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【中文期刊】 陈明明 张紫涵 等 《中国病原生物学杂志》 2023年18卷2期 180-184页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 通过对尘螨过敏人群呼吸道上皮细胞基因芯片的生物信息学分析,获得尘螨过敏的生物标志物.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因表达数据平台(GEO)下载GSE9150mRNA基因芯片数据集,对呼吸道上皮细胞样本进行分析.样本...
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【中文期刊】 何均泽 张蒙 等 《基因组学与应用生物学》 2022年41卷5期 1048-1059页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 花是被子植物的繁殖器官,探究花模式建成对植物进化、形态发育和作物育种等领域的研究均具有十分重要的科学意义.本文所用数据来源于拟南芥(Arabidopsis thaliana)信息资源数据库,包括79个样本的261个基因芯片数据;采用支持向量...
- 概要：
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【中文期刊】 甘宇雨 余彦佳 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷2期 207-216页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为提高蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)预测的准确性,并深入探索细胞信号传导和疾病发生的生物学机制,本文提出一种简称为CBSG-PPI的预测算法.该算法首先利用3层前馈网络来处理蛋白质的...
【关键词】 蛋白质-蛋白质相互作用；图神经网络；多层感知机；
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【中文期刊】 姜振远 王中琳 《中华中医药学刊》 2021年39卷3期 255-258,后插27-后插28页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 基于网络药理学方法,预测巴戟天干预阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)的潜在作用靶点.方法 在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中基于药代动力学参数筛选出巴戟天的主要活性成分,并使用有机小分子生物活性...
- 概要：
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【中文期刊】 甘东浩 陈德强 等 《中国实验方剂学杂志》 2019年25卷13期 186-191页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过网络药理学思路,预测骨碎补活性成分的作用靶点,结合骨质疏松(OP)相关靶点进行映射,拓扑出相互作用的关键节点进行富集分析,全方位探讨骨碎补抗OP的药理作用机制.方法:首先,在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中基于药代动...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张建华 应安娜 等 《基因组学与应用生物学》 2019年38卷1期 461-467页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 RNA-Seq已成为当前转录组学研究的强有力工具,尤其在肿瘤差异表达基因的筛选方面有重要的应用价值.为进一步阐明肝细胞癌(HCC)的分子机制,本研究对GEO中1个包括12对HCC组织标本的RNA-Seq数据集(GSE63863)进行了生物信...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 黄秀芳 高运吉 等 《中国实验方剂学杂志》 2019年25卷23期 187-195页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:运用网络药理学探讨射麻止喘液治疗哮喘的潜在机制.方法:利用中药分子机制的生物信息学分析工具、中药系统药理数据库和分析平台查找射麻止喘液的成分及其靶点,从比较毒理基因组学数据库(CTD)获取与哮喘相关的基因;将射麻止喘液-基因和哮喘-基...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 臧传鑫 刘瑞娟 等 《辽宁中医杂志》 2019年46卷1期 105-108,后插1页ISTICPKUCA
【摘要】 目的:构建人乳腺癌MCF-7/PTX细胞的蛋白质相互作用网络,预测细胞关键靶点,从凋亡耐药途径观察天花粉蛋白对MCF-7/PTX细胞的耐药逆转作用.方法:通过在线基因银行数(GenBank)筛选获得MCF-7/PTX细胞相关基因;使用STR...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 刘存 刘丽娟 等 《中华中医药学刊》 2018年36卷7期 1629-1633,后插12-后插13页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过慢性粒细胞白血病(chronic myelogenous leukemia,CML)蛋白质相互作用网络的构建、分析与体外实验验证两部分,探讨青黄散治疗CML的有效分子学机制.方法:筛选在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获得CML...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 孔薇 丁杰媛 等 《基因组学与应用生物学》 2018年37卷12期 5662-5669页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 转录调控网络的重建是从分子水平研究疾病致病调控机制的重要内容,而目前大多重建方法都是基于单一的基因表达数据,缺乏考虑多基因相互作用与致病机制的联系.基于此,本研究通过整合基因表达数据、蛋白质相互作用数据及Motif数据等多源高通量生物数据构...
