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【中文期刊】 吴丹 高耀 等 《中草药》 2019年50卷8期 1818-1827页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 构建逍遥散单味药-成分-共有靶点网络、蛋白相互作用网络,探究逍遥散“异病同治”抑郁症和糖尿病的共同作用机制.方法 通过TCM database@Taiwan、TCMID、Batman-TCM数据库结合文献挖掘获取逍遥散的化学成分和作用...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 林玲 李京儒 等 《中华肾病研究电子杂志》 2024年13卷3期 134-144页ISTIC
【摘要】 目的:基于生物信息学方法对小鼠急性肾损伤(AKI)和急性肺损伤(ALI)进行基因表达谱数据挖掘，旨在探讨AKI和ALI之间关系。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中分别下载AKI和ALI基因表达谱，去除批次效应后进行差异分析。利用基因本体...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 韦晓兰 《生物化学与生物物理进展》 2011年38卷4期 347-352页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 借助网络分析可对基因调控、蛋白质瓦作和信号转导等细胞活动进行全局和局部性质分析.以细胞黏附的蛋白质相互作用为对象,通过数据挖掘和可视化软件构建了整合蛋白介导的黏附分子互作网络,该分子互作网络由156种蛋白质通过690种相互作用相连,其平均节...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王飞 覃裕 等 《中华地方病学杂志》 2021年40卷2期 99-103页ISTICPKUCA
【摘要】 目的:建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA（microRNA，miRNA）靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法:将本课...
【关键词】 氟；微小RNA；蛋白质-蛋白质相互作用网络；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）》 2017年18卷2期 172-182页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 目的:通过筛选差异基因,获得控制骨髓间充质干细胞向神经细胞分化及神经发育的中心基因,为治疗神经系统疾病提供参考.方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus database)中获得芯片数据,利用生物信息学软件...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘胜伟 刘京东 等 《华西药学杂志》 2020年35卷5期 572-578页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 应用网络药理学研究半夏泻心汤治疗溃疡性结肠炎的机制.方法 通过TCMSP数据库收集半夏泻心汤全方7味中药的化合物及有效靶点,运用Cytoscape软件构建中药-活性成分-靶点网络;集合OMIM、TTD、GADCC、DRUGBANK数据...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 郑武娟 周润昌 等 《药物评价研究》 2020年43卷10期 1971-1976页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 基于网络药理学研究人参对非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的治疗靶点.方法 利用网络药理学分析平台BATMAN-TCM获取人参活性成分及其对应靶点,使用Cytoscape软件对功能组-靶点基因-人参药物成分网络进行构建.对靶基因通过STR...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 满君 张晓梅 等 《现代预防医学》 2020年47卷3期 502-507页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 应用生物信息学方法挖掘恶性肺结节的相关基因,为恶性肺结节诊断和治疗提供靶点.方法 从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载基因芯片数据集GSE108375和GSE27489,利用GEO2R筛选恶性肺结节的...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 税嘉诚 岳仁宋 《中华内分泌代谢杂志》 2020年36卷8期 678-683页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过蛋白相互作用网络探讨糖尿病靶点与新型冠状病毒(2019-nCoV)受体血管紧张素转换酶2(ACE2)的关系，为临床用药提供新思路。方法:从GeneCards、OMIM数据库获取糖尿病靶点，将关联分数超过10的靶点纳入，并手动添加A...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 何诚成 张迎春 等 《细胞与分子免疫学杂志》 2019年35卷6期 481-490页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSF49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据....
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 孙厚芳 颜次慧 等 《中国肿瘤生物治疗杂志》 2019年26卷4期 431-439页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌 (HCC) 组织与正常肝组织之间差异表达基因 (DEG), 从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义.方法:分别从基因表达数据库 (GEO) 及人...
