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【中文期刊】 蔡溦 朱御坤 等 《中国组织工程研究》 2025年29卷18期 3747-3757页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:低度慢性炎症被认为在骨关节炎的发病机制中起着核心作用,但是具体的分子机制目前仍不清楚.目的:筛选和探讨骨关节炎中的潜在枢纽基因及免疫细胞的浸润情况.方法:将来自GPL570平台的GSE206848数据集与来自GPL96平台的GSE55...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 禹志远 董海平 等 《上海交通大学学报（医学版）》 2025年45卷10期 1308-1319页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的·开发一种多算法协同的计算生物学策略,构建吗啡耐受外周神经调控网络的预测模型,并筛选高置信度候选靶标.方法·构建不同吗啡用药时长的小鼠模型,采集其背根神经节(dorsal root ganglion,DRG)组织开展批量RNA测序,以表...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李鑫 慈百全 等 《微生物学杂志》 2025年45卷1期 24-33页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 研究噬菌体裂解酶对细菌生物被膜(Bacterial biofilm,BBF)的作用效果及转录机制.细菌生物被膜的形成是细菌耐药性产生的重要原因之一.金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是常见的易形成生物被膜的致病微生...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 何田田 李泓毅 等 《中国肿瘤生物治疗杂志》 2025年32卷7期 716-722页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨贝沙罗汀治疗双打击淋巴瘤(DHL)的分子机制,为DHL治疗提供潜在靶点和实验依据.方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE44164和GSE43677表达谱数据集,筛选出差异表达基因(...
【关键词】 双打击淋巴瘤；贝沙罗汀；基于加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李加根 陈跃平 等 《中国组织工程研究》 2025年29卷26期 5595-5607页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:类风湿关节炎发病机制至今尚未完全清晰,近来有研究表明线粒体自噬与类风湿关节炎存在关联性,但关键机制有待深入探究.目的:利用多机器学习算法鉴定和验证类风湿关节炎中线粒体自噬过程的核心互作基因并解析其免疫调控过程.方法:从GEO数据库整理...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 武英楷 史高龙 等 《中国组织工程研究》 2025年29卷2期 294-301页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:类风湿关节炎是一种全身的免疫相关性疾病,主要病理特点是关节滑膜炎性增生及关节软骨的破坏,其发病机制目前尚不明确,迫切需要发现新的具有高度敏感性和特异性的诊断标志物.目的:联合使用生物信息学技术及计算机学习算法,识别并筛选类风湿关节炎患...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 周未来 李俊 等 《中国免疫学杂志》 2025年41卷2期 287-294页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:利用生物信息学方法寻找与哮喘发病相关的关键基因并讨论其分子机制.方法:对GSE143303芯片数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),筛选出与哮喘发病显著相关的模块,并对模块基因进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析、功能及通路富...
【关键词】 支气管哮喘；支气管镜管腔内活检；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘雅妮 杨静欢 等 《中国组织工程研究》 2025年29卷5期 1091-1100页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义.目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法筛选纤维肌痛...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 韩杰 潘成镇 等 《中国组织工程研究》 2025年29卷35期 7690-7700页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:激素性股骨头坏死的发病机制尚未完全明确,深入了解激素性股骨头坏死的病理及分子机制,寻找高特异性和高灵敏性诊断标志物对于防治激素性股骨头坏死至关重要.目的:筛选激素性股骨头坏死的免疫诊断标志物,并通过药物富集分析和分子对接技术预测潜在药...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王彤冉 杨莹 等 《临床肺科杂志》 2025年30卷11期 1690-1699页ISTIC
【摘要】 目的 建立基于基因表达综合(GEO)数据库的慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)和肺腺癌(LUAD)共有基因的人工神经网络(ANN)模型并评价其效果,同时采用单细胞分析解析细胞异质性和微环境动态.方法 收集来自GEO数据库的慢阻肺和LUAD患者基...