- 概要：
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【中文期刊】 刘鑫馗 吴嘉瑞 等 《中国实验方剂学杂志》 2017年23卷16期 203-210页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨吴茱萸汤的功效物质基础和配伍机制.方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索吴茱萸汤全方4味中药的化学成分和作用靶点.进而构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络、靶点-通路网络,研究吴茱萸汤作用机制.结果:化合物-靶...
【关键词】 吴茱萸汤；网络药理学；蛋白质-蛋白质相互作用；
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【中文期刊】 刘存 刘丽娟 等 《中华中医药杂志》 2017年32卷9期 4127-4132页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:在构建三阴性乳腺癌(TNBC)的蛋白质相互作用网络基础上,探讨化痰散结方对TNBC MDA-MB-231细胞增殖抑制作用以及对Hedgehog(Hh)通路转录因子Gli1表达的影响.方法:筛选在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获得T...
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【中文期刊】 王建 《中国生物化学与分子生物学报》 2017年33卷8期 760-767页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 随着“蛋白质组学”的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据.随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用.蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝...
- 概要：
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【中文期刊】 赵云岗 张天 等 《中国生物化学与分子生物学报》 2016年32卷1期 85-92页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 基于质谱的蛋白质组学结果不仅具有重复性差和覆盖率低等缺陷,并且针对数十至百个差异表达蛋白质分子的分析非常具有挑战性,而蛋白质与蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPIN)分析能够在一...
- 概要：
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【中文期刊】 滕文静 孙长岗 《中华中医药杂志》 2016年31卷5期 1629-1637页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:本研究通过建立慢性粒细胞白血病(CML)遗传相关基因的蛋白质相互作用网络及体外细胞实验验证两部分,探索经典方剂大黄(庶虫)虫丸治疗慢性粒细胞白血病的内在机制及生物学行为.方法:筛选在线人类孟德尔遗传数据库中的CML遗传相关基因,应用C...
- 概要：
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【中文期刊】 刘玉玲 高俊萍 等 《药物评价研究》 2025年48卷2期 416-427页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 利用网络药理学、分子对接技术探究姜黄素在非小细胞肺癌治疗中的潜在作用机制,并进行体外实验验证.方法 利用PubChem和Swiss Target Prediction数据库筛选姜黄素的药物靶点;在GeneCards数据库中获得非小细胞...
- 概要：
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【中文期刊】 董鑫宇 曲明海 等 《药物评价研究》 2025年48卷5期 1200-1210页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 旨在通过网络药理学探讨姜黄素对肝脏缺血再灌注损伤(HIRI)的影响.方法 采集姜黄素的化学结构,并利用SwissTargetPrediction、PharmMapper等多个数据库确定潜在的靶点.使用UniProt数据库进行数据转换....
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【中文期刊】 鲁金元 梁蔚珊 等 《中草药》 2025年56卷7期 2427-2440页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过算法识别与实验验证相结合,高效识别抗胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)中药活性成分,并评价其抗肿瘤活性.方法 利用公共数据库的 PDAC 表达谱数据及检索国内外相关文献,通过...
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【中文期刊】 骆宇欣 徐佳漫 等 《中草药》 2025年56卷16期 5892-5905页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过数据挖掘技术分析市售人参保健食品的组方规律,同时运用网络药理学技术探讨人参发挥保健功能的活性成分作用机制.方法 在国家市场监督管理总局特殊食品信息查询平台及药智网收集截至2024年12月31日的人参相关保健食品信息,通过频数统计、...
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【中文期刊】 李鹏 宋冰 等 《中国老年学杂志》 2025年45卷11期 2689-2694页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 探究甲状腺滤泡癌(FTC)中谷氨酰胺连接酶(GLUL)表达及其与β-连环蛋白(catenin)、N-钙黏蛋白(Cadherin)的关系.方法 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载甲状腺样本基因表达数据,对甲状腺癌进行差异分析;采用...
