳定核小体定位序列、动态核小体定位序列和连接区序列模型，通过十倍交叉验证评估模型性能，并与Segal方法与弯曲度方法进行比...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 张文燕 武栓虎 等 《生物信息学》 2012年10卷3期 211-216页ISTIC
【摘要】 基于启动子的以下特点:(1)启动子区域有一些一致序列,但对于不同的启动子,一致序列在个别碱基上会有所改变,具有多样性;(2)一致序列的位置并不固定,总是在某个范围内波动;(3)大部分的真核生物启动子都和CpG岛有关.提出了一个新的启动子预测...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 杨科利 许强 《生命科学研究》 2009年13卷5期 403-407页ISTICCA
【摘要】 基于已知的人类Pol Ⅱ启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器.分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征,同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得...
【关键词】 启动子；离散增量；位置权重矩阵(PWM)；
- 概要：
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【中文期刊】 杨科利 许强 《生物技术》 2008年18卷2期 39-42页ISTICCA
【摘要】 目的:改进真核生物启动子的理论预测方法.方法:基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类参数输入支持向量...
【关键词】 启动子；位置权重矩阵(PWM)；支持向量机；
- 概要：
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【中文期刊】 杨科利 许强 《生命科学研究》 2008年12卷2期 115-120页ISTICCA
【摘要】 基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cro...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨科利 李前忠 等 《生物技术》 2007年17卷1期 14-17页ISTICCA
【摘要】 目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法.方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测.结果:利用self-consi...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
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【中文期刊】 杜胜军 甄一松 等 《中国分子心脏病学杂志》 2007年7卷3期 129-134页ISTICCA
【摘要】 在人类基因组上正确识别转录调控信号仍然是分子生物学界面临的重要挑战,目前计算的手段仍然是寻找转录调控元件的主要方法.然而这些方法普遍存在假阳性率过高的问题,而降低假阳性率的方法之一就是参数的优化选择.这些预测算法都普遍需要一个背景序列集作为...
- 概要：
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【中文期刊】 杨科利 李前忠 等 《生物信息学》 2007年5卷3期 117-120页ISTIC
【摘要】 基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
- 概要：
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【中文期刊】 李可力 玉延华 等 《平顶山学院学报》 2014年5期 60-67页
【摘要】 计算预测出 TAL 效应物的候选靶标有助于高效地确定 TAL 效应物的靶基因，进而阐明 TAL 效应物的生物学功能，但是目前在 TAL 效应物靶标计算预测方面的研究仍然很少。为了设计出预测 TAL 效应物靶标的有效算法，基于 TAL 效应物...
【关键词】 TAL 效应物；结合特异性；位置权重矩阵(PWM)；
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【中文期刊】 付旭平 戴建凉 等 《复旦学报（自然科学版）》 2000年39卷6期 675-679页
【摘要】 在人类cDNA序列确定全长基因的过程中,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子.在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上,从模式...
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【中文期刊】 崔颖 徐泽龙 等 《生物医学工程学杂志》 2020年37卷3期 496-501页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型.该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),...
- 概要：
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【中文期刊】 冯永娥 《生物数学学报》 2016年4期 455-460页ISTIC
【摘要】 本文首次将基于位置权重矩阵的打分函数用于蛋白质二级结构的预测中.我们选取CB513数据库作为基准数据库,首先在库中截取11残基和21残基片段,依据中心残基的二级结构类型分成3个集合;然后分别建立20种氨基酸、以及依据亲疏水性约化成的6种氨基...
- 概要：
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【中文期刊】 张文 骈聪 等 《生物物理学报》 2015年31卷2期 143-153页MEDLINEISTICCA
【摘要】 启动子是调节基因表达的重要元件,对其的研究对于阐明基因转录调控机制具有重要意义.作者依据RNA聚合酶Ⅱ启动子序列特性选取高效的特征提取方法,构建了基于粒子群优化的支持向量机(particle swarm optimization-suppo...