- 概要：
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【中文期刊】 付智慧 张晓川 等 《现代药物与临床》 2021年36卷8期 1567-1576页ISTICCA
【摘要】 目的 采用网络药理学研究藤黄健骨胶囊治疗骨性关节炎的有效活性成分及主要作用机制.方法 采用TCMSP、Uniport、DrugBank数据库检索藤黄健骨胶囊的主要化学成分及作用靶点;基于DisGeNET、DrugBank、OMIM及Gene...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 杨倩 吕莉莉 等 《中草药》 2018年49卷11期 2606-2613页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探讨丹参川芎嗪注射液的药理作用机制.方法 预测丹参川芎嗪注射液中已知化学成分的作用靶点,构建丹参川芎嗪注射液化合物-靶点网络,并对网络进行拓扑分析;对丹参川芎嗪作用靶点构建蛋白互作网络(PPI),进行基因GO功能注释和KEGG通路富集...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 朱帅 李梅 等 《中华肿瘤防治杂志》 2018年25卷2期 83-90页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 近年来,随着蛋白质相互作用网络与分子对接技术等方法论的不断创新,为探索慢性粒细胞白血病(chronic myelogenous leukemia,CML)的发生发展机制及中药治疗CML的内在机制提供了新的研究思路.本研究在CML蛋白质...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 庄静 刘丽娟 等 《中华肿瘤防治杂志》 2017年24卷20期 1440-1447页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 精原细胞瘤是最常见于睾丸的恶性肿瘤,而鬼臼毒素在对其治疗中效果明显,但对于鬼臼毒素的作用机制研究甚少,本研究通过蛋白质互作网络及分子对接技术以期发现鬼臼毒素作用于精原细胞瘤的分子机制.方法 筛选在线人类孟德尔遗传数据库OMIM中的精原...
【关键词】 蛋白质相互作用网络；精原细胞瘤；在线人类孟德尔遗传数据库；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 庄静 刘丽娟 等 《中华肿瘤防治杂志》 2016年23卷22期 1477-1482页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 近年来,蛋白质相互作用网络及分子对接技术成为中药现代化研究领域十分活跃的一部分,逐渐成为链接中药应用与现代化的重要纽带.本研究基于分子对接技术与网络药理学分析,探讨中药大黄活性成分土大黄苷与慢性粒细胞白血病(chronic myelo...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 左雅慧 党旭红 等 《中华放射医学与防护杂志》 2013年33卷6期 597-601页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探讨137Csγ射线累积照射对SD大鼠血清蛋白质的影响.方法 将30只SD大鼠按随机数字表法分为3个剂量组:0.2 Gy累积照射组、2 Gy累积照射组和健康对照组.采用137Cs γ射线累积照射SD大鼠,剂量率为0.336 mGy/m...
【关键词】 累积照射；血清蛋白质组；同位素标记的相对和绝对定量技术；
- 概要：
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【中文期刊】 朱小东 郭亚 等 《中华放射医学与防护杂志》 2012年32卷1期 20-24页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 应用蛋白质相互作用网络图,寻找鼻咽癌放射抗拒相关的分子标志物,探讨鼻咽癌放射抗拒机制.方法 应用全基因组表达谱芯片,初步筛选出2种不同放射敏感性细胞株CNE-2R与CNE-2的差异表达基因.采用计算机软件随机选取4个差异表达基因,分别...
- 概要：
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【中文期刊】 肖智权 唐夏 等 《中华神经医学杂志》 2010年9卷5期 480-486页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 构建帕金森病(PD)相关蛋白质相互作用网络. 方法 应用生物学信息方法 ,采用HGNC、OPHID和UniHI数据库收集所有PD相关蛋白及与PD相关蛋白相互作用的蛋白;利用ProteoLens软件绘制PD相关蛋白质相互作用网络;根据每...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 谢超 郜尽 等 《上海交通大学学报（医学版）》 2009年29卷4期 465-469页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 后基因组时代的最终目标是认识真正执行生命活动的全部蛋白质的表达规律和生物学功能,即蛋白质组学研究.关键的挑战之一就是对蛋白质相互作用网络的研究,将有助于从系统角度加深对细胞结构和功能的认识,并且为新药靶位点的发现和药物设计提供理论基础.目前...
- 概要：
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【中文期刊】 汪洋 夏亮 等 《中国口腔颌面外科杂志》 2019年17卷5期 397-402页ISTICCA
【摘要】 目的:筛选多形性腺瘤(pleomorphic adenoma,PA)与瘤旁唾液腺腺体间的差异表达基因,挖掘PA形成过程中的核心基因及通路.方法:采用RNA-Seq技术,检测5例PA患者的配对肿瘤与瘤旁唾液腺腺体,筛选2组间差异基因.运用蛋白...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 于前进 孔佩艳 等 《中国输血杂志》 2015年28卷3期 251-255页ISTICCA
【摘要】 目的 利用蛋白芯片技术检测高原红细胞增多症(HAPC)患者与高原正常人血清炎症细胞因子的表达,探讨血清炎症细胞因子在HAPC发病中的作用及可能的机制.方法 选择与慢性高原病密切相关的40种炎症细胞因子作为可能影响HAPC发病的检测指标,应用...