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【中文期刊】 李蓉 吴越 等 《中国中药杂志》 2025年50卷4期 1087-1097页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基于网络药理学与动物实验探究白藜芦醇(resveratrol,RES)治疗脓毒症相关脑病(sepsis associated encephalopathy,SAE)脑血管内皮损伤的作用机制.通过网络药理学收集RES和SAE的共有靶点与基因,...
- 概要：
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【中文期刊】 郭鹏飞 姜孟孟 等 《中草药》 2025年56卷9期 3203-3221页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过整合网络推理算法、机器学习、类药性评估、分子对接和动力学模拟等方法,旨在筛选阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)的生物标志物,阐明其发病机制,并探索其潜在治疗靶点及可入血成分(blood-absorbed ...
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【中文期刊】 冯源康 黄珍林 等 《中国老年学杂志》 2025年45卷3期 629-636页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 使用生物信息学方法探索治疗恩杂鲁胺耐药的前列腺癌的化学药物,并通过实验研究其治疗效果.方法 使用生物信息学的技术分析基因表达综合数据库(GEO)数据集GSE78201和GSE143408中恩杂鲁胺耐药细胞株和对照细胞株中的差异表达基因...
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【中文期刊】 乔子尧 支文冰 等 《华西药学杂志》 2025年40卷1期 27-34页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 研究太白米5种主治病症(胃痛、呕吐反胃、腹胀、胸闷和慢性腹泻)的潜在药效成分和作用机制.方法 于CNKI及Web of Science数据库搜集太白米的化学成分,通过Swiss ADME平台和Swiss Tareget Predict...
- 概要：
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【中文期刊】 杨晓帆 何坚 等 《中国老年学杂志》 2025年45卷2期 283-289页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 基于生物信息学技术探讨CXC趋化因子配体(CXCL)3在胃癌中的表达水平、临床病理分期、预后、免疫浸润程度、富集分析、相关性分析及蛋白间相互作用.方法 应用UALCAN、基于基因表达水平值的交互式分析平台(GEPIA)数据库比较CXC...
【关键词】 胃癌；CXC趋化因子配体(CXCL)3；生物信息学；
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【中文期刊】 黄慧琳 李志浩 等 《现代药物与临床》 2025年40卷2期 310-318页ISTICCA
【摘要】 目的 通过网络药理学、分子对接以及体外实验探讨重楼皂苷Ⅰ抗宫颈癌的潜在靶点和作用机制.方法 使用Swiss Target Prediction数据库获得重楼皂苷I作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库检索宫颈癌的潜在作用靶点.采用...
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【中文期刊】 张科 赵玉涵 等 《中国煤炭工业医学杂志》 2025年28卷1期 8-17页ISTIC
【摘要】 目的 通过网络药理学和生物信息学手段,研究益肾疏肝理气方在乳腺浸润癌(IBC)中的潜在治疗机制及关键靶点.方法 首先通过TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库筛选IBC癌症和癌旁组织的差异表达基因并进行预后相关基因...
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【中文期刊】 姜福泽 任洵杉 等 《武汉大学学报（医学版）》 2025年46卷1期 86-92页ISTICCABP
【摘要】 目的:鉴定骨关节炎(OA)的核心基因,探寻OA的早期诊断标志物.方法:从GEO数据集中下载了OA滑膜微阵列数据进行分析,通过网络分析整合了多个数据集中的差异表达基因(DEGs).我们使用了DAVID来注释这些DEGs,并构建了一个蛋白质-蛋...
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【中文期刊】 钱丽超 郑晨 等 《药物生物技术》 2025年32卷3期 278-283页ISTICCA
【摘要】 利用网络药理学手段探索紫菀-百部治疗感染后咳嗽(post-infection cough,PIC)的作用机制,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选紫菀-百部的主要活性成分,并运用Swiss Target Prediction进行靶点...
