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【中文期刊】 朱镜璇 于正飞 等 《高等学校化学学报》 2019年40卷1期 138-146页
【摘要】 采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W26...
【关键词】 嗜热类磷酸三酯酶样内酯酶；分子动力学模拟；拉伸分子动力学模拟；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 曹了然 张春煜 等 《物理化学学报》 2017年33卷7期 1354-1365页
【摘要】 在当今科学探索中,分子动力学模拟作为实验的辅助,替代甚至引导,有越来越大的重要性.在这篇综述里,我们概括介绍了分子模拟领域的发展历史,特别是专注于近期的进展,包括新的分子力场,增强采样技术以及在研究生物分子体系方面的最新成果.
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 任家毅 杨志伟 等 《高等学校化学学报》 2017年38卷11期 2070-2076页
【摘要】 以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100 ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计...
【关键词】 单链抗体；分子动力学模拟；分子力学和连续介质模型的自由能计算；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 光翠娥 张海玲 等 《食品科学》 2017年38卷9期 8-13页
【摘要】 地肤子中的木鳖子皂苷Ic和2’-O-β-D-吡喃葡萄糖木鳖子皂苷Ic有较强抑制肾素体外活性的功能.分子对接证实两皂苷与肾素结合较好,分别形成9个和4个氢键,氨基酸Ser230与Tyr231是氢键作用的关键残基,而Ala229、Met303、...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 冯婷婷 秦宜德 《科技创新导报》 2015年23期 248-249页
【摘要】 分子动力学是一门多学科且交叉学科，是物理、数学、化学、生物和医学的综合技术。随着计算机信息技术的发展和完善，计算机在生物化学，物理，医学各个领域都实现了技术的革新，发展出计算生物学1、计算化学等多门新兴学科，这些新技术和学科的发展革新使得科...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王哲 王普 等 《化工进展》 2013年10期 2475-2479,2485页
【摘要】 脂肪酶是一种重要的生物催化剂，其来源广泛，可在水相甚至非水介质中催化多种反应，并表现出很高的立体选择性和催化活性。有关脂肪酶的应用和基础研究备受重视，特别是脂肪酶催化机理和结构功能关系成为近年来研究热点，基于现代计算机技术的分子模拟计算在相...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 范文杰 雷凯 等 《成都电子机械高等专科学校学报》 2012年15卷1期 5-9页
【摘要】 对1,1'-二萘基骨架的3个探针分子,采用Hyperchem和Gaussian 03先后进行分子力学优化、分子动力学模拟、半经验和HF/STO-3G水平几何构型优化.用AutoDock Vina将优化后的探针分子、配体分子α-氨基酸/α-氨...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李代禧 纪兰兰 等 《计算机与应用化学》 2009年26卷1期 25-28页
【摘要】 首先通过分子力学法,确定辅酶Q10(CoQ10)的7个β-环糊精(β-CD)包合物(CoQ10-7-β-CDs)的最稳定优势构型.并进一步用分子动力学法模拟真空状态,一定时间内包合物的动态结构,并统计分析CoQ10包合前后结构的变化对性质的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘艳芝 何丽红 《天水师范学院学报》 2008年28卷2期 62-64页
【摘要】 应用分子模拟技术模拟真实分子体系的结构和性质来寻找目标分子,已大大推动了新材料的研制进程.本文在合成N,N-二羟乙基-3-胺基-2-甲基丙酸甲酯单体的基础上,利用MP软件和GAUSSLAN 98 UHF/3-21G分别进行分子力学优化和几何...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘有平 纪庆 等 《天津药学》 2006年18卷2期 1-5页
【摘要】 目的:通过采用计算机模拟研究力达霉素发色团被蛋白质保护的作用机理的分析.方法:应用InsightⅡ和HyperChem等软件通过分子力学和分子动力学方法研究发色团和蛋白质之间的相互作用.结果:蛋白质通过静电引力和范德华力以及π电子同发色团相...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 曹赞霞 王吉华 《生物化学与生物物理进展》 2010年37卷3期 319-325页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 采用GROMOS 43A1力场,用温度副本交换分子动力学模拟方法研究水溶液中H1小肽在4个不同温度下的结构特征.选择H1小肽的初始构象分别为α螺旋和β折叠片,完成了两组独立的36个温度副本交换的分子动力学模拟,一组从α螺旋出发的模拟用来对该...