【关键词】 机器学习；加权基因共表达网络分析；人工神经网络；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 许俊丽 谭学渊 等 《中国医学物理学杂志》 2025年42卷7期 929-934页ISTICCSCD
【摘要】 目的:探讨磁共振弥散加权成像(DWI)影像组学列线图预测乳腺癌Ki-67表达的可行性.方法:回顾性收集广东医科大学附属第二医院手术病理证实的乳腺癌患者资料,所有患者均进行Ki-67表达染色检测.将Ki-67低表达为A组(n=28),Ki-6...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 方柔柔 张韩香 等 《中西医结合心脑血管病杂志》 2025年23卷18期 2742-2752页ISTIC
【摘要】 目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法对动脉粥样硬化(AS)血管测序数据集进行分析,探讨AS的潜在靶点,以期为临床治疗和药物研发提供依据.方法:从基因表达综合数据库(GEO)中下载AS基因表达数据集GSE40231.利...
【关键词】 动脉粥样硬化；加权基因共表达网络分析；机器学习；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 毛建云 张明婷 等 《心脏杂志》 2025年37卷4期 410-419页ISTICCA
【摘要】 目的 基于 WGCNA法探讨心房颤动(AF)射频消融术后复发的机制.方法 采用 limma法分析GSE2240、GSE41177、GSE115574中AF和窦性心律的差异基因,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定AF关联性最强的基因...
【关键词】 心房颤动复发；沙库巴曲缬沙坦联合胺碘酮；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 高浏璐 梁昭君 等 《胃肠病学和肝病学杂志》 2025年34卷6期 799-808页ISTICCA
【摘要】 目的 利用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)识别肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)潜在的生物标志物和治疗靶点,旨在...
【关键词】 肝细胞癌；加权基因共表达网络分析；生物标志物；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘继涛 徐涛 等 《临床检验杂志》 2025年43卷9期 695-701页ISTICCA
【摘要】 目的 运用生物信息学方法筛选与急性缺血性卒中(acute ischemic stroke,AIS)相关的枢纽基因及信号通路,探寻潜在生物学标志物,以期为AIS的机制研究提供新证据.方法 从GEO数据库(gene expression omn...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杜亚楠 王艺璇 等 《现代肿瘤医学》 2025年33卷4期 557-566页ISTICCA
【摘要】 目的:为肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者开发一种新的免疫原性细胞死亡相关特征(immunogenic cell death related signatures,ICDRS)预后模型.方法:分别从 T...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 蒋成飞 王频 等 《胃肠病学》 2025年30卷2期 73-81页ISTICCA
【摘要】 背景:十二指肠乳头腺瘤是一种良性肿瘤,发病率较低但癌变风险较高.尽管内镜下乳头切除术创伤小、并发症少,但存在一定的复发风险.探索该病的驱动基因,预测其复发和癌变风险,有助于实现精准治疗.目的:基于转录组数据,整合多维度生物信息学方法筛选驱动...
【关键词】 十二指肠乳头腺瘤；SLC12A2；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李彦国 庞舒桐 等 《中国CT和MRI杂志》 2025年23卷8期 18-21页ISTIC
【摘要】 目的 本研究旨在验证MRI影像组学模型用于预测异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH)野生型胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)患者的预后,拟探索胶质瘤影像学异质性的基因调控机制.方法 提取13...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 庞思宇 康敏 《现代消化及介入诊疗》 2025年30卷4期 475-481页ISTIC
【摘要】 目的 本研究旨在通过基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法,鉴定出炎症性肠病(IBD)中内质网应激相关关键基因,并探索其潜在药物,为IBD的发病机制研究和临床诊断治疗提供新的靶点.方法 利用WGCNA软件包对GSE87466数据集构...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 高玥 张行 等 《现代医学》 2025年53卷6期 883-892页ISTIC
【摘要】 目的:本研究旨在利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘与急性髓系白血病(AML)基因表达谱中生存相关的基因,并分析其与AML患者生存预后的关系.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载AML患者基因表达和临床数据并进行预处理.利用...
【关键词】 急性髓系白血病；加权基因共表达网络；蛋白磷酸酶Mg2+/Mn2+依赖性1J；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 桑珍珍 冯顺易 等 《安徽医药》 2025年29卷5期 940-944,后插2-后插4页ISTICCA
【摘要】 目的 旨在识别急性胰腺炎相关脓毒症的关键基因.方法 2023年3―9月从GEO数据库下载基因数据集.采用WGCNA确定急性胰腺炎和脓毒症的枢纽模块,并将两个模块交叉以确定与急性胰腺炎相关脓毒症有关的共同基因.采用R软件筛选出急性胰腺炎和脓毒...