- 概要：
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【中文期刊】 李琴 张瑾 等 《生物物理学报》 2014年30卷5期 391-400页MEDLINEISTICCA
【摘要】 前体mRNA的剪接是真核基因表达的关键阶段,识别剪接位点对基因表达也起着至关重要的作用.作者用紧邻与非紧邻的位置关联权重矩阵及组成分的多样性增量得到的五维特征向量来表示序列,应用支持向量机对供体位点和受体位点进行识别.采用5-fold交叉检...
- 概要：
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- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：高良心 导师：黄德双 同济大学 计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2018年
【摘要】 转录因子(Transcription factors,TFs)可以通过结合到特定的DNA结合位点(TFBS)来抑制或激活基因表达，因此在转录调控中发挥重要作用。先前的研究已经得出结论：TFs倾向于去结合遵循特定模式的DNA序列，称为TF基序...
- 概要：
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【学位论文】 作者：侯青敏 导师：高琳 西安电子科技大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2009年
【摘要】 随着人类基因组计划的开展与现代生物技术的迅猛发展,生物信息数据的增长呈现爆炸之势,这为揭开生命奥秘提供了数据基础；计算机运算能力的提高和国际互联网络的发展使得对大规模数据的存储、处理、检索和解读提供了理论基础。而如何运用信息科学和计算技术的...
- 概要：
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【中文期刊】 桂俊鸿 李校 等 《四川大学学报（自然科学版）》 2012年49卷1期 230-238页
【摘要】 为探讨短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的基因调控关系,通过在其亲缘关系最近的模式菌——枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中寻找同源转录因子及其调控基因的方式,预测出B.pumilus的候选转录调控网络；并利用...
- 概要：
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【学位论文】 作者：杨志枫 导师：李国君 山东大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2016年
【摘要】
生物信息学起步于20世纪90年代，是一门新兴的交叉学科.先进的测序技术使得各种生物的基因以及蛋白质序列被大量测出，为生物信息学的研究带来了方便，但与此同时，也产生了海量的生物学数据，为我们如何分析处理这些数据带来了挑战.
基因的表...
- 概要：
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【学位论文】 作者：田陆芳 导师：刘文远 燕山大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2011年
【摘要】 基因表达调控是理解生物体遗传机制,破解生物体奥秘的关键所在.转录是基因表达至关重要的一步,对转录因子结合位点进行识别与注释,无疑将是研究转录调控规律进而构建表达调控网络的关键步骤.随着生物技术和计算机技术的飞速发展,利用计算方法识别转录因子...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者：吴琴琴 导师：王加俊 苏州大学 信息与通信工程 信号与信息处理（硕士） 2010年
【摘要】
由于基因序列中的功能位点与基因的调控、转录紧密相关,人们对这些位点进行了广泛的分析。如何从DNA序列中准确地检测出这些功能位点成为了生物信息学中的一项长期热点。
本文首先提出了一种基于熵度量的改进位置权重矩阵法,并以此方法对原...
- 概要：
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【学位论文】 作者：杨科利 导师：李前忠 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2007年
【摘要】 基因转录调控一直是生物信息学研究的一个重要内容，转录因子结合位点和启动子的识别是研究基因转录调控的重要环节，是构建基因调控网络的一个核心问题。本文基于已知的转录因子结合位点和启动子序列数据，从序列信息出发，提出了整合位点保守型参量和位置权重...
- 概要：
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【学位论文】 作者：郑晓斌 导师：戴宪华 中山大学 软件工程 软件工程（硕士） 2007年
【摘要】 查找转录因子键位的算法研究是当前生物信息学研究的一个热点，目前有很多用于预测模体的算法，但没有一种算法能有效地应用在所有场合。目前在模体查找方面使用最多的是改进吉布斯采样算法的方法，主要的方法有：采用高阶背景模型控制背景噪声；提供灵活的参数...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 钟东 张振书 等 《第一军医大学学报》 2004年24卷2期 172-176页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 依据基因调控知识对现有方法进行了综合及改进:(1)在序列搜索方面,结合多序列低分值查询与多个保守片段搜索两种方法获得匹配序列,然后序列相互打分,最后进行聚类分析;(2)在位点搜索方面,综合应用位置权重矩阵、成对寡核苷酸及Smith-Wate...