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【中文期刊】 董蕴源 王勇献 《生物物理学报》 2014年30卷7期 509-516页MEDLINEISTICCA
【摘要】 在系统生物学中,中心性-致命性法则的机制至今仍是一个有争议的问题.但是,在蛋白质-蛋白质相互作用网络中,存在很多伪hub,它们并不具有致命性.为了解释这一现象,作者提出了三个新的度量标准:n-neighbor、n-ip和n-ibep,并从拓...
【关键词】 伪hub；致命性hub；蛋白质-蛋白质相互作用网络；
- 概要：
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【中文期刊】 李静 傅松滨 《国际遗传学杂志》 2009年32卷6期 400-405页ISTICCA
【摘要】 随着人类蛋白质组学的飞速发展,出现了大量的蛋白质相互作用及其网络数据,因此寻找和预测蛋白质相互作用的生物信息学方法成了研究蛋白质互作必不可少的工具之一,本文主要从生物信息学角度对蛋白质相互作用数据库做一下简单的介绍,包括各数据库的来源、主要...
【关键词】 蛋白质相互作用；蛋白质相瓦作用网络；蛋白质相互作用数据库；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Nahid,Safari-Alighiarloo ; Mohammad,Taghizadeh ; 等 《Journal of diabetes》 2017年9卷8期 764-777页SCIMEDLINE
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：易丽 导师：沈显君 华中师范大学 软件工程 软件工程（硕士） 2017年
【摘要】 蛋白质复合物由网络中多个相互连接紧密的蛋白质形成,执行特定的生物功能.动态蛋白质相互作用(PPI, Protein-Protein Interaction)网络在一定程度上能够反映真实世界PPI的动态过程,有利于揭示疾病的形成及发展过程.比...
【关键词】 动态蛋白质相互作用网络 ； 蛋白质活性 ；
- 概要：
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【学位论文】 作者：曹晓靖 导师：孙长岗 山东中医药大学 中西医结合 中西医结合临床(专业学位)（硕士） 2016年
【摘要】 目的:本研究通过建立原发性骨髓纤维化遗传相关的基因/蛋白质相互作用网络并分析其所包含的分子复合物,挖掘其中所涉及的分子信号通路,并对其进行干预,观察探索大黄蛰虫丸治疗原发性骨髓纤维化的内在机制,为中医药治疗血液系统疾病提供理论依据.方法:从...
【关键词】 大黄蛰虫丸 ； 基因/蛋白质相互作用网络 ；
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【学位论文】 作者：冯程程 导师：石铁流 华东师范大学 生物学 生物化学与分子生物学（硕士） 2016年
【摘要】 随着电子病历在临床疾病中的应用,大量基于这些电子病历的研究发现疾病存在广泛的共病现象,而且这种共病现象对于疾病遗传基础研究、致病机理分析以及疾病的预防与治疗具有极其重要的作用.但是,目前基于疾病共病现象从分子层面去研究疾病的共致病机理的研究...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：薛燕娜 导师：董洪伟 江南大学 软件工程 软件工程（硕士） 2016年
【摘要】 随着人类基因组计划的实施和生物科学技术的发展,生物信息学的发展速度相当快,它利用计算机科学技术解决生物学中的各种问题.计算机被用于收集、存储和分析生物信息以及生物遗传信息,然后这些信息就可以被用于以基因为基础药物的研究与开发.继基因组学和转...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王飞 导师：雷秀娟 陕西师范大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2016年
【摘要】 当前的生命科学研究正处在后基因组时代,通过信息技术手段对蛋白质进行分析研究是蛋白质组学的一个重要内容,尤其是从蛋白质相互作用网络中挖掘出有生物意义的蛋白质功能模块以及识别出生命体的关键蛋白,对揭示生命体特定活动具有重要的研究意义.蛋白质相互...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：易阳 导师：沈显君 华中师范大学 软件工程 软件工程（硕士） 2016年
【摘要】 蛋白质及其相互作用在各种生命活动中起着至关重要的作用.复杂的蛋白质相互作用网络中包含着许多具有研究价值的信息,亟待有效的方法对其进行深入分析与挖掘.结构域作为蛋白质中重要的空间结构层次,提供了不可或缺的重要生物信息.本文提出了一种基于智能优...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【会议论文】雷锦誌 第十五届全国非线性振动暨第十二届全国非线性动力学和运动稳定性学术会议 2015年
