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【中文期刊】 刘雅妮 杨静欢  等 《中国组织工程研究》 2025年29卷5期 1091-1100页 ISTICPKUCA

【摘要】 背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义.目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法筛选纤维肌痛...

【关键词】 纤维肌痛综合征； 生物信息学； 机器学习；

【中文期刊】 蔡溦 朱御坤  等 《中国组织工程研究》 2025年29卷18期 3747-3757页 ISTICPKUCA

【摘要】 背景:低度慢性炎症被认为在骨关节炎的发病机制中起着核心作用,但是具体的分子机制目前仍不清楚.目的:筛选和探讨骨关节炎中的潜在枢纽基因及免疫细胞的浸润情况.方法:将来自GPL570平台的GSE206848数据集与来自GPL96平台的GSE55...

【关键词】 骨关节炎； 滑膜组织； 枢纽基因；

【中文期刊】 白雪 王启彤  等 《医学理论与实践》 2025年38卷1期 1-7,13页

【摘要】 目的:ATP结合盒(ABC)转运蛋白基因家族影响动脉粥样硬化疾病的发展,通过基因表达综合数据库(GEO)数据挖掘,研究ABC转运蛋白基因家族中与动脉粥样硬化(AS)诊断相关的基因,以探索潜在的AS标志物.方法:共纳入4个备选数据集(GSE4...

【关键词】 动脉粥样硬化； ABCB1； 基因集富集分析；

【中文期刊】 袁超 练庆海  等 《器官移植》 2024年15卷1期 90-101页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点.方法 采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCN...

【关键词】 酒精性肝炎； 自噬； 关键基因；

【中文期刊】 黄一铭 王爱民  等 《中南大学学报（医学版）》 2024年49卷2期 207-219页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用.然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限.本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expr...

【关键词】 加权基因共表达网络分析； 机器学习； 帕金森病；

【中文期刊】 李文茜 田亮玉  等 《中药新药与临床药理》 2024年35卷9期 1306-1318页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 探讨骨坏死康复丸治疗激素性股骨头坏死(Steroid-induced osteonecrosis of the femoral head,SONFH)的主要药理学基础和作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditi...

【关键词】 激素性股骨头坏死； 骨坏死康复丸； 网络药理学；

【中文期刊】 陈超 陈天翔  等 《中国全科医学》 2024年27卷32期 4050-4059页 ISTICPKUCA

【摘要】 背景 肝细胞癌(HCC)是全球常见的癌症相关死亡的第三大原因,约占所有原发性肝癌病例的90%,其复发率和死亡率较高,目前发生的分子机制仍不清楚.目的 探索HCC潜在的分子机制,发掘新的生物标志物.方法 从TCGA数据库下载RNA-seq表达...

【关键词】 癌,肝细胞； 加权基因共表达网络分析； Hub基因；

【中文期刊】 庞雪  《安徽医科大学学报》 2024年59卷11期 1958-1966页 ISTICPKUCA

【摘要】 目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)、机器学习算法、免疫浸润分析和动物实验筛选肛瘘(AF)潜在的生物标志物.方法 下载基因表达数据库中包含AF和瘘管旁组织(PF)的转录组数据进行差异分析,对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(G...

【关键词】 肛瘘； 加权基因共表达网络分析； 机器学习；

【中文期刊】 张丽娜 姜晓琳  等 《中华中医药学刊》 2024年42卷6期 179-182,后插28-后插31页 ISTICPKUCA

【摘要】 目的 采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法识别肥胖型多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)的关键基因,...

【关键词】 多囊卵巢综合征； 加权基因共表达网络； 差异表达基因；

【中文期刊】 姚瑞倩 喻东  等 《海军军医大学学报》 2024年45卷12期 1529-1539页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点.方法 从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本的RNA-seq数...

【关键词】 子痫前期； 生物标志物； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 刘景文 马秋玲  等 《世界中医药》 2024年19卷17期 2562-2571页 ISTICPKUCA

【摘要】 目的:探究中医药治疗急性淋巴细胞白血病(ALL)的作用机制,并用实验验证.方法:收集中医药治疗ALL文献的药物组成;利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、通用蛋白质(UniProt)数据库收集高频中药的成分及靶点,基因表达综合系...