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【中文期刊】 李桦 粟宏伟 《中国优生与遗传杂志》 2025年33卷1期 30-36页ISTIC
【摘要】 目的 旨在利用生物信息学方法探讨IgA肾病(IgAN)与家族性高脂血症(FH)之间的关系及其潜在机制.方法 首先通过孟德尔随机化(MR)分析IgAN和FH之间的因果关系.其次,从GEO数据库下载IgAN和FH的数据集,用于鉴定差异表达基因(...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 崔梦莹 梁颜 等 《华西医学》 2025年40卷7期 1118-1123页ISTICCA
【摘要】 目的 探讨脂肪酸代谢基因在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)中的表达水平并构建AML预后风险回归模型.方法 从GTEx数据库和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 施雨莎 母雨洪 等 《湖南中医杂志》 2025年43卷2期 143-150页
【摘要】 目的:利用网络药理学和分子对接方法,探索大黄-白及-三七在治疗肝硬化伴消化道出血中的主要活性成分、关键作用靶点及机制.方法:通过TCMSP、Pubchem和SwissTargetPrediction数据库获取大黄、白及、三七的活性成分及靶点...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 叶阳天 孙道 《湖南中医杂志》 2025年41卷7期 144-153页
【摘要】 目的:运用网络药理学分析黄芪桂枝五物汤治疗三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)的有效活性成分、关键作用靶点和作用机制,并通过体外试验验证其抑制TNBC细胞(MDA-MB-231)的增殖、迁移和...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 张桐 张绍武 等 《生物化学与生物物理进展》 2024年51卷7期 1711-1726页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 目的 识别癌症驱动基因,特别是罕见或个体特异性癌症驱动基因,对精准肿瘤学至关重要.考虑到肿瘤间的高度异质性,最近有一些方法尝试在个体水平上识别癌症驱动基因.然而,这些方法大多是将多组学数据整合到单一生物分子网络(如基因调控网络或蛋白质相互作...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐楚 田晔 《中国微生态学杂志》 2024年36卷11期 1267-1275,1288页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过网络药理学分析加味四妙勇安汤(MSYD)调节肠道菌群治疗高尿酸血症(HUA)的机制.方法 分别从TCMSP数据库和gutMGene数据库检索并筛选中药活性成分和肠道菌群代谢产物,并收集相关靶点;从GeneCards、OMIM和Di...
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【中文期刊】 宛博 单玲玲 等 《中国医院药学杂志》 2024年44卷22期 2557-2562页ISTICPKUCA
【摘要】 目的:利用网络药理学和体外细胞实验验证的方法探讨长春布宁治疗肝纤维化的潜在作用机制.方法:通过检索Super-PRED、Similarity ensemble approach(SEA)、BindingDB、ChEMBL、PharmMapp...
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【中文期刊】 王龙昊 吕恒梁 等 《疾病监测》 2024年39卷10期 1308-1313页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 筛选用于区分人类免疫缺陷病毒(HIV)感染和HIV/结核分枝杆菌(MTB)共感染的外周血潜在的基因表达特征.方法 首先从基因表达总览(GEO)数据库下载数据集GSE50834,分为HIV感染患者和HIV/MTB共感染患者两组进行差异分...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 董徐 王富江 等 《中国现代应用药学》 2024年41卷9期 1183-1191页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 基于网络药理学和动物实验探究黄芩茎叶总黄酮治疗溃疡性结肠炎的作用机制.方法 通过文献查阅黄芩茎叶中总黄酮成分,并根据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索黄芩茎叶总黄酮成分对应靶点,通过GeneCards数据库收集溃疡性结肠...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 何长颖 韦雨婷 等 《中华疾病控制杂志》 2024年28卷9期 1096-1103页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探究基于肠道菌群对人群未来患帕金森症(parkinson's disease,PD)的早期预测模型进行构建与评价,并对肠道菌群宏基因KO组进行功能分析,探讨PD的潜在治疗靶点.方法 基于Zenodo数据库,一方面对肠道菌群相对丰度数据...
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- 方法：
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【中文期刊】 李景景 凌芸 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷3期 522-533页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本研究通过体外实验与网络药理学相结合的方法分析芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的相关作用机制.制备高糖环境下视网膜血管内皮细胞的体外模型,探究芍药苷对糖尿病视网膜病变的保护作用;从TCMSP、UniProt、PubChem、Pharm-Mappe...
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