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【中文期刊】 张卫敏 任晓文 等 《药物评价研究》 2012年35卷2期 86-89页ISTICPKUCA
【摘要】 环糊精包合技术和缓控释技术是发展较快的释药技术,分子模拟技术在这两种释药技术中的应用也越来越多.简述环糊精包合技术和缓控释释药技术的优点、影响因素和释药原理,介绍几种重要的分子模拟技术在环糊精包合技术和缓控释释药技术中的应用,并给出了分子模...
- 概要：
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【学位论文】 作者：王韵嘉 导师：罗施中 北京化工大学 生物学 生物工程（硕士） 2022年
【摘要】 B族链球菌是导致婴幼儿患肺炎、脑膜炎、败血症等疾病的主要原因，其细胞表面蛋白可引起机体的保护性免疫。Ⅲ型菌株表面普遍表达一种名为Rib(Resistancetoproteases,Immunity,GroupB)的蛋白具有高度重复的串联序列...
- 概要：
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【中文期刊】 樊士宇 程杰 等 《江汉大学学报（自然科学版）》 2025年53卷4期 22-30页
【摘要】 HIV病毒的耐药性是一个日益严重的全球性问题.达芦那韦(Darunavir,DRV)作为HIV蛋白酶抑制剂的一种已应用于临床.然而,随着蛋白酶中变异残基个数的增加,药物的效力大大减退.为研究造成耐药性的原因,本研究通过分子动力学模拟(MD)...
- 概要：
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【学位论文】 作者：叶纬 导师：陈海峰 上海交通大学 生物学 生物学（博士） 2015年
【摘要】 近年来，随着信息时代的发展和计算机运算能力的迅速提升，分子动力学模拟已在研究生物大分子的结构功能关系、探索疾病发生发展机制、寻找新的药物靶点和药物设计与开发等多个方向上为传统实验提供日益重要的支持。作为分子动力学模拟的基石，分子力场是模拟准...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：王伟 导师：陈海峰 上海交通大学 生物学 生物学（硕士） 2014年
【摘要】 蛋白质作为执行生物体内重要功能的载体,其传统的研究思想是“序列-结构-功能”范式。前人研究结果表明真核生物体内有大约有27％~41%的蛋白质缺少稳定的三级结构,但是它们在生物体内作用是不可或缺的。这类蛋白质被称为天然无规蛋白质( Intri...
- 概要：
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【学位论文】 作者：刘洋 导师：孙淮 上海交通大学 化学 化学（硕士） 2010年
【摘要】 多尺度模拟是指利用不同模拟方法从多个尺度进行研究。本文应用量子化学计算、分子力场和分子动力学方法在电子和原子尺度进行模拟,研究血红素与配体的电子结构以及成键机理、溶剂化自由能和含能材料的反应机理。血红素是一种生物辅酶,在生命过程中发挥着重要...
- 概要：
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【学位论文】 作者：林赋 导师：王任小 中国科学院上海有机化学研究所 化学 有机化学（博士） 2009年
【摘要】 分子动力学模拟是在符合能量守恒和动量守恒的前提下，给定初始位置和速度后研究体系随时间的演化过程。它能从原子或分子水平上帮助我们进一步了解生物体系内的一些重要动态过程，从而使我们能够从本质上更加精确地解释或预测生物分子结构与功能之间的关系，如...
- 概要：
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【学位论文】 作者：曹苏明 导师：孙苗 哈尔滨理工大学 化学工程与技术 应用化学（硕士） 2009年
【摘要】 研究蛋白质与相应配体分子复合物的结构及配体与蛋白质的相互作用对阐明蛋白质的功能、作用机制和基于结构的药物设计具有重要的指导意义。目前，X-ray、NMR等技术为蛋白质及其与配体复合物结构的测定提供了有效的实验手段。然而，实验手段的局限性也阻...
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【学位论文】 作者：董明晖 导师：刘海燕 中国科学技术大学 生物学 生物信息学（博士） 2008年
【摘要】 蛋白质是生物体中最重要的大分子之一，几乎所有的生命活动都有蛋白质分子的参与。酶是生物体内由细胞产生的一种生物催化剂。绝大部分酶是由蛋白质组成的。在机体中十分温和的条件下，酶能高效的催化各种生物化学反应，促进生物体的新陈代谢。生命活动，包括消...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：曹赞霞 导师：刘海燕 中国科学技术大学 生物学 生物信息学（博士） 2008年
【摘要】 蛋白质是生物功能的执行者。蛋白质的功能跟它的三维结构及动力学密切相关。大多数蛋白质都能够形成独特空间结构。探测和解析蛋白质三维结构的实验工具主要有X射线晶体衍射方法和核磁共振波谱学方法。但实验不能提供蛋白质结构的时空分布，不能在微观尺度刻划...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者：管清梅 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（博士） 2007年
【摘要】 蛋白质是组织细胞中含量最丰富、功能最多样化的生物大分子，一个细胞可能含有10万多种蛋白质，每种蛋白质具有各自不同的功能。核酸是生物的遗传信息载体，它们功能的实现要依赖于蛋白质。蛋白质功能的多样性是由其复杂的分子结构所决定的，结构的多样性保证...