【关键词】 急性淋巴细胞白血病； 中医药； 有效成分；

【中文期刊】 徐学功 刘燕  等 《中药新药与临床药理》 2024年35卷12期 1816-1826页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 基于转录组学与加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨降脂轻身胶囊介导NF-κB/NLRP3/Caspase-1信号轴改善高脂血症的作用机制.方法 将40只C57BL/6小鼠随机分为对照组、模型组、瑞舒伐他汀组(1.3 mg·kg-1...

【关键词】 降脂轻身胶囊； 高脂血症； 转录组学；

【中文期刊】 王玉涛 孙岩  《山东大学学报（医学版）》 2024年62卷11期 40-53页 ISTICPKUCA

【摘要】 目的 利用单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA)数据分析、加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、机器学习...

【关键词】 腹主动脉瘤； 加权基因共表达网络分析； 机器学习；

【中文期刊】 靳琪鹏 王肖龙  《中成药》 2024年46卷10期 3483-3491页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 探究葛兰心宁胶囊治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(CAD)可能调控的关键靶点基因.方法 HPLC法对入血成分进行鉴定,同时借助GSE20680数据集,基于P<0.05标准,筛选出15549个差异表达基因.利用加权基因共表达网络分析,鉴定与...

【关键词】 葛兰心宁胶囊； 冠心病； 血清药物化学；

【中文期刊】 柯益忠 石磊  《现代肿瘤医学》 2024年15期 2776-2782页 ISTICCA

【摘要】 目的:基于加权基因共表达网络筛选PD-L1阴性非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的潜在免疫治疗靶点并筛选相应小分子药物提高免疫应答效率.方法:分别从TGCA数据库筛选出1 037例NSCLC...

【关键词】 非小细胞肺癌； PD-L1； 风险比例回归模型；

【中文期刊】 侯洁欣 戴吉  等 《中国血液流变学杂志》 2024年34卷2期 202-207页 ISTICCA

【摘要】 目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定与病毒性脓毒症儿童患者相关的关键基因.方法 使用GSE119217数据集进行差异表达基因(DEGs)分析,筛选病毒性脓毒症儿童患者相关的DEGs.采用WGCNA筛选与脓毒症临床特征相关性最高...

【关键词】 病毒性脓毒症； 加权基因共表达网络； 差异分析；

【中文期刊】 方柔柔 杨启帆  等 《实用心脑肺血管病杂志》 2024年32卷3期 62-69,76页 ISTIC

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选动脉粥样硬化(AS)中铁死亡核心基因,并分析其与免疫浸润细胞的关系.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载AS转录组数据集GSE100927[筛选出颈动脉样本41个,包含12个健康对照者的...

【关键词】 动脉粥样硬化； 加权基因共表达网络分析； 铁死亡；

【中文期刊】 张桢淳 李永唯  等 《中国动脉硬化杂志》 2024年32卷4期 310-318页 ISTICCA

【摘要】 [目的]从空间与基因共表达网络的角度揭示跨种属的缺血性心力衰竭机制.[方法]从美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(NCBI-GEO)中检索获得GSE210374和GSE57338高通量测序数据,利用R语言软件程序包分析筛选在心肌梗死大鼠...

【关键词】 心肌梗死； 心功能衰竭； 生物信息学；

【中文期刊】 唐昕燃 陈顺德  等 《中医药导报》 2024年30卷6期 133-140,166页 ISTIC

【摘要】 目的:利用机器学习分析铁死亡基因与多囊卵巢综合征(PCOS)的相关性,构建诊断及预后风险模型,探讨PCOS的潜在铁死亡机制,并预测相关中药.方法:多芯片标准化合并GEO数据库的卵巢组织芯片,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法筛选与...

【关键词】 多囊卵巢综合征； 铁死亡； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 张冠 杨登科  《联勤军事医学》 2024年38卷11期 966-970页 ISTIC

【摘要】 目的 研究肾结石的关键差异基因、信号通路及蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,从而寻找潜在的诊疗靶点,为难治性、复发性、遗传高风险性结石提供新的诊疗思路.方法 基于生物信息学方法和R...

【关键词】 肾结石； 生物信息学分析； 差异基因；

【中文期刊】 安沛兴 马晓红  等 《疑难病杂志》 2024年23卷10期 1239-1245页 ISTICCA

【摘要】 目的 通过构建临床预测模型探究在绝经后子宫内膜癌(EC)患者中发挥关键作用的基因并进行验证,评价其在预测EC患者生存预后中的应用价值.方法 选取2022年1月—2023年10月在西北妇女儿童医院妇产科就诊的EC患者45例,通过手术获得EC患...