【摘要】 DNA损伤后细胞必须在DNA修复和启动凋亡之间做出选择.这个选择受细胞内复杂的基因调控网络的控制.PDCD5是一种调控细胞凋亡的蛋白质,与细胞中的DNA损伤响应的信号转导通路中的多个节点都有相互作用,对细胞的命运选择有重要作用.本文介绍PD...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：姜奕含 导师：刘富 吉林大学 控制科学与工程 控制工程(专业学位)（硕士） 2015年
【摘要】 蛋白质是生物体正常工作运行中的不可或缺的重要物质.相互作用网络是生物信息学的一项重要应用,有很重要的现实意义.通过比对不同生物体的蛋白质相互作用网络可以得到不同物种同源性的关系,蛋白质相互作用网络中的功能模块关系预测,这些都是目前可以实现的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王美霞 导师：姚小军 兰州大学 化学 分析化学（硕士） 2014年
【摘要】 蛋白质-RNA相互作用与生物体内的多种生命活动密切相关.因此,探讨蛋白质-RNA相互作用的分子机制,对于理解生物学过程、疾病病理研究以及药物设计具有重要的指导意义.目前,生物学家通过X-射线晶体衍射和核磁共振等实验方法得到蛋白质-RNA复合...
【关键词】 蛋白质-RNA相互作用 ； 残基相互作用网络 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【会议论文】左雅慧 中国毒理学会第六届全国毒理学大会 2013年
【摘要】 目的探讨137Csγ射线累积照射对SD大鼠肝脏组织蛋白质组的影响.方法雄性SD大鼠随机分为2个照射剂量组和1个对照组(每组10只).137Csγ射线累积全身照射,吸收剂量率为0.336 mGy·min-1,各剂量组每天照射1次,累计照射天数...
【关键词】 累积照射 ； 蛋白质组 ； 同位素标记的相对和绝对定量技术 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：李璋旭 导师：刘桂霞 吉林大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2013年
【摘要】 后基因时代,生物医学的研究焦点已经逐渐从分子生物学转移到系统生物学,其目标之一是对细胞中的分子和它们之间的相互作用进行系统地分析与研究.细胞中的分子和它们之间的相互作用产生了大多数的生物功能.研究人员要明确这些分子和它们之间的相互作用是如何...
【关键词】 蛋白质-蛋白质相互作用网络 ； 蛋白质交互模块识别 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：邓小龙 导师：卢奕南 吉林大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2012年
【摘要】 自从人类基因组测序完成,遗传学领域现在处于理论和实践发展的重要时期.进一步研究的关键在于全面的理解生物体蛋白质编码的表达、功能和调控.这是蛋白质组学研究的课题.蛋白质组学的应用和方法非常广泛,如搞清发生在在分子水平的生物过程的复杂性、在各种...
【关键词】 蛋白质功能预测 ； 蛋白质-蛋白质相互作用网络 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：刘小平 导师：陈洛南 赵兴明 上海大学 信息与通信工程 信息学与系统生物学（博士） 2012年
【摘要】 从生物学的角度来说,疾病是影响人类和其它生物的一种特殊的表型.疾病的发生和发展通常是一个复杂的过程,其涉及到多基因之间的协同作用,而这种多基因之间的协同作用是很难通过传统的生物学方法进行检测.近年来随着高通量实验技术的进步,各种不同的"组学...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：吴爽 导师：雷秀娟 陕西师范大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2012年
【摘要】 随着人类基因组计划的完成和蛋白质组学的研究进展,由生物体动态产生并执行遗传程序的蛋白质逐渐进入人们的视线.众所周知,蛋白质是是构成一切细胞组织的必不可少的成分,是生理功能的执行者.但是研究表明细胞中的大部分蛋白质并不是孤立存在的,而是与其它...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：田建芳 导师：雷秀娟 陕西师范大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2012年
【摘要】 随着对生物信息学的不断研究,人们发现生物功能都是通过一批基因的相互作用形成网络而得以发挥的,因此采用"相互作用-网络-功能"新思路,整合基因、蛋白质的不同方面进行基因功能分析,是当前基因组研究的新方向.在一个生命体内所有蛋白质之间的相互作用...
- 概要：
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