- 概要：
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【学位论文】 作者：崔宝秋 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（博士） 2007年
【摘要】 蛋白质是生命体的重要组成部分，其中1/3的蛋白质中含有金属。这些金属离子作为金属蛋白中最重要的辅因子，承担着活性中心或结构中心的作用。目前分子力场已经成为研究金属蛋白重要的工具之一。因为分子模拟技术不仅有助于了解蛋白质结构以及溶液构象与功能...
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【学位论文】 作者：张翠萍 导师：杨频 山西大学 化学 无机化学（硕士） 2006年
【摘要】 具有G:C和A:T碱基配对的DNA双股螺旋是遗传信息储存、表达和稳定传递的重要载体。这一特异性配对方式有利于核酸结构的稳定。大沟、小沟中官能团的分布有利于蛋白酶、金属离子以及具有生物功能的金属配合物与DNA的作用。为了使遗传信息准确地传给下...
- 概要：
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【学位论文】 作者：王传铭 导师：刘次全 曹槐 云南大学 生物学 动物学（硕士） 2004年
【摘要】 HIV-1的Rev-RRE相互作用是艾滋病病毒基因表达的转录后调控过程中一个极其重要的环节,它决定着完整的病毒mRNA能否输出细胞核外进行翻译,进而影响到子代病毒颗粒的形成.以新霉素B为代表的氨基糖苷类抗生素分子能够通过与RRE的结合而抑制...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：胡增建 导师：陈凯先 嵇汝运 中国科学院上海药物研究所 药学 有机化学(量子药理学)（博士） 1998年
【摘要】 该着研究AChE抑制剂的作用机理和结构需求,寻找选择性更好、活性更强的AChE抑制剂,获得辅助治疗AD的新药的目的,作者对目前用于治疗AD的一些AChE抑制剂进行了分子模拟、QSAR和量子药理学研究,并在研究的基础设计了一些新的化合物.
- 概要：
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【学位论文】 作者：姚立新 导师：刘次全 曹槐 云南大学 生物学 动物学（硕士） 1997年
【摘要】 该文选用经过实验验证的碱基序列,构建了被水分子和镁离子修饰的核酸序列的分子模型,应用分子力学模拟方法对序列进行能量优化.对优化后序列的构象参数和成键状况、以及中间状态和最终状态的能量数据进行了分析.通过分析对tRNA(转移核糖核酸)的识别特...
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【中文期刊】 冯健男 任蕴芳 等 《生物化学与生物物理进展》 2000年27卷4期 418-422页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 通过Delphi方法分析人白介素6(human interleukin-6,hIL-6)/人白介素6受体α亚基(human interleukin-6 receptor α subunit,hIL-6Rα)复合物、gp130(β subun...
- 概要：
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【中文期刊】 王德娴 胡新月 等 《食品安全质量检测学报》 2022年13卷12期 3989-3996页
【摘要】 防腐剂是食品工业中不可缺少的物质,但是食品防腐剂仍存在种类少、耐药性和安全性等问题,新型抑菌剂的研发及其作用机制研究已经成为研究者们关注的重点.脱氧核糖核苷酸(DNA)是抑菌剂发挥作用的重要靶点,抑菌剂与DNA作用可以抑制微生物的生长繁殖....