- 概要：
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【中文期刊】 刘浩 李公平 等 《中国医学物理学杂志》 2011年28卷4期 2718-2721页ISTICCSCD
【摘要】 目的:测量后装治疗机在执行治疗计划过程中放射源在各驻留点的实际驻留时间,并与计划的驻留时间比较;观察放射源到达驻留位置的重复性.方法:利用IBA MATRIXX测量科霖众制造的后装治疗机.把一个透明的食管后装适源器固定在MATRIXX表面,...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 林昊 李前忠 《生物信息学》 2008年6卷1期 25-27页ISTIC
【摘要】 基于果蝇polⅡ启动子的序列特征,利用结合了离散增量和位置权重矩阵的贝叶斯判别函数对果蝇启动子进行了预测.对预测算法进行10交叉检验.通过比较不同大小训练集对结果的影响,说明了参数选取的合理性和算法的预测能力.同时比较了不同参数的选取对预测...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨乌日吐 李前忠 等 《现代生物医学进展》 2007年7卷5期 790-792,795页ISTICCA
【摘要】 选择性剪切是调解基因表达的重要机制.识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作.本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5'/3'选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切...
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【中文期刊】 荀靓 张利 等 《清华大学学报（自然科学版）》 2006年46卷7期 1267-1270页
【摘要】 为了寻找启动子区域上转录因子结合位点的分布规律,进而研究这种规律与真核基因表达调控机制之间的关系,该文从已有数据出发,运用位置权重矩阵(PWM)扫描算法对启动子区域上4种与肝脏特异表达相关的转录因子结合位点分布情况进行了初步研究,并提出了一...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李瑞风 闫娟娟 《中国农村卫生事业管理》 2023年43卷10期 721-725页
【摘要】 目的 通过科学分析、合理度量山西省城乡居民就医质量感知,为均衡医疗资源布局、完善基层医疗保障体系提供依据.方法 选择山西省具典型代表性的城区和县域开展调研分析,对影响就医质量感知的因素进行问卷抽样打分,采用AHP方法构建对比矩阵获取指标权重...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：薛利祥 导师：张少强 天津师范大学 软件工程 软件工程（硕士） 2019年
【摘要】 随着现代生物科学技术的飞快发展以及人类基因组计划的顺利完成，已经成功测序了上万种生物的基因组并且产生了大量的生物序列信息数据。面对如此庞大的生物数据集，如何更深入的研究以便快速准确的提取出有用的信息是现代生物信息学发展的关键，而模体发现问题...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：张文燕 导师：武栓虎 烟台大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2013年
【摘要】 随着基因测序工作的完成,生物序列分析和功能预测变得越来越重要。真核生物启动子的预测是DNA序列分析的一个重要组成部分,ncRNA在生物发育的过程中,有着不亚于蛋白质的至关重要的作用,因此启动子的识别和非编码RNA预测对整个基因组的功能的诠释...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：周坤 导师：汪卫 复旦大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2011年
【摘要】 DNA元件百科全书计划(EncyclopediaofDNAElements，ENCODE)的研究表明人类基因组蓝图是一个复杂的网络系统。认识和解读人类基因组蓝图是后基因组时代生命科学领域中面临的最具挑战性的热点问题之一。转录调控是基因表达和...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：臧露 导师：马志强 东北师范大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2009年
【摘要】 调控元件是指基因周围能够与特异性转录因子结合而影响转录水平的DNA功能序列。作为一种重要的转录调控元件，转录因子结合位点的识别已经成为当前的研究热点。准确的预测、识别算法有助于人们识别不同转录因子的目标基因，进而研究转录因子结合位点在上游调...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【会议论文】杨科利 第十次中国生物物理学术大会 2006年
【摘要】 通过对五种实验验证的酵母转录因子结合位点序列的单碱基保守性的统计分析,以单碱基位点保守性为参数(图1),提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法.为了尽可能的减少预测出来的假阳性(FP)结合位点序列,将已知的转录因子结合位点序列...
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