【关键词】 子宫内膜癌,绝经后； 蛋白激酶D1； 生物信息学；

【中文期刊】 施露 张莲卿  等 《海军医学杂志》 2024年45卷12期 1270-1276页 ISTIC

【摘要】 目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法联合网络药理学方法及分子对接技术探讨艾迪注射液治疗肝细胞癌的分子机制.方法 应用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肝细胞癌组织样本和正常肝组织样本的蛋白表达数据,将蛋白质组数据整理成表达矩...

【关键词】 艾迪注射液； 加权基因共表达网络分析； 肝癌；

【中文期刊】 刘启伟 陈丽君  等 《安徽中医药大学学报》 2024年43卷6期 73-79页 ISTICCA

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探究脑络欣通治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)的作用及分子机制.方法 首先从GEO...

【关键词】 加权基因共表达网络分析； 脑络欣通； 缺血性脑卒中；

【中文期刊】 张昊军 李泓毅  等 《胃肠病学和肝病学杂志》 2024年33卷1期 40-47页 ISTICCA

【摘要】 目的 筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关生物标志物,从分子水平探讨 HCC 可能的发病机制,并预测对 HCC具有潜在治疗作用的候选药物.方法 下载 TCGA数据库和 GEO 数据库中 HCC 的...

【关键词】 肝细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 分子机制；

【中文期刊】 修占杰 刘佳玙  等 《天津医科大学学报》 2024年30卷6期 535-542页 ISTIC

【摘要】 目的:基于强直性脊柱炎(AS)基因芯片数据,应用生物信息学分析方法识别免疫细胞亚型相关的关键基因及药物靶点预测.方法:GEO数据库下载AS基因表达数据,筛选差异表达基因(DEGs);运用R软件包进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全...

【关键词】 强直性脊柱炎； 差异表达基因； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 王昱琪 王姗姗  等 《现代中西医结合杂志》 2024年33卷10期 1356-1363页 ISTICCA

【摘要】 目的 基于蛋白质组学和复杂网络分析挖掘难治性高血压的潜在生物标志物,探索其关键生物通路.方法 招募2022 年1-12 月于山东中医药大学附属医院、济南市第五人民医院住院治疗的10 例难治性高血压患者作为高血压组,另外招募同时期10 例健康...

【关键词】 难治性高血压； 蛋白质组学； 磷脂酰肌醇3-激酶；

【中文期刊】 李威材 秦刚  等 《实用肿瘤杂志》 2024年39卷4期 344-355页 ISTICCA

【摘要】 目的 利用生物信息学方法筛选出与骨肉瘤(osteosarcoma,OS)相关的关键基因,以作为OS的潜在诊断标志物和新治疗靶点.方法 从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索下载 2 个符合本研究...

【关键词】 骨肉瘤； 生物信息学； 差异表达基因；

【中文期刊】 汪茜 龚睿  等 《医学研究杂志》 2024年53卷1期 24-30页 ISTIC

【摘要】 目的 基于生物信息学分析影响脓毒症预后的潜在核心基因.方法 利用基因表达数据库(Gene Expression Om-nibus,GEO)筛选到脓毒症患者的基因表达数据集GSE54514和GSE65682,通过加权基因共表达网络分析(wei...

【关键词】 脓毒症； 预后； 生物信息学；

【中文期刊】 方斌 莫柔  等 《广西医科大学学报》 2024年41卷8期 1111-1119页 ISTICCA

【摘要】 目的:基于非靶向代谢组学和生物信息学方法研究香蜂草苷抗非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的作用机制.方法:将18只雄性SD大鼠随机分为正常对照组、模型组和香蜂草苷组(3 mg/kg),每组6只.使用高脂饲料喂养8周诱导建立NAFLD大鼠模型.香...

【关键词】 香蜂草苷； 非酒精性脂肪肝病； 代谢组学；

【中文期刊】 玛伊拜·木沙江 钱勇江  等 《中国动脉硬化杂志》 2024年32卷8期 669-676页 ISTICCA

【摘要】 [目的]基于血液转录组学探讨动脉粥样硬化患者血液转录组中的关键基因.[方法]从GEO数据库中选取三个数据集GSE12288、GSE27034和GSE90074,进行合并和归一化处理,分析动脉粥样硬化患者和对照者外周血样本之间的差异基因,对差...