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 郭涛 李海燕 等 《中国药科大学学报》 2010年41卷6期 513-519页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 研究真空中α-、β-和γ-环糊精时青蒿素类药物(双氢青蒿素、蒿甲醚、蒿乙醚和青蒿琥酯)的包结情况,从原子相互作用角度分析不同大小结合能产生的原因,为难溶性药物环糊精包结物的设计和早期评价提供理论基础.采用分子力学和分子动力学计算程序,考察摩...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 叶刚 杨冬华 等 《中国病理生理杂志》 2007年23卷6期 1246-1248页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:模建特异性抗肝癌单链抗体HscFv 4-16的三维结构,为高亲和力的抗肝癌单链抗体的人源化设计提供结构信息.方法:采用同源模建技术,在SGI图形工作站上,通过Accelrys公司Insight Ⅱ软件包的Homology模建分子结构,...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 曹锐 臧红霞 等 《中国生物化学与分子生物学报》 2007年23卷11期 953-958页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 采用实验和理论化学研究相结合的方法研究分子间相互作用,这种在计算机上进行"模拟实验"与传统"有机化学实验"相辅相成的研究策略,正在成为有机化学研究的重要手段.本论文利用荧光光谱分析法来研究小分子有机化合物与蛋白底物之间的相互作用机制.利用先...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 左之利 周鲁 等 《华西药学杂志》 2002年17卷2期 92-94页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的探讨含RGD多肽的构效关系.方法采用分子力学和量子化学方法对某些含RGD序列多肽的化学结构进行分子模拟和量化计算.结果优化了各化合物的空间结构,得到了优势构象和优势构象的能量,研究了分子的电荷分布,前线轨道能量等.结论借助于理论计算可解...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 葛海斌 张春秋 《医疗卫生装备》 2018年39卷3期 1-5页ISTICCA
【摘要】 目的:通过分子动力学模拟研究胶原分子的力学特性,得出软骨微观结构成分的力学特性与宏观力学特性的关系.方法:从蛋白质数据库中获取胶原分子模型,使用GROMACS分子动力学模拟软件包,构建一个长×宽×高为24 nm×3.2 nm×3.2 nm的...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 罗怡 徐秋梦 等 《生物学通报》 2018年53卷8期 12-14页ISTICCA
【摘要】 从蛋白质的分子结构、翻译后的蛋白质质量控制、蛋白质结构预测方法3个方面阐述肽链的折叠方式不是引起蛋白质结构和功能多样性的直接原因:在氨基酸序列确定的情况下,肽链的折叠方式是保守的;肽链一旦折叠错误,蛋白质质量控制系统会对其进行纠正或降解清除...
- 概要：
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【中文期刊】 左之利 周鲁 等 《生物物理学报》 2002年18卷1期 95-98页MEDLINEISTICCA
【摘要】 采用分子力学和量子化学方法对某些作用于脑啡肽酶的硫乙内酰脲衍生物(YL-2、YL-12、YL-3和YL-11)的化学结构进行了分子模拟和量化计算.优化了各化合物的空间结构,得到了优势构象和优势构象的能量,研究了分子的电荷分布,前线轨道能量等...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 姚立新 曹槐 等 《广东药学院学报》 2000年16卷1期 1-6页ISTICCA
【摘要】 本文选用经过实验验证的碱基序列,用简化的方式,构建了被水分子和镁离子修饰的核酸序列的分子模型,应用分子力学模拟方法对序列进行能量优化,对优化后序列的构象参数、成键状况和能量数据等进行了分析.对tRNAHHis/GUG的识别特性作了初步的探索...
【关键词】 计算机辅助分子建模(CAMM)；识别特性；tRNAHis/GUG；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 王永伟 蒋南 《科学技术与工程》 2016年16卷25期 30-37页
【摘要】 ZLc-002及其类似物是一系列PDZ结构域抑制剂,它们能够不同程度地阻断nNOS与CAPON之间的偶联,从而表现了不同的抗焦虑活性(PDZ指最早发现含有此结构域的三个蛋白质的首字母缩写,分别是:post synaptic density ...
【关键词】 PDZ结构域抑制剂；神经元型一氧化氮合酶(nNOS)；分子对接；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 齐艳兵 朱吉人覮 等 《高等学校化学学报》 2014年4期 776-783页
【摘要】 通过生物信息学分析、分子动力学模拟及量子化学计算,对21种邻对位取代酚类模式底物与漆酶的结合能力以及反应活性进行了探讨.生物信息学结构比对分析发现漆酶的活性口袋含有 Asp/Glu206, Asn/His208, Asn264, Gly39...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李敏婷 王文娜 等 《计算机与应用化学》 2014年31卷5期 541-546页
【摘要】 在软件Hyperchem(R)7.5中,采用分子力学MM与PM3半经验法优化齐墩果酸(OA)与甲基丙烯酸(MAA)、丙烯酰胺(AM)的分子最低能量构象,计算各自电荷分布;采用Amber MM与PM3半经验法,模拟OA-MAA、OA-AM的结...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
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