- 概要：
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【中文期刊】 秦冲 王振辉 等 《现代医学》 2025年53卷4期 546-558页ISTIC
【摘要】 目的:探讨免疫细胞相关基因在糖尿病心肌病(DCM)中的作用,并探讨其潜在机制.方法:采用单样本基因集富集分析探讨样本的免疫浸润情况.通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘与免疫浸润相关的基因.通过富集分析,分析这些基因的功能.基因间的...
【关键词】 糖尿病心肌病；辅助性T细胞17；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张莉 龚政 等 《临床检验杂志》 2025年43卷2期 136-143页ISTICCA
【摘要】 目的 利用生物信息学方法筛选狼疮性肾炎(LN)的关键表达基因,寻找诊断LN的潜在生物标志物,探讨LN的发病机制.方法 从高通量基因表达(GEO)数据库下载慢性肾脏病相关的GSE99339数据集,用WGCNA方法筛选与LN相关的核心模块.获取...
【关键词】 高通量基因表达；狼疮性肾炎；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 郭峰 王晨宇 等 《现代泌尿外科杂志》 2025年30卷3期 215-222页ISTICCA
【摘要】 目的 采用生物信息学分析筛选与肾透明细胞癌(KIRC)发生密切相关的分子生物标志物,并验证其在临床样本中的表达水平.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取KIRCⅠ期 mRNA测序数据,用主成分分析(PCA)降维处理,筛选差异表达基因...
- 概要：
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【中文期刊】 杨锦明 李玉生 等 《天津中医药大学学报》 2025年44卷3期 208-215页ISTICCA
【摘要】 [目的]研究旨在鉴定骨关节炎(OA)中的自噬相关基因,并筛选其靶向中药成分.[方法]从基因表达综合数据库下载微阵列数据集GSE55235和GSE55457进行分析.分别筛选OA样本和健康对照样本之间的差异表达基因.然后分别对GSE55235...
【关键词】 骨关节炎；自噬相关基因；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 张伟国 陆秀宏 等 《中国医学物理学杂志》 2025年42卷1期 112-121页ISTICCSCD
【摘要】 目的:通过整合DNA甲基组数据和转录组数据构建基于增强子的非小细胞肺癌预后风险模型.方法:使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)从甲基化差异位点的增强子中识别非小细胞肺癌相关基因.并基于转录组数据通过LASSO-Cox回归算法构建并验证预...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 龚小龙 李娜 等 《中国医药导报》 2025年22卷21期 8-15,100页ISTICCA
【摘要】 目的 利用生物信息学和实验验证挖掘与非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)相关的肝纤维化的潜在生物标志物.方法 从基因表达GEO数据库中提取2个RNA-Seq数据集(GSE135251、GSE162694).使用加权基因共表达网络分析,鉴定了与N...
【关键词】 非酒精性脂肪性肝病；肝纤维化；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 王书恒 刘薇薇 等 《医学研究杂志》 2025年54卷3期 54-61,89页ISTIC
【摘要】 目的 膀胱癌(bladder cancer,BLCA)是常见的疾病,其发病机制不清楚,本研究旨在发现膀胱癌的关键基因,为今后的预防和治疗提供依据.方法 从美国生物技术信息中心NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)...
【关键词】 膀胱癌；生物信息学；加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 麻忠武 彭明晖 等 《肝胆胰外科杂志》 2025年37卷6期 402-410页ISTICCA
【摘要】 目的 探究胰腺导管腺癌(PDAC)微生物亚型及其与宿主基因组、肿瘤微环境的相互作用.方法 整合来源于GEO数据库的PDAC转录组数据和来源于BioProject数据库的PDAC宏基因组数据,通过非负矩阵分解(NMF)聚类确定PDAC肿瘤微生...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李力 何晨江 等 《南昌大学学报（医学版）》 2025年65卷3期 1-14页ISTIC
【摘要】 目的 通过多组学数据挖掘和生物信息学分析,探讨甲状腺癌与牙周炎之间的共有分子网络及炎症-肿瘤交互机制.方法 从公共数据库获取牙周组织(包括牙周炎组织和正常牙周组织)和甲状腺组织(包括甲状腺癌组织和正常甲状腺组织)样本的转录组测序数据,预处理...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘玲杰 林孟宣 等 《临床口腔医学杂志》 2025年41卷2期 95-100页ISTIC
【摘要】 目的:通过生物信息学分析及实验验证与牙周炎相关的昼夜节律枢纽基因,探究昼夜节律相关基因在牙周炎发生发展中的作用.方法:利用R软件筛选牙周炎的差异表达昼夜节律相关基因并进行富集分析,以寻找关键通路和基因,并通过临床收集牙周炎和健康患者唾液样本...