【关键词】 动脉粥样硬化； 关键基因； 血液转录组；

【中文期刊】 樊宁丹 王敏  等 《临床精神医学杂志》 2024年34卷6期 425-429页 ISTICCA

【摘要】 目的:基于转录组水平探索抑郁症的病因学机制.方法:检测157例抑郁症患者及135名健康对照者的外周血转录组学数据.使用加权基因共表达网络分析,寻找与抑郁症相关的基因共表达模块,利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基...

【关键词】 抑郁症； 转录组学； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 曹家兴 张旺  等 《医学研究杂志》 2024年53卷1期 113-120页 ISTIC

【摘要】 目的 整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer,BLBC)的预后相关的核心基因.方法 首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块....

【关键词】 基底型乳腺癌； 加权基因共表达网络分析； 免疫浸润；

【中文期刊】 王曼曼 宁文华  等 《实用心脑肺血管病杂志》 2024年32卷5期 72-77,82页 ISTIC

【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法探究葡萄糖代谢参与缺血性脑卒中(IS)的机制及其关键基因.方法 本实验时间为2022年11月—2023年6月.从GEO数据库GPL6883平台下载IS芯片数据集GSE16561,其...

【关键词】 缺血性卒中； 葡萄糖代谢； 加权基因共表达网络分析；

【中文期刊】 徐思洁 秦浩  等 《实用肝脏病杂志》 2024年27卷4期 599-602页 ISTICCA

【摘要】 目的 探讨肝细胞癌(HCC)发生进展过程中功能富集通路和关键基因表达.方法 从基因表达数据库(GEO)下载HBV感染不同阶段和正常对照肝脏转录组数据,构建基因网络并使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)将基因分类为不同的模块,对相关模块中...

【关键词】 肝细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 基因集富集分析；

【中文期刊】 付贺青 刘晶  等 《中西医结合心脑血管病杂志》 2024年22卷23期 4285-4292页 ISTIC

【摘要】 目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)对小鼠心脏转录组测序数据进行分析,筛选与心肌肥厚发生有关的基因和细胞信号通路.方法:通过主动脉弓缩窄法(TAC)构建心肌肥厚小鼠模型,在体外水平、解剖水平和病理水平对模型进行评价.对小鼠心肌组织...

【关键词】 病理性心肌肥厚； 环磷酸腺苷； Fam117b；

【中文期刊】 赵升 李文川  等 《新医学》 2024年55卷5期 321-327页 ISTICCA

【摘要】 目的 通过生物信息学分析,识别在糖尿病肾病(DN)进展中发挥重要作用的铁死亡相关基因,为DN的治疗提供新见解.方法 对RNA测序数据集GSE142025 进行DN差异表达基因(DEGs)的分析和筛选,并进行了基因本体论(GO)功能注释和基因...

【关键词】 糖尿病肾病； 加权基因共表达网络分析； 铁死亡；

【中文期刊】 舒佳玉 王欢  等 《现代肿瘤医学》 2024年32卷19期 3636-3642页 ISTICCA

【摘要】 目的:筛选口腔鳞状细胞癌(OSCC)中铁死亡相关新型生物标志物,并分析免疫细胞浸润情况.方法:从GEO数据库中下载OSCC数据集.利用R软件筛选差异表达基因(DEGs)并进行功能和通路富集分析,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探究基...

【关键词】 口腔鳞状细胞癌； 铁死亡； 差异表达基因；

【中文期刊】 申杨 段子博  等 《天津医科大学学报》 2024年30卷5期 391-398页 ISTIC

【摘要】 目的:利用生物信息学方法筛选外阴鳞状细胞癌(VSCC)的关键基因及分析免疫浸润特征.方法:从GEO数据库中下载VSCC相关基因表达数据,应用差异表达基因(DEGs)分析和加权基因共表达网络分析筛选出共同的DEGs,对DEGs进行富集分析.采...

【关键词】 外阴鳞状细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 差异表达基因；

【中文期刊】 谢琳玎 张远  等 《华东师范大学学报（自然科学版）》 2024年4期 100-110页

【摘要】 利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular ...

【关键词】 生物信息学； 加权基因共表达网络分析； 肝癌；

【中文期刊】 葛泳 吴泽童  等 《赣南医学院学报》 2024年44卷9期 873-879页

【摘要】 目的:通过分析非小细胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)的差异基因蛋白质互作网络和加权基因共表达网络,挖掘NSCLC潜在的生物标志物.方法:从公共数据库收集3套NSCLC的表达谱数据集为研究对象,首先利...

【关键词】 癌,非小细胞肺； 蛋白质互作网络； 加权共表达网络；