【关键词】 牙周炎；昼夜节律；加权基因共表达网络分析(WGCNA)；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 白雪 王启彤 等 《医学理论与实践》 2025年38卷1期 1-7,13页
【摘要】 目的:ATP结合盒(ABC)转运蛋白基因家族影响动脉粥样硬化疾病的发展,通过基因表达综合数据库(GEO)数据挖掘,研究ABC转运蛋白基因家族中与动脉粥样硬化(AS)诊断相关的基因,以探索潜在的AS标志物.方法:共纳入4个备选数据集(GSE4...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 赵陆华 徐霞 等 《医学理论与实践》 2025年38卷11期 1805-1808,1819页
【摘要】 目的:通过加权基因共表达网络联合机器学习探讨鉴定中性粒细胞胞外陷阱参与川崎病(KD)的机制及关键基因.方法:从GEO数据库下载GSE68004作为实验集,GSE18606作为验证集用于本研究,使用加权基因共表达网络(WGCNA)分析川崎病的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 赵莹莹 张毅 等 《淮海医药》 2025年43卷4期 331-335,340页CA
【摘要】 目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法识别正常人群和冠状动脉粥样硬化性心脏病(CAD)患者心外膜脂肪组织(EAT)中基因表达特征.方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载获得GSE64554、GSE120774、GSE...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 白者乔 蒋红红 等 《发育医学电子杂志》 2025年13卷3期 167-174页
【摘要】 目的 采用生物信息学方法对早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)患者的转录组芯片数据进行深入分析,旨在鉴定出该疾病的特征基因和关键通路,以期对POI的分子遗传机制有更精确的理解,进而为其...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐秀峰 徐龙武 等 《山东第二医科大学学报》 2025年47卷4期 281-287页
【摘要】 目的 基于生物信息学方法探究单侧梅尼埃病(Meniere's disease,MD)的分子机制.方法 在基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)获取GSE109558数据集,通过R语言limma包筛选差异表达...
【关键词】 生物信息学；加权基因共表达网络分析；梅尼埃病；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张舟 黄碧 等 《岭南现代临床外科》 2025年25卷1期 12-18页
【摘要】 目的 本研究旨在通过比较不完全射频消融(IRFA)处理肝细胞癌(HCC)患者与HCC的基因表达谱,识别与IRFA处理HCC相关的差异表达基因,并提供潜在治疗靶点.方法 从GEO数据库中下载GSE212604数据集,根据是否接受IRFA治疗分...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 韩涛 黄坤 等 《齐齐哈尔医学院学报》 2025年46卷9期 815-829页
【摘要】 目的 从基因等分子角度探索影响三阴性乳腺癌(TNBC)发生发展的生物标志物和潜在治疗靶点.方法 使用WGCNA分析、机器学习充分挖掘参与TNBC进展的潜在生物标志物,通过免疫细胞浸润、药物敏感性和免疫治疗敏感性分析探索关键基因影响肿瘤进展的...
【关键词】 三阴性乳腺癌；加权基因共表达网络分析；机器学习；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 沈祝珍 井秀娜 等 《岭南急诊医学杂志》 2025年30卷3期 261-264,269页
【摘要】 目的:通过生物信息学和机器学习方法探究线粒体功能障碍相关基因在帕金森病中的表达.方法:从GEO数据库中下载帕金森病的数据集GSE7621,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得重要的模块基因,通过"limma"包分析帕金森病患者与健康...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘超 曹卿卿 等 《医学信息》 2025年38卷10期 7-13页
【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络和机器学习算法筛选和识别影响卵巢癌患者生存率的关键基因.方法 下载基因表达综合数据库中编号为GSE38666和GSE26712卵巢癌相关的基因表达矩阵,对以上表达矩阵进行合并和标准化、均一化处理,处理后的表达矩阵...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
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